[biochimie] acides aminés et feuillet beta

[invitea391054a]

Bonjour à tous,

Je me tourne vers vous car je n'arrive pas à voir pourquoi et/ou comment l'intégration d'un acide aminé configuration D dans un feuillet beta va le défaire.
Quand je vois une image de feuillet beta j'ai l'impression qu'il y aurait même moins de gène stérique entre les chaines latérales s'il étaient tous D...Enfin je ne visualise vraiment pas pourquoi...J'ai lu que la chaine latérale se mettait dans le feuillet et le cassait si l'aa était D mais comme elle n'est de toute façon dans le plan du feuillet c'est vraiment pas clair.

J'espère que vous saurez m'éclairer Merci d'avance
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[noir_ecaille]

j'ai l'impression qu'il y aurait même moins de gène stérique entre les chaines latérales s'il étaient tous D...

Moins de gêne c'est sûr, puisqu'ils sont tous de configuration L hormis l'acide aminé D incriminé.

Enfin je ne visualise vraiment pas pourquoi...J'ai lu que la chaine latérale se mettait dans le feuillet et le cassait si l'aa était D mais comme elle n'est de toute façon dans le plan du feuillet c'est vraiment pas clair.

"Dans le plan du feuillet" (avec une configuration D) je n'en serais pas si sûr. Vous parlez de quel(s) AA ?

[invitea391054a]

Je ne parle pas d'acides aminés en particulier. Et justement je ne pense pas que la chaîne latérale vienne dans le plan...
Mais pour la gêne stérique, même s'il y en a qu'un ( d'aa D) je ne vois pas en quoi ça poserait problème...

[noir_ecaille]

Pourtant quand je visualise l'enchaînement peptidique des tétraèdres des carbones chiraux de la chaîne principale... Il y a bien une inversion entre le H et la chaîne latérale. Donc ça change l'encombrement stérique.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitea391054a]

Oui oui je suis d'accord, ce que je voulais dire c'est que je ne vois pas en quoi c'est mauvais pour le feuillet beta en soi et en quoi ca le déstabilise parce que du point de vue de la gêne stérique ça paraît favorable, non?

[noir_ecaille]

Pas tel que je le visualise.

Ou peut-être auriez-vous une représentation en 3D allant dans ce sens ? Des fois que ça aide

Puis on peut aussi se référer à quelques représentations :
https://en.wikipedia.org/wiki/File:B...llel-color.svg
https://en.wikipedia.org/wiki/File:B...llel-color.svg

[noir_ecaille]

En première approximation, vous devez sûrement parler de l'alignement parallèle, où ça ne poserait pas trop de problème car les liaisons se font "face à face".

Là où ça se corse, c'est qu'un feuillet est une suite d'alignements parallèles et antiparallèles. Et une chaîne latéralisée en D dans un alignement antiparallèle de chaînes latéralisées en L, ça ne colle plus.

Quoique je dis une bêtise pour l'alignement parallèle : ça plie carrément dans l'autre sens à cause de l'encombrement stérique du carbone configuré D. Donc c'est même pire.