Bioinformatique

[invite2bdabc31]

Bonjour,

je veux apprendre la bioinformatique (donc je débute du 0)!

avez vous des livres à me conseiller? sites web? documents??

Merci
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[invite17a570c1]

Salut,

Que veux-tu apprendre au juste? Dire "la bioinformatique", c'est comme dire "la genetique" : y a un tas de domaines dedans... Tu veux savoir te servir d'outils dispos, savoir programmer,...?

[invite2bdabc31]

Salut,

Que veux-tu apprendre au juste? Dire "la bioinformatique", c'est comme dire "la genetique" : y a un tas de domaines dedans... Tu veux savoir te servir d'outils dispos, savoir programmer,...?

salut

j'ai pas d'objectif précis!! disons que je veux commencer par les concepts de base!

[invited3f74a0a]

Salut !!

100 % d'accord avec Malicia... Je dirais même que c'est pire que la génétique 2 grands exemples très généraux, il y a la bioinformatique structurale (modélisation moléculaire etc...) et la bioinformatique génomique (analyse de sequence etc...) qui sont deux disciplines fondamentalement très différentes.

La bioinformatique en soit ne veux pas dire grand chose ! Un excellent lien (je trouve) pour te faire une idée de la bioinformatique :

http://www.pasteur.fr/recherche/unit...efinition.html

Reviens ensuite avec des idées plus précise et nous pourrons t'aider

@+

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite17a570c1]

Je dirais même que c'est pire que la génétique

Non. Désolée, mais c'est très artificiel et réducteur de dire ça.

2 grands exemples très généraux, il y a la bioinformatique structurale (modélisation moléculaire etc...) et la bioinformatique génomique (analyse de sequence etc...) qui sont deux disciplines fondamentalement très différentes.

Pareil, c'est de la catégorisation artificielle.
Ce qu'on peut plutôt proposer comme de la séparation pour moi est surtout la profondeur d'approche : est-ce que tu veux savoir te servir (très) bien d'outils déjà existants mais garder vraiment un pied bien planté dans la bio? Ou plutôt tu veux apprendre à programmer, faire des softs par toi-même, etc.? Après, on peut décider d'explorer plutôt un domaine ou un autre.

Bon courage, n'hésite pas si tu as des questions.

[invited3f74a0a]

Salut !

Non. Désolée, mais c'est très artificiel et réducteur de dire ça.

D'où le smiley...

Pareil, c'est de la catégorisation artificielle.

Je ne suis pas du tout d'accord avec toi...

J'étudie les deux et, la différence est réèlle. C'est pour moi 2 grandes disciplines qui n'ont absolument rien à avoir... C'est d'ailleurs deux spécialités différentes dans mon master et, en général, chaque étudiant à sa préférence.

L'approche structurale tel que je la conçoit fait surtout appel à des raisonnement physique, géométrique etc... Tandis que ce que j'appel la génomique fait plutôt appel à des techniques algorithmiques de parcours de sequence, graph etc... (Je suis très reducteur là..)

Si je peux me permettre, la bioinfo ne se résume pas à écrire des softs ou à en utiliser (ce que tu semble sous entendre). En modélisation par exemple, il y a des raisonnements particuliers et, c'est plutot ta vision des choses que je trouve réductrice...

La bioinfo, tout comme l'informatique, n'est pas (pour moi) qu'un simple outil, il y a des théories derrière tout ça. C'est pour ça qu'il existe des bioinformaticiens et pas seulement des biologistes qui touchent à l'info.

Néanmoins, j'attends avec impatiente que tu développe ton avis
@+

[invite17a570c1]

J'étudie les deux et, la différence est réèlle.

Pareil. Mais pour moi limiter la bioinfo à de la structurale et génomique, c'est super réducteur.

C'est pour moi 2 grandes disciplines qui n'ont absolument rien à avoir... C'est d'ailleurs deux spécialités différentes dans mon master et, en général, chaque étudiant à sa préférence.

Ici, rien ne m'explique pourquoi pour toi ce sont les seuls domaines de la bioinfo

L'approche structurale tel que je la conçoit fait surtout appel à des raisonnement physique, géométrique etc... Tandis que ce que j'appel la génomique fait plutôt appel à des techniques algorithmiques de parcours de sequence, graph etc... (Je suis très reducteur là..)

Oui, et alors? Les approches sont différentes, et ? J'ai dit quelque part que ce n'est pas le cas? Ce que je dis c'est que d'une part ta séparation d'un domaine très large en deux catégories qui ne prennent en compte que des sous-domaines certes distincts est pour moi réductrice. D'autre part, àmha, le conseil à donner à quelqu'un qui ne sait pas ce qu'il veut faire dans le domaine, n'est pas "intéresses-toi à des thématiques assez particulières", mais "définis à quel niveau tu veux t'impliquer".

Si je peux me permettre, la bioinfo ne se résume pas à écrire des softs ou à en utiliser (ce que tu semble sous entendre). En modélisation par exemple, il y a des raisonnements particuliers et, c'est plutot ta vision des choses que je trouve réductrice...

Pour moi, la modélisation ne fait pas partie de la bioinfo : c'est une discipline plus théorique et au croisement d'autres domaines en plus.
En ce qui concerne mon réductionnisme ici, il est à prendre en considération dans le cadre de la demande initiale. Cela dit, j'aimerais bien que tu me donnes des exemples de théories et algos si spécifiques à la bioinfo. Parlons du parsing d'un fichier de sortie de Blast : tu fais du parsing de fichier texte. Je ne veux pas minimiser des choses à venir, je veux juste dire qu'avant de s'extasier devant un domaine émergent certes très intéressant, il faudrait d'abord voir ce qu'il apporte de novateur théoriquement si on veux le mettre au rang de science par exemple

La bioinfo, tout comme l'informatique, n'est pas (pour moi) qu'un simple outil, il y a des théories derrière tout ça. C'est pour ça qu'il existe des bioinformaticiens et pas seulement des biologistes qui touchent à l'info.

Néanmoins, j'attends avec impatiente que tu développe ton avis

Néanmoins? Donc, même si j'ai un peu explicité, tu ne prendras pas en compte ce que je dis puisque ton avis est bien fixé?

[invite906f50ea]

bonjour,

la licence bioinfo du CNAM (conservatoir national des art et metier) est plutot bien faite si tu veux chercher des pistes, je te conseille d'aller explorer de ce cote la.

http://bioinfo.cnam.fr/bioinfo/

[invited3f74a0a]

Salut !

Ici, rien ne m'explique pourquoi pour toi ce sont les seuls domaines de la bioinfo

Tout à fait normal, je n'ai jamais dit ça, j'ai précisé "2 exemples très généraux". En revanche ça me semble être une bonne première approche.

le conseil à donner à quelqu'un qui ne sait pas ce qu'il veut faire dans le domaine, n'est pas "intéresses-toi à des thématiques assez particulières", mais "définis à quel niveau tu veux t'impliquer".

Question de point de vue, je ne suis pas d'accord mais ça se défend très bien

Pour moi, la modélisation ne fait pas partie de la bioinfo : c'est une discipline plus théorique et au croisement d'autres domaines en plus.

Wahou! C'est ton avis, je ne le discuterais pas mais je suis loin d'être d'accord. Par exemple, les approches de drug design par modélisation moléculaire sont pour moi typiquement de la bioinformatique...

Cela dit, j'aimerais bien que tu me donnes des exemples de théories et algos si spécifiques à la bioinfo.

Probablement utilisé dans d'autre domaines :

• Algorithme de verlet
• Algorithme Leap-frog
• Algorithme de Beeman’s

Très certainement spécifique à la bioinfo :

• Protéine peeling
• Alignement structurale

Ce ne sont que des exemples et la liste est loin d'être exaustive, surtout que je ne touche pas du tout à la génomique, aux biostats etc...

Néanmoins? Donc, même si j'ai un peu explicité, tu ne prendras pas en compte ce que je dis puisque ton avis est bien fixé?

Du tout, je n'étais simplement pas sûr d'avoir bien compris ton idée. J'espere que cette discution aura aidé gmail à se faire une petite idée

@+

[invite17a570c1]

Hello,

Wahou! C'est ton avis, je ne le discuterais pas mais je suis loin d'être d'accord. Par exemple, les approches de drug design par modélisation moléculaire sont pour moi typiquement de la bioinformatique...

Euh, non : tu fais un amalgame entre la modélisation en tant que domaine général (très lié au maths d'ailleurs) et ses applications en bio. Drug design n'est qu'une thématique parmi d'autres et se servir d'outils bioinformatiques spécialement conçus pour (ie, adéquats) n'en fait pas un domaine scientifique au même titre que la modélisation tout court.
Ce n'est d'ailleurs pas "mon avis" seulement, c'est l'avis de plein de gens qui en font en tant que leur métier ou qui travaillent étroitement avec des gens dont c'est le métier.

Probablement utilisé dans d'autre domaines :

Oh oui Verlet est utilisé en création de jeu vidéo et en physique : http://www.lptl.jussieu.fr/user/viot/coursPViot.html
Leapfrog c'est un dérivé de Verlet : http://phycomp.technion.ac.il/~david/thesis/node34.html
Idem pour l'algo de Beeman, qui apporte une correction pour l'estimation de la vélocité.

Très certainement spécifique à la bioinfo :

• Protéine peeling
• Alignement structurale

Je ne connais pas bien le peeling. Mais l'alignement de structures est pareillement, une adaptation d'algos plus généraux à l'étude de molécules biologiques. Ca peut reprendre des calculs d'angles alpha (ce sont des maths à ma connaissance), après des estimations avec des modèles de Markov de probas de leurs occurrences. Bon, les modèles de Markov sont des trucs de maths, encore

Attention, je ne veux pas dire que la bioinfo n'a fait que reprendre des trucs sans rien inventer : je dis juste qu'il faut faire attention avant de coller l'étiquette "science à part entière" à un domaine intéressant, porteur et en pleine expansion, mais qui pour le moment apporte moins d'innovation théorique qu'il ne crée d'outils. La théorie des jeux est utilisée pour modéliser des choses particulières en bio, mais elle reste une construction initialement créée pour un autre domaine. C'est le cas actuellement pour une bonne partie des algos utilisés dans le champs de la bioinfo.

Ce ne sont que des exemples et la liste est loin d'être exaustive, surtout que je ne touche pas du tout à la génomique, aux biostats etc...

Les biostats sont ce qu'elles sont : des statistiques en biologie. Pas de la bioinfo. Ce n'est pas parce que R existe que ça transforme immédiatement les biostats en bioinfo

[invited3f74a0a]

Youpi yo !

En ce qui concerne les algos, dans les exemples que tu donne on reste dans de la dynamique moléculaire, c'est la même chose appliqué à un problème physique plutot que biologique. Je considère que si le système est biologique, on est dans de la bioinfo puisqu'il faut reflechir en biologiste face aux résultats.

Un bioinformaticien ne pourra pas faire de bonne conclusion sur un système physique de la même façon qu'un physicien ne pourra pas faire de conclusion correcte sur un sytème biologique.

Il est en tout cas évident que la bioinfo reste une application de théories mathématiques et physiques à des problèmes biologiques, d'où sont intérêt ! Ce dont tu parlais au début dans l'écriture de programme etc.. C'est ce que je considère comme de l'infobio, de l'informatique appliqué à la biologie.

D'après mon experience, la programmation n'est qu'un outil dans la résolution d'un problème, on s'en sert pour analyser plus rapidement des résultats etc... L'écriture de software est souvent (pas toujours) réservé à des informaticiens de formation et non pas à ce que j'appel des bioinformaticiens.

Je fais une très grande différence entre bioinfo et infobio et, après avoir discuter avec beaucoups de gens (salons étudiant, tutorat, stage etc...) je me suis rendu compte que 90% des gens assimilent la bioinfo à l'infobio. C'est pour ça que j'ai voulu entrer dans cette discussion, cette nuance est importante...

La bioinfo va plus loin que de l'informatique dans un contexte biologique.

@+

[invite17a570c1]

'lo,

En ce qui concerne les algos, dans les exemples que tu donne on reste dans de la dynamique moléculaire, c'est la même chose appliqué à un problème physique plutot que biologique. Je considère que si le système est biologique, on est dans de la bioinfo puisqu'il faut reflechir en biologiste face aux résultats.
Un bioinformaticien ne pourra pas faire de bonne conclusion sur un système physique de la même façon qu'un physicien ne pourra pas faire de conclusion correcte sur un sytème biologique.

Je vais le dire une 3e, mais dernière fois La bioinfo telle qu'elle existe aujourd'hui n'est pas une science à part entière comme tu tentes de la définir parce qu'elle reprend les algos déjà existants et appliqués à d'autres sciences. Donc, oui, tous les algos que tu as cités sont parfaitement appliquables à du biologique, mais ils n'ont pas été spécialement conçus pour ça.
Ensuite, si tu décides de faire dévier la discussion vers l'analyse biologique, c'est totalement différent. Il est évident qu'un physicien n'aura pas la même vision d'un même sujet qu'un biologiste. Mais c'est hors propos ici, me semble-t-il

Il est en tout cas évident que la bioinfo reste une application de théories mathématiques et physiques à des problèmes biologiques, d'où sont intérêt !

Héhé, enfin

C'est ce que je considère comme de l'infobio, de l'informatique appliqué à la biologie.
(...)
D'après mon experience, la programmation n'est qu'un outil dans la résolution d'un problème, on s'en sert pour analyser plus rapidement des résultats etc... L'écriture de software est souvent (pas toujours) réservé à des informaticiens de formation et non pas à ce que j'appel des bioinformaticiens.

Je fais une très grande différence entre bioinfo et infobio et, après avoir discuter avec beaucoups de gens (salons étudiant, tutorat, stage etc...) je me suis rendu compte que 90% des gens assimilent la bioinfo à l'infobio. C'est pour ça que j'ai voulu entrer dans cette discussion, cette nuance est importante...

La bioinfo va plus loin que de l'informatique dans un contexte biologique.

Oui, mais on va pas super bien se comprendre si tu définis tes idées plusieurs posts après le début de la discussion

Pour moi, cette distinction continue à être très floue dans la mesure où justement la production d'un outil (par exemple, d'un soft qui fait un truc précis) doit être faite par un bioinformaticien : càd, quelqu'un qui est au croisement des deux domaines. Après avoir pas mal vu des informaticiens purs venir à la bio et les difficultés qu'ils ont pour comprendre pourquoi certaines choses ne peuvent pas se résumer à un algo basique qui fonctionne ailleurs, je peux t'assurer que "bioinformaticien" a un sens tout particulier. Et puisque ce domaine n'est pas une science à part entière, la distinction que tu fais est à mes yeux bien capillotractée

Bon, il fait faim. Bon app' !
++