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Master Génomique ou Bioinfo ???



  1. #1
    Teleri

    Master Génomique ou Bioinfo ???


    ------

    Bonjour à tous,
    Je suis actuellement entrain de finir mon Master 1 de bio à la fac d'Orsay. Je suis dans un parcours orienté sur la génomique, l'évolution, la biologie moléculaire et la génétique et j'ai fais quelque UE de bioinfo. Mon année c'est très bien passée et je suis officiellement en route pour un M2 génomique et évolution que je vise depuis un petit moment.
    Mais recement, l'un de mes profs de bioinfo, m'a largement proposé de faire un master de bioinfo et biostat afin d'acquérir des compétences dans ce domaines pour exploiter à fond mon envie de faire de la génomique et de la bioanalyse appliquée à l'évolution (je ne sais pas si je suis très claire mais j'essaye de l'être)...
    Et j'hesite!!!!
    C'est une formation hyper intéressante et qui pourrai me donner en effet des compétences pour avancer plus librement en génomique, mais ça signifie aussi reprendre en M1 (donc "perdre" 1an) et pour moi c'est aussi le risque de laisser la bio trop de côté au risque que ça me manque...
    Bien sur il y a aussi tout le coté remise a niveau en math où je ne suis pas une tronche mais le prof en question ne semble pas inquiet une seconde à ce propos...

    Je suis complètement perdue en ce moment, alors je recherche divers avis sur la question.
    Il y a surement quelques de bioinformaticiens, génomistes, bioanalystes... qui trainent dans le coin?
    Pouvez vous me dire ce que vous pensez de chaque domaines? Ce que l'on peut réellement faire avec l'une ou l'autre des formation (bioinfo ou génomique sont des branches assez connues, même si vous ne parlez pas de celles d'orsay)
    En tant que chercheurs dans ces domaines qu'est ce qui vous intéresse et qu'est ce qui vous manque par rapport a votre formation?
    Bref, je vous demande de m'expliquer un peu votre propre expérience pour avoir plus de données à comparer avant de faire un choix!!

    Merci !

    -----

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  3. #2
    MaliciaR

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Salut,

    Je vois une future collègue
    En fait, j'essaie de faire un M2R Analyse des génomes, donc pas mal orienté Bio-info. Mais le truc est que je n'ai pas très très envie de laisser la bio pour l'info et les stats lesquelles sont passionnantes... mais la génétique c'est mon amouuuuuur!
    Donc, ce que j'ai décidé de faire est de me mettre sérieusement à la bio-info toute seule cet été, de me faire une remise en niveau en maths et de prendre des UEs de divers M2 de bio-info et bio-stats en UEs isolées en plus pendant l'année universitaire prochaine (le M2R va être chaud, très chaud... ).
    Puis, si tu veux faire une thèse dans ce domaine, c'est le moment de te spécialiser. J'ai un prof à qui j'avais parlé de ma peur de ne pas être assez calée en maths et info pour faire ça et il m'a dit qu'il n'avait pratiquement jamais fait ça avant sa thèse et que ça se gère et s'apprend.
    Du coup, j'ai décidé de ne pas m'éloigner de la génétique et de la génomique mais de faire un travail supplémentaire à côté pour être à l'aise en info.

    Je ne sais pas si l'idée est bonne. Je ne fais que commencer, donc je ne te propose pas un protocole optimisé et testé

    Bon courage et donne des nouvelles!


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  4. #3
    Teleri

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    D'abord merci de ta reponse!
    je serai enchantée d'etre ta collègue un jour etant donné la qualité de tes reponses sur ce forum!
    enn fait j'ai justement les meme peurs que toi à l'idée de quitter un peu trop la bio... Mais je me dis que la bioinfo peut m'apporter beaucoup en comprehension des outils de bioinfo et dans l'idéale cette formation pourrai me permettre de créer des outils interessant pour traiter les problèmes qui m'interessent...
    En plus je ne m'oriente pas en génétique, mais en génomique avec l'idée de laisser tomber la paillasse pour l'ordinateur donc je me rapprocherai de la bioinfo mais sans en etre totalement... Dans ce cas, est ce que ca vaut le coup de se spécialiser en bioinfo? et inversement, si je m'en rapproche pourquoi ne pas essayer d'aller au meilleur...??

    En tout cas merci beaucoup de ta réponse, ça me permet déjà de voir que je ne suis pas la seule a me poser ces questions et d'autre part, je vois quel raisonement tu a suivi pour prendre ta descision...
    Il faudrai que je prenne ma decision dans la semaine mais ca va etre tres dur!

  5. #4
    Yoyo

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    salut

    Pour tres bien connaitre les M1 et M2 d'orsay, je te conseille tres clairement de continuer en M2. Si tu as besoin d'outils stat ou bio-informatiques tu les aquiera durant tes stages au labo. Ca ne sert pas a grand chose de te farcir les cours avant a mon avis.

    Voila c'est mon sentiment, mais si tu as le M2 n'hesite pas, repartir en M1 ca ne sera compris par quasiment personne a Orsay et apparaitra comme un handicap dans ton parcours si tu souhaites postuler ensuite a une allocation de these.

    YOyo

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    Teleri

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Merci de ta reponse yoyo.
    Mais pourquoi dis tu que repartir en M1 serai un handicap pour avoir une bourse de thèse? Si je repart en M1 c'est pour faire de la bioinfo et acquerir un autre savoir faire... pas pour augmenter mes connaissances en bioinfo...
    Pour mmoi ca equivaut a changer de formation...
    tu crois que ca pourrai me penaliser pour obtenir une bourse de thèse de changer?


    PS: Bon courage pour ton été de boulot MaliciaR!!!

  8. #6
    Yoyo

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Citation Envoyé par Teleri Voir le message
    Merci de ta reponse yoyo.
    Mais pourquoi dis tu que repartir en M1 serai un handicap pour avoir une bourse de thèse? Si je repart en M1 c'est pour faire de la bioinfo et acquerir un autre savoir faire... pas pour augmenter mes connaissances en bioinfo...
    Pour mmoi ca equivaut a changer de formation...
    tu crois que ca pourrai me penaliser pour obtenir une bourse de thèse de changer?


    PS: Bon courage pour ton été de boulot MaliciaR!!!
    C'est sur que si tu veux partir en bioinfo, alors c'est une bonne idée. Mais si tu veux continuer en génomique alors a mon avis ca ne sert a rien. Il te sera plus profitable d'aquerir ces compétences au cours de ta these (si tu as envie de faire une these). Si tu ne souhaites pas faire une these, alors ca me semble une bonne idée.
    tout dépend en fait de ton objectif.
    Il faut aussi savoir qu'il y a une limite d'age pour postuler aux alloc de these du ministere. Les dérogations sont quasi-automatiques mais il faut quand meme le savoir.

    Yoyo

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  10. #7
    Erenthil

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Bonjour,

    Ayant fait le master pro de BioInfo et BioStats d'Orsay, je peux te conseiller quelques trucs :
    * Si tu souhaites faire des stats en plus de la bioinfo, un passage par le M1 est malheureusement obligatoire étant donné le niveau demandé (équivalent Master Ingénieurie en Mathématiques).
    * Par contre, si tu souhaites seulement faire de la bioinfo, tu peux essayer de négocier le passage directement en M2 mais cela t'obligera à travailler tout l'été pour commencer à déblayer le terrain et le M2 sera assez difficile.
    * Enfin, dans le cas d'un thèse, tu dois aussi suivre certaines matières au choix, donc rien ne t'empêches de suivre des matières de bioinfo/biostats et ainsi acquérir une double compétence. Tu peux aussi voir avec ton chef pour des formations en bioinfo/biostats.

    Si tu as plus de questions n'hésites pas.
    Tu peux aller aussi sur le forum de la formation de BioInfo et BioStats d'Orsay à cette adresse où plusieurs thésard (et futurs thésards aussi) sont et ils pourront peut-être t'aider .
    Informatique : Alliance d'un science inexacte et d'une activité humaine faillible.

  11. #8
    Teleri

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Je dois avouer que je me suis déjà posé toutes ces questions mais que je me retrouve exactement au meme point...
    en fait, oui je veux faire une thèse, mais j'ai 21an, je pense donc que meme avec un an de plus dans mon cursus ça devrai encore allé, (j'aurai donc 22ans ou 23ans quand je demanderai une bourse de thèse)
    Je songe aussi à faire des UE de bioinfo en thèse, j'y pensai pour le M2 mais ca n'est pas possible (compatibilité d'emploi du temps...)
    Je sais que je n'ai pas du tout le niveau en info et en math pour suivre le M2 bioinfo, donc si je dois suivre cette formation c'est correctement donc en reprenant le M1...

    Tout cela m'ammène a reformuler ma question, Pour faire de la génomique evolutive et de la phylogénie, est-il plus interessant d'etre génomicien ou bioinformaticien?

  12. #9
    Erenthil

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Je dirais BioInformaticien (et BioStatisticien) sans hésiter. Essayes de contacter Bernard Labedan ou Olivier Lespinet de l'équipe "Evolution moléculaire et Bioinformatique des génomes" de l'Institut de Génétique et Microbiologie d'Orsay, ils devraient pouvoir t'aider.
    Tu peux avoir leur coordonées en allant à cette adresse.
    Informatique : Alliance d'un science inexacte et d'une activité humaine faillible.

  13. #10
    MaliciaR

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Citation Envoyé par Teleri Voir le message
    Tout cela m'ammène a reformuler ma question, Pour faire de la génomique evolutive et de la phylogénie, est-il plus interessant d'etre génomicien ou bioinformaticien?
    Pratiquement tous les gens que je connais faisant de la génomique évolutive et de la phylogénie sont biologistes de formation. Ils m'ont tous rassurée sur mes craintes de ne pas pouvoir suivre en bio-info. C'est pour cette raison que je n'ai pas choisi un M2R Bio-info (outre celui d'Orsay qui a l'air 'achement bien, il y en a un à P6 bien aussi et un de bio-stats et bio-info à P7).
    Je pense qu'en travaillant bien de son côté on peut rattraper un retard, surtout étant donné qu'en thèse on est censé suivre de cours/séminaires de l'ED. Et je pense que là, il y a de quoi faire en matière d'UE de bio-info tous niveaux


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  14. #11
    Yoyo

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Citation Envoyé par Erenthil Voir le message
    Je dirais BioInformaticien (et BioStatisticien) sans hésiter.
    Je serais moins affirmatif que Erenthil. En fait ca depend ce que tu appelles génomicien! de quelles compétences tu disposes. Ce qui est sur c'est que tu devras faire appel a des bio-informaticiens! maintenant les collaborations biologistes et bioinformaticiens marchent bien

    YOyo

  15. #12
    MaliciaR

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Je rejoins Yoyo.
    Tu dois voir ce que tu veux faire : est-ce que tu veux plutôt faire des softs pour exploiter des données ou tu veux plutôt utiliser des choses créées par d'autres de façon intelligente?


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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  17. #13
    Teleri

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    ... merci a tout les 3 pour votre aide!!

    Je crois que je veux utiliser des outils inteligement créés et de la manière la plus intelligente possible... Or peut-on réelement utiliser des outils le mieux possibles si on ne les comprend pas parfaitement? et pour les comprendre parfaitement ne faut-il pas etre capable de les créer???..
    Et inversement, est ce que je ne risque pas de perdre en connaissances "biologiques" en me dirigeant en bioinfo?
    Ce que j'entends pas Genomicien... j'ai justement un peu de mal a savoir où commencent et s'arretent les compétences de chacuns...
    Et ce qui m'interesse c'est l'évolution des microorganismes.


    Erenthil, je te remercie pour les adresses et les noms de personnes à qui je pourrai m'adresser, mais je sais exactement à qui je dois m'adresser, de ce coté là j'ai des réponses!
    Dans le meme sens, je me renseigne aupres de plusieurs personnes, comme je l'ai dis au depart j'aimerai avoir le plus d'avis de personnes différentes pour essayer m'en faire un propre!

  18. #14
    MaliciaR

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Citation Envoyé par Teleri Voir le message
    Je crois que je veux utiliser des outils inteligement créés et de la manière la plus intelligente possible... Or peut-on réelement utiliser des outils le mieux possibles si on ne les comprend pas parfaitement? et pour les comprendre parfaitement ne faut-il pas etre capable de les créer???..
    Et inversement, est ce que je ne risque pas de perdre en connaissances "biologiques" en me dirigeant en bioinfo?
    Boaf...
    Si tu veux avoir de telles connaissances en arrivant en thèse de bio, il aurait mieux valu aller faire un DUT d'info... Dire que la meilleure façon d'utiliser un outil est celle de l'utiliser quand on a pu le créé est un peu bizarre... Est-ce que, pour que je me serve correctement de mon thermocycler, il faut que je sache comment il est fait? Ou il faut que je connaisse le métabolisme de l'Archae qui est à l'origine de la polymérase que j'utilise pour les PCR...?
    Tu comprends où je veux en venir? Il est louable de vouloir avoir plein de connaissances et vouloir être un scientifique très complet. Mais il y a une autre question : est-ce que c'est cette façon-là qui est la meilleure (la moins dispersante, la plus ergonomique,...) pour y parvenir? Est-ce que tous les gens qui font de la génomique et évolution et qui sont des biologistes de formation sont moins bons scientifiques qu'un informaticien qui se serait converti à la bio?

    M'enfin, ce n'est que mon avis de biologiste généticien qui veut faire de la bio avec une (très) forte composante bio-info....
    Tu fais comme tu veux, the choice is yours

    Bon courage!


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  19. #15
    Erenthil

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Tout à fait d'accord Yoyo, les collaborations biologistes et bioinformaticiens marchent très bien
    Désolé Teleri, j'avais mal cerné tes objectifs...Si tu veux utiliser des outils bioinformatiques, je te conseillerais de t'axer vers le côté biologique : les formations que je connais en bioinformatique forment principalement à la création de nouveaux algorithmes et programmes et beaucoup moins à l'utilisation de logiciels existants.
    Informatique : Alliance d'un science inexacte et d'une activité humaine faillible.

  20. #16
    soussou.85

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Citation Envoyé par Teleri Voir le message
    Bonjour à tous,
    Je suis actuellement entrain de finir mon Master 1 de bio à la fac d'Orsay. Je suis dans un parcours orienté sur la génomique, l'évolution, la biologie moléculaire et la génétique et j'ai fais quelque UE de bioinfo. Mon année c'est très bien passée et je suis officiellement en route pour un M2 génomique et évolution que je vise depuis un petit moment.
    Mais recement, l'un de mes profs de bioinfo, m'a largement proposé de faire un master de bioinfo et biostat afin d'acquérir des compétences dans ce domaines pour exploiter à fond mon envie de faire de la génomique et de la bioanalyse appliquée à l'évolution (je ne sais pas si je suis très claire mais j'essaye de l'être)...
    Et j'hesite!!!!
    C'est une formation hyper intéressante et qui pourrai me donner en effet des compétences pour avancer plus librement en génomique, mais ça signifie aussi reprendre en M1 (donc "perdre" 1an) et pour moi c'est aussi le risque de laisser la bio trop de côté au risque que ça me manque...
    Bien sur il y a aussi tout le coté remise a niveau en math où je ne suis pas une tronche mais le prof en question ne semble pas inquiet une seconde à ce propos...

    Je suis complètement perdue en ce moment, alors je recherche divers avis sur la question.
    Il y a surement quelques de bioinformaticiens, génomistes, bioanalystes... qui trainent dans le coin?
    Pouvez vous me dire ce que vous pensez de chaque domaines? Ce que l'on peut réellement faire avec l'une ou l'autre des formation (bioinfo ou génomique sont des branches assez connues, même si vous ne parlez pas de celles d'orsay)
    En tant que chercheurs dans ces domaines qu'est ce qui vous intéresse et qu'est ce qui vous manque par rapport a votre formation?
    Bref, je vous demande de m'expliquer un peu votre propre expérience pour avoir plus de données à comparer avant de faire un choix!!

    Merci !
    Bonjour Teleri,
    Voila déjà 2 ans que tu as posé tes questions sur ce forum, j'espère que tu pourras malgré tout lire mon message.
    Aujourd'hui je suis exactement dans la meme situation que toi.
    J'ai candidaté à plusieurs masters de recherche et j'ai été acceptée à l'université de Versailles M2 "Biologie des génomes: Approche génomique et bioinformatique des procaryotes et des eucaryotes" et l'université de Toulouse M2 "Gènes cellules et développement". J'hésite vraiment entre ces deux M2!!
    J'aimerais savoir ce que tu as finalement décidé de faire et si tu es satisfaite? As-tu une idée sur le master de versailles?
    Je te remercie d'avance pour ta reponse.

  21. #17
    Teleri

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Bonjour Soussou,

    J'avoue ne pas etre venue ici depuis longtemps, et c'est avec étonnement que j'ai eu un mail de ce forum, il est vraiment bien fait!

    Alors, je ne sais plus exactement ce que j'avais ecrit ici, mais j'ai fini par prendre le M2 Génomique et evolutio, et j'ai laissé pour la suite ma formation en bioinfo...
    Finalement, je fais une thèse en phylogénie moléculaire, et j'ai suivi des cours d'info et de math pour me mettre un peu à niveau au début de l'année.

    A propos du Master de Versaille, j'ai été en contact avec quelques étudiant de ce master et j'avoue que l'expérience c'est assez mal passée dans l'ensemble.
    Mais j'ai garder quelques contacts avec quelqu'un de ce master, mais qui n'a pas fait de recherche, je ne sais aps si c'est exactement le même du coup...
    Est ce que tu serais intéressé par son avis?
    Pour le master de Toulouse, je ne le connais pas du tout.

    Sur ce, je pense que ta problématique n'est pas exactement la même que la mienne à l'époque, donc si tu peux me donner plus d'info sur ce que tu cherche, ce que tu aime et ce pourquoi tu hésite, je pourrai peut être orienter ma réponse en fonction de mon expérience!

    Bon courage pour le choix et pour le M2 dans tout les cas.

    Teleri

  22. #18
    soussou.85

    Re : Master Génomique ou Bioinfo ???

    Bonjour Teleri,
    Je te remercie infiniment pour avoir répondu!!!
    En fait je suis une étudiante étrangère, j’ai un diplôme d’ingénieur en biotechnologies et je souhaite faire de la recherche fondamentale dans l’un des domaines de la biologie moléculaire, le génie génétique et la génomique évolutive. J’ai été acceptée dans plusieurs M2 majoritairement dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire (Aix Marseille I, Orléans, Poitier, Versailles et Toulouse). En ce moment j’hésite énormément entre celui de Versailles « Biologie des Génomes : Approches Génomiques et bioinformatiques des Microorganismes et des eucaryotes » et celui de Toulouse « gènes, cellules et développement ».
    J’ai déjà réalisé un stage de 6 mois dans un labo à Orsay et mon directeur de stage aimerait bien que je fasse mon stage de M2 avec lui, il m’a donc encouragé à faire celui de Versailles car les thèmes enseignés correspondent bien à ceux du labo.
    Comme je suis étrangère, je ne connais pas très bien les Universités en France et puis j’hésite entre faire de la génomique et de la bioinfo (sachant que je n’ai que quelques notions en bioinfo) ou de la biologie moléculaire et du génie génétique (plus de manipulations, chose que j’aime bien faire).
    J’ai déjà regardé un rapport de l’AERES qui évalue les masters en France, et celui de Versailles est bien noté (A). Je me suis également renseignée sur le programme des études et je l’ai trouvé très intéressant. Cependant j’aimerais avoir l’avis d’un étudiant ayant déjà suivi cette formation.

    « A propos du Master de Versaille, j'ai été en contact avec quelques étudiant de ce master et j'avoue que l'expérience c'est assez mal passée dans l'ensemble.
    Mais j'ai garder quelques contacts avec quelqu'un de ce master, mais qui n'a pas fait de recherche, je ne sais aps si c'est exactement le même du coup...
    Est ce que tu serais intéressé par son avis?
    »
    Connais-tu les raisons pour lesquelles ça s’est mal passé pour les étudiants du M2 de Versailles ?
    Je suis très fortement intéressée de connaitre l’avis de ton ami qui a fait ce M2 !!!
    Je te remercie encore pour ton aide qui m’est si précieuse.
    Soussou

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