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Taxonomie et classification phylogénétique



  1. #1
    ulquiorra44

    Taxonomie et classification phylogénétique


    ------

    Bonjour,

    Est ce que la taxonomie et la classification phylogénétique correspond à la même chose ? Est ce que la classification phylogénétique est un terme plus récent que la taxonomie?

    Je me suis un peu attardé sur le net et j'ai cru comprendre que la classification phylogénétique est la nouvelle classification des êtres vivants, remplaçants un autre système de classement plus primitive. Quel était ce système de classement plus primitive ?

    Merci pour vos réponses

    -----

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  3. #2
    minushabens

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    la taxonomie range les espèces en genre, famille, ordre, etc. Du coup si tu représentes la taxonomie par un arbre, chaque taxon se divise au rang inférieur en un certain nombre de taxa qui sont tous sur le même plan (l'arbre prend localement la forme d'un rateau). La phylogénie elle crée des arbres binaires, puisque quand un événement de spéciation a lieu, c'est toujours exactement deux espèces qui sont créées, jamais 3 ou plus. Du coup la phylogénie produit un grand nombre de taxa, qui pour la plupart ne portent pas de nom.

  4. #3
    ulquiorra44

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Je pense avoir mieux saisi le sens, merci.

    Mais je ne dit pas non à quelqu'un qui complète ou ajoute du contenu à la réponse, je suis preneur.

    Concernant les taxons dans la taxonomie, est ce que quelqu'un peux me les citez ? Sur certains sites je vois qu'ils commencent par le domaine, dans d'autres c'est le règne...

  5. #4
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Citation Envoyé par minushabens Voir le message
    La phylogénie elle crée des arbres binaires, puisque quand un événement de spéciation a lieu, c'est toujours exactement deux espèces qui sont créées, jamais 3 ou plus.
    Inexact. D'ailleurs contre-exemple : https://www.pnas.org/content/96/9/5101

    Plus exactement, la phylogénie décrit dans son arbre la distance génétiques entre populations/individus.

    Il ne s'agit pas nécessairement de taxons, d'ailleurs (comme l'illustre les phylogénies d'actulité du COVID19). En sorte qu'on a d'un côté la taxonomie qui descend rarement en-dessous de l'échelon de l'espèce (uniquement pour des populations suffisamment séparées pour caractériser des sous-espèces a priori génétiquement en voie de spéciation) alors que la phylogénie ça peut théoriquement descendre jusqu'à l'arbre généalogique avec papy, mamy, le cousin Gontran, etc. La la phylogénie s'attache souvent au lignage par rapport à une mutation ou d'un (groupe de) gène(s), tandis qu'en taxonomie on se basait jusqu'à la fin du XXe sicècle sur des homologies de phénotypes -- ça aussi c'est une grosse différence : la taxonomie ancienne contient des taxons paraphylétiques voire polyphylétiques, pas la phylogénie.

    C'est ce qui fait par exemple que la phylogénie des mammifères euthériens qui diffère tellement des noms traditionnels d'ordres, etc (par exemple il n'existe pas réellement "d'Insectivora" en phylogénie).
    Dernière modification par noir_ecaille ; 26/08/2020 à 19h10.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    minushabens

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Inexact. D'ailleurs contre-exemple : https://www.pnas.org/content/96/9/5101
    attention, il s'agit de phylogénies etimées à partir des séquences d'un seul gène (il me semble, j'ai survolé le papier). Il y a ce qu'on appelle des "noeuds non résolus" qui apparaissent comme des "rateaux" mais si la phylogénie avait été reconstruite à partir de données génétiques plus étendues, notamment les génomes complets comme on fait actuellement, les noeuds auraient probablement été résolus.

    Plus exactement, la phylogénie décrit dans son arbre la distance génétiques entre populations/individus.
    ça en revanche c'est inexact. La phylogénie concerne les espèces et pas la façon dont on les décrit. On peut très bien reconstruire une phylogénie à partir de données morphologiques, même si effectivement aujourd'hui la génétique est considérée comme contenant le plus d'informations.

  8. #6
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    La phylogénie ne concerne pas des espèces mais la distance génétique entre des individus ou (le plus souvent) entre populations. C'est notamment ce qui met en lumière aussi bien des phénomènes comme l'effet fondateur.

    La "phylogénie" sur les seuls phénotypes/morphotypes c'est juste de la taxonomie, parfois remaniée à la sauce phylogénétique. Je pense surtout qu'il y a confusion entre cladistique et taxonomie. D'ailleurs la taxonomie s'attache à nommer tous les groupes, la cladistique un peu moins. La cladistique construit/retrace les embranchements en se basant effectivement/systématiquement sur les seuls relations phylogéniques (donc la génétique) et pour cela utilise beaucoup l'horloge moléculaire, laquelle n'est pas toujours en accord avec les registres fossiles (registre incomplet oblige) mais surtout souvent en désaccord avec la taxonomie (ex : révélation de nombreuses convergences évolutives chez les mammifères, notamment au sein des seuls euthériens d'où des conflits de classifications). Ne pas oublier que la taxonomie, c'est initialement de la classification par morphotype : reptiles, ongulés, protozoaires, etc. La cladistique fait fi des morphotypes, d'où des groupes bien plus diversifiés sur le plan morphologique (ex : les Pegasoferae).
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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  10. #7
    minushabens

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    je ne souhaite pas polémiquer avec noir_ecaille, c'est bien inutile, mais pour les autres lecteurs de ce fil je maintiens ce que j'ai écrit.

  11. #8
    ulquiorra44

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Au contraire c'est enrichissant pour tout le monde.

    Juste au passage est ce que quelqu'un peux me donner le nombre de taxons ainsi que leurs appellations svp ?

  12. #9
    minushabens

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    si tu affiches la page wiki d'une espèce quelconque (celle-ci par exemple : https://fr.wikipedia.org/wiki/Rat_noir ) tu verras sous la photo la classification complète avec les noms des différents niveaux.

  13. #10
    ulquiorra44

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Oui mais la classification sur le site ci joint n'est pas la même, dans l'un il commence par le domaine et l'autre par le règne. Pourquoi ?

    https://www.futura-sciences.com/plan...ant-taxon-264/

  14. #11
    minushabens

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    la nomenclature de Wiki est celle de Linné. Au XVIIIème siècle on ne connaissait pas les bactéries et on ne savait rien des noyaux des cellules donc on ne pouvait pas parler de la différence entre eucaryotes et procaryotes. Depuis Linné les connaissances ont bien changé. Sous le taxon "animalia" de Linné on distingue maintenant des bilatériaux, des deutérostomiens, avant d'arriver aux chordés. La classification du type de celle de Linné est utile mais elle ne reflète pas du tout les connaisances modernes sur la phylogénie des organismes vivants.

  15. #12
    Cendres
    Modérateur

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Citation Envoyé par ulquiorra44 Voir le message
    Au contraire c'est enrichissant pour tout le monde.

    Juste au passage est ce que quelqu'un peux me donner le nombre de taxons ainsi que leurs appellations svp ?
    Il y en a des millions...ça va être dur.
    N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)

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  17. #13
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    En même temps ce sont des taxobox sur Wikipédia, pas des cladobox ni des phylobox.

    Justement ce n'est pas polémique : la taxonomie (surtout selon Linnné) existe toujours, même si elle ne reflète pas tout le temps les relations phylogénique (au contraire de la cladistique)

    D'ailleurs exemple : on parle (encore) de "reptiles mammaliens" pour les taxons considérés comme proche des mammifères et mammaliaformes sans en faire partie. Une opposition en somme, possible en taxonomie mais pas en cladistique (puisque la cladistique considère qu'un clade enfant est forcément compris dans le clade parent).

    Résumons...
    Il existe deux méthodes principales de classification du Vivant :
    • la taxonomie :
      - historiquement la plus ancienne méthode (synonyme de classification classique)
      - méthode des morphotypes, parfois couplée aux données historiogéographiques à disposition (d'où des taxons Lazarre aussi, mais aussi mise en évidence d'autres phénomènes -- tectonique des plaques, stratigraphie, etc)
      - traversée par plusieurs courants/sensibilités (adossage strict ou partiel ou pas du tout, à la philogénie moléculaire)
      - d'usage dans le langage courant (chez les profanes)
      - dont les subdivisions ne vont pas en-deçà de l'espèce voire la sous-espèce
      - suit les registres fossiles plus fidèlement (principale méthode de classification pour les fossiles trop anciens pour utiliser la phylogénie moléculaire)
    • la cladistique :
      - historiquement la méthode la plus récente (synonyme de méthode phylogénétique / phylogénie moléculaire)
      - méthode des génotypes (partiels ou complets), dit aussi "horloge moléculaire", par homologies des séquences et par retraçage des évènements moléculaires (mutations, rétroposons/transposons, etc)
      - strictement établie sur la phylogénie moléculaire, résultats pouvant parfois différer selon la "séquence" cible utilisée (de la mutation au génome complet, en passant par tous les intermédiaires (gène, locus, etc) et retraçages (rétroposons/transposons)) mais dans les faits c'est toujours la cible la plus englobante qui dicte les embranchements (résultats selon génomes complest > résultats selon séquence d'une protéine)
      - pas en usage dans le langage courant (ex : Pegasofera absent du vocabulaire profane)
      - dont les subdivisions peuvent descendre jusqu'à la phylogénie entre populations d'une même espèce/sous-espèce (migration des populations, effet fondateur, etc)
      - indépendante des registres fossiles, d'où des désaccords/décalages entre généticiens et paléontologues + incertitude (à omission) complète des embranchements anciens et éteints dont on ne peut évaluer les homologies moléculaires

    Strico sensu, la phylogénie retrace les lignées et peut même descendre jusqu'au niveau inter-individus (généalogie). Elle est de fait synonyme de phylogénétique. Ainsi le partage d'un phénotype, s'il est un indice, doit toujours s'accompagner d'une analyse moléculaire pour déterminer s'il y a stricte synapomorphie ou simple homologie de convergence (évolutive).
    Dernière modification par noir_ecaille ; 27/08/2020 à 18h20.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  18. #14
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    PS : Taxonomie et phylogénie moléculaire sont toutes deux en usage. Elles sont parfois en désaccord tout en cherchant le compromis -- le but étant de construire "un arbre du Vivant" aussi fiable que possible.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  19. #15
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Citation Envoyé par Cendres Voir le message
    Il y en a des millions...ça va être dur.
    Surtout si on cumule les taxons traditionnels et ceux plus modernes (dont ceux strictement basés sur le morphotype et ceux qui cherchent à se rapprocher de la phylogénie moléculaire)...
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  20. #16
    ulquiorra44

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Des millions ? Je ne suis pas encore arrivé là. Je parle uniquement des taxons dans le domaine de la taxonomie.

    Est ce bien cela : Règne, embranchement, classe, ordre, famille, genre, espèce

    Dans d'autre site il commence par Domaine, règne, embranchement.....

    En quoi fait référence le "Domaine" ?

    Si on prend l'exemple du chien, le "règne" est animal. Quel est donc son domaine ?

    Merci d'avance pour vos réponses

  21. #17
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Hou-là ! C'est de la classification classique, toutes ces dénominations d'échelon

    Pour une fois, un lien Wikipédia pas trop mal : https://fr.wikipedia.org/wiki/Rang_taxonomique

    NB : Il existe des échelons intermédiaires en sus de ceux mentionnés dans l'article (ex : cohorte).
    PS : Il n'est pas toujours fait mention de l'intégralité des échelons précédant ceux sur lesquels est mis l'emphase dans un article. Il y a aussi des problèmes de visibilité quand existe beaucoup (trop) d'échelons intermédiaires.
    Dernière modification par noir_ecaille ; 27/08/2020 à 20h51.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  22. #18
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    PPS : Le domaine est généralement le Vivant.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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  24. #19
    ulquiorra44

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Hihihi tu as donc pu comprendre que je suis novice dans la matière.

    "le domaine" fait référence au vivant c'est à dire ? Donc du coup c'est à partir de la que commence la classification sans pour autant qu'il soit un Taxon ?

  25. #20
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Citation Envoyé par ulquiorra44 Voir le message
    Donc du coup c'est à partir de la que commence la classification sans pour autant qu'il soit un Taxon ?
    C'est ça
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  26. #21
    minushabens

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Ce qui est appelé "domaine" dans la classification que tu as montrée, c'est l'une des trois grandes divisions du vivant (donc au-dessus du règne) : eucaryotes, eubactéries et archées. Comme je l'écrivais plus haut, ces catégories étaient inconnues du temps de Linné.

  27. #22
    ulquiorra44

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Différence entre Taxinomie et phylogénie :

    De premier abord la nomenclature biologique nous paraît bien déroutante, raison pour laquelle je me propose de faire une première synthèse de ce qui a été dit et par le biais de mes petites recherches, au vu de la complexité du sujet, cela ne m'étonnerait donc pas qu'il y ait des confusions et des erreurs. J'insiste sur le caractère non exhaustif, afin de pouvoir mieux cerner le sujet tout étant le plus concis possible.

    Taxonomie et phylogénie sont deux termes liés à la classification des organismes.

    Taxonomie*: La taxonomie est la science de la classification des êtres vivants qui a pour objet de décrire et regrouper les espèce en groupe appelé Taxon. Les 8 rangs principaux sont le domaine (ou empire) , le règne, l'embranchement (division ou phylum), la classe, l'ordre, la famille, le genre et l'espèce (du plus général au plus particulier). Chaque taxons peut être subdivisé en plusieurs parties.

    Exemple pour l'homme :*
    Règne : Animal
    Embranchement : Chordés
    Classe : Mammifères*
    Ordre : Primate (vision binoculaire, préhension efficace grâce à un pouce opposable)*
    Famille : Hominidés (grande taille, au même titre que les orang-outans)*
    Genre : Homo (gros cerveau, au même titre que homo habilis, neanderthalensis... )*
    Espèce : Homo sapiens sapiens

    Rq*:
    Est ce correct de dire que l'ancienne classification comportait 7 rangs taxonomiques (de règne à espèce) ? Le rang de "règne" comprenait les bactéries, les archées et les eucaryotes.*

    La classification plus moderne comporte 8 rangs taxonomiques (de domaine à espèce). Domaine (ou empire) comprend les "eucaryotes" et "procaryotes". Puis le règne qui comprend "archée", "bactérie", "protozoaire", "champignon", "animaux", et "plante" (je ne sais pas si j'en ai oublié). Les autres rangs taxonomiques doivent je pense être similaire mais je peux me tromper.*



    Phylogénie*: La phylogénie décrit l'histoire évolutive d'une espèce ou d'un groupe d'espèces et les classifie non pas en fonction de leur ressemblance mais en fonction d'un ancêtre commun. Les arbres phylogénétiques sont donc construits en tenant compte de l'évolution et des relations des espèces. Bien que ces arbres soient des constructions hypothétiques, la phylogénie est un outil utile en taxonomie lors de la classification des organismes.
    Elle étudie les relations de parenté entre des êtres vivants :
    Entre individus : En s'appuyant sur la généalogie, seule une généalogie individuelle peut répondre à la question "qui est l'ancêtre de qui"*
    Entre populations : À l'intérieur d'une même espèce (qui peux répondre à la question "qui est le plus proche parent de qui")*

    Exemple pour l'homme :

    Nom : Arbre phylogénique homme.jpg
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Taille : 228,0 Ko

    Rq : D'ailleurs pouvons nous incorporer la généalogie comme une branche de la phylogénie à l'image de ce que j'ai effectué juste au dessus ou séparer les 2 domaines bien distinctement ? Si ce sont 2 domaines bien distincts, alors la phylogénie décrit uniquement l'histoire évolutive de groupes d'espèces, non*?
    Rq 2 : Est ce que la classification phylogénétique et la classification cladistique sont identiques ? Est ce que cela reviens à dire que la phylogénie et la cladistique sont identiques ?*

  28. #23
    minushabens

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Citation Envoyé par ulquiorra44 Voir le message
    La classification plus moderne comporte 8 rangs taxonomiques (de domaine à espèce). Domaine (ou empire) comprend les "eucaryotes" et "procaryotes". Puis le règne qui comprend "archée", "bactérie", "protozoaire", "champignon", "animaux", et "plante" (je ne sais pas si j'en ai oublié). Les autres rangs taxonomiques doivent je pense être similaire mais je peux me tromper.*
    non, la phylogénie qui est acceptée aujourd'hui c'est : (eu)bactéries d'un côté, archées+eucaryotes de l'autre, pour la première fourche de l'arbre du vivant. Mais si tu veux parler de domaine, on cite en général trois domaines: bactéries (appelées aussi eubactéries), archées, eucaryotes.

    et par ailleurs ton "arbre de la lignée humaine" m'a l'air assez mal foutu. Je ne sais pas d'où il sort mais il doit dater un peu.
    Dernière modification par minushabens ; 29/08/2020 à 13h30.

  29. #24
    ulquiorra44

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Ok donc la classification de nos jours il y à 3 domaines : Bactéries (ou eubactéries), archée et eucaryotes.

    Est ce que selon toi il existe 8 rangs taxonomiques (les principaux) ? Domaine (ou empire), règne, embranchement (division ou phylum), la classe, l'ordre, la famille, le genre et l'espèce

    Peux tu juste me donner les différents règnes (animal, végétal...) ?

    Est ce que la généalogie est une branche de la phylogénie ou sont 2 domaines bien à part ?

    Est ce que la classification phylogénétique et classification cladistique correspond à la même chose ?

    Sinon est ce que le reste est exact ?

    Merci beaucoup d'avance pour vos réponses

  30. Publicité
  31. #25
    noir_ecaille

    Re : Taxonomie et classification phylogénétique

    Citation Envoyé par ulquiorra44 Voir le message
    Est ce que selon toi il existe 8 rangs taxonomiques (les principaux) ? Domaine (ou empire), règne, embranchement (division ou phylum), la classe, l'ordre, la famille, le genre et l'espèce
    Ce sont théoriquement/idéalement les principaux rangs, tout en sachant que ce "schéma" de base est complété de rangs intermédiaires selon les besoins. A savoir aussi que contraitement à la cladistique, il peut arriver des situations telle qu'une famille ne possédant qu'un seul genre et une seule espèce. Je n'ai pas d'exemple en tête au moment où j'écris, encore qu'on retrouve aussi pléthore de genres avec une seule espèce aussi. Bref, même si hypothétiquement il existait par exemple une seule espèce seule de son propre domaine, on aurait toujours huit rangs taxonomiques par défaut.

    Citation Envoyé par ulquiorra44 Voir le message
    Peux tu juste me donner les différents règnes (animal, végétal...) ?
    C'est vaste... et je ne suis pas sûre d'être à la page. Le mieux encore c'est de reprendre Wikipédia : https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A8gne_(biologie)
    NB : Dans le cas des règnes, on n'est plus sur de la phylogénie mais toujours dans la taxonomie par morphotypes (ex : protozoa est polyphylétique).

    Citation Envoyé par ulquiorra44 Voir le message
    Est ce que la généalogie est une branche de la phylogénie ou sont 2 domaines bien à part ?
    La généalogie est une forme très spécifique de phylogénie. On retrace les liens de parenté à un niveau génétique et surtout individuel, c'est l'essence même/originale des liens de parenté.

    Citation Envoyé par ulquiorra44 Voir le message
    Est ce que la classification phylogénétique et classification cladistique correspond à la même chose ?
    C'est synonyme. La cladistique est définie comme le classement par liens de parenté. Les membres d'un même groupe/clade sont plus apparenté entre eux qu'avec aucun autre groupe/clade.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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