interféron IFN1: déficit?

[Bounoume]

l' article:
https://www.futura-sciences.com/sant...arqueur-92974/
déficit initial en production d' interféron circulant -> maladie plus grave: facteur pronostique très intéressant
mais c' est la méthode de quantification de l' interféron (un composé protéique, pas un acide nucléique...) que je voudrais comprendre:

Dans cette nouvelle étude, les chercheurs ont mesuré la réponse IFN-I, à partir du même écouvillon que celui utilisé pour le dépistage du SARS-CoV-2 grâce à une technique innovante développée par bioMérieux, le système BIOFIRE® FILMARRAY®. Largement utilisée dans le diagnostic d'autres pathologies infectieuses, cette technologie repose sur un système de PCR multiplex permettant la préparation, l'amplification, la détection et l'analyse des échantillons en environ une heure.

C 'est quoi, cette PCR multiplex?
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[polo974]

Bonjour,
J'ai failli répondre "on le sait depuis me début"...
Mais en fait, là ils ont trouvé le bon outil pour mesuré/corrélé.

Le multiplex, c'est plusieurs amplifications dans le même "jus".

Donc en même temps qu'amplifier/chercher le (bout de) virus, ils le font aussi pour l'IFN1.

[MissJenny]

ça n'est pas une simple PCR parce que la PCR amplifie seulement l'ADN et pas les protéines. En fait je pense que c'est ce qu'on appelle "immuno-PCR" : on accroche à un anticorps une séquence d'ADN, l'anticorps se lie à la protéine recherchée (ici un interféron), les anticorps non liés sont éliminés et une qPCR sert à doser les anticorps restants (liés à la protéine) et donc indirectement à doser la protéine.

[Flyingbike]

En fait non
C’est juste une PCR multiplex, c’est à dire que dans un seul échantillon on essaie d’amplifier et de détecter plusieurs cibles.
En l’occurrence on recherche l’ARN messager codant IFN1

[A voir en vidéo sur Futura]

[Bounoume]

Donc c' est une recherche d' ARNm, précurseurs de l' INF1. Sans rapport direct avec le taux sérique d' INF1. Mais produits dans des cellules trouvées dans le prélèvement nasal?

Et puis, y a un truc pas clair: en cas d' auto-anticorps anti INF1, ces auto-anticorps vont intervenir en aval de la transcription....
ainsi ça ne devrait pas modifier les taux d' ARNm, donc pas de détection du déficit final?

[MissJenny]

Il y a deux techniques pour évaluer l'expression des protéines: la première consiste à doser les transcrits (les ARN), la deuxième à doser la protéine elle-même (transcriptome vs protéome pour faire savant). La première est plus simple mais elle convient plutôt aux protéines qui restent dans la cellule où elles sont produites (puisque les ARN en tout cas n'en sortent pas).

[Flyingbike]

En fait, comme l'a suggéré Bounoume, l'utilisation de la qPCR, détectant les transcrits codant ou non pour des protéines d'intérêt, a une limite majeure comme l'évoque MissJenny : ce n'est pas fonctionnel. Comme il existe de très nombreux mécanismes de régulation entre l'expression d'un messager et l'activité d'une protéine, le signal de la qPCR peut aller de "très corrélé" à "sans aucun rapport" avec la fonction qui nous intéresse. Il est important d'en être conscient.

L'immense avantage, c'est qu'avec un seul prélèvement, même si initialement il est prévu pour autre chose, on peut s'amuser à quantifier une quasi-infinité de transcrits. Cela peut être utile pour récolter des informations de façon rapide, économique et retrospective.