Production de protons dans le cycle de Krebs

[Bibing]

Bonjour,

J'ai du mal à comprendre quelques étapes du cycle de Krebs :

- Première réaction (condensation de l'acétyl-CoA et de l'oxalo acétate) :
Dans aucune des sources que j'ai visité on ne retrouve en produit de réaction du H+. Je ne comprend pas pourquoi on ne produit pas de proton, sans lui la réaction me semble mal équilibrée.

- Quatrième réaction (décarboxylation de l'alpha-cétoglutarate) :
Ici c'est l'inverse, toutes les sources énoncent la production de NADH + H+, à partir de NAD+.
Je ne vois pas d'où sortent ces deux hydrogène. A la limite il y en a un qui peut venir de HS-CoA, ais avec le second la réaction est de nouveau mal équilibrée...

- Je ne comprend pas pourquoi on associe si particulièrement NADH à H+. On ne peut pas avoir du NADH seul? En envisageant la demi réaction
NAD(+) + 1H(+) + 2 électrons --> NADH par exemple?


Finalement au cours d'un cycle complet, combien de protons sont libérés?


Merci beaucoup, bonnes fêtes de fin d'année!
Benjamin
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[Came31]

C'est normal, les réactions ne sont pas tout à fait équilibrées.
Ma prof a dit que ces réactions étaient en fait couplées. En bref, c'est un peu plus compliqué que ça mais ce sont ces équations qu'il faut retenir ^^

[Bibing]

Merci,
Le fait qu'elle soit couplées n'empêche pas de fournir des équations chimiques justes et équilibrées... Et j'ai l'impression que toutes les sources simplifient la chose sans jamais donner toutes les informations.
Et je déteste retenir sans comprendre...

Un p'tit peu d'aide?

[Loupsio]

Je ne comprend pas pourquoi on associe si particulièrement NADH à H+. On ne peut pas avoir du NADH seul? En envisageant la demi réaction
NAD(+) + 1H(+) + 2 électrons --> NADH par exemple?

si tu enlève un seul hydrogène, tu va avoir un atome qui ne va pas respecter sa valence
par exemple la carbone fait 4 liaisons, si tu lui retire un hydrogène il en fait plus que trois, il va donc chercher a se lier quelque part, la molécule va être instable,
le fait que deux hydrogènes s'en aillent fait que les deux atomes qui viennent de perdre une liaison ils vont se lier l'un a l'autre, et donner quelque chose de plus stable que si un seul était parti

Seulement contrairement au FAD qui peut accueillir 2 protons, le NAD ne peut en accueillir qu'un seul,
c'est pour ca qu'on parle de NADH + H+ car l'autre H est parti de la molécule aussi mais ne s'est pas lié au NAD qui n'a plus de place

- Quatrième réaction (décarboxylation de l'alpha-cétoglutarate) :
Ici c'est l'inverse, toutes les sources énoncent la production de NADH + H+, à partir de NAD+.
Je ne vois pas d'où sortent ces deux hydrogène. A la limite il y en a un qui peut venir de HS-CoA, ais avec le second la réaction est de nouveau mal équilibrée...

Tu as de l'alpha ceto glutarate COOH-CH2-CH2-CO-COOH et tu obtient du succinyl CoA COOH-CH2-CH2-CO-SCoA par décarboxylation,

tu as donc remplacé un groupement COOH de l'apha ceto glutarater et un groupement SH du Co enzyme A par -CO-S-
il y a eu disparition d'un carbone, deux oxygènes et deux hydrogènes (un du carboxyle et un de la fonction thiole)

[A voir en vidéo sur Futura]

[Bibing]

Là je suis d'accord mais tu démarre d'un alpha-cétoglutarate porteur de H sur chacune de ses fonction acide.
Or en partant du citrate (dont les fonctions acides ne sont pas compensées), on n'arrive pas à COOH mais bien à COO-

Idem dans les bouquins, on trouve COO- et pas COOH...

Bon après on considère peut-être juste qu'un H+ a été capté entre temps, mais dans ce que j'ai lu ce n'est pas précisé.



Autre chose, en faisant le parcours d'un glucose de la glycolyse jusqu'à la fin de la chaine respiratoire, je fais apparaitre 10 H2O (+2 dans la glycolyse, -4 dans le cycle de Krebs et +12 dans la chaine respiratoire). Ce qui est incohérent avec la formule Glucose + 6O2 --> 6H2O + 6CO2
Où est mon erreur, ou mon oubli?


Merci beaucoup pour la réponse!

[Loupsio]

Là je suis d'accord mais tu démarre d'un alpha-cétoglutarate porteur de H sur chacune de ses fonction acide.
Or en partant du citrate (dont les fonctions acides ne sont pas compensées), on n'arrive pas à COOH mais bien à COO-

Idem dans les bouquins, on trouve COO- et pas COOH...

COOH COO- c'est la même, il ne s'agit que du pH
d'ailleurs quand pH =pKa il y a autant de COOH que de COO-
et quand le pH est superieur au pKa il y a moins de COOH que de COO- mais il y en a toujours

si on ne te parle pas de pH, que tu parle de COOH ou de COO- c'est la même


Le comptage des H2O est souvent facultatif car depend de pleins de choses
Comme ça a chaud je compte pour la glycolyse:
-1 lors du passage du fructose 1,6 bisP en 2 glyceraldehyde 3P
+2 lors du passage des glyceraldehyde 3P en glyceraldehyde 1,3 bis P
-2 lors du passage des glycerate 2P en PEP
ce qui nous fait: -1 ce qu iest loin de ton +2
Après j'ai fait vite j'en ai surement oublié, mais tout depend si on prend en compte l'eau capté/libere uniquement par les molécules que tu regarde ou aussi ce que ça entraine chez les autres molécules (ex tu libère de l'H2O quand tu lie un phosphate au glucose ou au fructose, en contrepartie il y a consommation d'H2O quand ATP devient ADP+P qui n'est pas toujours compté puisqu'on regarde surtout les molécules principales a savoir glucose, glucose 6P fructose 6P...)
on passe parfois d'une molécule a une autre alors qu'il y a un intermediaire mettant en jeu une molécule d'eau

il faut retenir qu'en effet au final il y a bien 6H2O mais si tu ne les retrouves pas c'est pas bien grave du moment que tu connais les principales étapes de la glycolyse et du cycle de krebs