RT PCR plusieurs transcrits, un seul couple d'amorces?

[invitef7fbe1e2]

Bonjour,

je dois creer des amorces pr realiser une rt pcr qualitative .
La proteine s'appelle RAGE et existe sous plusieurs formes.
J'ai recherche la sequence d'adn c sur le site ensembl et là j'ai vu que 16 transcrits (10 codants et 6 non codants)
existaient pr cette proteine. je ne connais pas la fiabilite de ce site...
Toutes les publications que j'ai trouve utilise des amorces qui amplifient plusieurs transcrits mais pas tous.
Je n'arrive pas à comprendre ceci. comment peut on conclure quelquechose si on n'est ni exhaustive au niveau des amorces, ni restrictif...est ce cela ne biaiserait pas les résultats? dois t on choisir d'amplifier uniquement un
seul transcrit et si oui lequel?
J'espere que vous pourrez m'aider à comprendre mieux la rt pcr...

Merci d avance
Julie
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[invite083550fc]

Salut,

Je te suggère de travailler avec la séquence du gène codant pour la protéine, tu prends la séquence nucléotidique alors, c'est mieux que de travailler avec une séquence protéique. si tu as plusieurs plusieurs séquences nucléotidiques du gène codant pour ta protéine, l'idéal est de faire un alignement multiple de ces séquences, et ressortir une séquence consensus (la région 100% identique), à partir de cette nouvelle séquence, tu pourra faire ton design d'amorces.
Bon courage

[TanguyE]

Bonjour,

J'ai recherche la sequence d'adn c sur le site ensembl et là j'ai vu que 16 transcrits (10 codants et 6 non codants)
existaient pr cette proteine. je ne connais pas la fiabilite de ce site...

Ce site est plutôt fiable

Toutes les publications que j'ai trouve utilise des amorces qui amplifient plusieurs transcrits mais pas tous.
Je n'arrive pas à comprendre ceci. comment peut on conclure quelquechose si on n'est ni exhaustive au niveau des amorces, ni restrictif...est ce cela ne biaiserait pas les résultats? dois t on choisir d'amplifier uniquement un
seul transcrit et si oui lequel?

Je suis assez d'accord avec ton analyse, à moins qu'à la date des publi certains transcrits n'aient pas encore été découverts.

Du coup il faut que tu aligne tous les transcrits et que tu design tes amorces et ta sonde (si c'est en Taqman) à partir de la séquence consensus.

cdt

[invitef7fbe1e2]

Merci beaucoup à tous les 2!

Petite question avez vous des trucs pr trouver la sequence consensus? J'ai fait l'ancienne sous world avec des crtl F rechercher...mais c super long!

[A voir en vidéo sur Futura]

[TanguyE]

Plein de possibilités dans les liens suivants: multiple sequence alignment
C'est bien trop fastidieux de faire ça avec word...