Info : une étude irait dans le sens d'une origine animale avec un intermédiaire

[Liet Kynes]

Ca laisse supposer qu'ils pouvaient etre contaminés.

Et pour moi c'est à peu près tout, je ne vois pas en quoi ça renforce l'hypothèse d'une transmission animal-> homme par rapport à l'hypothèse inverse homme-> animal.

L'hypothèse inverse n'existe pas. Le schéma c'est origine animal -> hôte intermédiaire (qui est l'endroit de la mutation et qui peut être l'homme ou un animal) -> homme
-----

[MissJenny]

L'hypothèse inverse n'existe pas.

si ça existe et ça a même un nom : spillback (par référence à spillover : le saut d'hôte de l'animal vers l'homme)

[Liet Kynes]

si ça existe et ça a même un nom : spillback (par référence à spillover : le saut d'hôte de l'animal vers l'homme)

Oui mais pour ce cas l'humain était naïf vis à vis de la COVID

[MissJenny]

L'homme peut être hôte intermédiaire entre deux autres mammifères.

[Archi3]

il y a eu indiscutablement une origine animale qui s'est transmise à l'homme. La seule question est de savoir si elle est passée transitoirement par une culture en laboratoire entre les deux, dans laquelle elle aurait acquis des mutations la rendant plus virulente (site de clivage de la furine et affinité particulière pour les récepteurs ACE2 en particulier), ou pas.

[polo974]

Pourquoi vouloir à tout prix associer passage en labo et acquisition de mutations la rendant plus virulente ?

Un prélèvement d'un échantillon "sauvage" virulent a pu passer par le labo pour analyse et s'en évader...

Ça fait bientôt 3 ans qu'on chipote sur le sujet sans vraiment savoir grand chose... pauvres mouches...

[Bounoume]

Un prélèvement d'un échantillon "sauvage" virulent a pu passer par le labo pour analyse et s'en évader...

enfin..... l'hypothèse tout à fait possible, survenant dans un quelconque labo d'analyses vétérinaires, d'hygiène, ou autres.....
Évènement bien plus probable que la manipulation génétique en labo P3 ou P4......
Mais pas très médiatique....

Et dans ce cas, il est tout à fait probable que le virus n'ait pas été identifié comme à risque de contamination humaine*, et alors certain qu'il n'aura pas été séquencé......
donc évènement quasi impossible à retrouver.....


**voire pas reconnu ni identifié correctement.... mais dire ça c'est pas gentil pour l'équipe qui était payée pour analyser le prélèvement..............;

[Archi3]

Tout est possible , c’est juste qu’il y a des éléments qui plaident plus en faveur de la manipulation de laboratoire qui aurait mal tourné , qu’on a déjà évoqué plusieurs fois, en particulier la coïncidence géographique avec le WIV et l’absence d’identification d’animaux sauvages porteurs. Ce ne sont pas des preuves, c’est juste une question encore ouverte.

[Deedee81]

Salut,

pauvres mouches...

Elles attrapent aussi le covid ?
(j'ai très bien compris mais on est dimanche )

[yves95210]

Bonjour,

Pour ceux que ça intéresse,

The preprint reporting the results from 923 environmental and 457 animal samples from the Huanan Seafood market has been extensively revised, expanded and polished. The raw genomic data is also publicly available.
http://chinaxiv.org/abs/202303.10351
I enjoyed reading it. The write-up is nuanced and much clearer, and there's a lot of information to digest, even if there's no smoking gun either way. The samples may have been collected too late (January) to capture a clear pattern that may inform on the origin of SARS-CoV-2.
In short, none of the animal samples analysed were found to be infected with SARS-CoV-2. There is evidence for a large number of wild and domestic animals at the market (including many susceptible to SARS-CoV-2), but no obvious pattern of mammalian and viral co-occurrence.

(source)

[Archi3]

du coup le titre du fil me parait plutot douteux ....

[yves95210]

Bonjour,

Je signale la prépublication d'une étude "Association between SARS-CoV-2 and metagenomic content of samples from the Huanan Seafood Market" qui pourrait servir de point final à cette histoire... En voici l'abstract :

The role of the Huanan Seafood Market in the early SARS-CoV-2 outbreak remains unclear. Recently the Chinese CDC released data from deep sequencing of environmental samples collected from the market after it was closed on January-1-2020 (Liu et al, 2023). Prior to this release, Crits-Christoph et al (2023) analyzed data from a subset of the samples. Both studies concurred that the samples contained genetic material from a variety of species, including some like raccoon dogs that are susceptible to SARS-CoV-2. However, neither study systematically analyzed the relationship between the amount of genetic material from SARS-CoV-2 and different animal species. Here I implement a fully reproducible computational pipeline that jointly analyzes the number of reads mapping to SARS-CoV-2 and the mitochondrial genomes of chordate species across the full set of samples. I validate the presence of genetic material from numerous species, and calculate mammalian mitochondrial compositions similar to those reported by Crits-Christoph et al (2023). However, the number of SARS-CoV-2 reads is not consistently correlated with reads mapping to any non-human susceptible species. For instance, 14 samples have >20% of their chordate mitochondrial material from raccoon dogs, but only one of these samples contains any SARS-CoV-2 reads, and that sample only has 1 of ~200,000,000 reads mapping to SARS-CoV-2. Instead, SARS-CoV-2 reads are most correlated with reads mapping to various fish, such as catfish and largemouth bass. These results suggest that while metagenomic analysis of the environmental samples is useful for identifying animals or animal products sold at the market, co-mingling of animal and viral genetic material is unlikely to reliably indicate whether any animals were infected by SARS-CoV-2.

[Archi3]

Bonjour,

Je signale la prépublication d'une étude "Association between SARS-CoV-2 and metagenomic content of samples from the Huanan Seafood Market" qui pourrait servir de point final à cette histoire...

tu me parais bien optimiste
en revanche ça me fait penser que pendant l'épidémie en France, les abattoirs étaient des lieux où on rencontrait beaucoup le virus, probablement parce qu'il était mieux conservé dans des conditions de froid. Ca pourrait expliquer l'association avec des poissons (si la chaine du froid est bien respectée dans ces marchés aux poissons , ce qui reste à vérifier, ceux que j'ai vu en Indonésie n'avait pas beaucoup de glace ...)

[yves95210]

tu me parais bien optimiste

Je parlais juste de l'histoire de la corrélation entre la présence de chiens viverrins (non infectés...) et la présence du virus, et du papier à l'origine de ce fil. Si on s'en tient à ce type de corrélation mais qu'on l'établit pour toutes les espèces d'animaux (morts ou vivants) présentes sur le marché, les données peuvent aussi bien permettre de conclure que l'hôte intermédiaire est un poisson-chat mort .
En fait la seule espèce présente dans tous les recoins du marché où le virus a été détecté doit être l'humain...

[MissJenny]

ce qui avait fait soupçonner le marché c'est le fait que la volaille et certains mammifères y sont amenés vivants. Contrairement à une bactérie, un virus ne peut se répliquer que dans des cellules vivantes. Des poissons morts peuvent porter un virus, et même un virus infectieux (certains préfèrent éviter de dire "vivant" pour les virus) mais le virus ne peut pas y proliférer et encore moins recombiner avec un virus provenant d'un autre animal.

[Archi3]

bien sur, il est tout à fait possible que le virus ait été apporté par l'homme et simplement transmis et conservé dans des animaux dans des conditions convenables (froid et humidité en particulier).

[yves95210]

Des poissons morts peuvent porter un virus, et même un virus infectieux (certains préfèrent éviter de dire "vivant" pour les virus) mais le virus ne peut pas y proliférer et encore moins recombiner avec un virus provenant d'un autre animal.

Je plaisantais

[MissJenny]

je ne répondais pas précisément à ta plaisanterie. Je voulais dire que si on souçonne les poissons d'être le réservoir de ce virus, alors il n'est pas besoin que le saut d'hôte se soit passé dans ce marché. Un marché de ce type (avec des animaux vivants) est un bon écosystème pour la propagation d'un virus, mais s'il s'agit d'animaux morts il ne l'est pas spécialement.