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Longueur en acides aminés d'une protéine



  1. #1
    jojok10

    Longueur en acides aminés d'une protéine


    ------

    Bonsoir,

    Je ne suis pas certain de ma réponse pourriez vous me donner votre avis svp?Merci d'avance

    A partir d'une banque d'ADN génomique construite à partir de cellules de levure d’une
    souche S de Schizosaccharomyces pombe, on a isolé un fragment d'ADN de 5 000
    paires de bases (pdb). Ce fragment d'ADN est analysé à l’aide du logiciel DNA strider
    sur micro-ordinateur Macintosh. La recherche de séquences pouvant correspondre à des
    gènes codant des protéines a été faite en utilisant la fonction "ORF map" du logiciel qui
    fait apparaître à l’écran de l’ordinateur une carte des « phases ouvertes de lecture »
    (en anglais : Open Reading Frame, d’où l’abréviation ORF). On peut ainsi détecter les
    CDS potentielles présentes sur ce fragment d’ADN.
    Rappel : sur ce type de carte :
    - un trait vertical court indique la présence d’un triplet 5’ATG3’
    - un trait vertical long indique la présence d’un triplet 5’TAA3’, 5’TAG3’ ou 5’TGA3’

    Quelle est la longueur en acides aminés des protéines synthétisées à partir
    de ces CDS et leur masse moléculaire respective, en sachant que la masse
    moléculaire moyenne d’un acide aminé est de 110 Dalton ?

    Mon travai :

    On a 5000pb=5000 nucléotides.Il faut 3 nucléotides pour former un acide aminé soit :

    5000/3~1666 aa

    (110 dalton/aa) x (1666 aa)=183260 dalton

    1 nucléotide=0,34 nm
    1aa = 3x0,34 =1,02 nm

    d'où 183260 x 1,02 = 186925,2 nm = 0,186925,2 mm

    Voila

    -----

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  3. #2
    Moumoutte

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    Bonjour,

    1 nucléotide=0,34 nm
    1aa = 3x0,34 =1,02 nm

    d'où 183260 x 1,02 = 186925,2 nm = 0,186925,2 mm
    L'idée n'est pas bête. Maintenant je n'ai jamais vu de tels calculs et je doute que l'approximation soit vraiment correcte. Je suppose qu'il faut juste se contenter du nombre d'acide aminés présent dans la séquence (l'énoncé vous dit "longueur en acide aminé"). C'est en général plus parlant de toute façon.
    Je précise également que dans la plupart des cas la méthionine est enlevée et que les codon stop ne sont pas traduits en acide aminé. Pensez-y.

    De plus, au vu de l'énoncé, la carte ORF n'est-elle pas fournie?
    Je pense qu'il doit y avoir plusieurs cadres de lecture et que vous devez calculer la longueur et la masse des protéines qui peuvent être potentiellement traduites.

    Cordialement

  4. #3
    jojok10

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    Voila mon énoncé en entier,j'ai répondu à toute les questions sauf celle la.

    A partir d'une banque d'ADN génomique construite à partir de cellules de levure d’une
    souche S de Schizosaccharomyces pombe, on a isolé un fragment d'ADN de 5 000
    paires de bases (pdb). Ce fragment d'ADN est analysé à l’aide du logiciel DNA strider
    sur micro-ordinateur Macintosh. La recherche de séquences pouvant correspondre à des
    gènes codant des protéines a été faite en utilisant la fonction "ORF map" du logiciel qui
    fait apparaître à l’écran de l’ordinateur une carte des « phases ouvertes de lecture »
    (en anglais : Open Reading Frame, d’où l’abréviation ORF). On peut ainsi détecter les
    CDS potentielles présentes sur ce fragment d’ADN.
    Rappel : sur ce type de carte :
    - un trait vertical court indique la présence d’un triplet 5’ATG3’
    - un trait vertical long indique la présence d’un triplet 5’TAA3’, 5’TAG3’ ou 5’TGA3’
    Le profil obtenu est présenté sur la figure 1.


    1) Définissez ce qu’est une CDS (CoDing Sequence).

    2) D’après la figure 1, déterminez le nombre de CDS détectées sur le fragment
    d’ADN de la souche S.

    3) Faites un schéma représentant le fragment étudié sous la forme double brin
    orienté et indiquez :
    - les coordonnées (début et fin) approximatives des CDS que vous avez
    identifiées
    - la phase de chacune des CDS
    - le brin matrice (transcrit) et le sens de la transcription
    - les positions approximatives du promoteur et du terminateur de transcription,
    ainsi que celles des triplets correspondant aux codons d'initiation et de
    terminaison de la traduction

    4) En fonction de la localisation du promoteur et du terminateur, représentez
    sur cette figure l'ARN messager correspondant à chaque CDS en l'orientant
    et en y positionnant la coiffe, la queue polyA, la région codante et les
    régions 5'UTR et 3'UTR.

    5) Quelle est la longueur en acides aminés des protéines synthétisées à partir
    de ces CDS et leur masse moléculaire respective, en sachant que la masse
    moléculaire moyenne d’un acide aminé est de 110 Dalton ?

    IMG.png

    Je n'ai pas plus

  5. #4
    jojok10

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    Help please

  6. #5
    Moumoutte

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    Bonjour,

    je ne comprends pas bien là où vous butez.
    Si vous avez répondu aux questions précédentes, il vous suffit de prendre les CDS que vous avez identifié auparavant et de réaliser le calcul que vous nous avez indiqué: vous déterminez la longueur en acides aminé puis à partir de là, vous calculez la masse en daltons.

    +

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    jojok10

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    j'ai donné la defintion de CDS.
    le nombre de CDS détecté : 2
    les schémas.

    mais oui ensuite je bloque je n'arrive pas à trouver la réponse.

    je prends 5000 pb et je divise par 3 et je soustrais 6 (stop et atg) ce qui me donne le nombre d'aa?

    merci

  9. Publicité
  10. #7
    Moumoutte

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    Bonjour,

    Oui votre calcul est juste.
    Mais si j'ai bien compris la question, il vous faut calculer ceci sur la longueur de vos CDS (et pas sur la séquence en entier).
    Vous avez déterminé vos CDS, donc vous connaissez leur longueur et vous n'avez plus qu'à faire le calcul que vous proposez (mais pas sur 5000pb mais sur la longueur de vos CDS)

    +

  11. #8
    jojok10

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    Enfaite j'ai trouvé la réponse sur internet pour le nombre de CDS donc je ne connais pas leur longueur....

  12. #9
    Moumoutte

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    Bonjour,

    Vous pouvez facilement repérer les CDS sur l'image en cherchant de grandes fenêtres ouvertes (zones sans codon STOP). Il semblerait qu'il y en ait une en 1> et une en 2< dans la souche S. Remarquez d'ailleurs le codon STOP qui apparait dans le CDS 1> de la souche M et qui raccourcit donc la protéine.
    pour la longueur je crains que ça ne soit qu'une approximation au vu de l'image que l'on vous a donné, mais une longueur de 1600bp pour la première et 1500bp pour la deuxième me semble convenable.

    +

  13. #10
    jojok10

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    ok merci

  14. #11
    madabeach

    Re : Longueur en acides aminés d'une protéine

    bONJOUR JOJOK.
    Je sais que cela fait quelques années mais peux tu me dire quels sont les schémas que tu as fait ?

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