La structure des protéines

[invite8b4af7dc]

Bonjour,

avant tout, je suis une débutante en la matière (j'ai passé un bac L et mes études restent fortement littéraires). Cependant je m'intéresse à la biologie. J'ai donc décidé de reprendre des cours de 1ère S, et il y a quelques petites choses que je n'arrive pas à comprendre.
En premier c'est la différence entre la chaîne polypeptidique (structure primaire de la protéine, ça c'est acquis) et la chaîne peptidique (structure secondaire et tertiaire... mais encore? ):
Est-ce qu'un AA correspond bien à une chaîne peptidique et une séquence de AA à une chaîne polypeptidique, dont les AA sont reliés par des liaisons peptidiques?


Ensuite j'ai recopier bêtement ceci:


radical -> R - CH (il faut imaginer 2flèches face à NH2 et COOH)
-NH2 <- groupement NH2
-COOH <- groupement carboxylique

Réaction de synthèse -> à chaque liaison entre 2 AA il y a élimination d'une molécule d'eau



NH2 -> CH - COOH + NH2 - CH - COOH
Glycocolle Alanine
(note en plus: H=radical au dessus du premier CH, et CH3 = radical sur le second)


Synthèse -> NH2 - CH - CONH- CH - COOK + H2O
(Idem que la "note en plus" précédente)


Synthèse
Glycocolle + Alanine -> Dipeptide

Tripeptides -> 3² = 27 combinaisons


Autant dire que je suis complètement perdue! Si vous pourriez m'expliquer ce serait très gentil de votre part, et si possible... avec des mots simples... Merci!
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[chamouulox]

structure secondaire et tertiaire... mais encore?

Ce sont les repliements de ta chaine peptidique (secondaire : repliement local du squelette de la chaine peptidique, tertiaire : organisation tri dimensionelle de la protéine).

Est-ce qu'un AA correspond bien à une chaîne peptidique et une séquence de AA à une chaîne polypeptidique, dont les AA sont reliés par des liaisons peptidiques?

Non un AA c'est la plus petite sous unité de ta chaine peptidique

La suite de la phrase est correcte.

Je sais pas d'ou tu ressors les termes polypeptidique et peptidique, mais il y a une grosse confusion, les deux choses décrivent la meme chose.

radical -> R - CH (il faut imaginer 2flèches face à NH2 et COOH)
-NH2 <- groupement NH2
-COOH <- groupement carboxylique

C'est la structure générique des AA, chaque Acide Aminé a cette structure, avec seulement R qui change.

Réaction de synthèse -> à chaque liaison entre 2 AA il y a élimination d'une molécule d'eau

Synthèse -> NH2 - CH - CONH- CH - COOK + H2O

En fait tu pars de NH2-CH(R)-COOH + NH2-CH(R')-COOH : la réaction du NH2 avec le COOH permet la formation d'une liaison peptidique ...-CONH-...

Si tu compares avec les deux structures tu vois bien que tu as un H2O a jeter (je t'expliquerai pas les détails moléculaires de la réaction, ca t'embrouillerait plus qu'autre chose)

NH2 -> CH - COOH + NH2 - CH - COOH
Glycocolle Alanine
(note en plus: H=radical au dessus du premier CH, et CH3 = radical sur le second)

Synthèse
Glycocolle + Alanine -> Dipeptide

Tripeptides -> 3² = 27 combinaisons

Déjà il y a une erreur : le NH2-CH(H)-COOH c'est la glycine et pas le/la glycocolle

C'est juste un exemple de liaison peptidique : tu pars de la glycine NH2-CH2-COOH et de l'alanine NH2-CH(CH3)-COOH qui vont former un dipeptide NH2-CH2-CONH-CH(CH3)-COOH avec une libération d'une molécule d'eau.. rien de plus que l'application de ce que tu as écrit plus haut

Pour la fin, j'ai pas trop compris ce que tu as noté, entre autre parce qu'a ma connaissance 3 au carré ca fait encore 9,

[invite8b4af7dc]

Merci

Les erreurs de nomination viennent surement de la mauvaise prise de note de mon ami ^^ certainement que lui comprenait facilement... Et pour le 3², honte à moi, je voulais mettre 3 "exposant" 3. Cela pourrait-il correspondre au nombre de combinaisons possibles entre les AA?

Sinon tout est clair!

[vpharmaco]

NB: le glycocolle, c'est un ancien nom donne a la glycine

Assez souvent, wikipedia est un bon point de départ pour découvrir un sujet http://fr.wikipedia.org/wiki/Peptide http://fr.wikipedia.org/wiki/Structu...prot%C3%A9ines
(Ne pas hésiter a se balader sur les différents liens pour approfondir les différentes notions)

[A voir en vidéo sur Futura]

[chamouulox]

Au temps pour moi, j'avais jamais vu ce nom par le passé, merci pour l'info

Pour le 3^3, là comme ça a vue d'oeil je sais pas trop, si j'ai une piste j'hésiterai pas a upper la post

cham

[invite8b4af7dc]

vpharmaco:

Essayer de trouver la différence entre les chaînes "polypepditiques" et "peptidiques" quand il y en a pas est assez difficile ^^. Je me renseigne sur internet seulement j'aime avoir des explications qui me sont directement données, à partir de mes notes, quand ça commence à devenir trop flou (histoire de ne pas bloquer indéfiniment et ainsi pouvoir avancer )
Merci pour l'info sur le glycocolle, les cours sur lesquels je m'appuie datent un peu. Peut-être que ça joue rôle.

Cham:
Pas d'inquiétude, ce n'est qu'un détail au pire ^^

[Moustik34]

Pour le nombre de combinaisons possibles, sachant qu'il ya 20AA différents chez l'homme, il doit y avoir 20^3 combinaisons