Besoin d'un peu d'aide : enzymes et acides aminés

[AurelienSTE]

Bonjour à tous,

J'aurais besoin d'un peu d'aide en enzymologie mais aussi sur les acides aminés.

1) Je cherche à savoir pourquoi la pepsine doit avoir un pHi bas et quels acides aminés en sont responsables..

2) Un certain peptide étant donné, comment calculer la charge nette à diffférents pH et estimer son pHi....

3) Enfin, l'aspirine est elle absorbée au niveau de l'estomac pu de l'intestin grêle ? Là je ne comprends pas du tout comment trouver.

Merci beaucoup d'un bon éclaircissement en ce dimanche ensoleillé !
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[Aqualung]

1) Je cherche à savoir pourquoi la pepsine doit avoir un pHi bas et quels acides aminés en sont responsables..

Bonjour, cela est du à la conformation de l'enzyme, son site actif n'est accessible et actif qu'à pH acide. Le changement de pH induit un changement de conformation. Quant aux acides aminés impliqués, il s'agit souvent d'un acide aspartique.

2) Un certain peptide étant donné, comment calculer la charge nette à diffférents pH et estimer son pHi....

Bonjour, il suffit de connaitre la structure primaire de la protéine, seuls certains acides aminés sont susceptibles de modifier la charge de la protéine. Il suffit de regarder selon leur pI quelle charge ils auront au pH considéré. Si le pI est proche du pH, il convient souvent de calculer plus précisément la proportion d'acide aminés qui seront protonnés ou non à ce pH. Pour estimer le pI, celui-ci est directement dépendant de la présence de ces AA chargés.

Si le pH < pI : charge +
Si le pH >pI : charge -


Pour l'aspirine, je n'en sais rien

[Loupsio]

Pour l'aspirine, je n'en sais rien

c'est pas une question d'aspirine ou pas aspirine, cest une question d'estomac et d'intestin, ^^
il ne me semble pas que l'estomac puisse absorber qui que ce soit, il est surtout excreteur et musculaire

[AurelienSTE]

Merci Aqualung. Ceci dit à mon niveau, j'ignore encore certaines choses. Qu'est ce que la conformation de l'enzyme ? Et pourquoi c'est l'acide aspartique qui y est impliqué ?
Qu'appelles tu la structure primaire de la protéine? En fait ta réponse me parait complète mais je ne la comprends pas .


Sinon Loupsio, a priori d'après mon cour les villosités de l'intestion grêle sont capable d'absorption si, entre autre l'alcool dans l'exemple donné.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Aqualung]

Tout d'abord, un enzyme c'est une protéine, donc c'est constitué d'acides aminés.

La structure primaire c'est la composition en acides aminés, l'ordre dans lequel ils sont disposés. Une fois synthétisées, ces longues chaines d'acides aminés ne restent pas linéaire mais se replient en "boules". La manière dont elle se replient est très spécifique et est généralement due à la présence de certains acides aminés. (par exemple les acides aminés chargés + peuvent s'attacher à des acides aminés chargés - pour permettre le repliement).

Forcément si les charges des acides aminés sont impliquées dans la forme de la protéine, si on fait varier le pH, on fait également varier les charges des acides aminés et donc on peut modifier la forme de la protéine. Souvent dans le cas des enzymes, le repliement fait apparaitre une "poche" (appelé "site actif"). C'est la présence ou non de cette poche qui permettra à l'enzyme de reconnaitre son substrat et d'agir.

Dans le cas des protéases acides (comme la pepsine) au niveau de cette poche se trouve un acide aspartique. Selon le pH, il n'aura pas la même charge. Lorsque le pH est adapté à l'enzyme, cet acide aspartique pourra fonctionner en permettant à l'enzyme de reconnaitre et de fixer son substrat.

(pour les puristes j'ai tenté de résumer, je sais qu'il existe milles mécanismes différents mais j'ai tenté de faire court)

Sinon oui en effet je n'ai pas pris la peine de bien lire la question sur l'aspirine, comme l'a dit Loupsio, en effet seul l'intestin est capable d'absorber des nutriments ou des médicaments.

[noir_ecaille]

Euh... Recherche effectuée, l'aspirine est absorbé au niveau de l'estomac :
https://en.wikipedia.org/wiki/Stomach#Absorption

Although the absorption is mainly a function of the small intestine, some absorption of certain small molecules nevertheless does occur in the stomach through its lining. This includes:

- Water, if the body is dehydrated
- Medication, like aspirin
- Amino acids
- 10-20% of ingested ethanol (e.g. from alcoholic beverages)
- Caffeine