Question d'évolution... Yves Coppens et le hasard

[invite7d497ad0]

Ambrosio a aussi dit "Mais ne condamnons pas YC trop vite", je vous laisse y réfléchir mais pour moi il n'y a bien aucune contradiction avec la théorie de l'évolution.

M'enfin ?!! C'est quoi ce dialogue de sourd ?
Où avez-vous lu que je condamnais Y.Coppens ?
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[ansset]

Si le propos de Coppens est de critiquer l'abus du hasard, ce n'est pas mon impression. Regardez l'introduction de l'entretien... Il est écrit : "Pour lui, l’homme, “matière pensante” brusquement surgie il a environ trois millions d’années, ne saurait être le fruit du hasard. Son règne a un sens, mais lequel ?"
Encore une fois, non... Regardez la ligne éditoriale de cette revue. Spiritualité, médecine alternative, écologie mêlée de spiritualité...
.

"il est ecrit" , mais aucune de ces phrases telles quelles n'existent dans l'entretien.
les mots sont utilisés , certes, mais ni les phrases, ni leur enchainement.
par exemple : il dit bien dans son propos : "son regne , puisque vous l'appeler ainsi ..."

avec ce genre dinterpretation tronquée et volontairement detournée, moi je fait chanter l'avé maria à Emmy Winehouse !!

[invite7d497ad0]

Je remarque surtout que vous n'avez pas lu mes messages ou le lien que j'ai donné dans cette discussion.

Qu'est-ce qui vous fait dire que je ne les ai pas lus ?

C'est particulièrement difficile et cela aborde des notions qui me dépassent. En gros, l'environnement aurait une influence sur les mutations et recombinaisons du génome... c'est bien ça ?

Je pense par exemple aux moustiques qui survivent aux nouveaux insecticides. Sauf erreur de ma part, pour que certains moustiques survivent, il faut bien que les caractères avantageux existent avant qu'ils ne soit confrontés à l'insecticide, non ?

[invite986312212]

Je pense par exemple aux moustiques qui survivent aux nouveaux insecticides. Sauf erreur de ma part, pour que certains moustiques survivent, il faut bien que les caractères avantageux existent avant qu'ils ne soit confrontés à l'insecticide, non ?

attention à ne pas caricaturer: un insecticide ne va pas tuer tous les insectes sensibles, il y aura toujours des survivants, comme il y aura toujours des insectes porteurs d'allèles de résistance qui seront tués. Ce n'est jamais du 100%, sauf au laboratoire peut-être.

[piwi]

Bonjour,

Ce qui m'a fait croire que vous n'aviez pas lu le lien est simplement le fait que vous ne l'avez pas compris.
Je vais reprendre le principe en essayant d'être simple. L'évolution repose en gros sur deux choses (1) les mutations stricto sensus; (2) la recombinaison des gènes. Ces deux événements se produisent de manière aléatoire. Cependant, quand on analyse une espèce à un temps donné, on observe que la fréquence de survenue n'est pas homogène, mais qu'au contraire elle est plus forte dans certains gènes (différents pour les mutations et pour la recombinaison). Ainsi, la probabilité que ces gènes évoluent est plus grande. Il y a donc bien un certain sens dans l'évolution.
Maintenant, une information supplémentaire issue des travaux sur la recombinaison (on peut penser que cela est aussi vrai pour les mutations). En observant les animaux sur plusieurs générations on a observé que les régions à hautes probabilité de recombinaison se déplacent, c'est à dire que ce ne sont pas toujours les mêmes gènes d'une génération à l'autre. C'est à dire qu'avec le temps, il se passe quelque chose qui pousse plutôt l'évolution dans une direction plutôt qu'une autre. Le processus strictement aléatoire est une vision fausse. Comme les régions du génome (l'ensemble des gènes) n'ont rien à voir les unes avec les autres, il faut bien conclure que ce qui les désigne n'est pas intrinsèque. Je n'entre pas dans le détail mais il est assez possible (les résultats sont récents et non définitifs) que l'élément dictant est l'environnement.

Dans cette vision nous avons donc une apparition des mutations qui est toujours aléatoire (vous ne pouvez pas prévoir exactement où surviendra la mutation) mais il est biaisé par l'environnement (certaines régions ont plus de chance de muter que d'autres). Le tout, sans une once de créationnisme. Ces résultats de biologie moléculaires (qui étaient à l'état embryonnaire au moment de l'interview qui vous préoccupe) sont en accord avec les conclusions que tire Y.Coppens de ses observations. Il avait vu loin le bougre!
Pour le mécanisme un peu plus précis, je dois pouvoir aller un peu plus loin mais cela risque d'être un poil plus ardu. Je ne serai pas là ce week end, donc si vous souhaitez ces explications il va falloir attendre mardi. Enfin ,espère que vous y voyez déjà un peu plus clair.

Cordialement,
piwi

[invite7d497ad0]

Bonjour,

Ce qui m'a fait croire que vous n'aviez pas lu le lien est simplement le fait que vous ne l'avez pas compris.
Je vais reprendre le principe en essayant d'être simple. (...)

Aaaaah ! ben voilà une explication qu'elle est claire et abordable ! Bravo et merci !
En fait, j'avais bien compris dans ce sens, mais étant donné la complexité des notions qui était abordées dans l'autre sujet, il m'aurait été difficile de reproduire cette explication comme ici...

Cela confirme ce que je disais précédemment, l'environnement a bien une influence sur les mutations/recombinaisons.


Pour revenir sur les moustiques, évidemment je ne caricature pas au point de dire que seul les moustiques porteurs d'allèles de résistance survivent... J'aurai dû être plus précis...
Ceci dit, cela n'empêche pas le fait que l'allèle de résistance peut exister avant l'apparition d'un nouvel insecticide, non ? C'était surtout dans ce sens qu'il fallait comprendre ma question...

[invitedaba4692]

Dans cette vision nous avons donc une apparition des mutations qui est toujours aléatoire (vous ne pouvez pas prévoir exactement où surviendra la mutation) mais il est biaisé par l'environnement (certaines régions ont plus de chance de muter que d'autres).

Bonjour,
il me semble que "l'environement" change lui aussi de maniere aleatoire ce qui rend le systeme evolutif comme un enchainement d'evenements aleatoire et sans sens.
Sinon, passez un bon weekend et a mardi pour lire la suite de votre commentaire tres interessant!

[invite7863222222222]

Oui on pourrait même se prendre un météorite demain, si bien que le concept d'évolution lui-même n'aurait plus de sens, et que l'on soit en train de perdre notre temps d'en discuter, mais dommage y'en a que ca intéresse quand même ...

[noir_ecaille]

Dommage pour vous peut-être ? Rien n'empêche d'étoffe la discussion sur plusieurs axes, si vous le souhaitez

J'apprécie les précisions sur les mécanismes de la biologie de l'évolution. J'aimerais en savoir plus sur le déplacement/sélection de ces domaines versatiles d'une région à l'autre et d'une génération à l'autre. Déjà que je lis le bon bouquin de Mh34

Vivement la suite !

[invite7863222222222]

Dommage pour vous peut-être ? Rien n'empêche d'étoffe la discussion sur plusieurs axes, si vous le souhaitez

Je me contente de remarquer comment on fustige ceux qui dont la proximité avec les discours créationnistes n'est qu'une pale et superficielle illusion et qui sont malgré tout très pertinents...

[noir_ecaille]

Ça, ça ne m'intéresse pas, personnellement

Je reste dubitative sur les échauffements du cerveau, notamment à propos de troncatures discursives dont on sait qu'elles peuvent renverser le sens initial d'un énoncé. Enfin... dixit une secrétaire

En science, ne pas être exact -- pour reprendre les mots de Ryuujin -- c'est verser dans la fumisterie, y compris quand il s'agit de citation.

[invite7863222222222]

Ça, ça ne m'intéresse pas, personnellement

J'ai bien remarqué .

[invite7d497ad0]

(...)
Pour le mécanisme un peu plus précis, je dois pouvoir aller un peu plus loin mais cela risque d'être un poil plus ardu. Je ne serai pas là ce week end, donc si vous souhaitez ces explications il va falloir attendre mardi. Enfin ,espère que vous y voyez déjà un peu plus clair.

Bonjour Piwi,

Existe-t-il un article, une référence documentaire sur ces processus de mutations/recombinaisons, ces notions de "hotspots" et sur l'éventuelle influence de l'environnement sur les mutations, pas trop ardu de préférence, consultable en ligne ? J'ai recherché, en vain, sur le site du CNRS...

[piwi]

Ce sont des données plutôt non encore vulgarisées. J'avais donné des références dans la discussion que j'ai mis en lien mais ce sont des articles scientifiques bruts de décoffrage.

Vous pouvez chercher sous le terme "point chaud" ou encore "hotspot". Plusieurs pages évoquent leur existence. Mais je crois que vous l'avez déjà fait. Sinon, comme je vous l'avais proposé, je peux faire un petit topo là dessus.

[Thomaslechatbleu]

Bonsoir,

Un topo, un topo, un topo...

Merci

[noir_ecaille]

Des infos ! Des infos ! Des infos !

Pourquoi ne pas présenter les données par morceaux choisis et tenter une vulgarisation ici même ? Bon OK à la louche c'est beaucoup de boulot, en plus du quotidien irl (et url pour certains). Simple suggestion

EDIT : Vous fâchez pas ! Personne n'exige ça !

[invite7d497ad0]

Je me rallie à l'avis général (même s'ils ne sont que deux...) pour un petit topo...

[mh34]

Moi aussi, si Piwi a le temps, je suis preneuse d'un petit topo.
Reste à voir dans quelle section le mettre.

[piwi]

Bonjour,

Comme je l’avais souligné un peu plus haut, entrer un peu plus avant dans le détail des « hot spots » va être un peu plus compliqué que ce que j’ai déjà exposé. C’est peut être faisable mais cela va nécessiter la mise en place d’un certain nombre de prérequis sur la manière dont se structure le génome. Je vais donc partir d’un peu loin.

Pour commencer un petit calcul simple, considéré chez l’homme, pour prendre la mesure d’un problème qui se pose au vivant (en tout cas aux eucaryotes, les cellules avec un noyau). L’ADN peut être considéré comme un cylindre de 10^-9m (10^-3 µm) de rayon R et de hauteur h de 2m (2.10⁶µm). On peut donc facilement calculer son volume : 2R²h = 6.3µm³

En première approximation, je vais considérer qu’un noyau de cellule fait 5µm de diamètre (best guess issu du fait que des cellules telles qu’une cellule souche basale d’un épithélium ou un lymphocyte font grosso modo un peu moins de 10µm de diamètre et que leur noyau fait entre 75 et 50% de leur volume). On arrive donc à un volume nucléaire de .
On voit dés lors que dans un monde idéal l’ADN occupe chez l’homme, dans d’autres espèces c’est encore plus, 10% du volume nucléaire. Or nous savons bien que notre joli monde n’est pas idéal et pour s’en convaincre il suffit de se rendre compte qu’en fait notre problème revient à peu près à essayer de faire rentrer 2m de fil de couture (1mm de diamètre) dans un cube de 1.5 cm de coté. Pas si simple !

La cellule ne peut donc pas se permettre de simplement entasser son ADN n’importe comment dans son noyau. Elle doit l’organiser. Pour cela, il existe plusieurs niveaux de compaction qui vont permettre de replier de manière très dense (voir schéma. http://ff-du-berger-blanc.pagesperso...s/image015.gif ). Ce qu’il est important de noter c’est que cette organisation a une conséquence sur l’accessibilité de l’ADN. Si l’ADN est dans son premier ou son second état, il est très accessible. En revanche, s’il est dans son troisième état, on voit bien qu’il est emmêlé dans les protéines (les histones) et qu’il va être difficilement accessible. Cette notion se comprend facilement quand on s’intéresse à l’activité d’un gène. Pour être actif un gène doit pouvoir être lu. S’il est dans ses premiers états, il est lisible ; en revanche, s’il est dans son troisième état il n’est pas lisible, le gène est inactif. Evidemment, ce qu’il faut comprendre est que l’ensemble de l’ADN n’est pas compacté ou décompacté. Ce sont des conformations locales et qui plus est dynamiques, c'est-à-dire qu’en fonction des conditions nous avons l’ADN sous une forme, ou sous une autre. Et l’on voit bien dés à présent que finalement, les gènes ne sont pas autonomes, ce ne sont pas eux qui décident tout. Il existe des éléments qui conditionnent l’expression ou au contraire la non expression des gènes. Ces aspects sont connus depuis pas mal de temps, ce sont les notions d’hétérochromatine (L’ADN compact apparait coloré en foncé sur les préparations) et d’euchromatine (l’ADN décondensé apparait clair sur les préparations). (voir figure sur cette page internet : www.afblum.be/bioafb/mitose/noyau.JPG

J’ai parlé à plusieurs reprises d’accessibilité de l’ADN. Accessible à quoi ? Ce qui se cachait derrière cela était l’accessibilité à diverses protéines ou des éléments exogènes qui vont pouvoir interagir avec lui. Chacun sait que l’ADN est constitué de l’enchainement de 4 bases azotées (A, G, T, et C) dont la séquence perdure avec le temps. Toute modification de séquence (remplacement, ajout, perte) est appelé mutation. Très bien. En fait, il existe d’autres modifications plus discrètes apportées soit par des protéines soit par des éléments exogènes à l’organisme, qui ne vont pas changer la séquence mais la marquer. Par exemple, ce sera la méthylation (ajout d’un groupement chimique CH3) sur la base C. Ce sont ce que l’on appelle les modifications épigénétiques de l’ADN. De la même manière les protéines de compaction de l’ADN, les histones, sont elles aussi sujettes à ce genre de marquage. Ces découvertes ont été une véritable révolution parce qu’elles ouvrent sur une nouvelle compréhension du fonctionnement de notre génome qui n’est plus seulement une sorte de bibliothèque dont on lit consciencieusement les volumes. C’est une entité modulable en fonction de son environnement qui dirige par exemple, l'ouverture ou la fermeture de l'ADN. Ce que je voulais vous faire comprendre ici, c’est que l’ADN n’est pas quelque chose d’inerte et d’isolé. Au contraire, il est en interaction permanente avec un tas de facteurs qui ne dépendent pas directement de lui. Si ces facteurs changent, il change. Bien évidemment, ceci aura des conséquences déterminantes pour la suite.

Cordialement,
piwi

[invite7863222222222]

Bonjour,

merci pour cette explication claire et intéressante.

Est-ce que l'on connait déjà des mécanismes qui explique pourquoi on constate que l'ADN réagit dans le bon sens par rapport à l'environnement ? Est-ce que par exemple, tout se passe comme si tout ce qui conditionne les changements par modifications de l'ADN, était sensible aux informations de l'environnement, pour se structurer et donc en quelque sorte "garder en mémoire" de manière à favoriser les bonnes mutations en regard de l'evolution de l'environnement ?

[piwi]

Oui, il y a des idées. Je vais y venir, je n'ai fais qu'une mise en place conceptuelle pour l'instant

[Thomaslechatbleu]

Merci pour cette belle "mise en place"
Thomas

[noir_ecaille]

J'ai hâte de lire la suite

[invite7d497ad0]

Je sens que je vais apprendre plein de choses...

Encore ! Encore !

[invite7d497ad0]

Bonsoir,
j'espère ne pas abuser... je me permets un tout p'tit UP.

C'était tellement bien parti que ce serait dommage d'en rester là, non ?

[invite765432345678]

Bonjour,

Comme je l’avais souligné un peu plus haut, entrer un peu plus avant dans le détail des « hot spots » va être un peu plus compliqué que ce que j’ai déjà exposé. C’est peut être faisable mais cela va nécessiter la mise en place d’un certain nombre de prérequis sur la manière dont se structure le génome. Je vais donc partir d’un peu loin.

Pour commencer un petit calcul simple, considéré chez l’homme, pour prendre la mesure d’un problème qui se pose au vivant (en tout cas aux eucaryotes, les cellules avec un noyau). L’ADN peut être considéré comme un cylindre de 10^-9m (10^-3 µm) de rayon R et de hauteur h de 2m (2.10⁶µm). On peut donc facilement calculer son volume : 2R²h = 6.3µm³

En première approximation, je vais considérer qu’un noyau de cellule fait 5µm de diamètre (best guess issu du fait que des cellules telles qu’une cellule souche basale d’un épithélium ou un lymphocyte font grosso modo un peu moins de 10µm de diamètre et que leur noyau fait entre 75 et 50% de leur volume). On arrive donc à un volume nucléaire de .
On voit dés lors que dans un monde idéal l’ADN occupe chez l’homme, dans d’autres espèces c’est encore plus, 10% du volume nucléaire. Or nous savons bien que notre joli monde n’est pas idéal et pour s’en convaincre il suffit de se rendre compte qu’en fait notre problème revient à peu près à essayer de faire rentrer 2m de fil de couture (1mm de diamètre) dans un cube de 1.5 cm de coté. Pas si simple !

La cellule ne peut donc pas se permettre de simplement entasser son ADN n’importe comment dans son noyau. Elle doit l’organiser. Pour cela, il existe plusieurs niveaux de compaction qui vont permettre de replier de manière très dense (voir schéma. http://ff-du-berger-blanc.pagesperso...s/image015.gif ). Ce qu’il est important de noter c’est que cette organisation a une conséquence sur l’accessibilité de l’ADN. Si l’ADN est dans son premier ou son second état, il est très accessible. En revanche, s’il est dans son troisième état, on voit bien qu’il est emmêlé dans les protéines (les histones) et qu’il va être difficilement accessible. Cette notion se comprend facilement quand on s’intéresse à l’activité d’un gène. Pour être actif un gène doit pouvoir être lu. S’il est dans ses premiers états, il est lisible ; en revanche, s’il est dans son troisième état il n’est pas lisible, le gène est inactif. Evidemment, ce qu’il faut comprendre est que l’ensemble de l’ADN n’est pas compacté ou décompacté. Ce sont des conformations locales et qui plus est dynamiques, c'est-à-dire qu’en fonction des conditions nous avons l’ADN sous une forme, ou sous une autre. Et l’on voit bien dés à présent que finalement, les gènes ne sont pas autonomes, ce ne sont pas eux qui décident tout. Il existe des éléments qui conditionnent l’expression ou au contraire la non expression des gènes. Ces aspects sont connus depuis pas mal de temps, ce sont les notions d’hétérochromatine (L’ADN compact apparait coloré en foncé sur les préparations) et d’euchromatine (l’ADN décondensé apparait clair sur les préparations). (voir figure sur cette page internet : www.afblum.be/bioafb/mitose/noyau.JPG

J’ai parlé à plusieurs reprises d’accessibilité de l’ADN. Accessible à quoi ? Ce qui se cachait derrière cela était l’accessibilité à diverses protéines ou des éléments exogènes qui vont pouvoir interagir avec lui. Chacun sait que l’ADN est constitué de l’enchainement de 4 bases azotées (A, G, T, et C) dont la séquence perdure avec le temps. Toute modification de séquence (remplacement, ajout, perte) est appelé mutation. Très bien. En fait, il existe d’autres modifications plus discrètes apportées soit par des protéines soit par des éléments exogènes à l’organisme, qui ne vont pas changer la séquence mais la marquer. Par exemple, ce sera la méthylation (ajout d’un groupement chimique CH3) sur la base C. Ce sont ce que l’on appelle les modifications épigénétiques de l’ADN. De la même manière les protéines de compaction de l’ADN, les histones, sont elles aussi sujettes à ce genre de marquage. Ces découvertes ont été une véritable révolution parce qu’elles ouvrent sur une nouvelle compréhension du fonctionnement de notre génome qui n’est plus seulement une sorte de bibliothèque dont on lit consciencieusement les volumes. C’est une entité modulable en fonction de son environnement qui dirige par exemple, l'ouverture ou la fermeture de l'ADN. Ce que je voulais vous faire comprendre ici, c’est que l’ADN n’est pas quelque chose d’inerte et d’isolé. Au contraire, il est en interaction permanente avec un tas de facteurs qui ne dépendent pas directement de lui. Si ces facteurs changent, il change. Bien évidemment, ceci aura des conséquences déterminantes pour la suite.

Cordialement,
piwi

Et bien là j'ai appris des choses. Magnifique explication.

En fait, il faut ouvrir le fichier pour accéder aux informations !

[noir_ecaille]

C'est vrai que c'était bien parti... pour continuer ?