L'OMS requalifie le variant indien en variant préoccupant

[FabiFlam]

Bonjour,

Apparemment la classification de ce variant a évolué: c'est maintenant un VOC. Est-ce que vous savez s'il y a des critères compréhensibles par le grand public pour classer les variants dans une catégorie ou une autre ?

FabiFlam
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[yves95210]

Bonjour,

Regarde par exemple https://en.wikipedia.org/wiki/Variant_of_concern, ou https://www.cdc.gov/coronavirus/2019...o.html#Concern (désolé, je n'ai pas trouvé l'équivalent en français).

[FabiFlam]

Merci. Ca reste assez flou je trouve.

[yves95210]

ça l'est forcément, car il faut des mois avant que des études épidémiologiques confirment que le variant est réellement préoccupant. Il s'agit plutôt d'appliquer le principe de précaution.
En l'occurrence pour le variant indien, il y a encore pas mal d'incertitudes sur sa transmissibilité (il est prédominant dans certaines régions, mais dans d'autres c'est le variant UK qui s'est propagé plus rapidement, et la flambée épidémique en Inde peut largement être attribuée au relâchement des mesures de prévention) et sur le risque d'échappement à l'immunité (les premières études semblent montrer que les vaccins restent assez efficaces contre lui).

[A voir en vidéo sur Futura]

[Archi3]

Le variant indien commence à inquiéter sérieusement outre Manche et pourrait remettre en cause le calendrier du déconfinement :
https://www.lindependant.fr/2021/05/...nt-9543346.php

Sans vouloir jouer les oiseaux de mauvais augure, c'est un peu le scénario catastrophe que j'évoquais en janvier : un variant suffisamment contagieux pour surmonter la barrière immunitaire apportée par la vaccination, qui est elle meme de plus est susceptible de s'atténuer avec le temps- sachant que compte tenu des résistances à la vaccination et de l'efficacité qui n'est pas de 100 %; il est difficile de faire descendre le taux de reproduction bien en dessous de 1, on sera déjà content si il atteint 0,9 sans mesures barrières (je ne suis pas sur qu'on ait atteint ça quelque part).

Il suffirait alors d'avoir une augmentation de contagion de 10 % pour repasser au dessus de 1. Et même si une partie importante de la population est immunisée, le reste est largement suffisant pour alimenter les services de réanimation, et on retomberait dans la même situation que celle qui a justifié les confinements ...

[papy-alain]

La question cruciale qui se pose pour les prochaines semaines est de savoir si les vaccins actuels offrent une protection suffisante contre ce variant. A-t-on des éléments probants qui aillent dans ce sens ?

[yves95210]

Salut,

La question cruciale qui se pose pour les prochaines semaines est de savoir si les vaccins actuels offrent une protection suffisante contre ce variant. A-t-on des éléments probants qui aillent dans ce sens ?

A propos du B.1.617.1, oui :

Une étude récente démontre le potentiel de neutralisation des individus vaccinés avec Covishield (AstraZeneca) contre la variante B.1.617.1 et conclut que les anticorps induits par le vaccin sont protecteurs pour limiter la gravité et la mortalité du COVID-19.
Les résultats ont démontré que les sérums des sujets guéris du COVID-19 qui ont reçu deux doses de Covishield ont une réponse NAb plus élevée par rapport aux naïfs du COVID-19 dans le titre NAb contre B.1 (D614G) et B.1.617.1. Study: https://biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.12.443645v1
Pour le contexte : on a constaté une réduction de 1,94 fois de la neutralisation de B.1.617.1 par rapport à B.1 (D614G). Cette neutralisation est comparable à celle que nous observons avec B.1.1.7 (UK), ce qui suggère qu'il protégera probablement aussi bien contre B.1.617.1 que contre B.1.1.7.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

Et plus loin dans le même thread, à propos du B.1.617.2 :

De plus, nous pourrions probablement nous attendre à ce qu'il soit meilleur pour le .2 car il ne contient pas de mutation sur le site 484 comme le .1 ou d'autres mutations préoccupantes que nous voyons dans les VOC. C'est pourquoi l'épidémie du variant dans la maison de retraite de Londres(*) n'a pas pris une mauvaise tournure.

(*) il s'agit d'un cluster avec de nombreuses infections par le B.1.617.2 malgré la couverture vaccinale des résidents, mais aucun cas grave.

[yves95210]

Le variant indien commence à inquiéter sérieusement outre Manche et pourrait remettre en cause le calendrier du déconfinement :
https://www.lindependant.fr/2021/05/...nt-9543346.php

Sans vouloir jouer les oiseaux de mauvais augure, c'est un peu le scénario catastrophe que j'évoquais en janvier : un variant suffisamment contagieux pour surmonter la barrière immunitaire apportée par la vaccination, qui est elle meme de plus est susceptible de s'atténuer avec le temps- sachant que compte tenu des résistances à la vaccination et de l'efficacité qui n'est pas de 100 %; il est difficile de faire descendre le taux de reproduction bien en dessous de 1, on sera déjà content si il atteint 0,9 sans mesures barrières (je ne suis pas sur qu'on ait atteint ça quelque part).

Il suffirait alors d'avoir une augmentation de contagion de 10 % pour repasser au dessus de 1. Et même si une partie importante de la population est immunisée, le reste est largement suffisant pour alimenter les services de réanimation, et on retomberait dans la même situation que celle qui a justifié les confinements ...

Il ne faut pas non plus verser dans le catastrophisme : en juillet 60% des adultes auront été vaccinés, soit 50% de la population totale, et 35 à 40% des non vaccinés auront déjà été infectés (car le % d'infectés est nettement plus élevé que la moyenne dans les tranches d'âges dont la couverture vaccinale sera plus faible et parmi les <18 ans qui ne seront pas vaccinés). Donc environ 70% de la population bénéficieront d'une immunité partielle, protégeant à près de 100% contre les cas graves. De plus ce pourcentage sera plus élevé (80 à 85%) dans la population vulnérable, divisant par 5 le taux hospitalisés/infectés.
Et même si la protection contre l'infection par certains variants est moins élevée, elle reste non négligeable, ainsi que la réduction du risque de transmission par les vaccinés infectés, dont la charge virale est plus faible et chute plus rapidement.

Par exemple (en prenant des hypothèses pas particulièrement optimistes), si les vaccins ou une infection antérieure protègent à 60% contre l'infection par le VOC et réduisent de 30% le risque de transmission, lorsque 70% de la population seront partiellement immunisés le taux de reproduction sera divisé par 2 par rapport à sa valeur dans une population naïve. A mesures équivalentes à celles de l'été 2020 (alors qu'environ 6% de la population étaient immunisés), il faudrait qu'un nouveau variant soit 2 fois plus contagieux que la souche (européenne) historique pour que le taux de reproduction soit aussi élevé l'été prochain qu'en 2020, où il oscillait autour de 1,25, et conduise à une multiplication par 10 de l'incidence en 2 mois comme entre début juillet et début septembre 2020. Jusqu'à preuve du contraire, ce n'est le cas d'aucun des VOC actuels.
De plus il ne s'agirait que du taux de reproduction du nouveau variant, dont l'incidence initiale est faible (en supposant qu'il soit déjà présent sur le territoire, il ne représenterait aujourd'hui que quelques % des cas). Même si aujourd'hui l'incidence est globalement deux fois plus élevée que mi-mai 2020, il s'agit essentiellement de celle du B.1.1.7 (le variant UK), et celle des autres VOC n'en représente au total que 5%, peut-être 2000 infections par jour et une cinquantaine d'hospitalisations.

Mais cela justifie au moins de conserver jusqu'à la fin de l'été des mesures visant à éviter d'importer de nouveaux VOC éventuellement plus transmissibles (dont le B.1.617.2), et de renforcer les mesures d'isolement et traçage des contacts dans les zones géographiques où une transmission locale de ces VOC serait détectée (pouvant aller jusqu'à des confinements locaux si leur incidence devient trop forte pour que des mesures individuelles suffisent à en limiter la progression).

Quant à la suite, voici la fin d'un thread twitter de François Balloux, qui ne me semble ni trop optimiste, ni trop pessimiste (ça dépend du point de vue...):

La transmissibilité croissante du #SARSCoV2 va probablement pousser les stratégies d'élimination locales à leur limite. Je trouve difficile d'imaginer que le #SARSCoV2 ne devienne pas endémique au niveau mondial dans les années à venir.
La vaccination est le seul moyen efficace de minimiser la morbidité et la mortalité. Il n'y a toujours pas de "souche d'échappement au vaccin" en circulation, et lorsque des souches échappant à la neutralisation apparaîtront, les vaccins actuels protégeront toujours contre les symptômes graves et le risque de décès.

La course à la vaccination soulève des questions morales majeures quant à la priorisation des efforts mondiaux tant que la demande de vaccins dépassera la disponibilité. Il me semble très douteux que les vaccins soient partagés par les pays riches pour minimiser les décès dans le monde.

[Vacciner les pauvres vulnérables du monde entier avant les enfants des pays riches, selon l'OMS :
Tedros Adhanom Ghebreyesus exhorte les pays développés à faire don des vaccins Covid au programme Covax.
https://www.theguardian.com/world/20...ldren-who-says

J'avais précédemment prédit que le bilan de la pandémie resterait probablement inférieur à 10 millions de décès dans le monde. Je ne suis plus aussi sûr que ce sera le cas. Certains pays qui ont été relativement épargnés jusqu'à présent pourraient avoir du mal à faire face au #COVID19 prochainement.
Bien que, de façon un peu perverse peut-être, la plus grande partie de l'Europe et les États-Unis semblent maintenant être dans une situation assez confortable. Je ne m'attends pas à de futures poussées majeures de décès dans ces régions du monde, où le #COVID19 devrait devenir largement endémique d'ici la fin de l'été.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

[Archi3]

sur le long terme, on va surement finir par atteindre le seuil d'immunité collective en ajoutant les vaccinés et les anciens malades, ça ne fait guère de doute. Mon inquiétude ne portait que sur les prochains mois, où si il s'avère que le variant indien est plus contagieux, ça pourrait remettre en cause le calendrier d'un retour progressif à la vie normale pendant l'été et une rentrée en septembre "quasi normale".

Ce qui est inquiétant c'est le taux de croissance observé en Angleterre, mais je ne sais pas si c'est dû à une propagation interne ou bien à l'arrivée de plus en plus nombreuses de cas importés d'Inde ? si c'est interne, ça prouverait que le R est bien au-dessus de 1, et donc il ne va pas redescendre tout seul si on déconfine ...

[Archi3]

De plus il ne s'agirait que du taux de reproduction du nouveau variant, dont l'incidence initiale est faible (en supposant qu'il soit déjà présent sur le territoire, il ne représenterait aujourd'hui que quelques % des cas). Même si aujourd'hui l'incidence est globalement deux fois plus élevée que mi-mai 2020, il s'agit essentiellement de celle du B.1.1.7 (le variant UK), et celle des autres VOC n'en représente au total que 5%, peut-être 2000 infections par jour et une cinquantaine d'hospitalisations.

que l'incidence soit faible n'est pas un élément pertinent ni rassurant, la seule chose à regarder c'est le taux de croissance. Faut arrêter de regarder l'ordonnée, il faut regarder la pente .

[yves95210]

que l'incidence soit faible n'est pas un élément pertinent ni rassurant, la seule chose à regarder c'est le taux de croissance. Faut arrêter de regarder l'ordonnée, il faut regarder la pente .

Oui mais à taux de croissance égal et de l'ordre de x3 en un mois (à peu près équivalent à celui de l'été 2020), ce n'est pas la même chose suivant qu'on part de 50 (dans l'hypothèse où cette croissance de l'incidence ne concernerait que le nouveau variant) ou de 1000 (s'il s'agissait de l'incidence du variant UK).

[yves95210]

sur le long terme, on va surement finir par atteindre le seuil d'immunité collective en ajoutant les vaccinés et les anciens malades, ça ne fait guère de doute. Mon inquiétude ne portait que sur les prochains mois, où si il s'avère que le variant indien est plus contagieux, ça pourrait remettre en cause le calendrier d'un retour progressif à la vie normale pendant l'été et une rentrée en septembre "quasi normale".

Ce qui est inquiétant c'est le taux de croissance observé en Angleterre, mais je ne sais pas si c'est dû à une propagation interne ou bien à l'arrivée de plus en plus nombreuses de cas importés d'Inde ? si c'est interne, ça prouverait que le R est bien au-dessus de 1, et donc il ne va pas redescendre tout seul si on déconfine ...

Peut-être des éléments de réponse dans ce thread.

[FabiFlam]

Bonjour,

Le variant indien n'inquiète pas que ici. A Singapour et au Vietnam on reconfine à cause de ce variant qui fait très peur en Asie du Sud-Est si j'ai bien compris. Ils sont très très prudents et ont vite fait de prendre des mesures drastiques, mais cela leur réussit bien jusqu'à présent ...

FabiFlam

[Archi3]

Oui mais à taux de croissance égal et de l'ordre de x3 en un mois (à peu près équivalent à celui de l'été 2020), ce n'est pas la même chose suivant qu'on part de 50 (dans l'hypothèse où cette croissance de l'incidence ne concernerait que le nouveau variant) ou de 1000 (s'il s'agissait de l'incidence du variant UK).

c'est pas pareil, mais c'est qu'une question de trois mois ...c' est en disant que c'est pas grave qu'on s'est pris 3 vagues sur la figure !

[yves95210]

c'est pas pareil, mais c'est qu'une question de trois mois ...c' est en disant que c'est pas grave qu'on s'est pris 3 vagues sur la figure !

Sauf qu'à 3 mois, il n'y a pas de prédictions qui tiennent (surtout quand on n'a pas encore de données sérieuses sur la transmissibilité d'un nouveau variant)...
Mais c'est bien pour ça que je disais ceci :

cela justifie au moins de conserver jusqu'à la fin de l'été(*) des mesures visant à éviter d'importer de nouveaux VOC éventuellement plus transmissibles (dont le B.1.617.2), et de renforcer les mesures d'isolement et traçage des contacts dans les zones géographiques où une transmission locale de ces VOC serait détectée (pouvant aller jusqu'à des confinements locaux si leur incidence devient trop forte pour que des mesures individuelles suffisent à en limiter la progression).

(*) pour éviter que le B.1.617.2 provoque une 4e vague, si vraiment il est aussi transmissible que certains (pas tous) le craignent. D'ici la fin de l'été, et même probablement avant grâce à la longueur d'avance qu'ont les Anglais, on en saura certainement assez pour pouvoir dire si ces mesures étaient justifiées par autre chose que le principe de précaution et si elles méritent d'être maintenues.

[MissJenny]

avec 2 millions de Français vaccinés par semaine, trois mois en plus ou en moins ça change pas mal les choses.

[yves95210]

avec 2 millions de Français vaccinés par semaine, trois mois en plus ou en moins ça change pas mal les choses.

Sauf que ça ne sera que dans les deux prochains mois : à ce rythme, il ne devrait plus y avoir d'adultes à (primo-)vacciner début juillet, en comptant sur une acceptation du vaccin par 65 à 70% des adultes. Après l'immunité n'augmentera plus que par les infections des non-vaccinés.

Fin juillet on n'en sera encore qu'à environ 70% de la population partiellement immunisés (~50% vaccinés plus ~20% non-vaccinés mais ayant déjà été infectés). Suffisant pour maintenir R < 1 à l'aide d'un minimum de précautions SI les vaccins ou une infection antérieure protègent suffisamment bien contre l'infection et la transmission, y compris face aux variants.

Mais on sait déjà que cette protection n'est que partielle face aux variants SA et BR, même si ceux-ci ne semblent plus progresser alors qu'ils sont pourtant bien présents en France (j'avais exprimé une inquiétude au sujet de l'IdF, région dans laquelle le taux d'immunité est le plus élevé, ce qui favorise ces variants par rapport au variant UK, et où ils s'étaient propagés jusqu'à représenter près de 15% des cas; mais cette progression semble s'être arrêtée. Reste à voir si l'augmentation du taux d'immunité ne va pas leur redonner un avantage).

Quant au variant indien, il y a encore beaucoup d'inconnues, aussi bien sur sa transmissibilité (supérieure à celle du variant UK ?) que sur sa capacité à échapper partiellement à l'immunité. Donc, sans pour autant en faire un épouvantail, il vaut mieux prendre quelques précautions au moins jusqu'à ce que des études sérieuses permettent de lever ce doute.

[yves95210]

Bonjour,

De quoi rendre le variant (indien) B.1.617.2 un peu moins préoccupant :

A new study out of Oxford confirms current coronavirus vaccines work well against B.1.617.2! AstraZeneca and Pfizer doses still create enough antibodies to neutralize B.1.617.2 and significantly diminish the risk of hospitalization and death.
Researchers found B.1.617.2 is NOT as vaccine resistant as B.1.351 (South Africa) and reacts like B.1.1.7 (Kent) and P.1. (Brazil) variants.
Until the study is out see: https://thetimes.co.uk/article/vacci...iant-2rdqx5bdr

et

A new study from the Indraprastha Apollo Hospital in Delhi, India shows 97.38% of a total of 3,235 HCWs vaccinated with Covishield (AstraZeneca) were protected from COVID-19 infection and the chances of hospitalization after vaccination were 0.06%.
The study was designed to evaluate the frequency of breakthrough infections, and was carried out on healthcare workers who reported to Delhi's Indraprastha Apollo Hospital with symptomatic COVID-19, during the first 100 days of the vaccination drive using the Covishield vaccine. The results of the study show that break-through infections occur only in a small percentage and these are primarily minor infections that do not lead to severe disease. There were no ICU admissions or deaths reported!
While we wait on the study preprint: https://hindustantimes.com/lifestyle...089347535.html

Une remarque quand-même : ce n'est que lorsque la couverture vaccinale sera suffisante (y compris parmi les jeunes adultes) qu'on pourra cesser de se préoccuper particulièrement de ce variant.

[FabiFlam]

Yves,

Je ne sais comment comprendre le 0,06% d'hospitalisés après vaccination; c'est un taux dans la population générale de vaccinés ou seulement parmi les vaccinés qui ont été infectés ?

FabiFlam

[yves95210]

Je ne sais comment comprendre le 0,06% d'hospitalisés après vaccination; c'est un taux dans la population générale de vaccinés ou seulement parmi les vaccinés qui ont été infectés ?

C'est forcément parmi l'ensemble des vaccinés. Comme il y en a eu 3235, les 0,06% correspondent à 2 hospitalisés.
Si c'était parmi les infectés (85 selon l'article du Hindustan Times en lien) il faudrait qu'il y ait eu 0,05 hospitalisé

En fait, si l'ensemble des infectés ont été détectés (probablement pas vu que la détection reposait sur la déclaration de symptômes), ça ferait un risque d'hospitalisation de 2,5%, donc un résultat loin d'être top dans une population en âge de travailler puisque c'est en gros le même taux que dans la population générale en France, incluant les personnes âgées.

Il y a donc probablement eu beaucoup plus d'infectés, soit asymptomatiques, soit ne prenant pas la peine de déclarer des symptômes trop bénins; et le taux de protection contre l'infection est certainement nettement plus faible que les 97% annoncés. Ces 97% seraient d'ailleurs très surprenants si on les compare aux résultats d'études similaires dans d'autres pays (et avec d'autres variants en circulation).

Bref, ces résultats sont plutôt rassurants, mais la manière dont ils sont rapportés dans l'article est pour le moins imprécise. Espérons que la publication des résultats de l'étude sera plus rigoureuse.
(d'ailleurs si j'avais un compte twitter je répondrais à l'autrice du thread cité en lui expliquant qu'elle devrait modérer un peu son enthousiasme; elle est visiblement plus compétente en virologie ou en immunologie qu'en statistiques...)

[Danaeesigma8]

Bonjour à tous,
Le variant indien a tout pour être inquiétant. Il ne faut pas le prendre à la légère. Outre Manche la contamination avance à grands pas et le gouvernement britannique qui vient de déconfiner, vu l'ampleur de la progression du variant indien et malgré l'avancée à grand pas de la vaccination a peur de devoir reconfiner pour éviter une nouvelle vague.
Aucune preuve n'est encore donnée que les vaccins protègent de ce variant.

[polo974]

Bonjour à tous,
...

Quelques messages avant, l'info contraire est donnée AVEC DES SOURCES ! ! !

Il est montré que les vaccins sont efficaces.

Si vous avez des sources SCIENTIFIQUES contraires, merci de les donner.

[yves95210]

Bonjour,

Public Health England a présenté de premières données d'efficacité en population réelle des vaccins (BioNTech-Pfizer et Oxford-AstraZeneca, indifférenciés dans les résultats annoncés) face au variant B.1.617.2.

Chez les personnes complètement vaccinées (deux doses) le risque d'infection symptomatique est réduit de 81% au lieu de 87% pour le variant B.1.1.7 (anglais).
Après une dose le risque est réduit de 33% au lieu de 51%. Sans-doute la raison pour laquelle le gouvernement anglais a récemment réduit l'intervalle entre les deux injections pour les personnes de plus de 50 ans.

L'efficacité est donc meilleure face au variant B.1.617.2 que face au variant B.1.351 (sud-africain), pour lequel le vaccin Pfizer ne réduit le risque d'infection symptomatique que de 17% après une dose et 75% (70,5-78,9) après deux doses, selon l'étude menée en population réelle au Qatar.

Bref, on est encore très loin d'un variant échappant à l'immunité vaccinale.

[yves95210]

Public Health England a présenté de premières données d'efficacité en population réelle des vaccins (BioNTech-Pfizer et Oxford-AstraZeneca, indifférenciés dans les résultats annoncés) face au variant B.1.617.2.

Chez les personnes complètement vaccinées (deux doses) le risque d'infection symptomatique est réduit de 81% au lieu de 87% pour le variant B.1.1.7 (anglais).
Après une dose le risque est réduit de 33% au lieu de 51%.

Voici les résultats détaillés par type de vaccin, issus de la prépublication :


Je préfère ne pas chercher à savoir pourquoi l'article que j'ai cité hier ne mentionnait que des résultats tous vaccins confondus, masquant la différence importante entre l'efficacité du vaccin Pfizer et celle du vaccin Oxford-AstraZeneca...
Mais il est possible que l'efficacité du vaccin AZ augmente avec le temps après la deuxième injection plus lentement que celle du vaccin Pfizer (comme c'est le cas après la première) et soit finalement supérieure à ce qu'indique le tableau, car peu d'Anglais avaient déjà reçu leur deuxième dose AZ il y a un mois, et les données portent donc essentiellement sur l'efficacité de ce vaccin 2 à 4 semaines après la deuxième dose.

Quoi qu'il en soit, après la deuxième injection l'efficacité des deux vaccins contre le variant B.1.617.2 n'est que légèrement réduite par rapport à leur efficacité contre le B.1.1.7.

[FabiFlam]

Yves, merci !

[yves95210]

Bonjour,

Selon une nouvelle publication de Public Health England,

[Archi3]

tu as compris comment sont calculés les HR (Hazard ratios) et VE (et Vaccine efficiency) ? en particulier pourquoi les intervalles sur HR sont si grands et que veulent dire des valeurs supérieures à 1 ?

[yves95210]

tu as compris comment sont calculés les HR (Hazard ratios) et VE (et Vaccine efficiency) ? en particulier pourquoi les intervalles sur HR sont si grands et que veulent dire des valeurs supérieures à 1 ?

Pour la VE c'est clair (dans le document) : VE = 1 - (OR_{symptomatic disease} x HR_{hospitalisation})

Le HR est le rapport entre les risques d'hospitalisation des infectés symptomatiques suivant qu'ils sont vaccinés ou non vaccinés. Les valeurs moyennes sont inférieures à 1, mais c'est sans-doute la petitesse de l'échantillon qui conduit à des intervalles aussi grands (et des bornes supérieures de ces intervalles supérieures à 1) : 166 hospitalisés (non vaccinés + vaccinés Pfizer 1 ou 2 doses + vaccinés AZ 1 ou 2 doses) sur les 14000 cas symptomatiques dus au variant delta inclus dans l'analyse; et je suppose qu'il y en a encore moins dus au variant alpha (ce qui conduit à des intervalles encore plus larges) vu que l'étude porte sur la période du 12/04 au 04/06, où le variant delta est devenu prédominant en Angleterre.

[MissJenny]

La notion de hazard ratio vient du modèle de Cox. Ce modèle suppose que les fonctions de risque (hazard functions) - dans ce cas il s'agit du risque d'hospitalisation chez les vaccinés et chez les non vaccinés - sont proportionnelles, et le hazard ratio est le facteur de proportionnalité.