Pourquoi il y a un événement d'extinction de nos bactéries intestinale avec le temps ?

[extrazlove]

Bonjour à tous et à toutes


Une nouvelle étude publiée cette semaine (lien plus bas) rend compte de la plus vaste analyse génomique d’anciens excréments humains jamais réalisée. La recherche révèle des indices sur la composition d’anciennes bactéries intestinales, en détectant des espèces microbiennes jamais rencontrées auparavant dans nos microbiomes modernes.


Image d’entête : Meradeth Snow, chercheuse à l’université du Montana et qui a participé à l’étude, tient une fiole contenant de l’ADN humain d’anciens excréments. (Tommy Martino/ Université du Montana)


L’étude s’est concentrée sur huit échantillons authentiques de matières fécales humaines fossilisés (coprolithe) trouvés dans des grottes du sud-ouest des États-Unis et du Mexique. La datation au carbone a indiqué que les échantillons avaient entre 1 000 et 2 000 ans.


Près de 500 génomes microbiens ont été reconstitués dans le cadre de l’étude, les chercheurs étant convaincus qu’environ 180 d’entre eux pourraient être étroitement associés à d’anciens microbiomes humains. Étonnamment, 39 % de ces génomes microbiens étaient inconnus jusqu’alors, n’ayant jamais été détectés dans un microbiome humain moderne.

Pourquoi il y a un événement d'extinction de nos bactéries intestinale avec le temps ?


Quelles sont les causes et l'effets de perdre nos bactérie intestinale ?



Source:

https://www.gurumed.org/2021/05/14/des-excrments-fossiliss-vieux-de-2-000-ans-rvlent-un-vnement-dextinction-des-bactries-intestinales-humaines/

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03532-0
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[Flyingbike]

en partant du principe que les génomes détectés sont effectivement d'anciens commensaux, l'explication principale serait la modification du mode de vie, notamment de l'alimentation

[extrazlove]

Ce n'est pas seulement le facteur génomique qui entre en jeu, plusieurs études menées pour évaluer l'état psychologique ont montré une diminution des bactéries intestinales suite au stress et à la dépression, bref le monde est de plus en plus déprimé que le passé même si le niveau de vie s'améliore grâce à la technologie ...

[Bounoume]

bôf..... et pourquoi pas la 5G ? Déprimant, ça..... pauvres microbes..... faire de la psychologie.....

[A voir en vidéo sur Futura]

[SK69202]

plusieurs études menées pour évaluer l'état psychologique ont montré une diminution des bactéries intestinales suite au stress et à la dépression,

Et ça, ça n'a pas un peu un impact sur l'alimentation ?

Avant on mangeait ce que l'on pouvait, maintenant on mange ce que l'on veut, en particulier les indiens du sud ouest des USA.

[pm42]

Ce n'est pas seulement le facteur génomique qui entre en jeu, plusieurs études menées pour évaluer l'état psychologique ont montré une diminution des bactéries intestinales suite au stress et à la dépression, bref le monde est de plus en plus déprimé que le passé même si le niveau de vie s'améliore grâce à la technologie ...

Cela ressemble beaucoup à un raisonnement à l'envers où on part de la conclusion à laquelle on veut arriver et où on utilise une vague corrélation pour la transformer en causalité.

Et ce d'autant plus que l'article gurumed cité met lui en avant le changement dans l'alimentation et que le moment de l'extinction n'est pas forcément aligné sur "une augmentation de la dépression" qui reste à prouver, mesurer et dater.

[extrazlove]

Et ça, ça n'a pas un peu un impact sur l'alimentation ?

Avant on mangeait ce que l'on pouvait, maintenant on mange ce que l'on veut, en particulier les indiens du sud ouest des USA.

Non ses études qui montre une diminution de microbiote suite aux dépression sont réalisés dans des régimes alimentaires variés.

[extrazlove]

Cela ressemble beaucoup à un raisonnement à l'envers où on part de la conclusion à laquelle on veut arriver et où on utilise une vague corrélation pour la transformer en causalité.

Et ce d'autant plus que l'article gurumed cité met lui en avant le changement dans l'alimentation et que le moment de l'extinction n'est pas forcément aligné sur "une augmentation de la dépression" qui reste à prouver, mesurer et dater.

Dans mon raisonnent j'ai dis juste que il n'y a pas que le facteur de génome qui entre en jeu et le mode d'alimentation pour expliquer la disparition de 39% de nos bactéries intestinal en 2000 ans dans une période de guerre et grand conflit et déprime , mais aussi le facteur psychologique qui es prouvé par plusieurs études.

[pm42]

2000 ans dans une période de guerre et grand conflit et déprime

Affirmation gratuite qui me semble ignorer l'histoire et la psychologie.

mais aussi le facteur psychologique qui es prouvé par plusieurs études.

Autre affirmation gratuite qui suppose que des changements individuels soient extrapolables à l'échelle globale, sur toute la planète.

[SK69202]

Non ses études qui montre une diminution de microbiote suite aux dépression sont réalisés dans des régimes alimentaires variés.

Quelque soit le régime alimentaire, le type en forme et le même type stressé et déprimé, ne s'alimente pas pareil, s'ils ne tiennent pas compte de ça dans leurs études, qu'ils y retournent.

[Flyingbike]

Hello

On se détend.


Qu'il y ait un lien entre dépression/anxiété et microbiote n'est plus à démontrer étant donné l'abondance de littérature à ce sujet. Ce qui est plus délicat ? La nature de ce lien.

Cause, conséquence ? Les deux à la fois, probablement....et inversement !

[MissJenny]

L’étude s’est concentrée sur huit échantillons authentiques de matières fécales humaines fossilisés (coprolithe) trouvés dans des grottes du sud-ouest des États-Unis et du Mexique. La datation au carbone a indiqué que les échantillons avaient entre 1 000 et 2 000 ans.

Près de 500 génomes microbiens ont été reconstitués dans le cadre de l’étude, les chercheurs étant convaincus qu’environ 180 d’entre eux pourraient être étroitement associés à d’anciens microbiomes humains. Étonnamment, 39 % de ces génomes microbiens étaient inconnus jusqu’alors, n’ayant jamais été détectés dans un microbiome humain moderne.

pour ma part j'hésiterais à attribuer au microbiote intestinal des bactéries trouvées dans une crotte ayant séjourné 1000 ans dans une grotte...

[Flyingbike]

C'est évident qu'on n'écrit pas un papier sans s'assurer qu'on ne travaille pas sur des artefacts. En tout cas, pas dans celui-ci
Je ne suis pas entré dans les détails, mais les séquences obtenues ont été filtrées et triées de cette façon :

To predict the source of each sample, the species composition (from MetaPhlAn2) of the palaeofaeces was compared to 40 industrial gut microbiome samples, 40 non-industrial gut microbiome samples and a diverse set of environmental samples (Supplementary Table 9). These environmental samples include the 3 soil samples collected in this study, 40 Pleistocene sediment samples70 and 7 Holocene human-associated sediments (which overlap in age with our palaeofaeces) from CoproID71. MetaPhlAn2 results for 40 industrialized and 40 non-industrialized human participants were obtained from the R package curatedMetagenomicData69 (Supplementary Table 9). The rest of the samples were run through MetaPhlAn220 using default settings, then converted to biom format. The resulting species abundance matrix biom file was used as input for SourceTracker272.

et dans l'interprétation

In brief, we excluded seven palaeofaeces samples because of poor de novo assembly results (Supplementary Table 1), evidence of archaeological soil contamination (Extended Data Fig. 1e) or a nonhuman host source (Supplementary Table 1). The remaining eight samples came from three sites (Boomerang Shelter, Arid West Cave and Zape) (Extended Data Fig. 1b). Their authenticity was extensively validated (Supplementary Information section 1), including their ancient origin (Extended Data Fig. 2) and human source (Extended Data Fig. 1c, Supplementary Tables 1, 2 and Supplementary Information section 2). Our results support that the palaeofaeces are faecal samples with minimal soil contamination (Fig. 1b, Extended Data Figs. 1d, e, 3 and Supplementary Tables 3, 4). The final eight samples are well-preserved and have long average DNA fragment sizes (average mode length = 174 base pairs (bp), s.d. = 30.15) (Extended Data Fig. 4). We confirmed that these long DNA fragments are not from contamination by modern DNA (Extended Data Fig. 5 and Supplementary Table 5).

[extrazlove]

bôf..... et pourquoi pas la 5G ? Déprimant, ça..... pauvres microbes..... faire de la psychologie.....

C'est incompréhensible car des bactéries peuvent évolué et résister contre le 5G.

[extrazlove]

La question que je me pose est pourquoi l'évolution a opté pour la disparition de 39% des bactéries intestinale dans 2000 ans au lieu de les faire évoluer à notre mode d'alimentation ?

[JPL]

C'est incompréhensible car des bactéries peuvent évolué et résister contre le 5G.

Tu t’es fait piéger : c’était de l’humour !

[pm42]

La question que je me pose est pourquoi l'évolution a opté pour la disparition de 39% des bactéries intestinale dans 2000 ans au lieu de les faire évoluer à notre mode d'alimentation ?

Parce que c'est en partie comme ça que fonctionne l'évolution ?

[extrazlove]

Parce que c'est en partie comme ça que fonctionne l'évolution ?

Pas pour les bactéries qui sont plus résistentes en changement surtout dans un court temps de 2000 ans.

[Flyingbike]

Parce que ça :

Étonnamment, 39 % de ces génomes microbiens étaient inconnus jusqu’alors, n’ayant jamais été détectés dans un microbiome humain moderne

Ne veut certainement pas dire ça :

La question que je me pose est pourquoi l'évolution a opté pour la disparition de 39% des bactéries intestinale dans 2000 ans au lieu de les faire évoluer à notre mode d'alimentation ?

[extrazlove]

Parce que ça :

Ne veut certainement pas dire ça :

Il y a bien 39% des bactéries intestinales disparu depuis 2000 ans chez les humains, même si on sait que les bactéries sont très résistantes et évolutives face au changement.
La question que je me pose, est pourquoi l'évolution a opté pour leurs disparition plutôt a leurs évolutions?

[JPL]

Quelle que soit la manière dont tu formules ta question, je n’arrive pas à lui trouver un sens.

[MissJenny]

Malgré tous les filtrages, je crois qu'il est difficile d'exclure la possibilité de contamination des crottes par des bactéries de l'environnement. Mais il y a un autre problème : quand on mange un fruit par exemple, on absorbe toutes sortes de bactéries. Ces bactéries sont dégradées dans le tube digestif, mais leur ADN se retrouve sous la forme de fragments plus ou moins longs dans les fécès. Comme dans cette étude il s'agit d'ADN ancien, on s'attend à trouver de l'ADN dégradé, aussi bien dans les bactéries du microbiote intestinal que dans ces bactéries qui ne font que transiter dans le tube digestif. Donc je pense qu'il est difficile de dire à quel type de bactérie on à affaire.

[Merlin95]

Oui sauf si on peut les discriminer par la taille des populations peut-être.

[Anathorn]

En fait, je crois qu'ils n'avaient pas trop de frigo à l'époque, alors il fallait du costaud pour digérer les trucs faisandés.
Plus ou moins quoi...
Sinon, moi j'ai fait un jeûne hydrique de 15 jours il y a deux ans, et j'ai clairement renouvellé mon biotope intestinal "à mon insu".
C'est d'ailleurs le problème de ces jeûnes : on fait le ménage des tuyaux, mais il faut du temps pour retrouver une faune intestinale performante.
Donc j'ai eu une quinzaine de reprise alimentaire pénible, car en plus mal maitrisée (j'ai mangé trop riche trop tôt et j'en ai chié, au sens propre...).

Mais bon, le principe "général" de l'évolution c'est : tout ce qui ne nous tue pas nous rend plus fort, et tout ce qui ne sert a rien est voué a disparaitre.
J'ai bien dit principe général, il y a des exceptions (genre des organes qui changent de fonction en perdant leur utilité).
Pour nos ancètres : ils étaient confrontés a une plus grande menace d'intoxication que nous, donc ils avaient un système digestif plus robuste et mieux équipé.
D'une logique parfaitement "darwinienne" en somme : si on ne nourrit plus les bactéries qui bouffent les trucs agressifs, elles mutent ou disparaissent.

[extrazlove]

Les anciens a la place de frigo utilisés autres moyens pour préserver les aliments et la nous ne somme pas face a un organisme complexe fragile mais face a 39% de bactérie très résistances.

[pm42]

face a 39% de bactérie très résistances.

C'est encore une affirmation gratuite.

39% des 180 qu'on trouve chez les humains, cela fait 70 disparitions en 2000 ans soit 35000 par million d'années.
Les évaluations du rythme d'extinction des bactéries donnent 45000 à 95000 par million d'années (https://www.sciencedaily.com/release...0730120340.htm).

Après, il faudrait affiner les chiffres qui de plus sont largement incertains mais rien ne prouve que les bactéries soient spécialement très résistantes bien que tu l'aies répété sans aucune référence ni que le taux de disparition chez les humains sont particulièrement haut.

[SK69202]

En fait, je crois qu'ils n'avaient pas trop de frigo à l'époque, alors il fallait du costaud pour digérer les trucs faisandés.
Plus ou moins quoi...

On est toujours aussi costaud, juste que l'on n'a pas assez faim et avec certitude de manger demain pour disputer leur prise aux charognards.
La "touristat" n'est qu'une petite gêne parce qu'on est en vacances.

[extrazlove]

C'est encore une affirmation gratuite.

39% des 180 qu'on trouve chez les humains, cela fait 70 disparitions en 2000 ans soit 35000 par million d'années.
Les évaluations du rythme d'extinction des bactéries donnent 45000 à 95000 par million d'années (https://www.sciencedaily.com/release...0730120340.htm).

Après, il faudrait affiner les chiffres qui de plus sont largement incertains mais rien ne prouve que les bactéries soient spécialement très résistantes bien que tu l'aies répété sans aucune référence ni que le taux de disparition chez les humains sont particulièrement haut.

Ce n'est pas une affirmation les bactéries sont plus résistantes qu'un organisme complexe vivant pour résister au condition extrême même de l'espace...

[MissJenny]

Ce n'est pas une affirmation les bactéries sont plus résistantes qu'un organisme complexe vivant pour résister au condition extrême même de l'espace...

d'un autre côté un petit peu d'alcool peut tuer une bactérie alors qu'un humain moyen, même dans l'espace, le supporte très bien.

[pm42]

Ce n'est pas une affirmation les bactéries sont plus résistantes qu'un organisme complexe vivant pour résister au condition extrême même de l'espace...

Cela n'a absolument rien à voir avec leur résistance au sens darwinien et leur taux d'extinction.