Des coronavirus de chauves-souris très proches du SARS-CoV-2 identifiés au Laos

[khurnous]

Bonjour,

Dernier article du Dc Gozlan faisant le point sur les recherches menées par l'institut Pasteur au Laos

https://www.lemonde.fr/blog/realites...ifies-au-laos/

Bonne lecture
-----

[Resartus]

Bonjour,
Ce qui est le plus intéressant est qu'il ait des journaux pour voir un scoop dans cette information...
Cela fait plus d'un an qu'on sait qu'il y a des virus Covid dans les communautés de chauves souris de chine continentale (et plus proches du variant Wuhan que le pauvre pangolin, accusé bien à tort). On a trouvé aussi des chauves souris porteuses au Cambodge et au Japon, alors le fait qu'il y en ait également au Laos...

P

[Resartus]

Re,
Par contre, contrairement à certains de ses confrères, l'article du Monde semble restituer assez correctement les résultats de l'étude pasteur

[GBo]

Bonjour,

Dernier article du Dc Gozlan faisant le point sur les recherches menées par l'institut Pasteur au Laos

https://www.lemonde.fr/blog/realites...ifies-au-laos/

Bonne lecture

Merci khurnous pour cette news et le billet de blog de qualité !
Il manque juste un lien la publi originale (preprint), le voici:

"Coronaviruses with a SARS-CoV-2-like receptor-binding domain allowing ACE2-mediated entry into human cells isolated from bats of Indochinese peninsula"
https://www.researchsquare.com/article/rs-871965/v1

[A voir en vidéo sur Futura]

[GBo]

A lire également les propos du professeur Marc Eloit, co-auteur de l'article:
https://www.huffingtonpost.fr/entry/...b077b735ec7fd7

Il n'est pas d'accord avec Resartus, pour ce professeur, cette découverte au Laos est un scoop scientifique (qui va certainement faire l'objet d'une publication dans la prestigieuse revue Nature qui est en train de la reviewer). Lisez plutôt:

Des chercheurs de l’Institut Pasteur viennent d’apporter une importante pierre à l’édifice après avoir étudié 645 chauves-souris vivant dans des grottes du Laos. Ils y ont découvert trois coronavirus très proches de celui que nous connaissons si bien, dont l’un des plus similaires jamais analysé.

Surtout, ces virus sont capables d’infecter les cellules humaines, comme Sars-Cov2. Jamais une telle capacité n’avait été observée dans un coronavirus présent chez des chauves-souris en Asie.

Il tente aussi une théorie (réfutable) que je n'avais jamais lue, à savoir que c'est peut-être l'humain, qui après avoir contracté une forme bégnine directement de ces chauves souris, aurait développé la mutation mortifère, bref ce serait lui le pangolin !

“Il est possible que ces virus soient peu pathogènes, circulent et infectent les populations en contact avec les chauves-souris, empêchant une surinfection par des virus plus pathogènes, comme le ferait un vaccin. Il est également possible qu’à force de circuler chez l’homme silencieusement, un tel virus ait acquis, à un moment, un site furine et soit devenu plus pathogène”, détaille Marc Eloit.

[mach3]

Re,
Par contre, contrairement à certains de ses confrères, l'article du Monde semble restituer assez correctement les résultats de l'étude pasteur

Attention, ce n'est pas un article du journal Le Monde, c'est un billet de blog (sans jugement de valeur).

m@ch3

[yves95210]

Attention, ce n'est pas un article du journal Le Monde, c'est un billet de blog (sans jugement de valeur).

Mais quand-même hébergé par le site du Monde, et dont l'auteur est un vrai journaliste scientifique, médecin de formation.
Et (là j'ose un jugement de valeur...) ses billets, que j'ai découverts à l'occasion de la pandémie, sont d'une qualité constante, très bien documentés, avec toutes les références nécessaires. Bref, du vrai bon boulot de journaliste scientifique.

[Flyingbike]

Mais quand-même hébergé par le site du Monde, et dont l'auteur est un vrai journaliste scientifique, médecin de formation.
Et (là j'ose un jugement de valeur...) ses billets, que j'ai découverts à l'occasion de la pandémie, sont d'une qualité constante, très bien documentés, avec toutes les références nécessaires. Bref, du vrai bon boulot de journaliste scientifique.

exact. C'est un des rares journalistes scientifiques digne de ce nom d'ailleurs

[yves95210]

Il tente aussi une théorie (réfutable) que je n'avais jamais lue, à savoir que c'est peut-être l'humain, qui après avoir contracté une forme bégnine directement de ces chauves souris, aurait développé la mutation mortifère, bref ce serait lui le pangolin !

Il me semble avoir déjà vu évoquée cette hypothèse. Elle aurait l'avantage d'expliquer que le virus ait pu circuler a bas bruit courant 2019 (voire avant), et avoir été détecté a posteriori par des tests sérologiques (présence d'anticorps spécifiques) effectués sur des prélèvements réalisés entre autres en France bien avant la date "officielle" du début de la pandémie (cf. https://link.springer.com/article/10...54-020-00716-2), sans pour autant avoir donné lieu à des flambées épidémiques (soit qu'elles n'aient pas été détectées car elles ne causaient pas de cas graves et restaient noyées dans la masse des épidémie dues à d'autres virus respiratoires, soit qu'elles se soient éteintes rapidement à cause d'un taux de reproduction trop faible).

[GBo]

Oui mais celle-là, de théorie, est réfutable en testant les laotiens vivants près des grottes en question pour voir si certains ne sont pas positifs à un virus en tout point semblable au SARS-CoV-2 sauf la furine, c'est du moins ce que je crois comprendre de la suite logique que devrait prendre cette découverte majeure.

[B4lbu]

Je trouve que ce passage :

La totalité des sarbecovirus des espèces chauves-souris capturées au Laos (R. marshalli, R. malayanus, R. pusillus) partagent une caractéristique majeure : ils sont dépourvus d’une séquence particulière, dénommé « site de clivage de la furine », que possède en revanche le SARS-CoV-2 et qui joue un rôle majeur dans la fusion entre les membranes virale et cellulaire, ainsi que dans la transmission du virus. Des chercheurs ont postulé que la présence de ce fameux site de clivage de la furine pouvait avoir été l’objet d’une insertion intentionnelle dans le génome du SARS-CoV-2, autrement dit d’une modification génétique du virus en laboratoire.

fait remarquablement écho à ce passage de la demande de financement d'expériences en labo en 2018 (voir l'autre fil) :

We will analyze all SARSr-CoV S gene sequences for appropriately conserved proteolytic cleavage sites in S2 and for the presence of potential Furin cleavage sites. SARSr-CoV S with mismatches in proteolytic cleavage sites can be activated by exogenous Trypsin or Cathepsin L. Where clear mismatches occur, we will introduce appropriate human-specific cleavage sites and evaluate growth potential in Vero cells and HAE cultures.

Bien sur, on peut estimer que c'est une coïncidence qu'un site de clivage apparaisse par mutation 1 an après la demande de financement de la même expérience en labo...

Il en découle une autre coïncidence : cette cette mutation est apparue (jusqu'à preuve du contraire) dans la ville hébergeant le laboratoire prévu pour mener les expérience ex vivo et in vivo du programme.

[MissJenny]

Les chercheurs de l'Institut Pasteur du Laos avaient déjà montré que les collecteurs de guano de chauve-souris du Sud du Laos étaient fréquemment porteurs d'anticorps réagissant aux antigènes du SARS-CoV2, ce qui suggérait qu'un virus voisin circulait chez les chauve-souris. Maintenant ils ont trouvé ce virus, c'est ce qui est nouveau.

[yves95210]

Oui mais celle-là, de théorie, est réfutable en testant les laotiens vivants près des grottes en question pour voir si certains ne sont pas positifs à un virus en tout point semblable au SARS-CoV-2 sauf la furine, c'est du moins ce que je crois comprendre de la suite logique que devrait prendre cette découverte majeure.

Réfutable à condition de supposer que ce virus n'ait pas été supplanté dans la population en question par le SARS-CoV-2 grâce à l'avantage donné à ce dernier par la présence du site de clivage de la furine.
Le fait qu'il y ait eu aussi peu de cas de Covid détectés au Laos (et encore moins de décès: le CFR y est particulièrement bas), même proportionnellement aux pays voisins(*), pourrait s'expliquer par une immunité acquise grâce à d'anciennes infections d'une grande partie de la population par ce (possible) ancêtre du SARS-CoV-2 : dans ce cas cette partie de la population pourrait avoir été infectée par le SARS-CoV-2 depuis début 2020 sans avoir de symptômes graves et sans que ça ait donné lieu à des tests massifs. Et les anticorps qu'elle possèderait encore seraient ceux spécifiques du SARS-CoV-2 et non ceux de son ancêtre (pour autant qu'il soit possible de les différencier).
Pour réfuter (ou confirmer) cette théorie il faudrait disposer de prélèvements sanguins effectués avant l'automne 2019 et y tester la présence d'anticorps neutralisant ce possible ancêtre du SARS-CoV-2.

Remarque : depuis le début de la pandémie le Laos n'a connu ses deux premières petites vagues qu'en mai puis en juillet-août 2021, sans-doute (à vérifier mais le calendrier concorde) suite à l'introduction du variant alpha puis du delta, qui possèdent des mutations de la protéine S les rendant peut-être plus résistants à l'immunité acquise suite à une infection ancienne par cet ancêtre du SARS-CoV-2.

(*) La Thaïlande, qui compte environ 10 fois plus d'habitants que le Laos, a recensé environ 1000 fois plus de décès dus au Covid. Idem pour le Vietnam (13 fois plus d'habitants que le Laos, 1100 fois plus de décès).

[Tawahi-Kiwi]

Il tente aussi une théorie (réfutable) que je n'avais jamais lue, à savoir que c'est peut-être l'humain, qui après avoir contracté une forme bégnine directement de ces chauves souris, aurait développé la mutation mortifère, bref ce serait lui le pangolin !

C'est une idee que j'avais evoque avec un journaliste qui a interviewe un epidiemologiste thailandais il y a quelques mois en lui demandant si cela pouvait expliquer le (tres) faible nombre de cas dans le nord de la Thailande (et le Laos, et le Vietnam) jusqu'a ce que Delta se pointe (ou c'est reste relativement bas, alors que le sud s'est emballe). Il est difficile de trouver des explications qui sont purement comportementales (ou simplement la chance comme je l'ai cru pendant un moment) apres plus de 18 mois*. Sa reponse etait que c'etait tout a fait possible mais qu'ils n'avaient pas (possiblement pour des raisons politiques) pu explorer la chose, meme si les epdiemologistes du pays ont remarque cette anomalie. Je suis content que quelque chose sorte sur le sujet.

*~10000 cas et quelques dizaines de deces pour quelques millions de personnes, c'est vraiment peu compare a d'autres contrees.

Le fait que le virus connu le plus proche de SARS-CoV-2 se trouve dans la region (sud du Yunnan), le second egalement (Rayong), maintenant le Laos et que les populations locales (indigenes ou emigrees d'ailleurs) semblent peu affectees, c'est qu'il y avait probablement quelque chose a decouvrir.

T-K

[yves95210]

*~10000 cas et quelques dizaines de deces pour quelques millions de personnes, c'est vraiment peu compare a d'autres contrees.

Et 16 décès pour près de 20000 cas confirmés, c'est aussi très peu, surtout sachant que le taux de positivité des tests au Laos est d'environ 5% (https://ourworldindata.org/coronavir...f-the-outbreak), bien supérieur à ce que produit une politique de test systématique (dont le Laos n'a d'ailleurs probablement pas les moyens), et que le nombre de cas est certainement très sous-estimé.
Il faut tenir compte de la pyramide des âges (moins de 4% de 65 ans et plus), qui peut en partie expliquer ce phénomène, mais pas au point de justifier un CFR 10 fois plus faible qu'en Thaïlande, 25 fois plus faible qu'au Vietnam, ou 20 fois plus faible qu'en France. Mais si le Covid est effectivement une maladie moins grave au Laos qu'ailleurs, cela pourrait être dû au fait que sa population était déjà largement immunisée avant le début de la pandémie (j'en parle au conditionnel, mais je ne vois pas d'autre explication, surtout comparé aux pays voisins).

Mais c'est plutôt en faveur de l'hypothèse d'une transmission interhumaine d'un virus ancêtre du (ou apparenté au) SARS-CoV-2, suffisamment proche de lui pour que l'immunité acquise par les personnes qu'il a infectées (leur mémoire immunitaire) les protège bien contre le Covid, mais certainement moins transmissible (sans quoi il aurait déjà donné lieu à une pandémie) et moins virulent (sans quoi des épidémies locales dues à ce virus auraient été suffisamment graves pour être remarquées).

De là à penser que l'évolution de ce virus vers le SARS-CoV-2 s'est produite au sein de la population humaine...

[Tawahi-Kiwi]

Et 16 décès pour près de 20000 cas confirmés, c'est aussi très peu,

Derniere fois que j'ai verifie (2-3 semaines) pour ma province, c'etait 38 deces pour ~7500 cas confirmes (pour 1,8 millions), ce qui est 10x moins que Bangkok par habitant (5500+ deces pour ~350000 cas, pour 8 millions).

De là à penser que l'évolution de ce virus vers le SARS-CoV-2 s'est produite au sein de la population humaine...

Oui, ca c'est un pas supplementaire a franchir pour expliquer certains faits (ou absence de faits); on en est pas encore la mais qui sait...

T-K

[Archi3]

c'est assez évident que vu quand meme la distance génétique entre RaTG13 et le SARS-cov2, quelle que soit l'hypothèse retenue sur l'origine du virus, il doit y avoir des souches naturelles plus proches.

Mais bon, il reste quand même à identifier la souche ancestrale porteuse du site de clivage par la furine, et, si la mutation a eu lieu chez l'humain, expliquer que ce soit pile poil dans la ville où était le laboratoire qui faisait des expériences de GOF sur les souches les plus proches étudiées, que l'épidémie a été détectée.

Mais bien sûr, il n'est pas exclus que ce ne soit qu'une coïncidence.