Une mauvaise nouvelle sur la possibilité de vie extraterrestre

[Deedee81]

Les protéines sont "programmées", traduites qu'elles sont de l'ARN; par contre tu omets l'étape cruciale du "code", de son comment et de son pourquoi, qui est bien plus importante que le "tâtonnement" auquel tu fais référence, qui n'est au final rien d'autre que l'évolution du vivant.

Salut,

un truc curieux : ce code est presque optimal. C'est-à-dire qu'il y a nettement plus de combinaisons de trois codons que de protéines (et les quelques codons spéciaux : start, stop...). Il est donc redondant. Et il est tel qu'en cas d'erreur il y a beaucoup de chance qu'un acide aminé hydrophile soit substitué à un autre hydrophile qu'hydrophobe par exemple, ce qui diminue les risques de perte de fonctionnalité de la protéine. J'avais vu une étude qui avait répertorié (sur ordi) tous les codes possibles en le triant sur base d'un caractère optimal de ce type. Et le code utilisé dans la nature était dans le "top 10". Remarquable.

Il semble donc évident que le code lui-même a dû subir une forme d'évolution et de sélection naturelle. Mais on n'en a malheureusement pas de trace, c'est très précoce dans l'origine de la vie.

Donc l'évolution semble vraiment partout : dans la structure des acides ribo et désoxyribonuléiques, dans le code, dans la sélection des protéines..... et pas seulement dans les phénotypes des grosses bébètes.

Cela donne un sentiment de caractère inéluctable à l'apparition de la vie et son évolution, et hautement probable (ça répond à l'argument habituel des créationistes mais aussi celui de Daniel, non non, le produit fini n'est pas apparu d'un coup par hasard Construire brique après brique avec des sélections modérées est rapide à l'échelle des temps géologique, TRES rapide). Mais délà à dire que des ET auraient le même ADN que nous, là, non, il y aurait à coup sûr des différences dans le code (il y a quelques dizaines de codes quasi optimaux), des différences dans l'un ou l'autre acide nucléque, dans certains acides aminés..... et les différences pourraient même être beaucoup plus importantes encore, on manque d'exemple pour en juger, évidemment !!!! Mais la vie rare ? Ca, j'en serais vraiment surpris, la plus grande difficulté est sans doute "quelles sont les conditions initiales nécessaires" (par exemple, la tectonique est-elle indispensable, qu'en est-il de la stabilité de l'étoile, etc....) mais même en étant plutôt "sévère" sur les conditions, il doit y avoir pléthore de planètes avec de la vie (par contre je suis incapable d'intuiter sur la proportion évoluant vers une vie plus complexe que microbienne voire intelligente).
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[Geb]

Bonsoir,

Là encore, j’ai bien peur de devoir m’engouffrer dans cette brèche ouverte par Deedee81, qui n’a absolument rien de commun avec le sujet de départ, mais que voulez-vous, je ne peux pas m’en empêcher.

Et le code utilisé dans la nature était dans le "top 10".

Il convient de noter un caveat qui a son importance : ce type d’étude est quand même franchement à nuancer, puisqu’elle dépend énormément des propriétés qu’on considère "optimales" pour un code génétique.

Aussi, en supposant que tu faisais à nouveau référence à Freeland & Hurst (1998), qui a fait l’objet d’un article dans le magazine Pour la Science à l’époque :

Probablement le Pour la science n° 319 de mai 2004, en particulier l'article intitulé "Le code de l'évolution" ("Evolution encoded" dans la version originale publiée en avril 2004) par Stephen J. Freeland et Laurence D. Hurst.

Si c’est bien ça, il n’était pas du tout question que le code génétique standard était "dans le top 10". Si tu penses à une autre publication, je serais très intéressé de savoir où tu as lu ça. Tu pourrais retrouver la source ?

De mémoire, ce que la publication de Freeland & Hurst semblait démontrer (avec l’énorme caveat précédent en tête), c’est qu’avec les critères choisis, environ 1 code possible sur un million serait plus optimal que le code génétique standard :

[…] if we employ weightings to allow for biases in translation, then only 1 in every million random alternative codes generated is more efficient than the natural code. […]

Cela reste relativement impressionnant, mais en supposant 64 codons qui codent pour les 20 acides aminés dits "canoniques" et un seul codon stop, il y aurait si je ne m’abuse 21⁶⁴ codes génétiques possibles, donc, environ 4 × 10⁷⁸ codes meilleurs que le code génétique standard en supposant vrai ce ratio de "un sur un million". Je précise que je suis une buse en proba, mais si je ne me suis pas planté ça remet quand même les choses en perspective…

Aussi, ces considérations type Freeland & Hurst ne prennent aucun compte de la trajectoire évolutive qui a forcément limité fortement les choix possibles en matière d’assignation des codons (d’ailleurs, c’est aussi l’un des nombreux problèmes dans l’usage des probabilités que présentent les créationnistes).

À ma connaissance, parmi les dizaines de modèles s’attachant à l’origine du code génétique standard et à son évolution que j’ai pu recenser dans la littérature (1954-2020) entre fin octobre 2020 et début janvier 2021, il y a au moins deux modèles qui expriment le mieux ce caractère limitant de l’évolution à partir d’une situation beaucoup plus simple : l’hypothèse d’une étape intermédiaire ayant consisté en un "code à doublets" (Copley et al., 2005) ou encore, les très nombreux modèles tournant autour d’un code primitif dit en "RNY".

Parmi cette dernière classe d’hypothèses, je suis particulièrement les travaux de Marco Antonio José Valenzuela (né en 1957) et Gabriel Zamudio Solórzano (né en 1993), du groupe de biologie théorique de l’Université nationale autonome du Mexique (établissement qui compte aussi parmi ces rangs le célèbre Antonio Lazcano).

Parmi ces travaux, l’aspect évolutif est particulièrement mis en exergue dans la publication suivante, dont je vous recommande vivement la lecture :

- On the Uniqueness of the Standard Genetic Code (Zamudio & José, 2017)

D’après les auteurs, si on prend en compte le fait que le code génétique aurait évolué à travers plusieurs stades intermédiaires d’une complexité croissante, alors, si leur modèle d’évolution est correcte (ce serait trop long de le détailler ici), en partant par exemple du principe que la glycine eût été le premier acide aminé à s’être vu assigner son propre codon, il n’y aurait probablement eu que quelques dizaines de milliers (ils proposent le nombre de 37440) de codes possibles, duquel le code génétique standard serait le code optimal.

C'est un peu difficile à suivre dans la publication, parce que les auteurs ont choisi de progresser des étapes les plus complexes aux étapes les plus simples plutôt que l'inverse. Cela leur permet de s'arrêter à chaque étape sur un petit calcul de la "réduction des choix possibles".

Ce n’est qu’une hypothèse, mais elle a le mérite d’introduire de manière centrale cette vision évolutive (dans lequel l’état précédent limite drastiquement les possibilités d’évolution futures) qui est absolument essentielle (bien que parfois éludée) dans les discussions sur le sujet. Je suis content que ça n'ait pas échappé à Deedee.

Cordialement.

P.-S. : désolé pour le hors-sujet.

[cancerman]

ce débat est sans objet vues les distance....

notre seule chance de trouver une vie extraterrestre reste EUROPE , qui , même si on y trouve que des bactéries
serait révélateur sur l'universalité de la vie.

C'est pas ce qu'a démontré les analyses ADN des échantillons du lac Vodstok, une contamination humaine possible mais surtout la concentration en cellules s'est avérée particulièrement faible. Les organismes du lac ont été déposés dans le lac à une époque où le lac n'était pas recouvert de glace.

Sans ces dépôts aucunes forme de vie ne serait présente dans ce lac actuellement, la concentration étant déjà très faible.

Faut être réaliste

[Daniel1958]

Belle conclusion qui refroidit les ardeurs de l'universalité de la vie.

Faut des faits.

Débat ouvert mais loin d'être refermé. Là aussi il faudra du temps.