Bonjour,
Tout est dans le titre, je travaille sur l'identification de gènes plasmidiques impliqués dans les résistances bactériennes, les gènes QNR chez les entérobactéries.
Si avec les gènes Qnr A et S, je n'ai aucun problèmes, les PCR destinés à mettre ne évidence QnrB me donne des résultats assez déroutants. Lors de ma première série de PCR, j'ai pu identifier un quarantaine de souches positives après dépôts sur agarose. Les produits d'amplification positif sont ensuite purifiés par exo-sap pour un séquençage du gène, avec les même amorces que celles utilisé pour la première PCR. Seulement sur les 40 souches testé 20 sont sortis négatives du séquençage, pensant avoir fauté quelque part j'ai retesté une réaction de séquençage sur ses souches sans conviction, j'avais séquencé d'autres gènes en mêmes temps, et bien sûr le séquençage fut négatif.
J'ai donc voulu retester en double cette fois la PDR d'uidentification, pour être sûr d'éliminer les ennuis techniques et cette fois toutes mes souches, sortis QnrB positives la première fois, ont toutes montré un profil négatif, à l 'exception de deux que j'ai pu séquencer en doublant la quantité d'ADN.
Je pensais qu'il pouvait s'agir d'un problème du aux congélation décongélation ou à l'âge des échantillons mais ikls ont tous des âges différents et des cycles congélation-décongélation différents.
D'où peut provenir le problème ?
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