Structures secondaires des protéines.

[bz]

Bonsoir!

Dans mon cours de biochimie sur les hélices "alpha", je n'ai pas compris les phrases suivantes:

-"Les carbonyles sont orientés vers le carboxyle terminal", qu'est-ce-que cela signifie?
-"L'incrément est de 0,15", que signifie "incrément"?

Qu'est-ce-que c'est exactement un coude "beta"?

Si quelqu'un peut m'aider?
Merci!
Bonne soirée.
-----

[Moumoutte]

Bonjour,

Les carbonyles sont orientés vers le carboxyle terminal

Il y a en fait une liaison hydrogène qui se forme entre l'oxygène du groupement carbonyle et l'atome d'hydrogène de l'azote situé vers le C-terminal. De ce fait, tous les groupements carbonyles "pointent" vers le groupement carboxyle (extrémité finale de la protéine) Regarde un schéma d'une hélice alpha avec la représentation des liaisons H pour bien visualiser. Tu t'en apercevras de suite.

"L'incrément est de 0,15", que signifie "incrément"?

Cela signifie que la distance qui sépare deux acides aminés dans l'hélice est 0.15nm. Pour être plus imagé, disons que l'hélice "avance" de 0.15nm à chaque acide aminé.

Qu'est-ce-que c'est exactement un coude "beta"

Un coude est une structure de la chaine peptidique (plutôt court en général: 3-4 a.a.) qui permet de relier deux structures entre elles (hélice-hélice, hélice-feuillet, etc...)

Cordialement

[bz]

Ok! C plus clair maintenant!

J'aurais une autre question:
Qu'est-ce-que c'est le "pas" de l'hélice?
Merci!

[Moumoutte]

Bonjour,

le pas est la longueur dont s'allonge l'hélice chaque tour. Dans une hélice alpha le pas est de 0.56nm signifie que l'hélice s'allonge ("avance") de 0.56nm à chaque tour.
NB: Si tu connais l'incrément, tu pourras dès lors, trouver le nombre de résidus par tour.

+

[A voir en vidéo sur Futura]

[bz]

Bonsoir,

Merci de votre aide!

J'ai quelques questions aussi sur les acides nucléiques, si cela ne vous dérangerait pas de m'expliquer!

Dans mon cours sur les acides nucléiques: -Je ne comprends pas très bien la phrase: "les sucres sont attachés de manière asymétrique
sur le même côté de chaque paire"?
-Je n'ai pas très bien compris ce que c'étaient les sillons majeur et mineur?

Voilà si vous pouvez m'aider?

Merci.

[bz]

Excusez-moi, juste si j'ai bien compris le pas de l'hélice, c'est bien "la distance d'un tour de l'hélice"?

Merci.

[invite015be301]

alors,
1)"les sucres sont attachés de manière asymétrique
sur le même côté de chaque paire"?
Cette phrase n'a pas vraiment de sens (j'ai essayé de la déchiffrer), ce ne sont pas les sucres qui sont asymétriques mais les carbones, il y a 2 carbones asymétriques dans chaque désoxyribose (sucre composant un nucléotide).

2) sillons majeurs et mineurs
Pour reconnaitre un grand d'un petit sillon, tu dois regarder chaque virage(là où ça tourne ) de l'hélice. Entre 2 virages, tu as un espace, tu remarqueras que ça alterne entre un petit et un grand, ce sont les sillons majeurs et mineurs.

3) le pas d'une hélice est bien la distance d'un tour d'une hélice.

[bz]

OK! Merci!

A ce propos: Dans une pare de bases G-C, le sillon majeur est bordé par les accepteurs et donneurs potentiels suivants: N-7 du G, O-6 du G et H du NH2 en C-4 du C, c'est bien cela?


J'ai une autre question:

La réaction d'épissage du précurseur de l'ARN ribosomique nécessite 2 réactions:

A) Attaque du site d'épissage 5' par le 2'OH du ribose de la guanosine et attaque du site d'épissage 3' par le 3'OH de l'exon 5'?
B) Attaque du site d'épissage 5' par le 3'OH du ribose de la guanosine et attaque du site d'épissage 3' par le 3'OH de l'exon 5'?
C) Attaque du site d'épissage 3' par le 3'OH du ribose de la guanosine et attaque du site d'épissage 5' par le 5'OH de l'exon 3'?
D) Attaque du site d'épissage 5' par le 3'OH du ribose de l'adénosine et attaque du site d'épissage 3' par le 3'OH de l'exon 5'?

Laquelle est la bonne?
Je n'ai pas très bien compris ce mécanisme!
Pouvez-vous m'aider?

Merci.