[biostat] Variances
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[biostat] Variances



  1. #1
    Inkald

    [biostat] Variances


    ------

    Bonsoir !

    Alors voilà un petit préambule pour comprendre ma question :
    On cherche à savoir si le taux d’albumine et de creatinine sont des bons marqueurs pour la cirrhose du foie.
    On fait donc des études stats bla-bla-bla ...

    On a 2 échantillons : 1 de patients atteints de la cirrhose et 1 de sains.
    On fais une série stat bla-bla-bla... et on obtient 2 Boxplot pour chaque taux soit en tout 4 (wow).

    J’ai une petite question concernant L’interprétation de 2 boxplot :
    Pour le taux de creatinine, on a 2 boxplot : 1 pour les atteints et 1 pour les sains.
    Pour les 2 boxplot ont à une médiane quasi similaire, on a une distance interquartile de 30 pour le boxplot 1 et de 35 pour le boxplot 2.

    Grande distance interquartile c’est relatif à grande variance donc grande dispersions autour de la moyenne ...
    mais du point du vue de l’étude statistique ... ?
    Que ce soit pour les individus sains ou patients atteints, on a 50% de sujets sains et 50% des sujets atteints qui auront une médiane quasi égale, une moyenne quasi égale, un taux quasi égal.
    Mais ne peut-on pas relier ces interprétations à un tirage aléatoire ? C’est à dire ne peut-on pas dire que si on prends une personne au hasard dans la population saine et une personne au hasard dans La population de malades, ces deux personnes sont susceptibles d’avoir le même taux ?

    On peut dire ça ou quelque chose du style ?

    J’avoue que je n’arrive pas trop à lier mes indices de dispersions statistiques à une question «*biologique*»...

    Merci pour ceux qui prendront la peine de lire...
    PS : et c’est encore mieux de répondre !

    -----

  2. #2
    minushabens

    Re : [biostat] Variances

    Si les médianes sont égales ou presque égales ça signifie que la mesure en question n'est pas un marqueur de la cirrhose. La différence entre intervalles interquartiles que tu cites (30 vs 35) ne me semble pas violente à vue de pif. Tu peux tester l'égalité des variances si tu le souhaites mais ça ne me paraît pas nécessaire.

  3. #3
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    J’ai tout de même fait mon test statistique équipe n’a aboutit à rien car justement par le test de Fisher les variances ne sont pas égales. Mais que cela signifie-t-il ? Du point de vue «*retour à la question biologique*» ?

  4. #4
    ansset
    Animateur Mathématiques

    Re : [biostat] Variances

    le taux de créatinine ( dans le sang ) (*) est surtout un indicateur de la fonction rénale.
    ( trop élevé, pas bon )
    il peut y avoir d'autres causes pathologiques, mais pas le cancer du foie.
    voilà pour l'aspect "bio".

    il n'est donc pas anormal d'avoir une forte similitude entre les deux .

    (*) ne pas confondre avec la "clairance" ( dans les urines ).
    en général les taux sont inversés.
    Dernière modification par ansset ; 09/04/2019 à 14h13.
    y'a quelque chose qui cloche là dedans, j'y retourne immédiatement !

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    gg0
    Animateur Mathématiques

    Re : [biostat] Variances

    Bonjour.

    Que les variances soient différentes entre les malades et les non malades, ce n'est pas surprenant. Mais tu n'as pas donné les variances, ni même les médianes, seulement deux interquartiles. Et les variances rapportent plutôt aux moyennes qu'aux médianes et quartiles.
    Comme c'est toi qui as les données, difficile de savoir ...

    Cordialement.

  7. #6
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    Alors...

    Dans un premier temps j'ai estimé les moyennes dans les 2 échantillons :
    - echantillon 1 m=65.85
    - echantillon 2 m=64.96

    Ensuite j'ai estimé les variances dans les 2 échantillons :
    - echantillon 1 s²=519.80
    - echantillon 2 s²=196.17

    Dans les boxplot, on a pour les 2 échantillons :
    - échantillon 1 : Me=61 / IQ = 30 / Q1 = 50 et Q3 = 80
    - échantillon 2 : Me=65 / IQ = 25 / Q1 = 55 et Q3 = 80



    Tu dis que ce n'est pas surprenant que les variances pour sains et atteints ne soient pas égales, mais pourquoi ? Qu'est-ce que cela reflète ? Je me doute que 519.80 n'est pas pareil que 196.17 mais pourquoi d'après les boxplot on voit que les 2 boxplots sont quasi identiques... sachant que leur variances sont totalement différentes

  8. #7
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    Citation Envoyé par ansset Voir le message
    le taux de créatinine ( dans le sang ) (*) est surtout un indicateur de la fonction rénale.
    ( trop élevé, pas bon )
    il peut y avoir d'autres causes pathologiques, mais pas le cancer du foie.
    voilà pour l'aspect "bio".

    il n'est donc pas anormal d'avoir une forte similitude entre les deux .

    (*) ne pas confondre avec la "clairance" ( dans les urines ).
    en général les taux sont inversés.
    D'ACCORD ! Je comprends mieux.

  9. #8
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    Voilà, ca se sont les 4 boxplot. Ceux du haut pour le taux d'albumine, et ceux du bas pour le taux de créatinine.

    Par exemple, pour le taux de créatinine chez les patients atteints, je dis que "Chez les patients atteints, on a 50% des patients qui ont un taux de créatinine sanguin d’environ 65 µmol.L-1, ce taux varie entre 55 et 80 µmol.L-1 pour la plupart des sujets atteints. Dans certains cas, le taux de créatinine peut descendre à 35 µmol.L-1 ou bien monter à 90 µmol.L-1. La distance interquartile est d’environ 25 ce qui montrer que les valeurs sont assez dispersés autour de la médiane. On remarque que la médiane est de 65 µmol.L-1 et que la moyenne observée calculée sur l’échantillon de patients atteints est de 64.96 µmol.L-1 ce qui semble être cohérent. "

    Est-ce que cela est juste ?

    Et je conclue en disant que : "Les deux box-plot sont superposables, leur médiane sont très proches (61 pour les sujets sains et 65 pour les patients atteints). On peut donc dire que le taux de créatinine n’est pas un bon marqueur car les médianes dans les deux échantillons sont très proches, c'est-à-dire que pour les deux types de sujets, on a 50% des individus qui ont un taux de créatinine quasi similaire: il est donc difficile de déterminer si un patient est atteint de cirrhose du foie en ne regardant que son taux de créatinine sanguin. De plus, on a une dispersion des données qui est assez élevée, on a donc beaucoup de chance d’observer un taux de créatinine compris entre 55 et 80 µmol.L-1 ce qui correspond à la fois aux valeurs en commun de la boite « individus sains » et à la boite « patients atteints » : on aura du mal à déterminer si le taux de créatinine est lié à la cirrhose du foie car un grand pourcentage d’individus aura un taux compris dans cet intervalle, qu’il soit sains ou atteint."
    Images attachées Images attachées  
    Dernière modification par Inkald ; 09/04/2019 à 15h00.

  10. #9
    gg0
    Animateur Mathématiques

    Re : [biostat] Variances

    La variance est fortement impactée par les valeurs extrêmes, qui justement ne sont pas autour de la médiane.

  11. #10
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    Citation Envoyé par gg0 Voir le message
    La variance est fortement impactée par les valeurs extrêmes, qui justement ne sont pas autour de la médiane.
    L'image des boxplot est en cours de validation...

  12. #11
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    Citation Envoyé par Inkald Voir le message
    Voilà, ca se sont les 4 boxplot. Ceux du haut pour le taux d'albumine, et ceux du bas pour le taux de créatinine.

    Par exemple, pour le taux de créatinine chez les patients atteints, je dis que "Chez les patients atteints, on a 50% des patients qui ont un taux de créatinine sanguin d’environ 65 µmol.L-1, ce taux varie entre 55 et 80 µmol.L-1 pour la plupart des sujets atteints. Dans certains cas, le taux de créatinine peut descendre à 35 µmol.L-1 ou bien monter à 90 µmol.L-1. La distance interquartile est d’environ 25 ce qui montrer que les valeurs sont assez dispersés autour de la médiane. On remarque que la médiane est de 65 µmol.L-1 et que la moyenne observée calculée sur l’échantillon de patients atteints est de 64.96 µmol.L-1 ce qui semble être cohérent. "

    Est-ce que cela est juste ?

    Et je conclue en disant que : "Les deux box-plot sont superposables, leur médiane sont très proches (61 pour les sujets sains et 65 pour les patients atteints). On peut donc dire que le taux de créatinine n’est pas un bon marqueur car les médianes dans les deux échantillons sont très proches, c'est-à-dire que pour les deux types de sujets, on a 50% des individus qui ont un taux de créatinine quasi similaire: il est donc difficile de déterminer si un patient est atteint de cirrhose du foie en ne regardant que son taux de créatinine sanguin. De plus, on a une dispersion des données qui est assez élevée, on a donc beaucoup de chance d’observer un taux de créatinine compris entre 55 et 80 µmol.L-1 ce qui correspond à la fois aux valeurs en commun de la boite « individus sains » et à la boite « patients atteints » : on aura du mal à déterminer si le taux de créatinine est lié à la cirrhose du foie car un grand pourcentage d’individus aura un taux compris dans cet intervalle, qu’il soit sains ou atteint."
    Est-ce que ces conclusions vous semblent correctes ?

  13. #12
    gg0
    Animateur Mathématiques

    Re : [biostat] Variances

    Ton premier paragraphe, purement descriptif, me paraît correct, en dehors de "la plupart" (l'interquartile ne contient que la moitié des individus) et la faute de copie "ce qui montrer".
    Le deuxième ne me choque pas.

    Cordialement.

  14. #13
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    Citation Envoyé par gg0 Voir le message
    Ton premier paragraphe, purement descriptif, me paraît correct, en dehors de "la plupart" (l'interquartile ne contient que la moitié des individus) et la faute de copie "ce qui montrer".
    Le deuxième ne me choque pas.

    Cordialement.
    Merci de ton avis !

  15. #14
    ansset
    Animateur Mathématiques

    Re : [biostat] Variances

    ces conclusions ne concernent que la créatinine ?
    y'a quelque chose qui cloche là dedans, j'y retourne immédiatement !

  16. #15
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    Oui, pour l’albumine j’ai émis le même raisonnement mais en disant que les valeurs étaient centrée autour de la moyenne et après test statistique on peut voir qu’il existe sûrement une corrélation entre cirrhose dû fois et taux d’albumine bas.
    Cela (mes conclusions) te semble correct pour la creatinine ?

  17. #16
    ansset
    Animateur Mathématiques

    Re : [biostat] Variances

    oui,
    quand à un taux trop bas d'albumine, il est souvent du à une insuffisance hépatique.
    donc, de retrouver cet écart de moyenne est tout à fait cohérent.
    y'a quelque chose qui cloche là dedans, j'y retourne immédiatement !

  18. #17
    Inkald

    Re : [biostat] Variances

    Citation Envoyé par ansset Voir le message
    oui,
    quand à un taux trop bas d'albumine, il est souvent du à une insuffisance hépatique.
    donc, de retrouver cet écart de moyenne est tout à fait cohérent.
    C’est évident je suis d’accord, mais le but est de tester nos connaissances statistiques pas de recherche internet lol. Merci !

  19. #18
    ansset
    Animateur Mathématiques

    Re : [biostat] Variances

    je m'en doute, c'était juste une remarque.
    ps : connaissance perso , ( pas internet )
    y'a quelque chose qui cloche là dedans, j'y retourne immédiatement !

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