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astuces pour les commandes de primers




  1. #1
    najou

    astuces pour les commandes de primers

    Salut à tous je voudrais savoir si vous avez quelques informations pour commander des primers des séquences CYP1A2 et 2B1 chez le rat( je n'arrrive pas à trouver les bons primers dans les publis)

    -----


  2. #2
    Borh

    Re : astuces pour les commandes de primers

    les dessiner toi même avec un logiciel (oligo 6 par exemple) : c'est le mieux parce que ça te permet de voir les épingles à cheveux et les dimères de primers.
    Sinon, à la main avec la méthode où chaque GC=4°C et AT=2°C.
    Sinon, j'ai entendu parler d'un logiciel gratuit sur Internet mais je m'en suis jamais servi et j'ai pas l'adresse

  3. #3
    Akïn

    Re : astuces pour les commandes de primers

    Bonjour,

    voici la méthode que j'ai appliqué, ca m'a pris trois minutes. Deux méthodes avec pubmed. Tu met en mot clé ce que tu cherches (CYP1A2) ainsi que l'espèce (rattus) et tu regardes les publications sorties.
    Pour chaque publication, tu as a droite de l'ecran "related articles" et "link". En regardant sur link, tu as (parfois) un lien qui te renvoi vers "Nucléotides" (ca n'est pas le cas ici donc on passe à la deuxième méthodes).

    - Tu utilises la fonction "search" de pubmed et tu choisis nucleotides (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/q...&DB=nucleotide)
    Tu tappes ensuite les mots clés dont tu as besoin (CYP1A2 et rattus)
    Les réponses obtenues sont parfois un peu bizarre mais tu trouveras facilement. Ici, il s'agit de la 4eme réponse donnée (NM_012541).

    Après, a partir de la séquence donnée, tu peux utiliser le site (http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi) pour qu'il te génère des primers (mais ca tu dois sans doute connaître.

    Si malgré tout ca ne marche pas, essai de trouver le nom commun de la protéine que tu cherches et de refaire la même recherche. Par exemple, ici, le CYP1A2 correspond à une sous unité du cytochrome P450 (même si je n'ai pas pris le temps de chercher si ceci est réellement exact).

    Pour 2B1, la méthode est la même. Je te laisse chercher un petit peu Aide parce que apparemment la réponse n'apparaît pas ausi simplement: l'autre nom de 2B1 est Slco2b1 (tu trouveras ptet plus facilement comme ca )

    Voilà, si tu as d'autres questions ... n'hésite pas
    Dernière modification par Akïn ; 24/11/2006 à 10h56.


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