Le débat n'en finit pas sur la sécurité des vaccins à ARN. Alors que la plupart des scientifiques français dans les media assurent que l'ARN des vaccins ne peut pas être intégré dans le génome, des chercheurs du MIT, une prestigieuse université américaine, viennent de démontrer que le SARS-CoV-2 peut s'intègrer au génome par le biais des rétrotransposons LINE-1. Rien ne prouve que cela se produit in vivo, mais cela pourrait expliquer les tests PCR positifs longtemps après l'infection, et peut-être aussi les Covid Longs. Qu'est ce que cela implique pour la sécurité des vaccins Pfizer et Moderna, personne ne le sait... Pour ceux qui parlent anglais, voici un article de la revue Genetic Engineering & Bio technoly news:
https://www.genengnews.com/insights/...ation-results/
voici un traduction, je suis curieux d'avoir vos réactions:
Depuis les premiers jours de la pandémie de COVID-19, la récurrence de tests PCR positifs pour le SRAS-CoV-2 chez des patients qui se sont remis depuis longtemps de leur infection initiale et n'ont pas été réexposés au virus est un mystère qui laisse perplexe.
Deux éminents professeurs de biologie du Whitehead Institute et du Massachusetts Institute of Technology (MIT) - Rudolf Jaenisch, PhD, et Richard Young, PhD, tous deux membres de la National Academy of Sciences - ont été frappés par ce curieux phénomène.
Rudolf Jaenisch, PhD, professeur de biologie, Institut Whitehead, MIT
"Comme nous avons tous deux une expérience des rétrovirus, qui s'intègrent dans le génome dans le cadre de leur cycle de vie normal, nous avons émis l'hypothèse que le SRAS-CoV-2, qui ne s'intègre pas dans le génome dans le cadre de son cycle de vie normal, pourrait être détourné par des éléments transposables de type rétroviral et s'intégrer. Cela pourrait donner lieu à l'expression à long terme de séquences virales, détectables par PCR, en l'absence de virus infectieux", a déclaré M. Jaenisch dans une interview exclusive à GEN.
L'étude qui en résulte, récemment publiée dans les Proceedings of the National Academy of Sciences - "Reverse-transcribed SARS-CoV-2 RNA can integrate into the genome of cultured human cells and can be expressed in patient-derived tissues" - s'appuie sur des questions clés que l'équipe a approfondies dans le cadre d'une préimpression antérieure publiée sur bioRxiv, dans ses tentatives de trouver une solution à ce mystère.
En utilisant trois approches de séquençage indépendantes, Jaenisch et son équipe ont montré la présence de transcrits chimériques humains-viraux dans des cellules HEK293T humaines infectées en culture et dans des tissus dérivés de patients, afin de démontrer que des copies d'ADN de fragments de séquences d'ARN génomique du SRAS-CoV-2 peuvent s'intégrer dans le génome humain et être transcrites en ARN.
Au moins un des mécanismes par lequel cette intégration se produit est l'utilisation d'éléments LINE1, des rétrotransposons autonomes qui peuvent s'insérer (et d'autres séquences) dans des sites génomiques par rétro-codage d'ADN à partir d'une matrice d'ARN (transcription inverse). Les auteurs de Whitehead ont montré la présence de sites de reconnaissance LINE1, consensus ou variants, dans une majorité de séquences d'ADN humain qui flanquent les séquences virales intégrées.
Ces nouvelles découvertes, sans doute aggravées par les pressions de la pandémie, ont suscité un débat animé dans la communauté scientifique.
Gaetan Burgio, MD, PhD, scientifique à l'Université nationale australienne, a codirigé un consortium qui a tenté sans succès de reproduire les travaux antérieurs de l'équipe de Jaenisch.
Burgio a déclaré à GEN : "Les segments de virus insérés dans le génome humain sont plutôt atypiques... une sorte de fragments de virus aléatoires qui se sont attachés à un génome humain, ce qui m'amène à penser que ces séquences sont des artefacts provenant de la préparation de la bibliothèque, de la contamination pendant le processus de PCR et du séquençage. Par exemple, la queue polyA du génome viral est absente de ces séquences et aucune extrémité 3' du génome viral n'a été trouvée dans ces séquences chimériques. L'orientation de l'intégration du génome viral n'a pas de sens pour moi."
Une préimpression bioRxiv récemment publiée suggère également que les transcrits chimériques humains SRAS-CoV-2 détectés par séquençage de l'ARN pourraient être un artefact de la préparation de l'échantillon plutôt qu'une véritable transcription inverse, intégration et expression.
Ellen Foxman, MD, PhD, professeur adjoint au département de médecine de laboratoire de la Yale School of Medicine, a réitéré les mêmes préoccupations. "Mon avis général sur cet article [PNAS] est qu'il s'agit d'une recherche exploratoire, et que si les données suggèrent que des fragments du génome du SRAS-CoV-2 peuvent s'intégrer dans les cellules humaines, d'autres explications sont également possibles, comme l'ont évoqué les auteurs." Le laboratoire de Mme Foxman se concentre sur l'étude des infections virales dans les voies respiratoires. Elle a commenté ici en tant qu'expert non lié à l'étude.
Foxman a ajouté : "La recherche fondamentale exploratoire est très importante à long terme, elle nous aide à mieux comprendre le fonctionnement de notre corps et des virus."
Jaenisch a admis que les conclusions formulées dans le preprint bioRxiv original étaient "malencontreuses" et que les résultats, bien que corrects, n'étaient pas étayés par des preuves solides.
"L'ARN chimérique pourrait être généré de manière artéfactuelle lorsque vous préparez votre bibliothèque d'ADNc pour le séquençage, car la transcriptase inverse saute entre différents modèles. Dans la préimpression, nous n'avions pas de preuve directe de l'intégration de l'ADN [viral] dans le génome. Dans le nouvel article [PNAS], nous avons maintenant des preuves sans ambiguïté que ces séquences virales sont intégrées dans le génome. Le mécanisme le plus courant [pour cela] est ce que l'on appelle la rétroposition médiée par LINE1, qui provient des empreintes de la séquence virale dans le génome. C'est irréfutable. Ils peuvent s'intégrer".
La question clé que Jaenisch et son équipe sondent est de savoir si les séquences virales s'intègrent et s'expriment chez les patients. On ne peut répondre à cette question qu'indirectement, car il est techniquement difficile d'obtenir des preuves directes d'événements d'intégration rares dans l'ADN génomique. L'analyse du "sens" ou de la directionnalité des séquences d'ARN viral transcrites, qui sont présentes en plus grand nombre dans les cellules, fournit des indices importants.
Le matériel génomique du SRAS-CoV-2 est un brin d'ARN à sens positif (5'-3') qui a la même polarité que l'ARNm viral et peut être directement traduit en protéine virale. Lorsque le SRAS-CoV-2 infecte et se réplique dans une cellule hôte, c'est donc le brin positif qui prédomine.
"Nous avons demandé quelle était la quantité de brin moins dans les cellules [infectées]. C'est très peu. Nous nous sommes ensuite demandé comment les brins négatifs pouvaient apparaître. Si les séquences virales s'intègrent dans le génome, elles s'intègrent dans les deux sens. L'analyse de l'ADN montre que c'est 50-50", a déclaré Jaenisch.
Dans les cellules infectées où le virus se réplique activement, le nombre d'ARN viraux à brins courts est de 1 000 ou moins, mais dans les tissus dérivés de patients où il n'y a pas de preuve clinique de réplication virale, jusqu'à 50 % des transcriptions virales sont des brins courts.
"C'était une preuve très convaincante pour deux conclusions : 1) il peut effectivement y avoir ces séquences virales s'intégrant chez les patients et 2) elles peuvent être exprimées", a déclaré Jaenisch. Les auteurs ont détecté des séquences chimériques contenant de l'ARN à moins brin dans des cellules HEK293T humaines infectées et dans des tissus dérivés de patients.
L'une des préoccupations concernant les preuves d'intégration virale obtenues en culture cellulaire humaine est de savoir s'il en va de même dans les organismes vivants. La rareté de l'intégration virale dans les cellules hôtes pose un défi technique pour répondre à cette question. M. Jaenisch a déclaré : "Nous sommes d'avis que l'ARN cellulaire humain fusionné à l'ARN viral de brin moins ne peut avoir d'autre explication. Il y a intégration. L'ARN est plus facile à détecter puisqu'il produit de nombreuses copies, mais pour détecter l'ADN, il faut le voir au niveau de la cellule unique, ce que nous ne pouvons pas faire."
Certains critiques affirment que les niveaux physiologiques de la machinerie de transcription inverse dans les cellules humaines sont très faibles et insuffisants pour l'intégration cellulaire du SARs-CoV-2. Dans leurs expériences sur les lignées cellulaires, l'équipe de Jaenisch a transfecté des cellules HEK293T avec LINE1 avant l'infection par le SRAS-CoV-2 afin d'augmenter la probabilité de détecter des événements d'intégration rares. Cela a incité les critiques à mettre en doute la pertinence biologique des transcrits chimériques détectés.
Burgio a déclaré : "Ces événements d'intégration ont été trouvés dans un contexte de forte surexpression des éléments transposables LINE1, ce qui n'est pas observé dans un contexte réel."
"L'expression de LINE1 est induite dans les cellules soumises à un stress", a contré Jaenisch. "Le stress peut être induit par une infection par un virus, par des cytokines d'exposition, par le vieillissement, dans le cancer. On pourrait donc dire que lorsqu'un patient est infecté par le virus [SARs-CoV-2], il induit LINE1 et cela favorise l'intégration... c'est une possibilité très claire." L'équipe a présenté des preuves soutenant l'induction de LINE1 par l'infection virale. Des résultats analogues ont également été observés par d'autres groupes.
Young ajoute : "Ce qui serait une hypothèse raisonnable ici, c'est que le stress de l'infection virale a élevé le niveau de la transcriptase inverse." L'équipe de Whitehead poursuit ses expériences pour confirmer cette hypothèse.
Richard Young, PhD, professeur de biologie, Institut Whitehead, MIT
La question de savoir s'il existe une spécificité du site d'intégration de ces fragments viraux n'est pas encore résolue, en grande partie à cause des défis techniques. "Ce sont des intégrations rares. Vous ne pouvez pas cloner ces cellules car elles meurent. Vous avez un instantané d'une population. Vous ne pouvez pas faire ici les expériences que vous pouvez faire avec les rétrovirus", a déclaré Jaenisch.
Young ajoute : "Les données préliminaires suggèrent qu'il existe de nombreux sites d'intégration."
Exprimer des inquiétudes
De nombreux débats portent sur la possibilité que ces séquences virales intégrées génèrent un virus infectieux et modifient l'ADN de l'hôte avec des conséquences délétères.
"Aucune preuve n'a été présentée que les événements extrêmement rares proposés dans cet article seraient nuisibles à la santé humaine ou pourraient entraîner la production de virus vivants du SRAS-CoV-2", a déclaré Foxman.
Jaenisch est d'accord et souligne que "le plus gros morceau d'ADN [viral] que nous trouvons représente 5 % du génome viral, soit 1 600 pb. Il n'y a absolument aucun moyen de fabriquer un virus infectieux à partir de ces séquences intégrées."
L'interprétation des tests PCR de diagnostic du SRAS-CoV-2 acquiert toutefois une couche de complexité à la lumière de ces résultats. "La conclusion claire est que si vous êtes positif à la PCR, cela ne signifie pas que vous excrétez du virus et que vous êtes infectieux. Il faut vraiment détecter un virus infectieux pour faire cette affirmation", a déclaré M. Jaenisch.
L'émotion suscitée par cette étude s'explique en grande partie par le débat plus large sur la question de savoir si les vaccins à ARNm pourraient s'intégrer de la même manière dans l'ADN humain, avec des conséquences potentiellement délétères.
Foxman a déclaré : "Un résultat controversé comme celui-ci peut être important pour motiver de nouveaux domaines de recherche qui aboutissent finalement à de grandes découvertes. Cependant, ce serait une erreur de surinterpréter cet article comme ayant une signification pour les soins aux patients ou les vaccins dans la pandémie actuelle."
"Il n'y a absolument aucune raison de croire que l'un des ARNm du vaccin fait la même chose. L'ARNm de la protéine de pointe virale est un minuscule morceau. Les vaccins n'induisent pas les RT de l'élément LINE", a déclaré Young. "Les vaccins protègent contre la possibilité de maladies gravement débilitantes à long terme ou de la mort."
L'agitation autour du preprint Jaenisch/Young soulève également des questions concernant l'utilité des preprints dans le processus scientifique. "Avec le recul, les preprints sont une bonne chose, mais avoir une discussion de révision avec le public d'un article (ce que j'aurais aimé avoir avec les réviseurs) n'est pas quelque chose que je souhaite faire à l'avenir. Si un article qui n'a pas fait l'objet d'un examen par les pairs est publié, je ne pense pas que j'aimerais avoir une discussion publique à son sujet. Et cette discussion a été très traumatisante", a déclaré M. Jaenisch.
Young a ajouté : "La critique scientifique est un élément clé et précieux qui permet aux scientifiques de se faire une idée de la vérité, que ce soit sous la forme d'une préimpression ou plus tard... Dans un environnement chargé d'émotions où certaines observations scientifiques sont utilisées à des fins politiques ou autres, c'est un peu une perversion de ce processus par ailleurs assez naturel et utile."
Les résultats de l'équipe de Whitehead laissent de nombreuses questions sans réponse. "La question clé à laquelle nous n'avons pas de réponse est la suivante : ces séquences intégrées sont-elles traduites ? Si elles sont traduites, elles pourraient être présentées à la surface des cellules et provoquer une réaction immunitaire ou auto-immune." Des études ont montré des niveaux élevés de nouveaux auto-anticorps chez certains patients atteints de la maladie COVID-19.
L'équipe Jaenisch/Young vise à déterminer quels tissus sont susceptibles d'exprimer des séquences virales chez les patients et collabore avec le Brigham and Women's Hospital pour analyser des échantillons de tissus humains.
Young a déclaré : "Les idées qui ne sont pas conformes à la façon dont nous pensons actuellement à un processus sont très précieuses pour explorer une nouvelle compréhension. On ne pensait pas que ces coronavirus avaient les moyens de s'intégrer dans le génome. Nous proposons que cela puisse se produire par un mécanisme qui est médié par LINE1/RT. Cela va naturellement susciter des discussions intéressantes. Nous accueillons cette discussion".
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Envoyé par thich38 
