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Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot



  1. #1
    Nhyma

    Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

    Bonjour a tous , Voici mon probleme :
    Lors de l'etude de la plus frequente maladie hereditaire , l'hemochromatose , on remarque que la pathologie est du au gene HFE . On effectue alors un southern Blot sur l'ADNc et l'ADN genomique , expression du gene . Ils sont digeres par l'enzyme de restriction Hind III . Voila les resultats que l'on obtient :
    -POur l'Adn c en presence d'Hind III et d'une sonde ADNc on trouve deux bandes de 1.5 et de 1.1 kb .
    Toujours pour l'ADNc , en utilisant une sonde extremité 5' on trouve une seule bande de 1.1 kb
    ( presence d'hind III aussi )
    - POur l'ADN genomique , en presence d'HIII on trouve 5 bandes de 4.1 , 3.2 , 2.1 , 1.5 , 1.1 kb en utilisant une sonde ADNc
    En utilisant une sonde extremite 5' et en presence d'HIII on trouve une bande de 4.1 kb .

    Voici ma question : Compte tenu du fait que l'ADNc ne contient que des exons comment se fait il que la sonde extremité 5' detecte quelque chose car il me semble que dans L'ARN mature ( qui permet d'obtenir l'adn c par RTPCR ) , la sequence 5' n'est pas transcrite ??
    Cela signifirait qu'il existe des exons dans la partie 5' ??

    Et deuxieme question : Comment expliquer les differences de kb entre la sonde extremité 5 ' pour l'adn c et la sonde extremité 5' pour l'ADNg ??

    Voila j'espere que jai ete clair . J'attends vos reponses . Merci d'avance

    -----


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  3. #2
    NIKLOS71

    Re : Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

    Pour la diférence de taille de l'ADNc par rapport à l'ADNg je pense que justement ce dernier contient à la fois des exons et des introns, donc après la digestion les fragments d'ADNg seront plus longs.
    En ce qui concerne tes problèmes pour l'extrémité 5' cela me parraît un peu moins clair, mais sur ton ARN il existe une partie 5' UTR (untranslating region) qui sort de la region codante mais qui est quand même transcrite.
    Voilà j'espère que cela pourra t'aider tiens moi au courant sur ta réflexion...

  4. #3
    Nhyma

    Re : Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

    Le probleme reside sur le fait qu'il ya un detection d'exon dans la region 5' UTR , ce qui pourrait correspondre au premier exon mais je n'en suis pas sur ..;

  5. #4
    Nhyma

    Re : Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

    De plus sur la difference de taille cela est suspect car je parle bien seulement de la region 5' UTR donc qui ne contiendrait normalement pas d'exon ou d'intron ou alors dans mon hypothese la plus vraisemblable le premier exon et une partie du premier intron

  6. #5
    asmahan

    Re : Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

    Citation Envoyé par Nhyma Voir le message
    Bonjour a tous , Voici mon probleme :
    Lors de l'etude de la plus frequente maladie hereditaire , l'hemochromatose , on remarque que la pathologie est du au gene HFE . On effectue alors un southern Blot sur l'ADNc et l'ADN genomique , expression du gene . Ils sont digeres par l'enzyme de restriction Hind III . Voila les resultats que l'on obtient :
    -POur l'Adn c en presence d'Hind III et d'une sonde ADNc on trouve deux bandes de 1.5 et de 1.1 kb .
    Toujours pour l'ADNc , en utilisant une sonde extremité 5' on trouve une seule bande de 1.1 kb
    ( presence d'hind III aussi )
    - POur l'ADN genomique , en presence d'HIII on trouve 5 bandes de 4.1 , 3.2 , 2.1 , 1.5 , 1.1 kb en utilisant une sonde ADNc
    En utilisant une sonde extremite 5' et en presence d'HIII on trouve une bande de 4.1 kb .

    Voici ma question : Compte tenu du fait que l'ADNc ne contient que des exons comment se fait il que la sonde extremité 5' detecte quelque chose car il me semble que dans L'ARN mature ( qui permet d'obtenir l'adn c par RTPCR ) , la sequence 5' n'est pas transcrite ??
    Cela signifirait qu'il existe des exons dans la partie 5' ??

    Et deuxieme question : Comment expliquer les differences de kb entre la sonde extremité 5 ' pour l'adn c et la sonde extremité 5' pour l'ADNg ??

    Voila j'espere que jai ete clair . J'attends vos reponses . Merci d'avance
    salut, je ne suis pas sure mais le probleme me parrait beaucoup plus simple que ca. quoique c'est pas trés clair..quand tu dit une sonde 5' :qui s'hybride avec l'extrémité 5' de l'adn c ou g?...ou bien tu parle de sonde marqué à son extrémité 5'...parceque si c'est le cas ca change tout: j'explique si la deuxiéme sonde utilisée est marqué à son extrémité 5' et puisqu'elle s'hybride avec le fragment 1.1 adnc et 4.1 dans l'adng ...... .....je pense que la séquence du fragment 1.1 est comprise dans le frg 4.1 et donc ce dernier contient une partie exonique de 1.1 et l'intron a une taille de 3 kb ...à l'extrémité 3' de l'adn bien sure......et c'est tout...j'espére qu'on résoudera ton probleme
    Le monde est une comédie pour ceux qui pensent, une tragédie pour ceux qui sentent

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Dizaall

    Re : Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

    Citation Envoyé par asmahan Voir le message
    salut, je ne suis pas sure mais le probleme me parrait beaucoup plus simple que ca. quoique c'est pas trés clair..quand tu dit une sonde 5' :qui s'hybride avec l'extrémité 5' de l'adn c ou g?...ou bien tu parle de sonde marqué à son extrémité 5'...parceque si c'est le cas ca change tout: j'explique si la deuxiéme sonde utilisée est marqué à son extrémité 5' et puisqu'elle s'hybride avec le fragment 1.1 adnc et 4.1 dans l'adng ...... .....je pense que la séquence du fragment 1.1 est comprise dans le frg 4.1 et donc ce dernier contient une partie exonique de 1.1 et l'intron a une taille de 3 kb ...à l'extrémité 3' de l'adn bien sure......et c'est tout...j'espére qu'on résoudera ton probleme
    Oui je pense aussi que c'est ça.
    L'ADN génomique comprend un "grand" fragment de 4.1kb comprenant introns et exons.
    Le fragment de 1.1kb marqué dans le crible d'ADNc est un exon contenu dans les 4.1kb de ton fragment génomique.

    Je mettrais juste une précision. Rien ne prouve que ce fragment de 4.1 ne contient qu'un exon, ni qu'il contient uniquement la partie exonique reprise dans le fragment 1.1. Cela dépend de la sonde choisie.
    Et enfin, si la sonde marque l'extrémité 5' alors tout ceci à lieu à l'extrémité 5' non?
    ...à l'extrémité 3' de l'adn bien sure......

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  10. #7
    Nhyma

    Re : Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

    Merci cela comforte l'hypothese que javais formulé ; le probleme venant du fait que j'avais oublié que la sonde ne s'hybridé pas avec la sequence 5' Utr

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