bien le bonjours ;
je suis en L1 bio et il se trouve que je n'ai pas compris comment calculer le point isoelectrique d'un peptide.
je sais que la formule est (pka1 + pka2)/2 cependant je comprend pas comment elle s'applique!
voici le peptide concerné:
nter- ILE LEU CYS ALA ASP ASN GLN STOP -cter
merci de bien detailler votre methode
Bonjour,
Tu peux regarder cette discussion et appliquer la meme methode à ton peptide http://forums.futura-sciences.com/ch...-bioch-p1.html
[I]On reprend ton exemple : Ser-Glu-Arg.
Et avant tout, oui, il faut connaître la structure de ces acides aminés !
Ce tripeptide possède comme fonctions ionisables :
* l'amine N-terminale de Ser
* l'acide carboxylique C terminal de Arg
* les fonctions portées par la chaine latérale de Glu et de Arg.
Rq: les fonctions COOH de Ser et Glu et les fonctions NH2 de Glu et Arg n'interviennent pas car elles sont été engagées dans la formation de deux liaisons amides, qui ne sont pas ionisables en solution aqueuse.
A partir de là, tu prends un papier et un crayon !
Tu peux tracer une échelle de pH allant de 0 à 14 et sur cette echelle, tu places les différents pkA des fonctions ionisables du tripeptide. En dessous du pkA, la fonction concernée sera majoritairement sous forme acide, au dessus, elle sera sous forme basique.
Tu te fixe ensuite à pH=0. A ce pH, tu sais que toutes tes fonctions ionisables seront sous forme acide. Tu auras donc :
* l'amine N-terminale de Ser sous forme NH3+
* l'acide carboxylique C terminal de Arg sous forme COOH
* la fonctions portée par la chaine latérale de Glu sous forme COOH et celle de Arg sous la forme GuaH+ (le Gua, c'est pour guanidium : c'est le nom de la fonction portée par la chaine laterale de l'Arginine).
A pH=0, ton peptide porte donc 2 charges +.
Le plus dur est fait.
Maintenant, tu te places à des pH de plus en plus élévés. Dès lors que tu dépasses un pKa, la fonction correspondante sera sous forme basique.
Donc à pH=0, ton peptide aura 2 charges +
Passé le premier pka, il aura 1 charge +
Passé le deuxieme pKa, il aura une charge neutre
et ainsi de suite
Le pHi se mesure pour l'espèce électriquement neutre. Il te suffit de regarder quels sont les pKa qui encadrent cette forme et d'appliquer la formule de ton cours.
si j'ai bien compris le point isoelectrique ce situe entre ARG ET GLU
donc PHI= (3.9+9.4)/2
= 6.65
avec les données se sera peut etre plus simple!
Ser-Glu-Arg
pKac pKan pKar
Ser 3.6 9.5
Glu 3.5 9.4 3.2
Arg 3.9 9.8 1
Sauf à mettre tromper, il me semble que la forme electriquement neutre est encadrée par le pka de la fonction acide carboxylique de Arg (3.9) et celui de la fonction amine de la serine (9,5). Donc le pHi du tripeptide est de 6,7.
NB/ le pka de la fonction amine de Glu (9,4) ne peut pas intervenir. Cette fonction est engagée dans la formation de la liaison amide Glu-Arg. Elle n'existe donc plus.
Tu devrais dessiner le tripeptide en entier sur papier. Cela t'aidera à voir qu'elles sont les fonctions ionisables
franchement je comprend pas trop la!!
ce que j'ai compris c''est qu'on place sur un axe de ph les pka.
ici l'extremite nter = SER et l'extremite cter = ARG
donc a partir de ser on a NH3+_____COOH de ARG
puis ARG NH2 _____ COO- de SER
donc le phi est entre ARG et SER soit
PHI= (3.9+9.5)/2
= 6.7
est ce que j'ai bien compris?
oui. Essaye de resoudre ton exo maintenant.
donc cette fois ci:
nter ILE
cter GLN
en placent sur l'axe les pka j'ai donc phi entre LEU et GLN
PHI= (2.36+8.8)/2
PHI= 5.58
enfin je pense que c'est ça mais pour calculer le PHI on doit connaitre par coeur les pkn pkc et ça me parait hard a apprendre car sur annale le prof a mis en rappel pkn=9 et pkc=2
donc pour les placer sur l'axe on fait comment?
Bien evidement, on peut pas apprendre tous les pka par coeur. Sauf a avoir un prof sadique, ils seront donnés dans l'enoncé (soit sous forme exacte, soit sous forme arrondie)
Par contre ,dans le cas de ton peptide, il faut egalement prendre en compte les chaines laterales de Cys et Asp, pour identifier la forme neutre. Les pka des chaines laterales de ces deux residus sont surement donnés dans l'enoncé
ouais mais quand on a les formes arrondies 9et2 comment on place les peptides?
pour la cys et asp les pka sont donnés dans le code génétique. cependant dans le premier exemple on se sert des pkc et pkn et non pas des pka donnés!!
franchement je ne comprend pas comment on calcul le phi, alors que tout le monde me dit que c'est simple
est ce que tu pourrais me donner un exemple concret bien détaillé on bien un bon lien pour tout comprendre genre le phi pour les nul XD
T'as jamais fait de PCEM1 toiEnvoyé par vpharmaco
...euh si si, j'ai été moniteur de TD en P1 dans une fac connue pour être exigeante en chimieT'as jamais fait de PCEM1 toi, et pourtant, on n'a jamais demandé aux étudiants d'apprendre le pka(COOH) de la Ser est de 3,6 !!
La seule chose qu'on attendait d'eux quand même, c'est de savoir que le pka d'un acide carboxylique c'est autour de 2-5, une amine c'est autour de 9-10...
Malheureusement pour Anissa, je peux difficilement faire plus détaillé que ce j'ai mis dans le lien. Pour faire mieux, il faut un tableau noir et une craie...
Mais, le plus simple, c'est que tu demandes à l'un des etudiants qui a compris de t'expliquer.
