Diminution de pb lors de la PCR

[invite64a7f902]

Bonjour. Lors d’une technique de PCR, j’aimerais savoir comment est-il possible d’obtenir un produit PCR vraiment plus petit (environ la moitie), en terme de paire de base, que ma proteine d’interet initial? J'ai eu beau chercher mais la seul explication que j'ai trouvé est que le temps d'élongation du brin par la polymérase n'est pas suffisament long et que celui-ci n'a pas eu le temps de bien répliquer l'ADN. Mais je ne suis pas vraiment à l'aise avec cette idée, puisque le temps utilisé dans les protocoles devraient être, en principe, largement suffisant.
Merci de votre réponse!!!
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[piwi]

Si le temps d'amplification n'est pas assez long pour que la polymérase termine d'amplifier votre fragment, alors vous n'aurez rien. Dés le premier cycle, les fragments seront trop courts et ils ne contiendront pas le site de fixation de l'oligo antisens. Résultat, au second cycle ils ne seront pas amplifiés. Conclusion, votre explication n'est pas la bonne, vous aviez raison de ne pas être à l'aise avec.
Le plus probable est que vous ayez une amplification aspécifique. Quand vous souhaitez amplifier un grand fragment et que votre PCR peut amplifier, en plus, un fragment aspécifique plus petit, la dynamique de la réaction fait que l'amplification du petit fragment sera privilégiée. Du coup, au final, vous observez mieux le petit fragment et que votre fragment d'intérêt. L'effet sera d'autant plus marqué que le petit fragment sera petit devant le grand fragment.

piwi

[invite64a7f902]

D'accord merci beaucoup, ça me semble bien plus logique