master vs ingénieur bio-info

[ismclf]

Bonjour, alors je suis en L2 de SV à l'UCA , j'ai postulé à 4 écoles d'ingénieurs : EIDD, UTC, INSA Lyon et Polytech Nice, spécifiquement pour faire de la bio-informatique. Je comptais postuler aussi à l'ISBS-Paris selon vous est-ce que je devrais postuler dans cette école pour avoir un vœu supplémentaire ou il vaut mieux terminer ma licence et faire un master bioinfo si je ne suis pas pris dans les autres écoles d'ingénieurs. Est-ce que l'ISBS propose un bon cursus en bioinfo ou c'est juste là pour faire joli ?
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[ismclf]

c'est episen l'école elle s'appelait avant isbs

[agitateur]

bio info est un domaine fourre tout ( comme quand on parle de "finance" ).
Dans une entité qui fait de la bio info, il y a des biologistes purs, des biologistes qui tatent un peu d'info, et ...à l'autre bout du spectre des info qui tâtent pas grand chose ( voir à peu prés rien ) en bio.

Pour être honnête et franc, je n'ai pas d'idée précise dans ce qui serait porteur actuelement en carrière / emploi dans la définition de ces nombreuses nuances de gris. Enfin si, je me fais une idée: plus c'est math et moins c'est bio, plus ça écarte du monde depuis une fac "bio" généraliste, moins ce sera difficile ( puisque les biologistes sont formés en nombre bien trop grand versus le besoin ).

C'est sans doute un peu tard ( j'ai pas le calenderier en tête, mais trop tard ) pour le concourts B Bio en école agro, mais tu peux le retenter en L3 donc l'an prochain. C'est une voie parmi d'autres pour "sortir" de la "fac" et dans certaines écoles tu ty trouvera des spécialités se rapprochant ou allant vers de la bio info. Pour l"heure, le concours B est encore une pure aubaine, dans le sens ou un dossier moyen + avec un peu de préparation ( personnelle et extra scolaire ) pourra espérer une école de rang aussi "noble" ou mieux qu'aprés avoir suer sang et eau depuis un prépa BCPST avec une réussite trés moyenne ( donc une agro "moyenne" ).

Pour l'ISBS, je n'en sais RIEN. Mais globalement, depuis qq décennies que les fac bio ( et écoles aussi ) diplôment "trop" de monde dans un contexte hyper concurrentiel, elles ont appris à essayer de se démarquer vers des domaines qui attirent. Il y en a 2: la bio santé, ET la bio info. En pratique, la majorité a une plus value assez relative.

[xMeijex]

UCA comme université Clermont-Ferrand Auvergne ou UCA comme université Côte d’Azur ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[Brother95]

Pour répondre au posteur :
EIDD est le plus aligné avec ton projet. Par contre c'est de l'apprentissage dès le s6. Avec les avantages et inconvénients en résultant.
Insa de Lyon : la spécialité bio-info démarre au S7. Tu vas un peu t ennuyer en bio la 1ère année.
Polytech nice : il y a bien une spécialité bio info qui démarre là aussi au S7.
UTC : je suis plus dubitatif.
Il y a bien une filière genie biologique avec 4 parcours mais nulle trace de bio-info (à ma connaissance tout du moins).
Il y a bien une filière informatique avec un parcours data mais pas sûr que tu puisses y accéder avec ta L2 de bio.
Reste la possibilité d'hybrider les 2 mais pas sûr qu'il y aura des cours d'application de la data science à la bio.
En as tu trouvé dans le catalogue des UV ?

Pour l'ISBS, il y a bien un parcours bio-info/médoc mais de mémoire cela ne démarre qu'au S9. Je n'ai pas retrouvé le syllabus détaillé.
Pas de présence non plus d'un M2 spécialisé dans le domaine.
Dit autrement tu vas manger pas mal de physique/sciences de l'ingé avant d'attaquer ce qui t intéresse.
Cela ne diminue en rien la qualité des enseignements de l'ISBS orienté R&D.
Même remarque pour l'UTC.

Je suis profane du secteur mais il faudrait que tu qualifies mieux ce que tu mets derrière bio-info...
- Des stats pour les tests réalisés par les grands labos pharma
- de la genomique
- du "in silico drug design"
etc...
En effet, les cursus n'ont pas tous la même coloration.

As tu des compétences informatiques à ce jour ?
L2 obtenue avec quelle moyenne/mention ?

Avec une licence de bio tu peux effectivement intégrer un master de bio info qui recrute souvent des biologistes et des informaticiens.
Il n y en a pas beaucoup. Certains sont en apprentissage.
L'étranger peut également s'envisager... suivant tes compétences en info.

Un exemple sympa :
https://www.polimi.it/en/education/l...ional-genomics

[w7exnd]

En bioinformatique, il y a aussi l'INSA Toulouse et Agro Toulouse
Il s'agit d'ailleurs de la même spécialité (partenariat entre les deux écoles)

https://www.calameo.com/read/001057683fe7b5aef3253
https://www.ensat.fr/fr/formations/f...-blanches.html

[agitateur]

En bioinformatique, il y a aussi l'INSA Toulouse et Agro Toulouse

Merci, c'est un exemple parmi d'autres ou une "agro" par concours B l'année prochaine en L3 peut aller vers de la bio info, ce que je citais plus haut.

[w7exnd]

Oui je pense que toutes les écoles d'agro ont la spé bioinformatique et ce sont souvent des noms différents
A Rennes/Angers ça s'appelle Sciences des données
A Montpellier c'est Data sciences pour l'agronomie et l'agroalimentaire

[xMeijex]

Il me semble que l’insa Lyon est de loin la plus réputée én bioinfo
Oui la L3 (première année de cycle ingénieur) sera très basique en bio puisque destinée à des étudiants qui n’en auront plus fait depuis la première voire la seconde mais ca ne me semble pas un gros défaut

Polytech Nice pas mal aussi. Surtout si déjà étudiant à Nice. D'où ma question sur le sigle UCA

[xMeijex]

Dans le catalogue des UV de l’utc on trouve un peu de bioinfo / proteomique en branche genie biologique biotechnologies
Mais pas grand chose

[MissJenny]

A Montpellier c'est Data sciences pour l'agronomie et l'agroalimentaire

cette formation était plus proche de la statistique que de la bioinformatique.

[Brother95]

D ou le message #5 pour tenter de clarifier les choses parce que justement le contenu des ecoles d'ingé et des master de bio-info (au sens large le plus large, stats comprises) est a géométrie variable.

Je compte une vingtaine de master typés bio-info.
Dont quelques uns en apprentissage.
Du coup, si aucune école n'est décrochée, il y aura de quoi faire dans monmaster puisqu'à ce jour on a droit à 15 voeux en FISE et 15 voeux en fisa (pour simplifier).
Certains masters paraissent attractifs. Aucun idée de la qualité d'insertion.
Sélectivité assez variable : entre 20 et 50%. D ou ma question sur les résultats universitaires et les compétences en info...
Des biologistes qui maitrisent l'info y en a pas forcément des tonnes.

Il faudrait savoir si le projet repose sur une motivation/des compétences réelles ou si c'est juste : ca a l'air cool et j'ai plus de chances de me caser qu'avec un master BMC.

Sur Nice il y a une L3 bio-info accessible après une L2 SV
Je n'en vois pas sur Clermont.

Un truc original sur Nice justement :
https://univ-cotedazur.fr/formation/...b#presentation
ou encore :
https://monmaster.gouv.fr/formation/...05EN4EA/detail

[w7exnd]

cette formation était plus proche de la statistique que de la bioinformatique

D'ailleurs, je viens de voir sur leur site que cette spécialité d'Agro Montpellier n'est plus proposée à partir de la rentrée 2026

Mais il y en a une autre qui s'appelle : AgroTIC pour l'agriculture et l'environnement

Ça peut intéresser l'auteur :
https://www.institut-agro-montpellie...echnologies-de

[ismclf]

Alors, pour répondre à tout le monde : je suis à Clermont-Ferrand et je suis classée 13/98 en BCP (Biologie Cellulaire et Physiologie). Dans ma promo, j'ai suivi une L1 parcours Math-Bio car je voulais retrouver un peu de mathématiques et de statistiques principalement.
Mon dossier n'est pas exceptionnel, mais étant boursière, je tente le coup. Je souhaiterais me spécialiser en data / analyse de données à grande échelle dans le secteur de l'industrie pharmaceutique ou des biotechnologies.
Il me semble que l'UTC a ouvert une filière bio-informatique transversale il y a un an, donc je ne pense pas qu'elle soit encore très connue. J'ai déjà passé l'oral de l'UTC, mais j'avoue que j'aimerais bien ajouter quelques plans en plus à ma liste.

[xMeijex]

C’est plus clair. Oui tu peux faire un dossier pour episen / isbs mais non ce n’est pas ta cible prioritaire.
Tu y feras de la vraie bioinfo oui mais aussi de la biomécanique et de la bio imagerie

[w7exnd]

Il me semble que l'UTC a ouvert une filière bio-informatique transversale il y a un an, donc je ne pense pas qu'elle soit encore très connue. J'ai déjà passé l'oral de l'UTC, mais j'avoue que j'aimerais bien ajouter quelques plans en plus à ma liste.

Effectivement, l'UTC a ouvert une filière transversale qui s'appelle : Modélisation mathématique

C'est une mineure, pas une filière à part entière

Les 4 filières sont toujours :
- Biomécanique et biomatériaux
- Biomédicale
- Conception et innovation de bioproduits
- Innovation aliments et agro-ressources

Pour ton orientation, mon avis c'est que tu auras plus de chance de rentrer en école d'ingénieur après ta L3

Eu égard à ceux qui galèrent en prépa BCPST et PC, je trouve ça normal...

[w7exnd]

Mon dossier n'est pas exceptionnel, mais étant boursière, je tente le coup

Pourquoi, parce que ça donne un avantage ou parce que c'est gratuit ?

[xMeijex]

Quand on regarde le catalogue le plus récent des uv de la branche GB de l’utc, on voit effectivement des nouveautés en bio informatique par rapport aux catalogues précédents.

C’est pas super clair mais ça me semble indépendant du label mod maths qui existe déjà depuis plusieurs années

[ismclf]

La filière transversale bio-informatique existe bien à l'UTC. Elle n'est juste pas du tout référencée sur la page principale du site car elle ne date que d'un an.

https://interactions.utc.fr/thematiq...ues%20massives.
https://www.utc.fr/wp-content/upload...tinue-inge.pdf

Pour l'UTC et l'INSA Lyon, je postule avant tout car je suis boursier, sinon je n'aurais même pas tenté car je considère avoir le niveau d'un cran en dessous. Enfin, l'UTC m'a fait passer leur oral, donc j'imagine que mon dossier ne doit pas être si moyen que ça. En tout cas, merci à tous de m'avoir répondu

[Brother95]

Merci beaucoup ismclf (on aurait du deviner pour clermont avec CLF).
Les 2 liens attestent de la filière commune en bio-info.
L'UTC devrait davantage la vendre...
Cela va intéresser w7...

La filière transversale (en sus) de modélisation mathématique peut egalement être envisagée. Cela me semble judicieux pour faire dans l'IA pour la bio.

On croise les doigts pour que tu obtiennes l'UTC.

je m'interroge comme W7, en quoi le fait d'être boursière change-t-il la donne ?
C'est pour économiser les frais de candidature ou tu penses à autre chose ?

As tu des compétences en informatique ? Je répète la question...

Par simple curiosité pourquoi n'avoir pas choisi le peip B après ton bac sur clermont ? Tu aurais peut être obtenu plus facilement un accès à polytech nice en génie biologique...
13ème c'est pas mal. Tu es presque dans le 1er décile. Ne te censures surtout pas !
Concretement c'est plus de 13 de moyenne , 14 ?

On comprend bien que tu veuilles enrichir ta liste de voeux d'écoles mais on les connait toutes et on a pas le pouvoir d'en accréditer de nouvelles !
Dans la bio-info y en a très peu.

Si tu n'obtiens aucune des 4, (ca reste possible), tu auras 3 options :
1) retenter en fin de L3 mais tu perdras 1an.
2) intégrer un master de bio-info. Un petit panorama t en a été dressé.
3) retenter en fin de M1 pour une entrée en 2A.

Je ne suis totalement convaincu par la plus value d'un diplome d'ingé sur CE secteur pour perdre 1an.
Peut être pour insa Lyon/UTC. A débattre.

2 choses me surprennent dans le site de l'UCA de Clermont :
- la mineure d'info en L3 est bien planquée. il y a une combinaison modèles/génomique pour 6ects (10% du total ca reste un petit vernis).
- il y a bien un master de bio-info à Clermont répertorié dans monmaster
https://www.uca.fr/master-bio-informatique
mais il est invisible depuis les graduate schools. Très Bizarre.

Je suppose que c'est ton plan B ou tu penses à autre chose ?

[agitateur]

Mon dossier n'est pas exceptionnel, mais étant boursière, je tente le coup. Je souhaiterais me spécialiser en data / analyse de données à grande échelle dans le secteur de l'industrie pharmaceutique ou des biotechnologies.

Je reviens sur ce que j'ai dit plus haut, et là on y voit plus clair.

Si on parle mass data, c'est pas la même chose que la modélisation en protéine ni du génomique ( par exemple ).

En mass data, il y a ( je trouve ) un diplôme de choix avec un master à Rennes, co porté par l'Agro et l'ENSAI entre autre. Et là c'est forcément trés statistique ( mass data par essence ) et le partenariat ENSAI est super évident ( au delà du coté voisinage géographique ).
https://www.institut-agro-rennes-ang...ur-la-biologie
Je n'ai aucune idée de son degré de sélectivité, mais la thématique attire donc ça doit pas être facile.
Pour correspondre à ton souhait en gras, ce serait un diplôme assez idéal. Par contre, de nombreuses choses ont été citées dans ce topic, c'est de la bio info, mais c'est PAS du mass data à visée pharma.


En milieu de L2, c'est sans doute pas facile de se projeter car les matières sont assez nouvelles et encore TRES superficielles pour approcher les notions de différences entre les différents domaine de la bio info. Si ton choix d'école doit être reporté à courant / fin L3, ce sera peut être pas si mal pour avoir plus de recul, aussi.

[Brother95]

je suis très dubitatif.
1) Pourquoi aller lui vendre un master orienté agro alors qu'elle veut faire dans la pharma ?
"Collecter des données et exploiter l’information recueillie pour résoudre des problèmes complexes dans les filières agronomiques, agroalimentaires et agro-industrielles"
2) Agro rennes pourquoi pas mais ca veut dire :
intégrer en fin de L3 donc perdre 1an
puis étudier des trucs qui l'intéressent moyennement pendant 18mois.
puis suivre des électifs de préspécialisation au S8 orientés mathsinfostat (moins évident en venant d'une L3 Sv plutôt que d'une bcpst).
3) Le mass data comme tu le dis ca ne se limite evidemnent pas à la génomique.
Mais sauf erreur la genomique peut bien utiliser le mass data.
Le profane que je suis veut bien qu'on lui explique en fournissant des définitions ... et en evitant le fourre-tout du terme "biotech".

Le M2 agroTIC de montpellier (à 50% sur bordeaux semble-t-il) permet par le choix des électifs de forcer sur le mass data/IA/programmation...
mais pas plus que cela...
Et ca reste appliqué à l'agro avec des UV de tronc commun très intéressantes (geomatique, IOT, optimisation des machines agricoles, etc...) mais passablement éloignées du projet.
La lecture de la liste des projets d'études en atteste.

[w7exnd]

Pour l'UTC et l'INSA Lyon, je postule avant tout car je suis boursier, sinon je n'aurais même pas tenté car je considère avoir le niveau d'un cran en dessous

Vu la tournure de cette phrase, tu penses bien que les boursiers sont avantagés.

D'ou tiens-tu cette information ?

[agitateur]

je suis très dubitatif.
1) Pourquoi aller lui vendre un master orienté agro alors qu'elle veut faire dans la pharma ?

3) Le mass data comme tu le dis ca ne se limite evidemnent pas à la génomique.
Mais sauf erreur la genomique peut bien utiliser le mass data.

Dans l'aboslu, si on utilise l'info, c'est qu'on a bcp de datas, sinon une règle de 3 suffit ( ou un calcul plus compliqué, mais qui reste du calcul ).

Dans l'absolu, le mass data en pharma, ce sera de la stat. Et réalisé par des gens avec surtout un fond math / stat, bien plus que bio.

La génomique ou la modélisation protéine, ce sera plus proche ( bcp plus proche ) de la R et coté R fondamentale, et donc réduit à qq personnes. Dont une bonne partie du savoir qui proviendra.......de la recherche académique plus que du "D" de l'indus pharma.

Le sujet bioinfo a déjà été évoqué de nombreuses fois, et pas que par moi. C'est un domaine trés vaste, bien plus qu'une simple discipline ou il existerait un profil qui maitrise "tout".
Il y a une énorme différence entre un biologiste un peu à l'aise en "base" de math et d'info, et un info qui aura appris plus tard un vernis "bio" adapté au labo dans lequel il bosse.

Je radote encore, mais dire "bio info" veut dire "je veux faire de la finance", c'est équivalent. Et donc bien trop vague, là je crois que tu situes bien mieux.
Ma proposition cadrait excellement avec ce que j'ai repris en gras.

Pour de la génomique sur base info, ce sera d'autres pistes de formation et d'emplois ( d'ailleurs essentiellement dans le public ).

[xMeijex]

Dans mon vocabulaire, bioinformatique c’est quand même assez précis et c’est directement lié aux "omics" (génomique, proteomique...)

Le big data appliqué à d’autres données bio/agro, j'appelle pas ça bioinfo

Mais c’est probablement subjectif

[Brother95]

Je pense au contraire qu'elle a voulu dire qu'elle aurait investi 2 x 105€ en pure perte.
Pour l'UTC déjà, elle aurait eu tort de se censurer.

Pour polytech c'est également gratuit pour les boursiers.
Il ne doit pas y avoir de cout pour EIDD (?)

[agitateur]

Dans mon vocabulaire, bioinformatique c’est quand même assez précis et c’est directement lié aux "omics" (génomique, proteomique...)

Le big data appliqué à d’autres données bio/agro, j'appelle pas ça bioinfo

Mais c’est probablement subjectif

Je pourrai partager la même "vision" mais factuellement le terme est porteur ( depuis 25 ans d'ailleurs sans qu'il le soit à la hauteur des attenets pour tous ) et donc il est sur-employé. Et du coup, il faut faire avec.......alors imaginons la confusion chez les jeunes avec moins de recul. Je répète, c'est comme dire "je veux faire de la finance".

Et de facto, dans sa définition stricte et restrictive, il ne correspond qu'à une partie des formations proposées mettant ce terme en avant, et ensuite à des débouchés assez restreints aussi ( et à vrai dire, j'ai l'impression de pas grand chose en dehiors de l'académique ). Sauf que voilà, si on vise l'académique, c'est un projet en soi, et ce point devient aussi important ( voir plus ) que le sujet d'étude ( bio info ). Et là on serait sur le sujet "biotech" du moins une ptite partie car lui aussi est TRES vaste et fourre tout.

Et la bio info en pharma, c'est de la stat avant tout. Et un "head of data" sera statisticien avant tout ( en étant ou pas pharmacien ou biologiste mais pas nécessairement ).

[Brother95]

Tu as raison d'alerter la posteuse sur l'ambiguité du terme data. De la data y en a partout. Rien de neuf.
mais le 1er post de celle-ci ne laisse aucun doute.
C'est bien la bio-informatique qui est ciblée (indépendamment de la taille des débouchés).
Et sa définition est bien celle de xmeijex :
https://fr.wikipedia.org/wiki/Bio-informatique

Par curiosité je suis allé voir le contenu du master de bio-informatique de Clermont :
https://www.uca.fr/formation/nos-for...ique#programme
Ca ne laisse aucun doute.
je n'irai pas checker les 19 autres

Elle n'a pas dit qu'elle voulait devenir Chief of data. Même dans le milieu pharmaceutique, tu as raison, ceux-ci n'ont souvent jamais vu une cellule de leur vie (on y trouve des isup par exemple).

[agitateur]

Tu as raison d'alerter la posteuse sur l'ambiguité du terme data. De la data y en a partout. Rien de neuf.
mais le 1er post de celle-ci ne laisse aucun doute.
C'est bien la bio-informatique qui est ciblée (indépendamment de la taille des débouchés).

Elle n'a pas dit qu'elle voulait devenir Chief of data. Même dans le milieu pharmaceutique, tu as raison, ceux-ci n'ont souvent jamais vu une cellule de leur vie (on y trouve des isup par exemple).

Wiki évoque aussi la bios stat, et donc pas seuleent le "omique".
Ensuite, si le premier message semblait clair ( à condition d'avoir une définition restrictive du sujet ) la suite ne l'état plus.
Quand un message ouvre sur la pharma ou la biotech, j'ai la lampe d'alerte qui se met en marche, c'est que le sujet est mal cerné par ismclf. Comme 99% des jeunes de son age ceci dit dans la même filière. Pour des raisons que tu partagera je crois: biotech ne veut pas dire grand chose, et la pharma sera sur des stats avant tout.

Je crois ( et j'espère ) que nos messages inciteront ism de Clermont à approfondir ces sujets.

[ismclf]

Par biotech, je parle surtout des entreprises comme L'Oréal. Il faut avouer que j'ai utilisé le terme "biotech" car il est assez vague et regroupe pas mal d'entreprises différentes. L'aspect statistique, l'utilisation d'algorithmes ou du machine learning pour traiter des données en bio-informatique me séduit pas mal. Pour ce qui est du niveau en codage, on va dire que je connais les fondamentaux de Python et que je suis assez à l'aise avec. J'ai eu l'occasion de faire du SQL en L1, mais j'ai un peu tout oublié. Il me semble qu'avec le R, ce sont globalement les langages qui dominent la bio-informatique. Je suis assez à l'aise en dactylographie, je tape en moyenne à 60 mpm et je me vois plus sur un ordinateur que sur une paillasse. En tout cas, merci pour tout, je vais me renseigner pour pouvoir au mieux m'orienter.