Besoin d'avis sur méthode statistique
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Besoin d'avis sur méthode statistique



  1. #1
    invitedc617252

    Besoin d'avis sur méthode statistique


    ------

    Bonjour à tous.

    Réalisant une étude de biodiversité pour mon stage de M2, me voilà face à certaines questions quant à mon analyse de données.

    1) Je dispose de deux séries de données quantitatives "inventaire1" et "inventaire2", contenant chacune 6 valeurs (pour 6sites inventoriés). Mesurant la même chose à chaque fois, je pense pouvoir apparier mes données. N'ayant que peu de valeurs, j'utilise un test non paramétrique.
    Pour tester la différence entre mon inventaire 1 et mon inventaire 2, je pensais donc utiliser un test de Wilcoxon.

    J'ai fait ceci sous R:

    eff1=c(114,128,82,45,80,24)
    eff2=c(108,175,109,130,113,51)
    wilcox.test(eff1,eff2,paired=T )

    Wilcoxon signed rank test with continuity correction
    data: eff1 and eff2
    V = 1, p-value = 0.05848
    alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0
    Message d'avis :
    In wilcox.test.default(eff1, eff2, paired = T) :
    impossible de calculer la p-value exacte avec des ex-aequos

    Est-ce quelqu'un peut me confirmer que ce que j'ai fait est correct? Puis-je en conclure, en prenant un risque alpha=0.05 que mes données ne sont pas significativement différentes, mais presque?


    2) Toujours dans le même projet, je tente de mettre en évidence un lien entre deux variables quantitatives: le nombre d'espèces d'insectes et le nombre d'espèces de fleurs.
    Je dispose là aussi de 6 valeurs seulement pour chaque variable: je ne peux donc pas parler de normalité, la régression linéaire est-elle possible quand même?
    J'avais pensé à un modèle linéaire généralisé, voilà ce que j'avais tenté, sans grande conviction:

    RSflore=c(37,65,87,116,39,58)
    RSfaune=c(14,28,29,33,16,19)

    mod1=glm(RSfaune~RSflore)
    cor(predict(mod1),RSfaune)^2

    [1] 0.866053

    Le R² que j'obtiens est le même que pour la régression linéaire que j'avais réalisé sous Excel...

    Qu'en pensez-vous?

    Merci infiniment à celui ou ceux qui pourront m'éclairer

    -----

  2. #2
    invitec5eb4b89

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Citation Envoyé par Kanaye31 Voir le message
    Est-ce quelqu'un peut me confirmer que ce que j'ai fait est correct? Puis-je en conclure, en prenant un risque alpha=0.05 que mes données ne sont pas significativement différentes, mais presque?
    Je n'ai rien à dire sur l'utilisation du test. En tout cas j'apprécie le fait que tu ais rajouté du code R pour qu'on puisse regarder un peu les données.

    Par contre la conclusion "pas significativement différentes, mais presque", ca ressemble à du Jean-Baptiste Botul ... Le "mais presque" est vraiment de trop.

    Citation Envoyé par Kanaye31 Voir le message
    2) Toujours dans le même projet, je tente de mettre en évidence un lien entre deux variables quantitatives: le nombre d'espèces d'insectes et le nombre d'espèces de fleurs.
    Je dispose là aussi de 6 valeurs seulement pour chaque variable: je ne peux donc pas parler de normalité, la régression linéaire est-elle possible quand même?
    (...)
    Qu'en pensez-vous?
    Calculer un coefficient de corrélation ne nécessite pas de supposer que les données sont gaussiennes. Donc le R^2 accompagné du graphe du nb d'esp. d'insectes en fonction du nb d'esp. de fleurs avec une droite de régression linéaire me semble suffisant pour décrire les données...

  3. #3
    invitedc617252

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Merci beaucoup pour votre réponse!
    En fouillant dans mes vieux cours de licence, je commençais tout juste à sortir la tête de l'eau, me voilà rassurée!

    J'ai longtemps hésité à rajouter le "mais presque" qui sonnait tout sauf statistiquement correct, mais je n'avais pas résisté: je sais maintenant que mes données ne sont pas différentes POINT!

    J'aurai toutefois une dernière question quant au calcul du coefficient de corrélation. Toujours sous R, le "cor.test" propose une alternative "greater": j'ai cru comprendre que cela faisait référence à l'hypothèse alternative "ma variable X est positivement corrélée à ma variable Y". Or je pensais que le signe du r obtenu suffisait à lui seul pour conclure à une corrélation positive ou négative.

    > cor.test(RSflore,RSfaune,metho d="pearson", alternative="greater")

    Pearson's product-moment correlation

    data: RSflore and RSfaune
    t = 5.0855, df = 4, p-value = 0.003527
    alternative hypothesis: true correlation is greater than 0
    95 percent confidence interval:
    0.6127668 1.0000000
    sample estimates:
    cor
    0.9306197

    > cor.test(RSflore,RSfaune,metho d="pearson")

    Pearson's product-moment correlation

    data: RSflore and RSfaune
    t = 5.0855, df = 4, p-value = 0.007053
    alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
    95 percent confidence interval:
    0.4864587 0.9925515
    sample estimates:
    cor
    0.9306197

    On voit alors que la p-value n'est plus la même...qu'est ce que je peux en conclure?

    Et enfin, peut-on également me confirmer que je dois comparer mon r obtenu (0.93) au r ddl4 de la table de Pearson (0.81)?

    Merci encore.

  4. #4
    inviteae4072e1

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Citation Envoyé par HigginsVincent Voir le message
    Calculer un coefficient de corrélation ne nécessite pas de supposer que les données sont gaussiennes. Donc le R^2 accompagné du graphe du nb d'esp. d'insectes en fonction du nb d'esp. de fleurs avec une droite de régression linéaire me semble suffisant pour décrire les données...

    Mmmmhh et la structure des résidus de la régression ? On peut très bien obtenir un R-deux élevé, avec des résidus non assimilés à un bruit blanc. Le R-deux assure l'explication variables endo/exo, mais n'assure pas la validité du modèle au sens stochastique. Une étude sur les résidus de la regression est indispensable, afin de bien vérifier que l'hypothèse de bruit blanc gaussien (en théorie).

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    invitec5eb4b89

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Citation Envoyé par HAL 9000 Voir le message
    Mmmmhh et la structure des résidus de la régression ? On peut très bien obtenir un R-deux élevé, avec des résidus non assimilés à un bruit blanc. Le R-deux assure l'explication variables endo/exo, mais n'assure pas la validité du modèle au sens stochastique. Une étude sur les résidus de la regression est indispensable, afin de bien vérifier que l'hypothèse de bruit blanc gaussien (en théorie).
    Mmmmoui, mais avec six points, on ne va peut être pas être trop exigeants avec les données, d'autant que si on visualise le graphe, le nuage de points n'a rien d'exotique

  7. #6
    inviteae4072e1

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    C'est vrai qu'avec un échantillon de 6 données... On peut faire dire tout et n'importe quoi avec un tel échantillon...

  8. #7
    invitec5eb4b89

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Oui, bon, on va pas se battre parce qu'il n'y a pas assez de points pour mener des tests de façon robuste. Cela n'empêche pas de calculer un coefficient de corrélation, ni de tracer une droite de régression linéaire.

    Mais pour répondre à la question sur le test de la valeur du coefficient de corrélation, on peut en effet faire un test bilatéral (le coefficient est significativement différent de 0) ou un test unilatéral (le coefficient est significativement supérieur à 0), et euh assez logiquement le résultat est différent. Attention au test basé sur le coefficient de Pearson, qui nécessite que les données soient gaussiennes !

  9. #8
    inviteae4072e1

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Citation Envoyé par HigginsVincent Voir le message
    Oui, bon, on va pas se battre parce qu'il n'y a pas assez de points pour mener des tests de façon robuste. Cela n'empêche pas de calculer un coefficient de corrélation, ni de tracer une droite de régression linéaire.
    Non cela n'empêche pas. Mais j'éviterai de tirer des conclusions sur ce genre d'étude, ou alors, je mesurerai mes propos de la façon suivante : "Cependant, vu la faible quantité de données que nous avons étudié, il serait tout à fait préjudiciable de croire en la validité de tels résultats..."


  10. #9
    goz

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Citation Envoyé par Kanaye31 Voir le message

    J'ai longtemps hésité à rajouter le "mais presque" qui sonnait tout sauf statistiquement correct, mais je n'avais pas résisté: je sais maintenant que mes données ne sont pas différentes POINT!
    Non, tu a juste plus de 5 % de chance de te tromper en disant que ta différence observée est due au hasard. dans la pratique, tu peut effectivement dire que la différence n'est pas significative, mais tu ne peut pas dire qu'il n'y a pas de différence vu que tes 2 séries ne sont pas rigoureusement identiques. ca c'était pour chercher la petite bete... c'est un abus de langage fait assez régulièrement

    Pour ce qui est de la différence entre unilatéral et bilatéral, le bilatéral te permet d'avoir de diviser ta pvalue seuil par 2. Il faut cependant avoir un a priori fort pour l'utiliser. Dans ton cas, si tu considère qu'une plus grande diversité de fleur va permettre une plus grande diversité d'insectes (je pense que tu peut trouver des choses dans le genre pour étayer ca, pas forcément que sur les plantes/insectes), tu peut donc considérer que ton r sera plus grand que 1, et donc faire un test unilatéral. Ce point la reste cependant pas mal discuté (enfin il me semble) tu a donc intérêt a bien le justifier si tu le fait. si quelqu'un en sait plus que moi sur le sujet...

  11. #10
    goz

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Pour ce qui est de la pertinence de la réponse du test au vu de nombre de points, c'est pour moi pris en compte dans le test a travers les ddl n(plus tu a de points plus il est facile de montrer un effet, si tu a peut de points et un effet alors il n'y a pas de problème, pour moi c'est plus le risque de passer à coté d'un effet qui augmente). je suis par contre d'accord pour dire que le faible nombre de point pose un problème pour la normalité des données qui est nécessaire au test, non ?

  12. #11
    inviteae4072e1

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Citation Envoyé par goz Voir le message
    je suis par contre d'accord pour dire que le faible nombre de point pose un problème pour la normalité des données qui est nécessaire au test, non ?
    Non. C'est la statistique de Wilcoxon qui suit une loi normale, non les données.

  13. #12
    goz

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    je voulais dire normalité des résidus dans mon post précédent. qu'est ce que la statistique de wilcoxon ?

  14. #13
    inviteae4072e1

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique


  15. #14
    invite06f30442

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Bonjour,
    Je suis moi même un peu bloquée au sujet du test Wilcoxon.
    Je dispose de données relative à la déssication d'une culture sur différentes parcelles au cours du temps.
    Le taux de matières sèche de mes échantillons augmentent avec le temps, cela ne suit donc pas une loi normale. J'aimerais réaliser un test pour savoir si il y a un effet de la parcelle sur la cinétique de déssication au cours du temps !
    Pouvez vous m'aider sur les tests à réaliser ? Je suis novice sur R, utilise encore Rcmdr ..
    Merci beaucoup

  16. #15
    invite06b993d0

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Citation Envoyé par got08 Voir le message
    Le taux de matières sèche de mes échantillons augmentent avec le temps, cela ne suit donc pas une loi normale.
    ça n'a rien à voir.

  17. #16
    invite06f30442

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Et donc ? quel test te semble le plus approprié ?

  18. #17
    invite06f30442

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    Et bien en tout cas mehoul, merci pour cette participation plus que constructive ..

  19. #18
    invite06b993d0

    Re : Besoin d'avis sur méthode statistique

    quand on a des mesures répétées, on fait souvent du modèle mixte.

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