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PROBLEME Tm PCR



  1. #1
    natbiotech

    PROBLEME Tm PCR


    ------

    Bonjour,

    Je suis censée introduire des sites de restriction par PCR.
    Je rencontre plusieurs problèmes :
    - mon amorce sens ne finit pas par un G ou C mais par un AT.
    - j'ai une différence de température de fusion (Tm) de 5°C entre l'amorce sens et l'antisens.
    - j'ai une différence de 3 nucléotides entre mes deux amorces (21 contre 24pb).

    Si j'ajoute un G en 3', mon Tm augmente de 5° ce qui me fait une différence entre mes deux amorces de 10°C !!!!!!!

    Est-ce vraiment gênant?
    Que faire pour y remédier?

    Merci à tous!

    -----

  2. #2
    jmbowie

    Re : PROBLEME Tm PCR

    Citation Envoyé par natbiotech Voir le message
    Bonjour,

    Je suis censée introduire des sites de restriction par PCR.
    Je rencontre plusieurs problèmes :
    - mon amorce sens ne finit pas par un G ou C mais par un AT.
    - j'ai une différence de température de fusion (Tm) de 5°C entre l'amorce sens et l'antisens.
    - j'ai une différence de 3 nucléotides entre mes deux amorces (21 contre 24pb).

    Si j'ajoute un G en 3', mon Tm augmente de 5° ce qui me fait une différence entre mes deux amorces de 10°C !!!!!!!

    Est-ce vraiment gênant?
    Que faire pour y remédier?

    Merci à tous!
    A mon avis, cela est moins gênant que d'avoir un A ou un T en fin d'amorce. Si vous amorces sont bien spécifiques de vos cibles (cela dépend de vos matrices aussi), il ne devrait pas y avoir trop de soucis.
    Blast up your life!

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