Stratégie de génotypage de cytochromes

[pierrechaneau]

Bonjour à tous,

Je suis nouveau sur le forum et j'aurais grand besoin d'aide. Je suis en master II recherche en génétique humaine et j'ai un sujet de recherche qui consiste à génotyper le CYP2B6 par sanger, pour ensuite essayer de corréler le génotype à l'issue clinique d'un traitement.
Le problème est que je suis un peu (beaucoup) délaissé par mon directeur, donc je suis en panique, et je ne sais pas du tout quelle est la démarche à adopter pour passer d'une séquence que j'obtiendrai en sanger à l'interprétation...

Est-ce que quelqu'un a déjà fait ce genre de travail ? Ou est-ce que quelqu'un aurait une feuille de route pour me guider ? Ou un ouvrage de référence ?

D'avance merci beaucoup pour votre aide,
Pierre
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[toothpick-charlie]

tu as déjà tes séquences?

[pierrechaneau]

Je ne suis pas encore passé à la pratique. Mon directeur a commandé des oligos pour le séquençage, à partir d'une publi, et la 1e étape sera apparemment de les tester pour vérifier qu'ils "n'accrochent rien d'autre"... mais j'ai été cherché les séquences théoriques sur ensembl et LOVD. Là encore il y a plusieurs séquences, je ne sais pas vraiment laquelle choisir, mais en cours on nous a dit d'utiliser les CCDS et les database "cured" comme LOVD par ex. Donc voilà où j'en suis...

Merci bcp pour ton aide, à bientôt,
Pierre

[toothpick-charlie]

je pense que quand tu auras les séquences tu y verras plus clair. Selon le niveau de polymorphisme tu n'étudieras pas le lien avec la clinique de la même façon.

[A voir en vidéo sur Futura]

[pierrechaneau]

Ok alors peut-être à plus tard ^^ Et merci,
Pierre