Techniques utilisées en lab de biomol

[invite38f0db9e]

Bonjour !
Cet été je vais passer 1 mois et demi dans un laboratoire de biologie moléculaire dans le cadre d'un de mes cours d'initiation à la recherche. J'ai eu l'occasion lors de mes cours théoriques de biomol, d'aborder des techniques telles que la transfection, la transformation, la fabrication de banques d'ADNc et d'ADN génomique, la mutagénèse et la PCR.
Les techniques et manipulations que je devrais utiliser cet été, sont précisément la PCR , la préparation de vecteurs plasmidiques, la préparation de culture de cellules animales et la transfection.

J'aimerai que vous m'aidiez à me préparer à ce cours en me donnant des idées de ce qu'il faut absolument savoir et ne pas faire dans ce genre de labo pour éviter que je fasse de grosses bourdes (je suis assez gauche de nature ).
Merci pour votre aide
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[invite9cd78264]

Salut

La première chose que je voudrais te dire est : tu vas forcément faire des bourdes .
Ce n'est pas méchant mais réaliste. Tu auras beau te préparer et faire très attention à tout, on fait forcément des petites erreurs en manipant, surout lors de ses premiers stages. Tout le monde le sait, et si tu fais quelques erreurs d'inattention, ou par ignorance, ça m'étonnerait qu'on t'en tienne rigueur. Et puis c'est comme ça qu'on progresse.

Sinon pour te donner quelques conseils pratiques par rapport aux manips que tu vas faire, je dirais qu'il faut surtout bien se concentrer au début.
Rien n'est plus facile que de se tromper en préparant son mixt de PCR (du genre : "mince, j'ai déjà mis les oligos ou non???). Et comme les volumes sont de l'ordre du microlitre, tu peux pas vraiment controler à l'oeil... Dans ce cas, ne pas hésiter à jeter son mixt et recommencer, plutôt que de lancer quelque chose qui ne va pas marcher. Il faut se faire des repères visuels, genre déplacer le tube sur le portoir une fois que tu as ajouté un produit.

La culture cellulaire demande aussi de la concentration, car toutes les précautions pour éviter les contaminations ne deviennent pas tout de suite des automatismes.

En bref, évite de papoter en faisant tes manips
Et puis dis toi qu'il serait étonnant que tu sois parfait, c'est la vie. Fais de ton mieux, n'hésite pas à poser (voir reposer) plein de questions, et tout se passera bien.

Bon stage

Cissou

[invite9e91a17c]

Je pense que même "bien préparé" par un forum tu feras des bourdes comme tout le monde ... Les manipulations demandent une bonne concentration et beaucoup de patience (longues poses pour la centrifugation etc.) et de l'organisation _ on ne le répète jamais assez !
il faut faire les opérations dans un ordre précis pour ne pas en oublier, les décaler d'une rangée sur le portoir (genre 1ère ligne = 1ère manip, 2ème ligne...) et un crayon indélébile pour noter tes tubes est souvent utile.
Le soin que tu apportes à ton travail est révélateur des résultats mais l'erreur est humaine... Bon courage

[invite38f0db9e]

Marchi marchi pour tous ces conseils et encouragements !
Ca m'aidera, c'est sur ! En fait ce que j'appréhende le plus c'est la rédaction du rapport mais bon ... Enfin si vous avez d'autres ''ptits trucs" n'hésitez pas, je suis preneur

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite9e6bc039]

Je pense que même "bien préparé" par un forum tu feras des bourdes comme tout le monde ... Les manipulations demandent une bonne concentration et beaucoup de patience (longues poses pour la centrifugation etc.) et de l'organisation _ on ne le répète jamais assez !
il faut faire les opérations dans un ordre précis pour ne pas en oublier, les décaler d'une rangée sur le portoir (genre 1ère ligne = 1ère manip, 2ème ligne...) et un crayon indélébile pour noter tes tubes est souvent utile.
Le soin que tu apportes à ton travail est révélateur des résultats mais l'erreur est humaine... Bon courage

Pas d'accord... je connais des gens tres attentionnes qui foirent toujours leur manip' pour une raison ou pour une autre, a l'inverse d'autres sont bordeliques (la gueule de la paillasse ) et les manip' marchent parfaitement

[piwi]

une chose importante. l'organisation.
Tu as une manip' à faire? à l'avance te demander de quoi tu as besoin. Faire la check list avec le protocole si besoin. Tout préparer proprement, calmement. Quand tu as toutes tes sauces tu es tranquille de ce coté là ne te reste plus que le coté manip.
Si tu dois préparer des tubes fais le aussi à l'avance, pas la peine de courir si tu peux l'eviter. Annotes toujours tout, mets les dans l'ordre. Si tu ne sais pas combien tu vas en utiliser prépares en plus qu'il ne t'en faut. Il serviront pour la prochaine tournée si il en reste.

Quand on travaille 9/10 on a besoin de glace... un bac à glace ne coute rien. J'en ai toujours un.

Voilà, sinon etre organisé, réaliste (genre si tu dois incuber 1 minute des tubes ne lances pas des series de 30... sinon le temps preparer l'incubation tu auras passé ton delais.). Apres le calme et l'attention font le reste ^_^

Bon courage.

[gorben]

Salut

Surtout, si malgrés ces bons conseils tu fais quand meme une erreur, n'hesite pas à le dire et en parler a tes encadrants, tu apprendras bcp et ca eviteras de se casser la tete sur un "resultat" issu d'une mauvaise manip. Pis un stage, c'est pas des tp avec une note a la fin de ta manip, rien a craindre de ce coté la.

Bon courage!!

PS : pour moi aussi le plus important est de reflechir et de preparer sa manip AVANT de la commencer.
Comme on dit, la reflexion prime sur l'agitation

[invite34482dc7]

Quelle chance... je sors d'une semaine de labo pour la fac (en bm aussi), et j'attaque deux semaines de stage (au genopole ) a la rentrée...

Alors pour moi LE conseil c'est : déplace tes tubes!

La première ligne pour ca, la deuxième pour ca, et note TOUT ce que tu fais sur un ptit papier... Et n'hesite pas a refaire dans le doute ...

Avant de commencer, met de l'ordre sur ta paillase, le bec bunzene d'un coté, de preference pas trop pret du bac a glace ( ^^ sisi, j'ai deja vu un chauffage en ceramique collé au bac...), et tout ce dont tu auras besoin "a portée" (c'est pas quand tu auras ton tube au bout de la pipette qu'il faudra chercher la poubelle dans tout le labo .

Et RESTE CALME

[zwitterion]

C'est normal de foirer son premier stage !! si tu réussis tout d'un coup, c'est inquiétant

Je pense qu'il faut bien plusieurs mois de pratique dans un même labo pour commencer à être à l'aise (enfin, peut être moins, mais pour des boulets comme moi, il faut bien ça )

[invite9e6bc039]

C'est normal de foirer son premier stage !! si tu réussis tout d'un coup, c'est inquiétant

Je pense qu'il faut bien plusieurs mois de pratique dans un même labo pour commencer à être à l'aise (enfin, peut être moins, mais pour des boulets comme moi, il faut bien ça )

lol

Tant que tu n'exploses pas le tube de P32 et irradie tout le labo

[invite38f0db9e]

Mort de rire !!!
Merci pour ces conseils !
Par contre j'ai pas tout compris lol
C'est quoi 9/10 ???
Et c'est quoi p32 ?

J'y pense, je me souviens aussi qu'on m'a dit que je ferai des minipreps (apparement beaucoup vu que c'est la manip des debutants selon le cours de la prof ...). Selon ce que j'ai pu voir en théorie, ca a l'air pas si compliqué ... Y-a-t'il des pièges ici aussi ? ou des petits trucs à pas oublier... ?

[gorben]

non pas de precaution particuliere avec les minipreps, fais juste attention aux tampons que tu utilises, les bouteilles se ressemblent et il est facile de les confondre si on fait pas attention!!

Sinon, un autre petit conseil, garde tjs 1l d'eau milliQ au frigo... au cas ou tu casses une bouteille de tampon en pleine manip et que tu doives en refaire de toute urgence... C'est long a refroidir 1 l d'eau

[invite38f0db9e]

Sinon, un autre petit conseil, garde tjs 1l d'eau milliQ au frigo... au cas ou tu casses une bouteille de tampon en pleine manip et que tu doives en refaire de toute urgence... C'est long a refroidir 1 l d'eau

Je vais paraître nié, mais eau milliQ ...? c'est quoi stp lol

[gorben]

c'est de l'eau deionisée sterile

[zwitterion]

lol

Tant que tu n'exploses pas le tube de P32 et irradie tout le labo

C'est du vécu ?

Sinon, j'ai jamais fait de grosse connerie, juste des mini-conneries en pagaille (y'a pas un jour où j'en fait pas je crois, c'est grave ! )

Plus sérieusement, je dirais que THE REGLE D'OR, c'est de ne JAMAIS cacher de connerie (j'ai pas dit qu'il fallait les crier sur les toit non plus ) !! il n'y a rien de pire qu'un maître de stage qui a perdu la confiance en son étudiant !!!! à la limite, c'est le truc number one à retenir !

[invitee8b3f97e]

Salut !

Allez, moi aussi j'y vais de mon petit conseil pour réussir ses manips de bio mol :

1) RELAX !!! un manipulateur stressé fait une manipulation foireuse, c'est presque obligé. Si ta pipette tremble tellement que tu n'arrive pas à viser le puits dans ton gel, c'est pas gagné (pour preuve : le stagiaire que j'ai en ce moment). Respire à fond et recommence.

2) Organisation : une bonne organisation, c'est ca de stress en moins. Ma méthode perso : visualise un maximum. Exemple : lorsque tu feras ton premier mix de PCR, fait le à vide. Tu disposes tes tubes, tes produits, tes pipettes... Puis tu fais tous les mouvements de ta manip sans utiliser les consommables (cones et produits), mais juste en faisant les mouvements et en déplacant les tubes. Ainsi tu verras si il y a un défaut dans ton organisation.

3) Prends le avec le sourire. Pour ton premier stage on ne te donnera pas (à priori) de virus ebola à manipuler, ni de résultats à obtenir dans les deux jours sans faute. Quelques microlitres de produit perdu ? On en consomme des litres. De la vaisselle cassée ? Ca fait juste beaucoup de bruit. Evite de te prendre la tête sur les détails, concentre toi sur les trucs importants.

Bon courage, et tiens nous au courant

[kinette]

Bonjour,
Quelques conseils: tout d'abord, tenir un cahier de manip propre, et clair... c'est toujours utile (jai un sale souvenir d'extraction d'ADN de phages où à la fin il n'y avait pas d'ADN... on n'a jamais su trop si c'était dû à ça, mais on s'était trompé de type d'éthanol en route, les protocole non écrit clairement pouvant entraîner ce genre de choses...).
Ensuite, bien numéroter tes tubes (attention à l'humidité qui empêche le marqueur de bien marquer). Les déplacer au fur et à mesure que tu les traites (ça évite de se demander en cours de route si oui ou non ce tube a reçu sa dose de tampon par exemple...).
Bien préparer à l'avance tout ce dont tu as besoin avant une manip.
Bien étiqueter tout clairement...
Bien gérer son temps (ne pas oublier d'utiliser ces merveilles de technologie que sont les "timers").
Si on partage du matériel avec d'autres personnes, bien s'organiser pour ne pas se trouver plusieurs à vouloir un appareil/une place en même temps.

Bon courage,
K.

[invite38f0db9e]

Salut tous !
Déjà un grand merci pour ce partage d'expérience. Je pense que je partirai avec au moins un sérieux avantage sur le moral

Ensuite, j'ai vraiment l'impression que finalement tout ça, ça sera une grosse part de détente, car d'après vos commentaires, y a rien de vraiment "chiant" ( si vous me passez le terme ) à réaliser. Ca fait plaisir de voir que je suis pas le seul à trouver ça "cool" (ou tout du moins, cool avec mes yeux encore naïfs lol). Une grosse organisation (cahier de bord, marquage des tubes et pétri, organisation du plan de travail) et une bonne dose d'assurance (ne pas trtrtremtremblbler) seront, globalement, les clés du succés !
Au fait, désolé de vous donner les détails de mon lab par morceaux, mais la feuille que j'ai rempli, ça fait un moment que je l'ai rendu donc, les souvenirs me reviennent par bribes à force d'y penser. Donc voilà, je ne serai pas seul à faire mes manips mais je serai sous la tutelle d'un des étudiants (maitrise ou doc) du professeur en question ! Donc, ca ne devrait aller que mieux !

Marchi encore !

[invite9e91a17c]

Pas d'accord... je connais des gens tres attentionnes qui foirent toujours leur manip' pour une raison ou pour une autre, a l'inverse d'autres sont bordeliques (la gueule de la paillasse ) et les manip' marchent parfaitement

oui c'est souvent injuste ... mais ça aide quand même d'être méticuleux pour éviter d'amplifier n'importe quoi en PCR par exemple , même qi c'est sûr que certains ont pas mal de chance !

[invite2797fe1c]

Salut,

Je me permets juste une petite remarque. Quand tu vas commencer, quelqu'un te montrera de toute façon comment la manip se déroule et où sont les réactifs...note bien tout meme les choses les plus insignifiantes....cela rassure pour la prise en main...
Deviens dactylo!!
Don't worry ...
A+
CS

[piwi]

c'est vrai que l'on y pense plus mais quand tu arrives dans un labo tu as la "visite". C'est toujours fait en courant à un debit soutenu. Tu en oublies la moitié et au bout d'un mois quand tu demandes quelques chose on te regarde en te disant "mais pourtant on te l'a montré non?"

arf.... ca rate jamais, mais effecitvement note plus vite que ton ombre ce que l'on te dit ^_^

[invite38f0db9e]

Salut !
Le hic c'est que j'ai déjà procédé à la visite du lab y a un bon mois. C'était une visite informelle car je n'étais même pas censé revenir cet été (à cet instant en tout cas). Du coup, ce dont je me souviens c'est : "Ca c'est la vaisselle, ca c'est l'étudiante en stage actuellement, ca c'est MachinChouette étudiant en doctorat, ca ce sont les machines que J'AI acheté, et ca c'est le frigo pour les cultures..." Ok, c'est mince, mais c'est tout ce dont je me souviens lol
J'espère qu'elle me refera une visite et une présentation du matos

[zwitterion]

c'est vrai que l'on y pense plus mais quand tu arrives dans un labo tu as la "visite". C'est toujours fait en courant à un debit soutenu. Tu en oublies la moitié et au bout d'un mois quand tu demandes quelques chose on te regarde en te disant "mais pourtant on te l'a montré non?"

C'est EXACTEMENT le genre de truc qui m'arrive tout le temps !!! ensuite, y'a un aspect "chance" : les encadrants (techniciens ou étudiants plus "anciens") n'ont pas tous la patience nécessaire pour encadrer les débutants. Je ne veux pas faire peur aux nouveaux, mais parfois on peut tomber sur des "psychopates" qui gueulent pour un rien ...

[invite9e6bc039]

oui c'est souvent injuste ... mais ça aide quand même d'être méticuleux pour éviter d'amplifier n'importe quoi en PCR par exemple , même qi c'est sûr que certains ont pas mal de chance !

Je parle pas de chance mais de moment opportun pour être "à fond" dans ta manip', j'ai vu souvent des paillasses nickel propres, le cahier de manip' super clair, tout est noté, tout est propre etc... et quand il s'agit de pipeter une après midi entière sans la moindre erreur, y'a plus personne

y'a tellement de façons de foirer une manip'

Je reconnais que ça peut aider d'être ordonné, organisé, mais ça suffit pas, ça n'est qu'une façade...

Sinon un conseil de ma part: fais bien gaffe à ton rangement dans les congélo (-20 et -80) et toujours jeter au fur et à mesure, sinon c'est l'enfer

[invite94612525]

c'est aussi tres important de na jamais oublie les controles et de bien les choisir. en PCR les controles negatif (PCR sur de l'eau par ex) sont particulierement important pour verifier que le melange n'est pas contamine...

[invite2797fe1c]

c'est aussi tres important de na jamais oublie les controles et de bien les choisir.

C'est une régle en or...toujours se demander quels sont mes controles et toujours les faire suivre...pour n'importe quelle manip...
En tout cas, tu as de quoi faire avec tous ces petits conseils...
Don't worry Bis

[invite38f0db9e]

Merci !
Le lab devrait commencer la semaine prochaine
Je vous tiendrai au courant !

[invite5f3dafd6]

j'ai commencé mon stage il ya 15 jours et maintenant je commence a faire pas mal de manip seule mais c'est une vraie cata, j'ai beau faire super attention, je fais tout le tps des betises, je me trompe svt ds les volumes, c'est très bête mais si vous avez des ptits trucs pour pas se planter, je suis preneuse car ca commence a faire un peu tâche Merci!

[Yoyo]

Ecrit tous les elements que tu dois mettre dans ton tube sur une feuille avec les volumes. A chaque pipettage regarde ta feuille, puis barre ce que tu as fait.

Tu ne devrais pas te planter avec ca.
Yoyo

[zwitterion]

j'ai commencé mon stage il ya 15 jours et maintenant je commence a faire pas mal de manip seule mais c'est une vraie cata, j'ai beau faire super attention, je fais tout le tps des betises, je me trompe svt ds les volumes, c'est très bête mais si vous avez des ptits trucs pour pas se planter, je suis preneuse car ca commence a faire un peu tâche Merci!

Tu fais quoi comme type de manip ? c'est des grands, ou des petits volumes ?