Bonjour, je recherche dans la bibliographie des amorces pour réaliser des PCR (jusqu'ici tout va bien) et un couple d'intérêts que j'ai trouvés a des parenthèses à l'intérieur de sa séquence.
En fait la séquence est écrite ainsi
AA(AG)GCGTG(CT)GA(CT)ACTCA(AG) AC.
Je sais pas trop ce que ça signifie... j'avais au départ penser à des choix possibles, mais il existe des lettres pour cela dans le code IUPAC.
Donc si quelqu'un avait la solution, merci d'avance
Bonjour,
Ca pourrait pas être des sites de clivage enzymatique?
Bonjour,
Ce ne serait pas:
AA(AG)GCGTG(CT)GA(CT)ACTCA(AG) AC pour dire qu'au début à la place de AA tu as parfois AG dans l'amorce; au lieu d'avoir ensuite GCGTG tu as GCGCT... ect?
Soit en fait le primers:AAGCGTGGAACTCAAC et AGGCGCTCTACTAGAC ?
Tu peux donner les références de l'article? ce serait peut-être plus facile pour répondre.
Ah oui, ça semble plus plausible...
ca fait court comme primer alors...
Bah 16 nucléotides, ça reste dans l'ordre de la vingtaine nan?
Je préfère vous donner le PMID car il est payant
PMID: 9344780
Mais en fait en relisant complètement l'article, je crois avoir compris que ma première impression est la bonne. Il donne la séquence du gène où ces amorces vont s'hybrider et on retrouve la séquence des amorces mais à chaque parenthèse, il faut choisir une des deux lettres.
donc il fallait remplacer (AG) par R et (CT) par Y
On parle d'alphabet dégénéré ou de code IUPAC!Envoyé par kamor
Désolé je comprends pas cette remarque...
jmbowie t'informe que lorsque tu as R pour AG ou bien Y pour CT c'est en fait qu'il utilise le code UIPAC càd:
A Adenine
C Cytosine
G Guanine
T Thymine
U Uracil
R Purine (A or G)
Y Pyrimidine (C, T, or U)
M C or A
K T, U, or G
W T, U, or A
S C or G
B C, T, U, or G (not A)
D A, T, U, or G (not C)
H A, T, U, or C (not G)
V A, C, or G (not T, not U)
N Any base (A, C, G, T, or U)
