LE variant digne d'un film pourrait il frapper ?

[Deedee81]

Lit les réponses, j'ai expliqué.

A noter que le chiffre indiqué est connu de très longue date. Les modèles épidémiologiques sont bien établis et faciles à paramétrer (avec le taux de contamination, le caractère asymptomatique, les vecteurs, les taux de vaccination). Dès le début de l'épidémie il y avait eut un peu de découragement face à la difficulté d'atteindre "l'immunité collective", mais bon, faut bien faire avec.

EDIT faciles, à paramétrer mais pas facile à traduire en mesures, tout est toujours bien compliqué dans ce domaine.
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[obi76]

Pourquoi tant d’agressivité?
J'essaie de rester humble et j'essaie de comprendre le flot de nouvelles qui nous parviennent, c'est mal?

Non, mais dans ce cas n'affirmez pas quand vous ne savez pas.

Et d'ailleurs j'essaie toujours de comprendre pourquoi le vaccin ne dispense pas des mesures barrières s'il empêche si bien la transmission, là-dessus je suis preneur d'explications des "gens qui savent".

SI il empêche la transmission (et l'infection évidement), effectivement il devient inutile. On sait qu'il protège dans la grande majorité des cas mais :
- la minorité qui reste (~5 à 10% selon les vaccins) eux pourraient toujours le contracter (mieux vaut prévenir que guérir). On attend des retours sur la forme grave (publiée, pas "il paraîtrait que") pour savoir. De plus, même si les formes graves étaient écartées, c'est toujours bien de s'en prémunir...
- s'il rend les personnes asymptomatiques mais porteuses quand même, elles continueraient à contribuer à la dynamique épidémique. Du coup autant l'éviter, tant que faire ce peu.

Pour le moment le REX montre que les formes graves sont bien plus rares chez les vaccinés, pour les deux autres points, c'est en cours.

Concernant le Chili, merci aussi de m'expliquer ce qui se passe là-bas puisque vous avez l'air au courant de tout et d'avoir de bonnes sources!

Pour le variant brésilien, les premiers retour montreraient une réinfection, c'est à dire qu'il échapperait à l'immunité acquise par la souche originale. Et ce qui pourrait faire craindre un échappement au vaccin aussi. Des études sont menées, tant que la conclusion n'est pas sortie, sous review et dans un journal sérieux, on en reste au stade du "on ne sait pas, mais faisons gaffe".

Quant aux sarcasmes ils ne sont pas utiles.

[Deedee81]

Pour le variant brésilien, les premiers retour montreraient une réinfection, c'est à dire qu'il échapperait à l'immunité acquise par la souche originale. Et ce qui pourrait faire craindre un échappement au vaccin aussi. Des études sont menées, tant que la conclusion n'est pas sortie, sous review et dans un journal sérieux, on en reste au stade du "on ne sait pas, mais faisons gaffe".

AIE. C'était justement une des inquiétudes du sujet.

Pour l'immunité collective, une étude de l'institut Pasteur, c'est toujours mieux que des affirmations (les miennes ) :
https://www.pasteur.fr/fr/espace-pre...erait-covid-19

[obi76]

AIE. C'était justement une des inquiétudes du sujet.

Oui. Cela dit ce qui est étrange c'est qu'il commence à dater et on ne voit pas de vague en France de ce variant. Donc peut-être qu'il échappe plus mais pas complètement à l'immunité acquise. Là dessus je n'en sais rien... A voir dès que quelque chose sur ce sujet sera trouvé...

Pour l'immunité collective, une étude de l'institut Pasteur, c'est toujours mieux que des affirmations (les miennes ) :
https://www.pasteur.fr/fr/espace-pre...erait-covid-19

Oui, justement :

La théorie épidémiologique nous enseigne qu’un agent microbien introduit en population s’arrête de circuler quand la fraction de la population immunisée contre cet agent microbien est supérieure ou égale à : 1-1/R0, où R0 est ce fameux nombre de reproduction, soit le nombre de cas secondaires par personne infectée dans une population non immunisée et en l’absence de mesure de contrôle. En France, où le R0 a été estimé à 3 avant le confinement (Salje et al., Science, 2020) , cela veut dire qu’il faudrait que 67% de la population française soit immunisée contre ce nouveau coronavirus pour que le virus cesse de circuler de façon épidémique..

Il est à 3 au début de l'épidémie (et à Paris, dans des villes moins denses il est plus faible, déjà), il est de 1 à 2 avec les gestes barrières (selon les variants, le contexte etc). Donc l'immunité de groupe, si les gestes barrières ne sont pas relâchés, c'est 1-1/R0 (avec gestes barrière ~ 1.5 pour le variant anglais) c'est à dire 33%. Le passage de 25 à 33% de l'ancienne souche à la plus contagieuse explique - au moins partiellement - la vague actuelle (d'autant plus que c'est effectivement le variant anglais qui est majoritaire, la souche originale est donc devenu largement minoritaire).

A noter que l'immunité collective annonce la récession de l'épidémie, pas sa fin. Le nombre de personnes touchées à la fin de l'épidémie est largement supérieur (s'il n'y a pas de gestes barrière on tourne de 85 à 90% de la population, contre 50 à 60% de mémoire avec les gestes barrières).

[Deedee81]

Oui. Cela dit ce qui est étrange c'est qu'il commence à dater et on ne voit pas de vague en France de ce variant. Donc peut-être qu'il échappe plus mais pas complètement à l'immunité acquise. Là dessus je n'en sais rien... A voir dès que quelque chose sur ce sujet sera trouvé...

Ah oui, bien vu, même constat chez nous.

[da23real]

La raison pour laquelle je me posais cette question à propos du variant breton c'est qu'on a annoncé 8 cas, puis qu'ils étaient tous morts... et puis plus rien ! Donc 100% des cas détéctés sont morts, il ne semble pas y en avoir d'autres depuis.
Du coup je me demande quand même comment ils peuvent affirmer qu'ils n'était pas plus dangereux ???

[obi76]

La raison pour laquelle je me posais cette question à propos du variant breton c'est qu'on a annoncé 8 cas, puis qu'ils étaient tous morts... et puis plus rien ! Donc 100% des cas détéctés sont morts, il ne semble pas y en avoir d'autres depuis.
Du coup je me demande quand même comment ils peuvent affirmer qu'ils n'était pas plus dangereux ???

Sans doutes parce faire le séquençage n'est pas systématique. Sur 8 personnes dont on a séquencé et détecté ce variant (séquençage bien plus fréquent lorsqu'il y a décès), combien l'ont contractées ? On n'en sait rien. Quelle est sa létalité ? Ben du coup on n'en sait rien non plus... Pour ça il faudrait faire un séquençage systématique de tous les tests positifs, sachant en plus qu'apparemment le variant breton est minoritaire même là bas. Si vous voulez ne serai-ce que faire une moyenne sérieuse, calculez le nombre de séquençage des PCR effectués il faudrait (nombre de tests = nombre de décès à partir duquel on considère que la moyenne soit significative / proportion de tests positif / proportion de ces tests dont le variant est breton / la probabilité d'en mourir). C'est énorme. A ça il y a un délai non négligeable entre détection et décès. Donc il faut du temps, des tests, et de la patience.

En fait ce que vous indiquez là est un biais assez récurent : que tous les sujets où on a détecté le variant breton sont morts ne veut pas dire que tous les sujets atteints du variant breton mourront. La probabilité de séquençage est bien plus grand lorsqu'il y a décès que lorsqu'il n'y en a pas. Si on ne faisait le séquençage que des gens décédés, on pourrait dire que tous les variants sont létaux à 100%.

Pour le moment, les personnes qui ont le plus d'éléments sur ce sujet, ce sont les épidémiologistes (les vrais), et quelques institutions. Ils en tireront les conclusions qu'il faudra, lorsque les études menées seront suffisamment sérieuses, et le nombre d'échantillon pour faire des vraies stats sera assez élevé (et ce n'est pas 8...).

On n'affirme pas qu'il est plus dangereux, pas plus que l'on n'affirme pas qu'il l'est moins. Tant qu'on ne sait pas, on ne dit rien. Et si les médias s'en tenaient à cette ligne, on n'aurait pas quelques éléments concrets noyés sous un amas de bullshitt de gens qui soit-disant "savent" alors que non. La TV est bien révélatrice de DK aussi, tiens...

[Deedee81]

Parfois c'est lors de tests systématiques mais c'est en effet plus fréquent en cas de décès (de détecter tel ou tel nouveau variant). Surtout pour un variant extrêmement peu répandu.
Le variant Belge a été découvert récemment sut des tests PCR scolaires, mais il s'avère aussi très répandu !

Obi76, ce que tu racontes me rappelle la phrase idiote (que j'ai encore entendu à la télé dimanche) : 100% des gagnants avaient tentés leur chance

La TV est bien révélatrice de DK aussi, tiens...

C'est pas un scoop. Me rappellerai toujours le journaliste (disant à propos d'une mesure du rayonnement fossile) : les scientifiques ont réussi à voir le big bang
(ou "le roi s'est cassé le col de l'utérus" mais là, la gaffe a une autre origine )

[Mickey-l.ange]

Forcément si vos sources sont les médias, 95% des gens qui passent ne parlent pas de leur domaine de compétence (et encore je suis gentil, combien de médecins généralistes, virologues, chef de services divers, viennent parler d'épidémio ?).

Bonjour,

Vous voulez dire que les généralistes qui se succèdent sur BFM ou LCI ne sont pas toujours crédibles ?

[Deedee81]

Vous voulez dire que les généralistes qui se succèdent sur BFM ou LCI ne sont pas toujours crédibles ?

Je ne vais pas juger de ces chaînes que je ne regarde pas, mais Obi ne parlait pas de l'un ou l'autre interlocuteur mais du média lui-même. C'est très facile de ne montrer que ce qu'on veut, d'orienter un débat ou de l'emballer dans des commentaires ou contextes appropriés
(ça me rappelle la télé réalité mais là c'est un peu extrême )

Ca me rappelle les images de la guerre en Irac où on avait vu des images.... de la seconde guerre mondiale (et ils avaient négligé le "images d'archives") Mais bon, là c'était plus une gaffe qu'autre chose. Le poids des mots et le choc des photos : faut montrer quelque chose même s'il n'y a rien à voir et faut dire quelque chose même s'il n'y a rien à dire (même Coluche l'avait fait remarquer )

[thich38]

merci pour ce recentrage, ok pour tout!

[da23real]

C'est justement parce que je ne trouvais plus rien dans google news de récent qs jours après les 1ères annonces que j'ai pensé qu'il s'était "auto-éteint". Là je vois qu'on parle d'un 9ème cas.

[obi76]

Obi76, ce que tu racontes me rappelle la phrase idiote (que j'ai encore entendu à la télé dimanche) : 100% des gagnants avaient tentés leur chance

J'y avais pas pensé mais c'est exactement ça

Vous voulez dire que les généralistes qui se succèdent sur BFM ou LCI ne sont pas toujours crédibles ?

En fait le soucis c'est bien ça : ils sont crédibles, mêmes quand ils racontent n'importe quoi... (argument d'autorité dû à leur rang).

C'est le soucis, après faut se renseigner par soi-même... Le soucis c'est même plus loin que ça, d’éminents spécialistes (chef de service de réa divers, chercheurs en virologie, etc), qui viennent parler d'épidémiologie. La virologie, ce n'est pas de l'épidémiologie. Du coup je relève des imprécisions, voire erreurs grossières à chaque fois. Si tout le monde en restait cantonné dans son domaine de compétence, on n'aurait pas de soit-disant continuelles "changement de version des spécialistes". Pour les épidémiologistes ça n'a pas changé depuis le début.

A noter que 2 des épidémiologistes que je côtoie fréquemment maintenant, sont passés, depuis le début de l'épidémie... 10 fois (à peu près) dans les médias. A comparer à tous les autres.

C'est sur que quand il y a une dizaine (à tout casser) d'épidémiologistes de renom en France, on ne risque pas de faire tourner les chaînes d'info H24 avec ces 10 seuls. Sachant qu'en plus ils ont quand même du boulot pour ça, et à part faire briller l'égo, les médias ça ne donne rien de plus. Pas étonnant qu'ils ne s'y éternisent donc pas (sauf un qui du coup y a prit son pied et raconte n'importe quoi également depuis mars 2020... que je ne nommerai pas, mais même parmi eux...).

C'est justement parce que je ne trouvais plus rien dans google news de récent qs jours après les 1ères annonces que j'ai pensé qu'il s'était "auto-éteint". Là je vois qu'on parle d'un 9ème cas.

Faut arrêter avec gogole. Gogole ne ressort que ce qui leur ramène du pognon. Et si c'est faux, tant que ça fait le buzz, ça ressortira.

[Deedee81]

après faut se renseigner par soi-même...

Je ne donnerai pas de nom Mais chez nous, à plusieurs reprises, des experts (des vrais) ont été accusés avec raison d'avoir été maladroits dans leurs propos ou partials/incomplets/imprudents. Nobody's perfect comme disait Osgood.
Attention, je ne parle pas des experts de BFM et LCI, je ne les connais pas et je ne les ai pas entendus !!!! Je dis juste qu'il faut être très prudent en écoutant. D'allieurs dans mon jugement des sources plus haut j'ai bien fait la distinction entre interview de spécialistes et publications scientifiques. Il y a un gouffre entre les deux.

Comme disent les profs à leurs élèves effectuant des recherches : croisez vos sources et méfiez-vous des copier-coller (parfois deux sources sont concordantes simplement parce que l'une à copier sur l'autre). Et je rajoute : tenez compte des sources et de leur fiabilité. L'esprit critique ça s'apprend et ça ne consiste ni à tout avaler ni à tout rejeter mais à utiliser la grosse éponge grise dont la nature nous a doté.

[obi76]

Comme disent les profs à leurs élèves effectuant des recherches : croisez vos sources et méfiez-vous des copier-coller (parfois deux sources sont concordantes simplement parce que l'une à copier sur l'autre). Et je rajoute : tenez compte des sources et de leur fiabilité. L'esprit critique ça s'apprend et ça ne consiste ni à tout avaler ni à tout rejeter mais à utiliser la grosse éponge grise dont la nature nous a doté.

Oui : l'argument d'autorité ne devrait pas intervenir, du moins pas comme ça. Avoir des diplômes ne veut pas dire qu'on a raison sur tout. Juste que la parole est plus crédible dans le domaine particulier des diplômes en question. Donc un médecin généraliste, qui n'a jamais fait d'étude d'épidémio (poussée), aura (pour moi) une parole aussi crédible que n'importe quelle autre personne n'ayant jamais fait d'études d'épidémio (valable pour les chef de service urgentiste, virologues, directeur du SAMU de tel ou tel département, etc.).

- que les directeurs du SAMU parlent de la prise en charge des patients du CoViD, OK. Ce n'est pas le boulot d'un virologue ni d'un épidémiologiste
- qu'un virologue parle de contagiosité, des variants, de la létalité, des traitements, OK. Ce n'est pas le boulot d'un directeur de SAMU ni d'un médecin généraliste
- qu'un épidémiologiste parle de vague, d'impact de confinement, d'évolution de tel ou tel variant plus contagieux dans une population, de l'impact des fermetures des écoles : OK. Ce n'est pas le boulot d'un virologue, d'un directeur de SAMU ou d'un généraliste
- qu'un chef de service urgentiste témoigne de l'encombrement de la réa : OK. Ce n'est pas le boulot d'un médecin généraliste, ni d'un virologue, d'un épidémiologiste

Faut faire la part des choses, si eux ne le font pas.

[papy-alain]

Oui : l'argument d'autorité ne devrait pas intervenir, du moins pas comme ça. Avoir des diplômes ne veut pas dire qu'on a raison sur tout. Juste que la parole est plus crédible dans le domaine particulier des diplômes en question. Donc un médecin généraliste, qui n'a jamais fait d'étude d'épidémio (poussée), aura (pour moi) une parole aussi crédible que n'importe quelle autre personne n'ayant jamais fait d'études d'épidémio (valable pour les chef de service urgentiste, virologues, directeur du SAMU de tel ou tel département, etc.).

- que les directeurs du SAMU parlent de la prise en charge des patients du CoViD, OK. Ce n'est pas le boulot d'un virologue ni d'un épidémiologiste
- qu'un virologue parle de contagiosité, des variants, de la létalité, des traitements, OK. Ce n'est pas le boulot d'un directeur de SAMU ni d'un médecin généraliste
- qu'un épidémiologiste parle de vague, d'impact de confinement, d'évolution de tel ou tel variant plus contagieux dans une population, de l'impact des fermetures des écoles : OK. Ce n'est pas le boulot d'un virologue, d'un directeur de SAMU ou d'un généraliste
- qu'un chef de service urgentiste témoigne de l'encombrement de la réa : OK. Ce n'est pas le boulot d'un médecin généraliste, ni d'un virologue, d'un épidémiologiste

Faut faire la part des choses, si eux ne le font pas.

Pour moi, le quidam représentatif du grand public, je ne fais pas grande différence entre un épidémiologiste et un virologue. Mais j'accorderai tout de même plus de crédit à la parole du virologue qu'à la parole du boulanger du coin.

[MissJenny]

Pas cool le Chili. Mais attention, ils avaient atteint presque 50% de vaccination or pour l'immunité collective il faut atteindre au moins 80% (ce qui n'est pas gai, faut vraiment aller loin, mais bon, faut faire avec)

d'après ce site : https://ourworldindata.org/covid-vaccinations au Chili il n'y a que 16% de personnes vaccinées (ayant reçu les deux doses).

[Deedee81]

Ce que tu expliques me fait dire d'ailleurs que la synthèse des expertises n'a rien d'évident. C'est à mettre au crédit des politiques : c'est un travail ingrat de devoir assumer ça.
EDIT Ouuuups c'est à Obi76 qu je répondais

[Deedee81]

d'après ce site : https://ourworldindata.org/covid-vaccinations au Chili il n'y a que 16% de personnes vaccinées (ayant reçu les deux doses).

Hooo, information bienvenue. Merci,

Les actus ne font pas toujours la distinction (et de fait les10% chez nous c'est la première dose mais la deuxième suit heureusement d'assez près, ça ne se compte pas en dizaines de mois )

[obi76]

Pour moi, le quidam représentatif du grand public, je ne fais pas grande différence entre un épidémiologiste et un virologue. Mais j'accorderai tout de même plus de crédit à la parole du virologue qu'à la parole du boulanger du coin.

Le premier c'est beaucoup plus des maths, des stats et de la modélisation, le second c'est beaucoup plus de la bio

[papy-alain]

Le premier c'est beaucoup plus des maths, des stats et de la modélisation, le second c'est beaucoup plus de la bio

Merci de cette précision que j'ignorais. Mais que valent les maths face à un virus dont on ignore beaucoup de choses (dans un premier temps) puis de variants à venir dont on ignore tout ?

[obi76]

Merci de cette précision que j'ignorais. Mais que valent les maths face à un virus dont on ignore beaucoup de choses (dans un premier temps) puis de variants à venir dont on ignore tout ?

Ça se modélise quand même très bien (si les décisions n'étaient pas prises le jour pour le lendemain). Un système dynamique comme celui-là a quand même une base théorique très solide (les approches stochastiques par exemple). C'est pour ça que les modélisations ont mis 1 mois à 2 mois après le début à commencer à apparaître : le temps de pouvoir les calibrer en connaissant un peu les caractéristiques du virus. Et c'est pareil pour chaque variant : entre son apparition et lalétalité / le taux de transmission, il y a pas mal de temps, le temps de pouvoir les estimer à partir des modèles.

Par exemple, pour revenir à ce variant breton "létal à 100%" : il faut du recul pour avoir suffisamment de données, pour voir avec les modèles ce que l'on peut en déduire (létalité, contagiosité, etc.). Ça ne se fait pas en une semaine.

Pour en revenir à cette distinction virologue / épidémiologistes : typiquement l' HQ c'est de la compétence à Raoult (c'est pour dire !) pas des épidémiologistes. L'évolution (les vagues, le confinement etc) c'est de la compétence des épidémiologistes, pas de Raoult (où il aurait mieux fallu, quitte à s'être planté dans son domaine de compétence, éviter d'en plus sortir nawak sur ce qu'il ne connaît pas).

[Deedee81]

Salut,

Notons que le virus a une faiblesse que nous nous sommes empressé d'exploiter : lui il ne connait pas les maths

Je rerentre pour cette question de létalité, outre les biais évoqués n'oublions pas non plus que le caractère létal peut varier très fortement surtout au début (souvent vers une baisse de la mortalité étant donné qu'un virus qui tue trop vite.... ne se propage pas bien ! Il s'agit évidemment de mutations mais ne provoquant pas nécessairement l'apparition d'un nouveau variant car les antigènes de surface du virus restent inchangés, c'est plutôt sa reproduction qui varie).

Rappelons nous l'épidémie de grippe H1N1 qui avait fait si peur au début tant le taux de mortalité était élevé et qui en fin de compte s'est avéré moins grave que la grippe saisonnière. Ou plus proche de notre problématique ici : la première épidémie de SRAS, avec un taux de mortalité proche de 100% (tout un étage d'une tour à Tokyo contaminée par le patient 0 à travers.... le bouton de l'étage dans l'ascenseur, de quoi donner de sacrée sueur froide aux autorités sanitaires) et qui a baissé jusque à 10 à 20 % à la fin (ce qui reste beaucoup plus élevé que le covid) (*). Ca dépend aussi des modes de propagation : par l'air, l'effet est important (les morts ne respirent pas) alors que par contact, cela peut ne pas beaucoup influer (le taux élevé d'Ebola n'a guère baissé durant les épidémies, les contaminations se produisant surtout lors de la préparation des morts en famille dans les pays où on ne trouve pas de funérarium au coin de la rue)

(*) edit source wikipedia, j'ai été voir les chiffres

Les notions de létalité peuvent aussi dépendre des conditions sanitaires, de la prise en charge.... etc.... (on a quand même plus de chance de survivre en soin intensif qu'oublié tout seul dans son salon, à symptomes identiques of course) et bien sûr des populations concernées avec leurs éventuels taux de comorbidité (on en a assez parlé de ces temps ci).

Bref même la "simple question" : le virus est-il mortel ? A une réponse pouvant être très complexe. Après tout ce n'est guère différent d'une arme à feu : est-elle mortelle ? Ben, ça dépend si on tire dans le pied ou dans la tête. Si le virus vise mes pieds je serai content

[da23real]

Ah merci pour l'explication sur le fait qu'on séquence plus souvent en cas de décés ça explique beaucoup de choses en effet ! J'imagine que les médias ne donnent pas tout ces détails pour faire concis mais du coup quand on est du genre à se poser des questions mais qu'on manque d'éléments on fait de mauvaises conclusions donc heureusement qu'il y a Futura pour poser les questions ! (Et comme quoi j'ai bien fait de la poser).
Donc merci !

[Deedee81]

(Et comme quoi j'ai bien fait de la poser).

C'est justement le bon réflexe Comme j'ai dit plus haut, faut creuser, croiser, réfléchir.... Le sujet est difficile (et sensible). Et donc quand on manque de détail faut gratter....... quand c'est possible !!!!

[gunthiern]

J'ai l'impression de revoir le film de Steven Spielberg: les gremlins,
ces petits être néfastes qui se reproduisent à la vitesse de la lumière , mais ces coronas ci aiment plutôt l'eau.
C'est la 1ère fois dans l'histoire des épidémies qu'un virus est contrarié tehniquement par une vaccination élaborée rapidement. On dirait qu'il veut atteindre ses 65% pour une immunité mondiale
Il arrive à frapper là où avant il était absent comme s'il se baladait dans les courant d'air frais.
Mardi je prends une dose d"astra , on verra.

[fred3000gt]

En tout cas on a une sacrée avalanche de Variants...

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[obi76]

En tout cas on a une sacrée avalanche de Variants....

Il s'agit de mutations, les variants ce sont des mutations fonctionnelles (i.e. qui touchent à la protéine spike, à la contagiosité, ou autre), en faible nombre, elles. Les mutations "silencieuses" sont celles qui sont sur ce graphe. Les variants ne sont toujours qu'au nombre d'environ 7 actuellement.

Et encore il est léger, aux dernières nouvelles ce graphique est beaucoup, beaucoup plus rempli

[MissJenny]

La phylogénie du virus c'est ici : https://nextstrain.org/ncov/global?l=radial

sept variants phénotypiques ça me paraît peu, il doit y en avoir plus. Il est certain qu'on ne les connaît pas tous.

[obi76]

sept variants phénotypiques ça me paraît peu, il doit y en avoir plus. Il est certain qu'on ne les connaît pas tous.

C'est pour ça que je dis "environ" (Brésilien, anglais, breton, africain, etc.). C'est effectivement fort probable qu'il y en ait d'autres, mais en tous cas il n'y en a pas autant que sur ce graphique...