structure prédictive de protéine et interaction ... tout un programme!!!

[franckeeuuhh]

bonjour,

cela fait bien longtemps que je ne suis plus venu ici et je dois dire que ce forum est vraiment très classe ... enfin bon passons sur les préoccupations esthétiques.

Alors j'ai un petit problème ... j'étudie en ce moment une kinase qui visiblement (après SDS-PAGE) ne phosphoryle pas (pas de bol) un une autre protéine que j'étudie aussi, mais qui lui est très fortement associée car avec la SDS-PAGE et un WB nous retrouvons un complexe de ces deux protéines (voyez mon étonnement).
Alors je me dis que si elles interagissent à ce point ce n'est pas pour rien!!!
J'aimerai donc pouvoir avoir une structure prédictive de mes deux protéines et voir si, "prédictivement", elles peuvent interagir ou pas et donc savoir si ma kinase n'est pas QUA kinase.
C'est là que mon imagination, et surtout mes connaissances en la matière, me fait défaut ... je ne sais pas quel genre d'outil informatique utiliser pour cela. Il doit bien exister un logiciel pour m'aider à répondre à ma question...

Merci d'avance,

Franck
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[LXR]

Salut,

Déjà, est-ce que la séquence consensus d'arrimage de la kinase sur ses substrats est connue? Est-ce que sa séquence consensus de phosphorylation est connue? Ces séquences sont-elles présentes sur la protéine qui interagit avec la kinase?

La structure 3D c'est une étape qui arrive bien après, et puis il faut avoir les compétences d'un structuraliste (que tu as peut-être...) pour voir si deux structures peuvent s'associer, c'est pas facile à voir. Mais apparemment tu ne sais pas si les structures cristallo sont disponibles pour ces deux protéines, et on en est pas encore à faire des prédictions d'interactions à base de structures prédictives de protéines (). Si tu veux accélérer les choses, tu peux participer au programme Rosetta, ou jouer au jeu Fold it.

[franckeeuuhh]

c'est bien mon problème, ma kinase n'est pas cristallisable
ensuite je pense à d'autres modifications qui pourraient avoir lieu sur mon autre protéine ... parce qu'elle n'est pas phosphorylée en présence de cette kinase mais par contre elle lui est associée
Ce que je ne m'explique pas, c'est une interaction aussi forte qui puisse résister à la SDS-PAGE alors que dans la cellule (enfin dans la biblio) rien de les fait se localiser ensemble
c'est pour cela que je voulais voir si il était possible d'envisager un traitement informatique à partir des deux séquences pour voir si une interaction autre était possible.

En tout cas merci de cette réponse si rapide

[LXR]

Tu n'as pas répondu à mes questions : séquences consensus d'arrimage et de phopshorylation de la kinase (pas besoin de la cristalliser pour les connaitre, des publications ont dû les identifier si ta kinase est assez connue). Une fois que tu as ces séquences, recherche leur présence sur ta protéine en les dégénérant (puisque ce sont des séquences consensus).

Ce que je ne m'explique pas, c'est une interaction aussi forte qui puisse résister à la SDS-PAGE alors que dans la cellule (enfin dans la biblio) rien de les fait se localiser ensemble

C'est à ça que sert la recherche : montrer de nouveaux résultats qui ne sont pas présents dans la littérature.

Les homo- ou hétérodimères (même tétramères) de certains récepteurs nucléaires par exemple arrivent à résister à une dénaturation SDS + 95°C. Plutôt qu'une interaction à toute épreuve, on peut aussi penser que le SDS, en se collant aux protéines, entoure le dimère sans dissocier les partenaires. Pour tester cela, il faudrait d'abord chauffer puis mettre le SDS après, à tester mais ça n'a pas grand intérêt.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Svenn]

Ce que je ne m'explique pas, c'est une interaction aussi forte qui puisse résister à la SDS-PAGE alors que dans la cellule (enfin dans la biblio) rien de les fait se localiser ensemble

Il existe des interactions qui résistent à la dénaturation par le Laemmli à 90° mais c'est exceptionnel. C'est beaucoup plus rare qu'un WB qui reconnait la mauvaise protéine et je pense donc que la première chose à faire est de s'assurer que la protéine que tu vois en WB est bien celle que tu penses. Si tu peux purifier ton complexe entre les deux protéines, l'idéal est de faire une identification par spectrométrie de masse.

Si il s'avère que tu as bien affaire à une interaction extrêmement solide, ça peut parfaitement avoir un sens biologique. Le fait qu'elles soient localisées différemment dans la cellule peut être un mécanisme de régulation. Sous l'effet d'un stimulus, une des deux protéines est transportée vers l'autre, le complexe se forme et celui-ci possède une activité que les protéines séparés n'ont pas.