Définition d'un Pseudogène .

[mantOs]

Salut à vous forumeurs .

Je suis actuellement en train d'annoter des IPFs d'un génome de mycoplasme et n'étant pas un généticien chevronné j'aurai aimé avoir une définition la plus claire possible d'un pseudo gène .

Si je réduis à : "Gène coupé en 2 conduisant à 2 protéines orthologues " suis-je loin de la réalité?

Les pseudo gènes sont issus d'un gène ancestral ayant subit des mutations conduisant à l'apparition d'un codon stop en amont et d'un codon start en aval afin de produire 2 protéines?

Merci d'avance .

Cordialement
Paul .
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[invite5351d78c]

Salut,

Je crois qu'il y a une deuxième catégorie de pseudogènes. Dans une séquence d'ADNg tu détecte ton gène mais en 3', il y a une longue succession de A. A ce moment là tu peux dire que t'as un pseudogène provenant d'une infection antérieure par un rétrovirus. Avec son activité reverse transcriptase, il a fait un ADNc qui s'est inséré dans le génome et y est resté. Donc ce n'est pas réellement le gène recherché par excellence car il n'y a que les exons. En plus il n'y a pas le promoteur car le fragment s'est inséré au hasard. Bref, c'est un pseudo-gène.

Autre catégorie, ce sont des gènes qui ont subi des mutations capitales, ils ne sont plus fonctionnels mais il y sont quand même. Leurs copains fonctionnels ont pris la relève. Pärfois ce sont des vestiges de l'évolution : un gène donné a évolué, a été transféré sur d'autres chromosomes suite aux duplications et on a des évolutions divergentes du même gène mais sur deux chromosomes différents. L'un devient non fonctionnel(pseudogène) ou divergent et l'autre s'améliore ou se maintient...enfin bref, l'évolution quoi.

Donc avec ta catégorie, ça ferait 3 catégories de pseudogènes.

@+

[mantOs]

En fait je cherche surtout a savoir quand est ce qu'on se met dans le cas de pseudogène ...

Car là j'ai 2 IPFs qui se suivent avec 2 protéines ribosomales .
Je voulais savoir si je devais les annoter en pseudo gènes.

[Yoyo]

Salut

La seule definition pour un pseudogène est "un gene devenu inactif". C'est a dire qu'il n'est soit plus transcript soit plus traduit. C'est un gène devenu "inutile" et qui a accumulé des mutations qui l'ont inactivé.

Attention ce n'est pas parcequ'on a un codon stop entre deux phases de lecture ou que deux phases de lecture ne sont pas dans la meme phase de lecture qu'il s'agit d'un pseudogène.
Il peut s'agir de gène utilisant un evenement de recodage (readthrough ou frameshifting). Ce qui rends l'annotation bcp plus complexe.

YOyo

[A voir en vidéo sur Futura]

[Annaick_R]

Bonjour,

en général, c'est plus facile d'identifier les pseudogènes quand on travaille par famille, car on voit tout de suite si la protéine présente les domaines caractéristiques de la famille ou pas.

S'il y a similitude au niveau de la séquence des nucléotides (blastn) mais qu'il est très difficile de reconstituer la protéine (accumulation de sauts de phase), la séquence étudiée risque d'être un pseudo gène.

S'il existe des ADNc correspondant à la séquence génomique (100% identique), le gène est exprimé. A priori ça ne sera pas un pseudogène.

C'est quoi un IPF ?

Si je réduis à : "Gène coupé en 2 conduisant à 2 protéines orthologues " suis-je loin de la réalité?

Ouh là là ! Je ne suis pas sûre de te suivre !
2 protéines orthogues sont issues d'un phénomène de spéciation au cours de l'évolution. Par exemple, la globine alpha de l'homme est orthologue ("cousine") de la globine alpha du mouton dérivant toutes les 2 de la globine alpha de l'ancêtre commun de l'homme et du mouton.
2 protéines paralogues sont issues d'un phénomène de duplication/différenciation au sein d'un même génome. Par exemple les globines alpha et beta sont paralogues.

Si ton gène coupé en 2 donne 2 protéines fonctionnelles et si celles-ci correspondent aux 2 régions de la protéines ancestrale, on peut dire qu'il y a orthologie entre les domaines ancestraux et les protéines actuelles. Si ces 2 protéines sont vraiment traduites, tu ne peux pas mettre ce gène dans la catégorie pseudogène.

Annaïck.

PS: C'est quoi un IPF ?

[mantOs]

Salut, oui en fait je me suis rendu compte que j'utilisais peut etre un lexique pas universel .
IPF = Individual protein file : c'est une séquence définie par 500pb en amont et 200 pb en aval d’une ORF

ensuite oui pour ma vision du pseudogène j'étais dans le brouillard, je suis maintenant dans une légere brume; ca s'eclaircit !!!

cordialement
Paul

[Annaick_R]

En fait je cherche surtout a savoir quand est ce qu'on se met dans le cas de pseudogène ...

Car là j'ai 2 IPFs qui se suivent avec 2 protéines ribosomales .
Je voulais savoir si je devais les annoter en pseudo gènes.

Si je comprends bien, tu as 2 gènes en tandem ? ou bien les séquences codantes se chevauchent ?
Quelle est la distance qui sépare les 2 gènes ?

N.B. les protéines ribosomales sont souvent en paquets dans le génome, et répétées en plusieurs exempaires.

Annaïck.