Info : une étude irait dans le sens d'une origine animale avec un intermédiaire

[pm42]

Bonjour,


D'après l'étude en preprint pour Nature, Le passage se serait fait de la chauve-souris vers un hôte intermédiaire, notamment le chien viverrin une sorte de raton-laveur avant de passer à l'homme.

https://www.researchsquare.com/article/rs-1370392/v1
https://www.science.org/content/arti...sing-sequences

Pour les abonnés, on a un résumé en français ici : https://www.lemonde.fr/sciences/arti...5_1650684.html

P.S : je n'ai pas d'opinion, je transmets juste ce que disent des scientifiques.
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[Bounoume]

le résumé en français .... n'est pas clair sur la provenance des séquences.....

ces séquences portaient sur des échantillons prélevés début 2020 dans le marché Huanan de Wuhan.

ceci est du baratin non informatif, et est suivi par une interprétation hâtive....
pour y voir clair, il faut lire l'article en anglais: marché
science.org indique qu'il s' agit de simples prélèvements de l'environnement (écouvillonnages) du marché aux fruits de mer de Wuhan... où on vendait toutes sortes de viandes... et que dans certains échantillons on a trouvé des séquences de virus, et des séquences d'animaux

The analysis presented to the WHO panel this week now suggests some coronavirus-positive samples collected contained DNA or RNA from raccoon dogs, civets, and other mammals now known to be highly susceptible to SARS-CoV-2.

Avec la petite histoire de non-dits chinois pour le moins très maladroits... et les interprétations possibles du fait réel...

l'article en français du Monde dit un peu vite :

De nouvelles données génétiques relancent l’hypothèse d’une origine zoonotique de la pandémie de Covid-19, en documentant la présence dans un marché de la ville chinoise de Wuhan de traces ADN de chien viverrin, de civette et d’autres mammifères

.
entre la contamination initiale du marché par un racoon, par une civette ou autre, infectés par un virus lui-même issu exclusivement de passages entre animaux, ou virus avec aussi hôte humain? ...
ou la contamination initiale par un humain.... mais qui aurait trouvé accidentellement 'son' virus chez racoon, chauve souris ou autre.... ou bien ....ssu d'une vilaine expérience complotiste de 'gain de fonction'?
qui peut affirmer péremptoirement?
ma seule conclusion: le marché est sûrement intervenu dans la diffusion du virus....

[ArchoZaure]

Non mais rien de nouveau.
Cette hypothèse a déjà été évoquée en Aout 2022.

Le Covid-19 est bien né dans un marché aux animaux vivants de Wuhan, assurent de nouvelles études scientifiques.
Chiens viverrins et visons, élevés par millions pour leur fourrure, ont transmis le virus à l’humain.

https://reporterre.net/A-l-origine-d...arche-de-Wuhan

[MissJenny]

Non mais rien de nouveau.
Cette hypothèse a déjà été évoquée en Aout 2022.

l'hypothèse et les données sont anciennes mais l'analyse est nouvelle.

[A voir en vidéo sur Futura]

[agitateur]

J'avais zappé le fait que la Chine aurait initialement renié l'idée selon laquelle le marché vendait "de tout", y compris ( l'article en anglais en italique ):

China denied the market traded in live mammals until a June 2021 paper documented their sale for 2 years preceding the pandemic.

Je suis passé sur ce marché maintenant connu début 2019, et je peux confirmer qu'il y avait toutes sortes de bestioles ( vivantes ) que je ne saurai même pas identifier ( en plus de mes trop maigres connaissances en animaux exotiques, quand un truc est en boule dans sa cage ou replié dans l'aquarium...hum ). J'avais vu un peu la même chose mais de manière atténuée à Guilin et Changsha, mais en tout cas cette partie centrale ( centre sud est au niveau géographique ) de la Chine illustre le mieux le proverbe chinois qui dit en gros ( je sais plus exactement mais l'idée est là ) que les chinois mangent tout ce qui nage, tout ce qui rampe, ce qui a 4 pieds ( sauf les tables ) ou plus ou moins de pieds, et tout ce qui vole ( sauf le dragon car il n'existe pas ).

[Archi3]

si on ne peut pas faire la différence entre une contamination de l'animal vers l'homme ou l'inverse, de l'homme vers l'animal, je ne vois pas trop pourquoi ça irait plus dans le sens d'une originale animale que dans celui d'une origine humaine, mais j'ai peut etre loupé un point de l'analyse ?

[Avatar10]

Archi vous allez vous faire taper sur les doigts...
Perso, la première chose qui m'est venue, c'est le biais de confirmation.....on blâme, à tort ou à raison, le fait que ce qui vient des chinois est à prendre avec de grosses pincettes, et là...non...pourtant quand on voit les auteurs de l'étude...même si en pré-print et regardé par d'autres...

[agitateur]

c'est le biais de confirmation.....

On peut voir le biais de confirmation d'un autre point de vue:
Qui ( et donc à quel endroit du monde ) à le plus de chance d'avoir une batterie d'échantillons de labo ayant été prélevé dans le coin de Wuhan ?

[Archi3]

Archi vous allez vous faire taper sur les doigts...
Perso, la première chose qui m'est venue, c'est le biais de confirmation.....on blâme, à tort ou à raison, le fait que ce qui vient des chinois est à prendre avec de grosses pincettes, et là...non...pourtant quand on voit les auteurs de l'étude...même si en pré-print et regardé par d'autres...

y a un petit loup quand même : les chercheurs ont identifié l'ADN de plusieurs animaux susceptibles d'avoir abrité une forme intermédiaire : chiens viverrins, civettes... sauf que c'est comme les "vraies religions", deux c'est déjà trop . Il est impossible que le même virus ait muté deux fois de la même façon dans deux animaux différents; donc si c'est pris comme un indice fort que N types d'animaux étaient contaminés, alors au moins (N-1) ont dû être contaminés de façon secondaire, ce qui ne permet certainement pas d'exclure que les N l'aient été ... (c'est comme les "vraies" religions, y en a au moins N-1 de fausses ...)

[MissJenny]

A mon avis ça peut signifier que ce virus précurseur du SARS-Cov2 était suffisament généraliste pour circuler dans la communauté des mammifères (surtout de l'ordre des Carnivores) présents dans ce coin de la Chine. Je ne vois pas où est le problème.

[Archi3]

A mon avis ça peut signifier que ce virus précurseur du SARS-Cov2 était suffisament généraliste pour circuler dans la communauté des mammifères (surtout de l'ordre des Carnivores) présents dans ce coin de la Chine. Je ne vois pas où est le problème.

il n'y a aucun "problème", c'est juste que ça ne plaide pas plus pour une origine animale que pour une origine humaine : si les animaux peuvent être contaminés par le virus, il n'y a pas plus de probabilité qu'ils aient été contaminés sur le marché par un autre animal que par un humain (il est même plus probable que des animaux différents aient été manipulés par des humains que mis dans la même cage ...)

Ce serait évidemment très différent si on avait identifié une souche "pré humaine" dans un animal sauvage, mais ce n'est pas ce qui est rapporté.

[MissJenny]

sauf qu'il s'agit de prélèvement du début de l'année 2020, donc au début de l'épidémie humaine. Ce serait étonnant que le virus venant de l'Homme se soit adapté très rapidement à plusieurs hôtes différents. Il me semble plus probable que ce virus ait circulé depuis (plus ou moins) longtemps chez les Carnivores sans qu'il ait été détecté, avant de passer à l'Homme.

[Archi3]

Ça me parait au contraire très improbable sinon pourquoi ne l’aurait on trouvé que dans des échantillons du marché de Wuhan ? Sauf erreur tous les animaux contaminés détectés ont été attribués à des contaminations humaines . C’est bien le souci avec cette hypothèse justement

[MissJenny]

Tu as peut-être raison (sur le fait que c'est des contaminations homme -> animal). Il faudra que je lise l'article de Florence Débarre pour me faire une idée.

[Archi3]

Si j'ai bien compris, la chose qu'ils ont trouvé étaient la présence simultané d'ARN de virus et d'ADN d'animaux "sensibles" (chiens viverrins, civettes) dans des échantillons récoltés sur le marché. Mais il n'y a aucun animal vivant ou mort qui a été diagnostiqué porteur du virus.

Ca prouve que ces animaux étaient présents sur le marché.

Ca laisse supposer qu'ils pouvaient etre contaminés.

Et pour moi c'est à peu près tout, je ne vois pas en quoi ça renforce l'hypothèse d'une transmission animal-> homme par rapport à l'hypothèse inverse homme-> animal.

[Flyingbike]

Ce qu'on apprend dans ce papier c'est seulement (à peu près) qu'une majorité des échantillons environnementaux étaient positifs mais qu'aucun prélèvement sur animal ne l'était. Pas grand chose de plus.

A titre personnel, je trouve cela surprenant, mais si ces données sont correctes (on apprend malheureusement à se méfier plus des papiers chinois que des autres, tout domaine confondu) je ne vois pas en quoi cela favorise une origine plutôt qu'une autre.

[yves95210]

Salut,

Ci-dessous un communiqué de GISAID au sujet des données en question et de la (pré)publication de leur analyse par F. Débarre & al. qui a donné lieu à ce buzz :

The China CDC submitted additional sequences to GISAID that were obtained early in the pandemic, including raw data. Unlike current data from viruses that are circulating and evolving, these new data originated from environmental samples collected more than three years ago.

It is GISAID’s understanding that after the China CDC submitted a first draft of their analysis to a major scientific journal, a first peer-review process yielded the request for more and improved data. The China CDC complied and provided the reviewers with improved and additional sequence data as part of a manuscript currently under review.

At the same time, some GISAID users accessed and downloaded an incomplete portion of these data. GISAID’s terms of use explicitly permit users to collaborate with other GISAID users on analyses of this data.

However, if GISAID users were to publish an analysis of this un-published data before the data generators’ own publication is released (especially, if they had knowledge the data generators submitted their own manuscript for publication), such an act would amount to scooping. Not only could this “distort[] scientific progress[,]” it could negatively impact the quality of scientific work. See Pearson, H. It's a scoop!. Nature 426, 222–223 (2003). Doing so would also run afoul to GISAID’s Database Access Agreement, which calls on the user to make best efforts to collaborate with the data generators and involve them in such analyses and further research using such data.

Unfortunately, GISAID learned that select users published an analysis report in direct contravention of the terms they agreed to as a condition to accessing the data, and despite having knowledge that the data generators are undergoing peer review assessment of their own publication. When GISAID sought confirmation from the data generators whether best efforts to collaborate have been made in this case, GISAID was advised that a group of researchers contacted the data generators to communicate only their intent to publish their analysis of the generators’ data. As such, the best efforts requirement has not been met. GISAID communicated the above-stated observations to these users on 14 March 2023 and provided them with the opportunity to comment, but did not receive a reply as of this writing.

Je suis tombé sur ce communiqué via un fil de F. Balloux, qui commentait dans un premier temps (17 mars) l'article paru dans la presse le 16 mars, avant que l'étude de F. Débarre et al. soit mise en ligne, puis, après la publication de l'étude, conclut ainsi :

My expectations weren't sky high but it still manages to underwhelm. Besides confirmation of the presence of farmed mammals at the Hubei seafood market (which was well established before), there is no new information in there.

[MissJenny]

mince! Florence Débarre, outre ses travaux de recherche, est connue pour ses prises de position sur les questions d'éthique de la recherche, et je vois qu'on lui reproche d'avoir soumis un papier à partir de données non publiées... j'espère que la situation sera éclaircie...

[yves95210]

mince! Florence Débarre, outre ses travaux de recherche, est connue pour ses prises de position sur les questions d'éthique de la recherche, et je vois qu'on lui reproche d'avoir soumis un papier à partir de données non publiées... j'espère que la situation sera éclaircie...

Selon F. Débarre et ses collègues (dans les "introductory remarks" de leur papier), elle l'est déjà.

Mon impression est qu'ils se sont laissés instrumentaliser, volontairement ou non. Le fait que leur analyse ait été rendue publique prématurément par l'OMS (ce qui les a ensuite obligés a mettre en ligne un rapport qui n'était pas destiné à la publication, cf. ci-dessous) est probablement lié au contexte politique : quelques jours avant, diverses institutions ou services de renseignement américains avaient communiqué publiquement leur (nouvelle) opinion selon laquelle l'origine de la pandémie serait probablement une fuite du labo de Wuhan...

Some of the information contained in this report was initially communicated to the World Health Organization (WHO) on 11 March 2023 (PST), and presented to the WHO’s Scientific Advisory Group on the Origin of Novel Pathogens (SAGO) on 14 March 2023. This report is not intended for publication in a journal.

[B4lbu]

Bonjour,
Il y a pas mal de réponses dans la conférence du patron de l'OMS du 17/03, concernant ce papier et ses données :
transcription

Notamment (traduit en français) :

Ces données auraient pu et auraient dû être partagées il y a trois ans. Nous continuons d'appeler la Chine à faire preuve de transparence dans le partage des données, à mener les enquêtes nécessaires et à partager les résultats. Comprendre comment la pandémie a commencé reste un impératif à la fois moral et scientifique.

À l'heure actuelle, plusieurs hypothèses doivent être examinées, notamment la manière dont le virus est entré dans la population humaine, soit d'une chauve-souris via un hôte intermédiaire, soit via une violation de la biosécurité ou de la biosécurité d'un laboratoire, et nous n'avons pas de réponse définitive sur la façon dont la pandémie a commencé.

Ce que suggèrent les résultats mis à jour qui nous ont été présentés et, encore une fois, ce sont des résultats qui nous ont été présentés par des chercheurs internationaux qui ont téléchargé ces données, c'est, premièrement, qu'il existe des preuves moléculaires que des animaux ont été vendus sur le marché de Huanan, et c'est une nouvelle information. Et, deuxièmement, que l'ADN qui a été identifié incluent un certain nombre d'animaux différents, y compris ces chiens viverrins. Et d'après d'autres études, nous savons que les chiens viverrins sont sensibles à l'infection par le SRAS-CoV-2.
Donc, nous devons préciser que le virus n'a pas été identifié chez un animal sur le marché ou dans des échantillons d'animaux du marché, et nous n'avons pas non plus trouvé les animaux qui ont infecté les humains. Ce que cela fait, c'est fournir des indices. Il fournit des indices pour nous aider à comprendre ce qui a pu se passer.

[Archi3]

Les indices sont plutot maigres, patron

[yves95210]

Les indices sont plutot maigres, patron

Surtout que...

ce sont des résultats qui nous ont été présentés par des chercheurs internationaux qui ont téléchargé ces données, c'est, premièrement, qu'il existe des preuves moléculaires que des animaux ont été vendus sur le marché de Huanan, et c'est une nouvelle information. Et, deuxièmement, que l'ADN qui a été identifié incluent un certain nombre d'animaux différents, y compris ces chiens viverrins.

... il n'y a que pour l'OMS que c'est un scoop (cf. le message d'agitateur du 20/3)

Mais évidemment on manquait de preuve "scientifique" de ces faits : les gens (locaux ou de passage) ayant fréquenté ce marché auraient pu confondre des poissons morts avec des mammifères vivants ou des chiens viverrins avec des ratons-laveurs...

[agitateur]

il n'y a pas que les marchés.

A Guilin, toujours début 2019, il y avait par exemple certaines artères ( rues ) avec plusieurs restau dont les cages et les aquariums sont sur le trottoir, c'est dur de les zapper. Dans les cages il y avait parfois pas que du galinacé, mais aussi du poilu en boule dur à identifier. Il s'agit du vivier dispo pour repas ( plat à la carte et plat cher ) mais je ne suis pas sinophone pour décrypter ce qui était affiché au menu.
La concentration et la proximité des cages et des manipulateurs humains n'est cependant pas celle des marchés dédiés.

Il y a aussi les pratiques plus discrètes, et certainement assez rares et / ou destinées à une élite qui seule peut se le payer. Le singe vivant fraichement trépané sur lequel on verse de l'huile bouillante ( cervelle en friture ). Ou le pénis de tigre macéré à l'alcool, pour revigorer les ardeurs de Monsieur. Pendant que M. soigne sa diététique choisie, madame fera de même bien entendu: la consommation de concombre de mer assurerait une parfaite lubrification du réceptacle de la vigueur de Monsieur ( c'est assez cher aussi cependant ).

Je ne porte aucun jugement sur les habitudes alimentaires, non même consommons de la grenouille et de l'escargot, ce que ne font pas 80% de la population qui pourrait y avoir accès.

Par contre, on ne peut pas oublier que dans certains contrées, il existe une proximité entre des bestioles "sauvages" et la population, chose qu'un esprit purement occidental et non voyageur ne pourra pas saisir.

Il est certain aussi que si les inspecteurs OMS se contentent d'investiguer les cantines du Hilton de réception pour leur séjour, il risquent fort de passer à côté de qq chose. Parfois, il suffit de descendre dans la rue comme un quidam, mais visiblement ce n'est pas à portée de tout le monde.

[Archi3]

ce n'est pas le rôle des inspecteurs de l'OMS d'inspecter les marchés et les pratiques des populations , c'est celui des chinois.

On sait très bien que les conditions de vie et les habitudes alimentaires des chinois favorise les transmissions d'animal à homme et que c'est un risque (d'ailleurs la plupart des épidémies de grippe A viennent d'Asie). L'hypothèse d'une transmission naturelle est évidemment tout à fait possible, y a pas besoin d'inspecteurs de l'OMS pour le savoir. Ce qu'il reste à faire, c'est identifier quel animal précisément et quelle souche peut en être l'origine , comme on l'a fait pour le SARS 1 et la civette. Ca ce n'est pas les inspecteurs de l'OMS qui vont le trouver sur place, il faut un travail de terrain bien plus long et fastidieux.

Après il y a une autre hypothèse, celle de la fuite, dont la probabilité n'est pas non plus nulle et qui est considérablement renforcée par la proximité du WIV du marché. C'est pas une preuve, c'est juste une autre possibilité qu'il faut investiguer aussi, et ça c'est le boulot des inspecteurs de l'OMS, en particulier pour vérifier les conditions de sécurité des labos de virologie et si possible obtenir des infos sur le début de l'épidémie.

[MissJenny]

Je viens de lire le papier. Effectivement il s'agit simplement de la présence de certains mammifères sauvages dans ce marché, et il n'y a pas de preuve qu'ils étaient infectés. On voit quand-même que les zones dans le marché où ces animaux ont été détectés correspondent aux zones où du virus a été détecté, ce qui laisse supposer que c'est bien les animaux qui portaient le virus, puisque les humains eux ne sont pas a priori cantonnés dans un secteur du marché.

[Flyingbike]

Je viens de lire le papier. Effectivement il s'agit simplement de la présence de certains mammifères sauvages dans ce marché, et il n'y a pas de preuve qu'ils étaient infectés. On voit quand-même que les zones dans le marché où ces animaux ont été détectés correspondent aux zones où du virus a été détecté, ce qui laisse supposer que c'est bien les animaux qui portaient le virus, puisque les humains eux ne sont pas a priori cantonnés dans un secteur du marché.

Enfin quelqu'un qui a vu les données publiées !

Si les animaux étaient porteurs, ils ne seraient pas tous sortis négatifs ?

[MissJenny]

En fait ce qui a été analysé c'est des séquences d'ADN et d'ARN issues de prélèvements dans l'environnement : des swabs pris sur des étals, murs ou sols et des échantillons d'eaux usées. De l'ARN viral a aussi été trouvé dans ces mêmes échantillons, mais il est difficile de faire le lien entre virus et mammifères.

[Flyingbike]

De quels résultats parles tu ?

[yves95210]

Une analyse détaillée des deux documents (la prépublication chinoise et le rapport de F. Débarre et al.) par quelqu'un du métier. OK, c'est un fil twitter, mais ça me semble assez objectif, sans polémique.

Au passage, ça répond à une question que je me posais après avoir parcouru le rapport (mais sans avoir lu la prépub chinoise) :

Chinese CDC collected samples throughout market, but focused on southwest corner where animals sold. Because sampling focused on southwest corner, both negative (green) and positive (orange) environmental samples were mostly from that part of market.

Ce qui fait qu'on ne peut rien conclure de la constatation suivante :

On voit quand-même que les zones dans le marché où ces animaux ont été détectés correspondent aux zones où du virus a été détecté

[MissJenny]

il y a quand-même quelques échantillons en dehors du coin sud-ouest, et justement dans ces échantillons la concentration en ARN viral est plutôt faible. Mais c'est vrai que les auteurs ont représenté la répartition de cette concentration dans l'espace à l'aide d'un estimateur à noyau, et c'est une méthode qui cache bien des choses. Il aurait été intéressant d'analyser les échantillons ne contenant pas d'ARN du SARS-CoV2, mais je crois que les séquences n'étaient pas disponibles.