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Parenthèses dans un couple d'amorces



  1. #1
    kamor

    Parenthèses dans un couple d'amorces


    ------

    Bonjour, je recherche dans la bibliographie des amorces pour réaliser des PCR (jusqu'ici tout va bien) et un couple d'intérêts que j'ai trouvés a des parenthèses à l'intérieur de sa séquence.
    En fait la séquence est écrite ainsi
    AA(AG)GCGTG(CT)GA(CT)ACTCA(AG) AC.

    Je sais pas trop ce que ça signifie... j'avais au départ penser à des choix possibles, mais il existe des lettres pour cela dans le code IUPAC.
    Donc si quelqu'un avait la solution, merci d'avance

    -----

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  3. #2
    Edelweiss68

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    Bonjour,

    Ca pourrait pas être des sites de clivage enzymatique?

  4. #3
    ptiteaurelie

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    Bonjour,

    Ce ne serait pas:
    AA(AG)GCGTG(CT)GA(CT)ACTCA(AG) AC pour dire qu'au début à la place de AA tu as parfois AG dans l'amorce; au lieu d'avoir ensuite GCGTG tu as GCGCT... ect?

    Soit en fait le primers:AAGCGTGGAACTCAAC et AGGCGCTCTACTAGAC ?

    Tu peux donner les références de l'article? ce serait peut-être plus facile pour répondre.

  5. #4
    Edelweiss68

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    Ah oui, ça semble plus plausible...

  6. #5
    Flyingbike

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    ca fait court comme primer alors...

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Edelweiss68

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    Bah 16 nucléotides, ça reste dans l'ordre de la vingtaine nan?

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  10. #7
    kamor

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    Je préfère vous donner le PMID car il est payant
    PMID: 9344780

    Mais en fait en relisant complètement l'article, je crois avoir compris que ma première impression est la bonne. Il donne la séquence du gène où ces amorces vont s'hybrider et on retrouve la séquence des amorces mais à chaque parenthèse, il faut choisir une des deux lettres.
    donc il fallait remplacer (AG) par R et (CT) par Y

  11. #8
    jmbowie

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    Citation Envoyé par kamor Voir le message
    Je préfère vous donner le PMID car il est payant
    PMID: 9344780

    Mais en fait en relisant complètement l'article, je crois avoir compris que ma première impression est la bonne. Il donne la séquence du gène où ces amorces vont s'hybrider et on retrouve la séquence des amorces mais à chaque parenthèse, il faut choisir une des deux lettres.
    donc il fallait remplacer (AG) par R et (CT) par Y
    On parle d'alphabet dégénéré ou de code IUPAC!
    Blast up your life!

  12. #9
    kamor

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    Citation Envoyé par jmbowie Voir le message
    On parle d'alphabet dégénéré ou de code IUPAC!
    Désolé je comprends pas cette remarque...

  13. #10
    ptiteaurelie

    Re : Parenthèses dans un couple d'amorces

    jmbowie t'informe que lorsque tu as R pour AG ou bien Y pour CT c'est en fait qu'il utilise le code UIPAC càd:

    A Adenine
    C Cytosine
    G Guanine
    T Thymine
    U Uracil
    R Purine (A or G)
    Y Pyrimidine (C, T, or U)
    M C or A
    K T, U, or G
    W T, U, or A
    S C or G
    B C, T, U, or G (not A)
    D A, T, U, or G (not C)
    H A, T, U, or C (not G)
    V A, C, or G (not T, not U)
    N Any base (A, C, G, T, or U)

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