Evolution par transfert horizontal de l'information génétique

[invité576543]

Tu aurais un lien?

Cet excellent papier dont le lien m'a été fourni par Piwi, cf. http://forums.futura-sciences.com/bi...ml#post2707183
-----

[JPL]

Le pdf dont tu as donné le lien me semble très intéressant et sérieusement discuté. Cela fait pas mal de temps que ma petite tête a accepté la possibilité de transferts horizontaux et les implications (+ complications) dans l'évolution et dans la reconstruction des arbres. Cela n'a par contre aucune influence sur la sélection naturelle qui continue à s'exercer de la même manière quel que soit le mécanisme de la variation génétique.

Simplement il faut ajouter un autre mécanisme au seul qui était connu : la mutation aléatoire. Je m'étonne qu'il y ait eu une résistance des spécialistes de l'évolution et de la phylogénie à cette idée. Cela complique simplement la construction d'arbres de parcimonie basés sur un gène.

[invité576543]

Note que les méthodes pour les mettre en évidence sont délicates, on en saura plus quand le décodage sera rendu une routine y compris chez les paléoespeces. Cela dit, la difficulté de mettre les plantes dans un arbre n'est-elle pas une évidence indirecte?

Possible. Selon ce qu'on entend par transmission horizontale.

Par exemple, m'intéressant un peu aux fougères (dans le cadre du jardinage), j'ai été frappé par le fait que les hybridations rend même la classification en espèces difficile. Un phénomène de ce genre lors d'une spéciation ancienne se traduisant maintenant par un débranchement de l'arbre ne peut pas simplifier l'établissement de la phylogénie !

[invité576543]

(...) quel que soit le mécanisme de la variation génétique
Simplement il faut ajouter un autre mécanisme au seul qui était connu : la mutation aléatoire.

Et encore... Le transfert horizontal ne crée pas de nouveaux gènes, mais des nouvelles combinaisons de gènes. Plus proche de la procréation sexuée (et en particulier de la recombinaison) que des mutations.

Si on se place à l'échelle du gène, on ne connaît toujours que les imprécisions de copie !

[A voir en vidéo sur Futura]

[JPL]

Si : cela constitue une source de modification génétique de l'individu avec, éventuellement, l'apparition d'une nouvelle fonction qu'il n'avait pas, ou la modification d'une fonction existante.

[invite6c250b59]

Simplement il faut ajouter un autre mécanisme au seul qui était connu : la mutation aléatoire.

Là où tu ne vois qu'un simple ajout aux sources de modification génétique, je vois plutôt un changement potentiel de paradigme. Par exemple cela signifie que le fitness d'un gène ne doit pas être calculé uniquement via la descendance des individus portant ce gène, mais sur potentiellement tout être vivant capable d'accepter l'insertion de ce gène. Le changement du mode de calcul du fitness, un simple ajout???

Une autre conséquence est qu'il y aurait une pression de sélection vers l'homogénéité génétique. Autrement dit, les lignées pratiquant d'avantage le transfert horizontale serait plus proches, ce qui pourrait expliquer qu'elles peuvent s'hybrider.

les hybridations rend même la classification en espèces difficile.

N'est-ce pas?

PS: Merci à toi et piwi pour le lien.

[invite986312212]

d'accord avec Jiav: le transfert horizontal étant densité-dépendant, s'il s'avère important ça change un peu la perspective. Par exemple une mutation favorable pourrait se répandre beaucoup plus vite qu'attendu sans transfert horizontal.

[invité576543]

Une autre conséquence est qu'il y aurait une pression de sélection vers l'homogénéité génétique.

C'est le genre de phrase que je ne comprends pas (pas si rare avec la notion de "pression de sélection") : la notion même de sélection naturelle va dans le sens de l'homogénéité génétique ! Va-t-on dire que la sélection naturelle est une pression de sélection vers l'homogénéité génétique

Ce sont plutôt des mécanismes allant dans le sens de l'homogénéisation génétique (ce qui est d'ailleurs un effet opposé à celui des mutations, raison de plus pour y voir des mécanismes peu comparables).

Plus généralement, j'aimerais bien avoir un jour une définition de "pression de sélection" autre que "cause de sélection définie et démontrée par l'existence de la sélection qu'elle cause" .

Plutôt que de parler de "pression de sélection", vaudrait peut-être mieux expliquer en l'espèce ce qui est "sélectionné". Penses-tu à une sélection Müllerrienne contre les mutations qui feraient diverger les mécanismes fondamentaux jusqu'à rendre les transferts horizontaux inopérants (genre de "barrière de transferts horizontaux", à l'instar des barrières d'espèces) ? Ou de sélection positive de mécanismes favorisant les transferts horizontaux (à l'instar de ce qui a bien dû se passer pour l'installation de ce mécanisme de transfert horizontal particulier appelé "procréation sexuée") ?

[invité576543]

ça change un peu la perspective.

Cela pourrait la changer même beaucoup. Je reviens aux aaRs : vu la quantité de transferts horizontaux nécessaires pour expliquer les arbres des différents aaRs, on peut se demander si la stabilisation et l'optimisation des mécanismes du code génétique n'a pas été une sorte "d'effort collectif" (via les transferts horizontaux) plutôt qu'une élaboration le long d'une lignée linéaire particulière (avec peut-être une rétro-action positive --peut-être un exemple de sélection positive au sens de mon message précédent--, puisqu'avoir un code génétique identique est une condition nécessaire aux transferts horizontaux !).

Point important : il pourrait y avoir des aaRs actuels qui ne seraient pas "passés" par LUCA, mais par des cellules contemporaines à LUCA.

Spéculation osée : ce serait parce que l'optimisation des mécanismes du code génétique auraient été élaborée par "effort collectif" que les transferts horizontaux sont restés possibles ensuite !

LUCA ne serait pas une cellule aboutissement d'une lignée particulière peaufinant les mécanismes fondamentaux qu'on trouve actuellement dans tout le vivant, mais juste une parmi une collectivité de lignées progressant entre autres par transferts horizontaux.

C'est un pas petit changement de perspective...

[invite6c250b59]

la notion même de sélection naturelle va dans le sens de l'homogénéité génétique !

Au sein d'une lignée certes, mais pas entre des lignées différentes (du moins selon le néodarwinisme traditionnel). Reformulation: l'existence de transferts horizontaux implique une une pression de sélection vers l'homogénéité génétique entre des lignées différentes, ce que ne prévoit pas les transferts verticaux de papa Darwin.

peut-être mieux expliquer en l'espèce ce qui est "sélectionné". Penses-tu à une sélection Müllerrienne contre les mutations qui feraient diverger les mécanismes fondamentaux jusqu'à rendre les transferts horizontaux inopérants (genre de "barrière de transferts horizontaux", à l'instar des barrières d'espèces) ? Ou de sélection positive de mécanismes favorisant les transferts horizontaux (à l'instar de ce qui a bien dû se passer pour l'installation de ce mécanisme de transfert horizontal particulier appelé "procréation sexuée") ?

Je ne vois pas de différence fondamentale entre les deux. Marrant l'idée que le sexe est une forme de transfert horizontal. J'y pensais plutôt comme le tournant à partir duquel la sélection verticale domine. A la réflexion c'est complêtement compatible.

[invite6c250b59]

Ce que l'évolution sélectionne ce ne sont pas des gènes mais des individus, ou plus exactement un sous-ensemble dans une population génétiquement diversifiée.

Dawkins nous fouette, je suis d'accord que c'est l'interprétation néodarwiniste la plus classique. Mais, encore une fois, elle n'est absolument pas compatible avec le transfert horizontal. Si celui-ci est moins que marginal, alors tu ne peux pas assimiler le destin d'un gène au destin des individus qui le portent, ni même à une sous-population d'individu d'une espèce.

Je m'étonne qu'il y ait eu une résistance des spécialistes de l'évolution et de la phylogénie à cette idée.

...et c'est peut-être une des raisons pour laquelle la résistance est vive (ça et, bien sur, le manque de données).

[invite17a570c1]

LUCA ne serait pas une cellule aboutissement d'une lignée particulière peaufinant les mécanismes fondamentaux qu'on trouve actuellement dans tout le vivant, mais juste une parmi une collectivité de lignées progressant entre autres par transferts horizontaux.

Si ma mémoire est bonne, c'est ce qui est défendu par les plus grands fans des transferts horizontaux
Je pense que les papiers de Rivera t'intéresseront un peu (un bon nombre son en Free Access). Si tu es joueur, tu peux regarder de côté de EV Koonin et Doolittle.

Bonne lecture

[BioBen]

Puisque l'on parle bibliographie, vous savez dans quel(s) livre(s) on peut voir ces points "modernes" de la théorie de l'évolution sont discutés (transferts horizontaux, équilibres ponctués, ...) ?

Michel (mmy), quel(s) bouquin(s) t'ont marqué ?

Merci.

[invité576543]

Michel (mmy), quel(s) bouquin(s) t'ont marqué ?

Trop dure comme question. Déjà, je lis plus de trucs par-ci par-là (mensuels scientifiques, sites web, articles scientifiques) que de bouquins.

Pour les livres, je mettrais en premier Dawkins's The Ancestor's Tale, parce que le livre aborde quasiment toutes les "questions", même si je ne suis pas un fan de la philo Dawkins dans des livres antérieurs (philo moins marquée, il me semble, dans The Ancestor's Tale).

[invite6c250b59]

Si ma mémoire est bonne, c'est ce qui est défendu par les plus grands fans des transferts horizontaux

Saurais-tu décrire l'attitude de ces grands fans vis-à-vis non pas de ce que cela nous dit sur LUCA and friends, mais vis-à-vis de l'impact de ces transferts horizontaux sur la sélection naturelle? Le papier sur les aars est impressionnant, mais il me laisse sur ma faim sur cette question à partir du moment où il est clair que la neutralité du transfert horizontal est probable dans ce cas

"these transfers are expected to be (...) largely selectively
neutral in character (which is certainly the simplest explanation,
for example, for the fact that the same organism can
harbor genes for two very different but functionally equivalent
subtypes of a given synthetase)."

les papiers de Rivera t'intéresseront un peu

Pourrais-tu m'expliquer la distinction entre gene informationnel et gene opérationnel? C'est classique comme distinction?

"genes participating in transcription, translation, and related processes (informational genes) are far
less likely to be horizontally transferred than genes participating
in housekeeping functions (operational genes)"

Spécifiquement, j'ai un peu de mal à voir en quoi la transcription et related ne sont pas partie prenante du housekeeping...

A part ça, si quelqu'un a une bonne référence pour le transfert horizontal ou son absence chez les mutlicellulaires, je suis preneur!