TPE PCR en temps réel, interprétation.

[invite16c76297]

Bonjour tout le monde,

Alors voila, mon sujet de TPE porte sur la police scientifique et ma partie sur la PCR. J'ai trouvé pas mal d'infos dessus mais le problème c'est que je trouve plus de questions que de réponses. Tops de PCR différentes pour des utilisation encore plus différentes.... j'ai vraiment du mal a m'y retrouver.

La police utilise la PCR-STR, est-ce bien une PCR en temps réel puisque les séquences STR ( les zone intéressante que multiplie la PCR ) sont révélées avec de la fluorescence?

Et a quoi ressemble vraiment un résultat de cet PCR-STR, je crois que c'est ça
Mais je n'en suis pas sur et de plus, comme bien comprendre ce graphique ?

Je suis un peu perdu, merci si vous pouvez m'aider et bonne journée
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[invite853321bf]

PCR- STR = PCR amplifiant les Short Tandem Repeat.
Ce n'est pas obligatoirement en temps réel mais ça peut l'être.
SI c'est fait en temps réel, oui le résultat peut ressembler à ça, comme n'importe quel résultat de PCR Temps réel.

Après ça dépend quel chimie ils utilisent, mais la fluorescence ne révèle pas forcément que les séquences d'intérêt, elle peut aussi simplement révéler tout double brin d'ADN sans discrimination.

[Edelweiss68]

Après ça dépend quel chimie ils utilisent, mais la fluorescence ne révèle pas forcément que les séquences d'intérêt, elle peut aussi simplement révéler tout double brin d'ADN sans discrimination.

Pour un intercalant fluorescent type SYBR® Green oui mais une sonde fluorescente sera spécifique a priori.

[piwi]

En cherchant sur le forum, on trouve pas mal de choses. Sinon ici, un lien vers un cours que j'avais donné sur la RTqPCR. Tout ne vous intéressera peut être pas, mais vous trouverez au moins les bases de la RTPCR, les deux grands types de systèmes de détection etc...
http://forums.futura-sciences.com/bi...ml#post2127166

Cordialement,
piwi

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite02e16773]

Mais ce n'est peut-être pas la peine de s'acharner à comprendre le principe de la PCRq, alors qu'à ma connaissance, les analyses de STR par la police scientifique se font uniquement par PCR "classique".

En effet, ce qui varie dans les STR, c'est le nombre de répétitions, donc la taille du STR (gtagtagta = 3 répétitions ou gtagtagtagtagtagta = 6 répétitions).
Donc il suffit de choisir des amorces de PCR spécifiques de régions génomiques flanquant un STR polymorphe (= variable au sein d'une population), d'amplifier le fragment et de regarder quelle taille il fait.

Pour une très forte fiabilité, la police scientifique analyse plusieurs STR polymorphes.
C'est d'ailleurs tout l'intérêt de ces marqueurs génétiques : les STR sont assez peu polymorphes si on les prend individuellement (un allèle de STR est partagé par jusqu'à 20% de la population), mais ils sont très nombreux et bien répartis sur tout le génome, donc une combinaison de 15 ou 20 STR ne sera partagé que par un seul individu (ou quelqu'un de sa famille, d'où son utilité également dans les tests de paternité par exemple).

Pour avoir accès aux tailles des STS amplifiés, on sépare les fragments obtenus par electrophorèse (cf. wikipédia ou google pour la méthode).

Tu as quelques infos ici par exemple : http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_fin...t#STR_analysis
http://en.wikipedia.org/wiki/VNTR
http://fr.wikipedia.org/wiki/Électro..._d'agarose

[invite853321bf]

Mais ce n'est peut-être pas la peine de s'acharner à comprendre le principe de la PCRq

Attention à ne pas commencer à mélanger PCR quantitative et PCR Temps Réel.
@Edelweiss68 : je suis d'accord, c'est pour ça que j'ai mis que ça dépendait de la chimie

[Edelweiss68]

@Edelweiss68 : je suis d'accord, c'est pour ça que j'ai mis que ça dépendait de la chimie

Oui pardon, j'avais lu trop rapidement...

[TanguyE]

Bonsoir,

Je te conseille de contacter cette entreprise: IGNA. Ils sont spécialisés dans les empreintes génétiques, ils pourront surement te fournir des infos sur leurs techniques.

cordialement

[invite02e16773]

Attention à ne pas commencer à mélanger PCR quantitative et PCR Temps Réel.

Je ne mélange pas... Simplement la PCR dont on parle ici n'est ni quantitative, ni real-time.
Il s'agit d'une "simple" PCR : amplifier des marqueurs génétiques et regarder leur taille après migration.
Donc avoir compris le principe de la PCR, de l'électrophorèse d'ADN, et de leur utilisation dans le cadre de polymorphismes dûs aux STR (aussi appelés VNTR) ; c'est plus intéressant dans son cas.

De plus, sachant que l'auteur de la discussion est en première et n'a (en tous cas à ce stade de son TPE) pas besoin d'expliquer le principe de la rtPCR, je pense que saisir la subtilité entre PCRq non rt, rtPCR non quantitative, et qrtPCR n'est peut-être pas une priorité ^^
De même pour les différents types de sondes fluo en rtPCR.

[Edelweiss68]

dans le cadre de polymorphismes dûs aux STR (aussi appelés VNTR)

Ce n'est pas tout à fait la même chose.

minisatellite = VNTR (variable number of tandem repeats) : motif de 10-30pb riche en GC et répété en tandem un nombre variable de fois selon les individus, localisation surtout péri-télomérique, révélation par Southern blot

microsatellite = STR (short tandem repeats) : motif de 1-4pb répété en tandem un nombre variable de fois selon les individus, répartition homogène dans le génome mais souvent extragénique, non stable, révélation par PCR

http://forums.futura-sciences.com/bi...paternite.html