Gène plus court?

[invite31de30ca]

Bonjour tout le monde!

Je suis en 3ème année de licence biochimie et j'ai des séquences protéiques et nucléotidiques d'un gène chez le rat et l'Homme à comparer. Je trouve (via NCBI) que la protéine du rat est plus courte de 13 acides aminés, soit 39 nucléotides. On me demande d'expliquer pourquoi il y a un tel "gap" dans le gène du rat et je sèche. J'ai pensé au phénomène d'exon skipping ou à quelques chose dans l'évolution mais le poisson zèbre (moins évolué) ne possède par de "trou". Quelqu'un pourrait-il m'aider?

Meri d'avance

Morgane
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[aquilegia]

Bonjour,
je n'ai pas la solution à ton problème, mais je peux t'aider quand même : tu peux bannir de ton vocabulaire l'expression "moins évolué". Elle n'a pas de sens, le poisson zebre a eu un temps d'évolution aussi grand que celui du rat ou de l'homme. Son évolution ne s'est pas arrêtée pendant que celle des autres continuait...
Depuis l'ancêtre commun entre le poisson zèbre et les mammifères, la branche des poissons zèbre a fait autant de chemin que celle des mammifères.

[jmbowie]

Bonjour tout le monde!

Je suis en 3ème année de licence biochimie et j'ai des séquences protéiques et nucléotidiques d'un gène chez le rat et l'Homme à comparer. Je trouve (via NCBI) que la protéine du rat est plus courte de 13 acides aminés, soit 39 nucléotides. On me demande d'expliquer pourquoi il y a un tel "gap" dans le gène du rat et je sèche. J'ai pensé au phénomène d'exon skipping ou à quelques chose dans l'évolution mais le poisson zèbre (moins évolué) ne possède par de "trou". Quelqu'un pourrait-il m'aider?

Meri d'avance

Morgane

Sait-on si la protéine codée par le gène a une fonction homologue chez tous les organismes que tu cites?
Essaie aussi de Blaster la séquence du motif additionel caractéristique du gène humain, il s'agit peut-être d'un motif fonctionnel précis, ce qui t'avanceras dans ta réflexion.
On peut tout simplement penser que cette région n'avait pas de fonction précise, qu'elle a été supprimé au cours de l'évolution (l'homme est-il plus apparenté au rat ou au zèbre phylogénétiquement? )
Enfin y'a pas mal de pistes plausibles...

[invite31de30ca]

Les deux protéines ont la même fonction chez les deux organismes et la région manquante n'est pas la région importante puisque ce sont les régions N et C terminales qui doivent être conservées pour avoir une protéine active. Si je regarde la séquence nucléotidique, il ne manque pas 39 nucléotides. La solution doit donc se trouver au niveau de la maturation de l'ARNm mais pour avoir un phénomène d'exon skipping il faudrait l'apparition d'une nouvelle jonction d'épissage ce qui n'est pas le cas... J'en perds mon latin!!!

[A voir en vidéo sur Futura]

[piwi]

Salut,

C'est pour un exercice? Si c'est le cas peut être peux tu nous donner les références de ce gène que l'on puisse voir cela de visu.

Note que si tu veux comparer des organismes il vaut mieux utiliser ensembl que NCBI.

Cordialement,
piwi

[invite31de30ca]

C'est pour un TP où nous travaillons sur le gène de la dystrophine Dp71 et on nous demande d'essayer de trouver pourquoi la protéine est plus courtes chez le rat...

[piwi]

J'ai procédé à l'alignement des séquences chez l'homme (dmd dp71) et l'une des isoformes chez le rat (dmd dp71a).
voilà une adresse pour voir le résultat: http://www.ebi.ac.uk/servicestmp/nee...587792576.html (ça doit être valable 24h)
Si vous parvenez à voir le résultat, prêtez une attention à la région 1000-1100.

Cordialement,
piwi

[invite31de30ca]

Merci infiniment du coup de main... Je peux vous dire ce que j'ai trouvé: j'ai donc "découvert" dans la séquence nucléotidique l'apparition de deux jonctions d'épissage au dessus et en dessous de la délétion... Se pourrait-il que ma protéine plus courte vienne de cela?

[piwi]

Très probablement étant donné que:
on retrouve la délétion dans les ARNs messagers (ce sont les alignements que j'ai effectué)
on ne retrouve pas la deletion dans le génome (c'est ce que vous faisiez remarquer).

Cordialement,
piwi

[C-khalil]

j'ai lu ton message; je m'y suis intéressé un peu! et j'ai trouvé ce lien ci- dessous, peut être que tu y trouveras la réponse que tu cherche!!
http://www.genopole.org/media/pdf/fr...m-genethon.pdf
Tchao

[piwi]

non la réponse est dans ce papier: http://www.springerlink.com/content/jv325675261632r4/

et en particulier ici:

Activation of internal promoters of the DMD gene leads to the production of several proteins, the Dystrophin-71 (Dp-71) being the most abundant in the encephalon.

Cordialement,
piwi

[Yoyo]

salut

piwi ta citation parle d'activation d"un promoteur criptique interne pas d'epissage alternatif. Les deux question etaient liées?

Yoyo

[piwi]

Il me semble me souvenir que l'utilisation d'un promoteur plutot qu'un autre les différents epissages possibles.
M'enfin c'etait stupide étant donné que l'on n'étudie que deux isoformes identiques. Donc effectivement j'ai dis une annerie.

cordialement,
piwi