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Scepticisme et théorie de l'Evolution



  1. #181
    myoper

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Cendres Voir le message
    "Amibe" désigne un groupe polyphylétique, et assez imprécis...du coup, dire "les amibes font toujours des amibes" n'a pas grand-sens.
    Les poules font encore des poules...pour l'instant...

    M'enfin, auparavant, les oiseaux actuels constituaient une parte des "dinosaures"...ça relativise beaucoup ce type de remarque.
    C'est moi qui avait sorti ça mais le problème est qu'ici, Codepine amalgame l'embryologie (et dans ce cadre, sauf cas particuliers, les poules donnent des poules ) à l'évolution qui peut modifier les poules au point qu'on en arrive à autre chose et il est vrai que cet amalgame hors sujet provoque un vrai b* !




    * ordel destiné à évoluer ?

    -----


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  3. #182
    Codepine

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Cendres Voir le message
    D'où sors-tu ça ? Je rappelle qu'il y a divers organismes ayant plus de gènes qu'un homme...relire ceci : http://www.futura-sciences.com/photo...-daphnie-5035/
    C'est justement ce que j'ai dit!!!!

  4. #183
    Cendres

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    C'est justement ce que j'ai dit!!!!
    Effectivement...c'est moi qui ait un gros coup de fatigue...
    N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)

  5. #184
    myoper

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Cendres Voir le message
    Effectivement...c'est moi qui ait un gros coup de fatigue...
    Évolution défavorable ou mauvaise embryogenèse ?

  6. #185
    Codepine

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par toothpick-charlie Voir le message
    c'est curieux. Il me semble que c'est ce qu'il y a de plus clair dans la théorie telle que Darwin l'a formulée. Son interprétation des observations sur le pinsons des îles Galapagos a une simplicité biblique si j'ose dire.
    Effectivement c'est simple, tellement simple que certains détracteurs de Darwin disent qu'il est devenu célèbre grâce à un truisme.
    Là où pour moi ce n'est pas simple c'est de comprendre par quel mécanisme des mutations passent du génotype au phénotype sous la pression sélective.

  7. #186
    myoper

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    Là où pour moi ce n'est pas simple c'est de comprendre par quel mécanisme des mutations passent du génotype au phénotype sous la pression sélective.
    Il va falloir faire au cas par cas, amha...

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  9. #187
    shmikkki

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    Là où pour moi ce n'est pas simple c'est de comprendre par quel mécanisme des mutations passent du génotype au phénotype sous la pression sélective.
    Non, la pression sélective n'est pas là pour "passer" les mutations du génotype au phénotype. La sélection n'agit que sur le phénotype de l'organisme. Les mutations, la variabilité génétique en général, représente la part héritable du phénotype soumis à la sélection, permettant donc de transmettre l'effet de la sélection de générations en générations, et donc l'évolution.
    Un scénario:

    1) L'ADN polymérase fait des erreurs, et des mutations apparaissent.

    2) Les mutations peuvent apparaître sur de l'ADN codant ou pas. Si c'est non codant, alors ça ne sera jamais traduit, donc jamais exprimé dans le phénotype.

    3) Imaginons qu'une mutation apparaisse dans la partie codante: 2 choix: Soit elle est synonyme (voir la redondance du code génétique), soit elle est non-synonyme. Si elle est synonyme, aucun changement dans la protéine issu de la transcription du gène, donc la mutation ne sera pas exprimée dans le phénotype.

    4) Imaginons que la mutation soit non-synonyme: Dans ce cas là, la mutation aura un impact sur le phénotype (su un trait X). Si le nouveau trait X (issu de la nouvelle mutation) a un impact sur la fitness de l'organisme (repro ou survie), alors cette nouvelle mutation (donc le trait X) sera soumis à la sélection. Il sera sélectionné ou contre-sélectionné.

    Voilà le scénario permettant de relier grossièrement l’apparition d'une mutation aux forces de pressions sélectives.
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  10. #188
    Cendres

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par toothpick-charlie Voir le message
    Son interprétation des observations sur le pinsons des îles Galapagos a une simplicité biblique si j'ose dire.
    Attention tout de même, l'essentiel des travaux sur ces pinsons a été effectué par d'autres personnes que Darwin.
    N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)

  11. #189
    shmikkki

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Cendres Voir le message
    Attention tout de même, l'essentiel des travaux sur ces pinsons a été effectué par d'autres personnes que Darwin.
    Oui, notamment Grant & Grant (ils ont véritablement passé leurs vies dessus!).
    Ils ont notamment produit parmi les premiers papiers montrant une variation temporelle de la sélection (pour la taille du bec) in natura.
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  12. #190
    toothpick-charlie

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Les Grant sont revenus dessus et ont validé les intuitions de Darwin mais ce dernier avait quand-même bien observé la radiation chez ces pinsons et l'avait reliée à leur alimentation.

  13. #191
    mh34

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    comprendre par quel mécanisme des mutations passent du génotype au phénotype sous la pression sélective.
    Mais toutes les mutations ne sont pas exprimées, une grande partie est parfaitement neutre. Ensuite les notions de pénétrance et d'expressivité apportent une partie des réponses, de même sans doute que celle d'empreinte parentale.
    Ω ξειν', αγγέλλει Λακεδαιμονίοις ότι τήδε κείμεθα τοις κείνων ρήμασι πειθόμενοι

  14. #192
    Codepine

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par myoper Voir le message


    Je suis désolé mais je n'ai pas accès aux vidéos, je préfère donc des références écrites (dont, au passage, la validité peut être un peu mieux appréciée).
    Références écrites :

    L'origine des individus Jean Jacques Kupiec
    Ni dieu ni gène Jean Jacques Kupiec

    Le vivant post-génomique ou l'auto-organisation Henri Atlan

    La musique de la vie : la biologie au-delà du génome Denis Noble








    * Acceptation du mot pris au sens général de ce qui est souvent objecté sur le sujet sans en préjuger la validité.[/QUOTE]

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  16. #193
    Codepine

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par shmikkki Voir le message
    Les mutations peuvent apparaître sur de l'ADN codant ou pas. Si c'est non codant, alors ça ne sera jamais traduit, donc jamais exprimé dans le phénotype.
    Je n'ai plus les références des articles mais il paraît que l'ADN non codant, qui était appelé aussi ADN poubelle, en réalité a une fonction régulatrice très importante. Par conséquent une mutation sur un gène non codant pourrait avoir une incidence sur le phénotype.

  17. #194
    shmikkki

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    Je n'ai plus les références des articles mais il paraît que l'ADN non codant, qui était appelé aussi ADN poubelle, en réalité a une fonction régulatrice très importante. Par conséquent une mutation sur un gène non codant pourrait avoir une incidence sur le phénotype.
    Attention, un gène est forcément codant (un gène "non codant" n'existe pas ... je parle sous couvert des biologistes moléculaires mais il me semble que c'est ça).

    De plus, je suis d'accord avec toi, l'ADN est aussi composé de promoteur, d'enhancer, de transposons, etc ... des tas de choses qui influencent l'expression des gènes, et donc à la fin les protéines.
    Dans mon explication je n'ai pas abordé tout ça pour aller au plus simple.
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  18. #195
    myoper

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    Je n'ai plus les références des articles mais il paraît que l'ADN non codant, qui était appelé aussi ADN poubelle, en réalité a une fonction régulatrice très importante. Par conséquent une mutation sur un gène non codant pourrait avoir une incidence sur le phénotype.
    Ici, on peut simplement différencier l'activité du génome de ce qui ne relève pas du génome donc ces distinctions peuvent ne pas être discutées ici mais ça permet de souligner que toutes les fonctions du génome ne sont pas connues et si besoin, il reste de quoi coder, par exemple, une auto-organisation.

  19. #196
    toothpick-charlie

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    Là où pour moi ce n'est pas simple c'est de comprendre par quel mécanisme des mutations passent du génotype au phénotype sous la pression sélective.
    Les mutations ne concernent que le génome. Le passage au phénotype se fait par la transcription/traduction on apprend ça au collège.

    Je n'ai plus les références des articles mais il paraît que l'ADN non codant, qui était appelé aussi ADN poubelle, en réalité a une fonction régulatrice très importante.
    Plus haut tu as l'air de dénier au génome tout rôle dans l'ontogénèse. Faudrait savoir!

  20. #197
    Alhec

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    l'ADN non codant n'est PAS synonyme d'ADN poubelle. Par définition l'ADN poubelle n'a pas de function... L'ADN non codant peut avoir une fonction.

  21. #198
    myoper

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Par définition l'ADN poubelle n'a pas de function...
    Je dirais plutôt: qui n'a pas de fnction connue.

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  23. #199
    Alhec

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    D'accord mais on ne peut pas prouver une absence de fonction. Et comme ces séquences n'ont pas l'air d'être sous pression de sélection, c'est comme une forte indication vers le "pas de fonction" plutôt que "pas de fonction connue".

  24. #200
    toothpick-charlie

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Les séquences non codantes, comme les séquences répétées par exemple, qui encadrent les gènes, ont au moins la fonction de justement éloigner les gènes les uns des autres, et par là favoriser la recombinaison. La recombinaison joue un rôle essentiel dans l'évolution, aussi important que les mutations je dirais (au pif pour être honnête).

  25. #201
    Alhec

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    C'est pour cela que je dis que "ADN poubelle" n'est pas synonyme de 'ADN non codant".

  26. #202
    myoper

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Je crois qu'on est tous d'accord ; on a voulu placer nos mots pour le dire, par sécurité, pour être sur que Codepine soit d'accord avec nous aussi...

  27. #203
    myoper

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    D'accord mais on ne peut pas prouver une absence de fonction. Et comme ces séquences n'ont pas l'air d'être sous pression de sélection, c'est comme une forte indication vers le "pas de fonction" plutôt que "pas de fonction connue".
    Ce que je voulais dire, d'une façon un peu différente que toothpick-charlie, c'est que pour le savoir, il faudra avoir fait la concordance de tout le génome avec toutes "ses fonctions" et si on connait le génome, il reste à reconstruire avec ce denier un organisme entier fonctionnel puis regarder ce qui n'aura pas servi (avec les protéines codées, il faut assembler un organisme et le faire fonctionner) et il reste du boulot avant d'en arriver la...

  28. #204
    Codepine

    Re : Scepticisme et théorie de l

    Enfin! J'ai eu une réponse réellement satisfaisante.

    Mon erreur a été celle de me lancer trop vite, sans patienter.
    Au lieu de me précipiter tout de suite sur ce forum pour exposer mon problème et accuser la théorie d'être incomplète j'aurais dû attendre de terminer de lire le livre Evolution de Futuyma que je venais de commencer.
    L'auteur aborde l'argument qui me posait problème juste dans les deux avant derniers chapîtres! Et il n'est pas uniquement question de pression de sélection. Il en est question, certes, mais c'est beaucoup plus complexe. D'autres facteurs entrent en compte. Et il est aussi question de contraintes , entre autres, aussi de evolvibility qui pourrait sans problème être traduit par "potentiel évolutif" (je m'en doutais!).
    Pour ceux qui sont intéressés ils n'ont qu'à lire l'ouvrage ou du moins les deux avant derniers chapîtres.

    Pour ce qui est de savoir "quelle est réllement la part des gènes" le futur nous le dira....peut-être, ce n'est pas pour moi un problème, du moins pas pour le moment.
    Ciao ciao
    Dernière modification par Codepine ; 27/03/2014 à 23h26.

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  30. #205
    myoper

    Re : Scepticisme et théorie de l

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    Pour ceux qui sont intéressés ils n'ont qu'à lire l'ouvrage ou du moins les deux avant derniers chapîtres.

    Ciao ciao
    Parce que ce sont les autres intervenants de ce fil qui vous ont donné l'impression d'en avoir besoin ?

  31. #206
    shmikkki

    Re : Scepticisme et théorie de l

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    L'auteur aborde l'argument qui me posait problème juste dans les deux avant derniers chapîtres! Et il n'est pas uniquement question de pression de sélection. Il en est question, certes, mais c'est beaucoup plus complexe. D'autres facteurs entrent en compte. Et il est aussi question de contraintes , entre autres, aussi de evolvibility qui pourrait sans problème être traduit par "potentiel évolutif" (je m'en doutais!).
    Pour ceux qui sont intéressés ils n'ont qu'à lire l'ouvrage ou du moins les deux avant derniers chapîtres.
    Tu sais, on s'est contenté d'aller au plus simple pour pour ne pas noyer l'explication derrière de nombreux détail. Je te rappelle aussi que tu a lu un livre de vulgarisation ... ou pas grand chose de révolutionnaire y est exposé.

    Bref, si tu veux aborder tout ce qui est contraintes à l'évolution, alors tu as une littérature plus qu'abondante. Si tu veux approfondir, quelques articles clef:
    - Méthode de Lande & Arnold (1983) pour estimer la sélection.
    - Différents types de sélection avec différentes contraintes: Brodie et al, 1995.
    - Les covariance environnementales (Rausher, 1992)
    - Les contraintes génétique (matrice G), très bonne review de Stappan en 2002. Et excellant site internet ici.
    - Le fameux article de Price en 1970 (permettant d'extrapoler les bases mathématiques de Fisher pour prédire l'évolution: La covariance génétique entre le trait et la fitness).
    - Le potentiel adaptatif ("evolvability"): Coefficient de variation génétique (VA) ou héritabilité (h²) ? Hansen et al, 2011.
    - Etc ... etc ...

    Il y a une très grosse littérature sur la dynamique évolutive, notamment avec toutes ses contraintes.
    D'ailleurs, en parlant de Futuyma, une petite review sympa: Futuyma (2010)
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  32. #207
    Codepine

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par myoper Voir le message
    Si c'est ce lien: http://www.nature.com/nmat/journal/v.../nmat3889.html, je ne vois pas en quoi ça invalide le fait que les gènes puissent être totalement maitres de l'organisation (c'est un peu comme si on pensait qu'un magnétophone n'enregistre pas lui même parce qu'on constate qu'il enregistre des choses différentes dans des conditions différentes) ou alors je n'ai pas compris ou vu le raisonnement qui était avancé avec cette référence dans ce cadre la.
    Mais si j'ai bien compris le raisonnement, on peut faire exactement les mêmes remarques sur les cellules qu'on va faire devenir pluripotentes et aussi sur les cellules d'un organisme fini et vivant: les gènes s'expriment différemment en fonction de l'expression des autres gènes (c'est même le fonctionnement du système immunitaire humain - j’entends par la toutes les interactions, les milliards de signaux qui permettent à toutes les cellules et organes de communiquer entres eux à chaque instant, en fonction de ce que font les autres cellules et en fonction des modifications du milieu/circonstances - sans préjuger que quelque chose d'autre puisse intervenir).
    Certes, ce sont les gènes qui déterminent si une cellule est une cellule du foi plutôt qu'une cellule du coeur. Mais qu'est qui "décide" que dans telles cellules ce seront les gènes qui en feront des cellules du foi qui s'exprimeront et dans d'autres ce seront les gènes qui en feront des cellules du coeur?
    Si des cellules pluripotentes, mises dans un milieu, se différencient en cellules du foi et placées dans un autre milieu, avec des caractéristiques très différentes, donnent des cellules du coeur, c'est le signe que probablement l'expression différentielle des gènes et due au milieu et non pas à des gènes programmeurs qui commandent à tels gènes de s'exprimer et à d'autres de se réprimer. Probablement des phénomènes d'auto-organisation de nature épigénétique ont un rôle dans l'embryogenèse, un rôle beaucoup plus important qu'on le pense. Le pouvoir des gènes est peut-être plus limité qu'on le croit. N'en déplaise aux partisans du Tout Génétique.



    Citation Envoyé par myoper Voir le message
    Parce que ce sont les autres intervenants de ce fil qui vous ont donné l'impression d'en avoir besoin ?
    Le seul qui ait pris le temps de me donner un début de réponse satisfaisante a été shmikkki, et je le remercie. Néanmoins, la pression de sélection, je ne la trouvais pas pleinement satisfaisante.
    Beaucoup de choses me poussaient à croire qu'il devait forcément y avoir d'autres facteurs. Comme tous les livres de vulgarisation sur l'évolution que j'ai lus n'en parlaient pas je pensais que la Théorie était trop incomplète. Je me rends compte que certains arguments ne sont vraiment abordés et approfondis que dans le cadre d'ouvrages plus spécialisés et qui sortent de la simple vulgarisation.
    Maintenant que je suis à connaissance de tous les facteurs, j'ai une explication plus que satisfaisante et le fait que certaines lignées semblent stagner depuis 400 millions d'années et d'autres vont beaucoup plus loin, subissant des transformations remarquables, qui les en éloignent morphologiquement de l'ancêtre, non seulement ne me paraît plus bizarre ni étrange, mais tout me paraît parfaitement naturel, je ne vois pas comment cela pourrait en être autrement.

    Et pour répondre à la question : je me fiche pas mal de savoir ou ne pas savoir ce dont les autres ont besoin.
    Dernière modification par Codepine ; 28/03/2014 à 14h30.

  33. #208
    shmikkki

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    Maintenant que je suis à connaissance de tous les facteurs,
    Il y en a d'autres, mais c'est du détail après

    (au risque de me répéter, le paysage adaptatif permet de résumer à lui tout seul toute la dynamique évolutive (avec ses contraintes)).

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    j'ai une explication plus que satisfaisante et le fait que certaines lignées semblent stagner depuis 400 millions d'années et d'autres vont beaucoup plus loin, subissant des transformations remarquables, qui les en éloignent morphologiquement de l'ancêtre, non seulement ne me paraît plus bizarre ni étrange, mais tout me paraît parfaitement naturel, je ne vois pas comment cela pourrait en être autrement.
    Tant mieux!
    Bravo pour ta démarche en tout cas. Peu de gens ont l'esprit assez ouvert pour pouvoir changer d'avis sur un sujet.
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  34. #209
    Deedee81

    Re : Scepticisme et théorie de l'Evolution

    Salut,

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    une cellule du foi
    Tu crois ?

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    c'est le signe que probablement l'expression différentielle des gènes et due au milieu et non pas à des gènes programmeurs qui commandent à tels gènes de s'exprimer et à d'autres de se réprimer.
    Attention, car dans un développement embryonnaire cette différence de milieu peut justement être induite par les gènes (heureusement d'ailleurs, sinon on obtiendrait n'importe quoi selon ce que la mère a mangé, en caricaturant à peine). On observe par exemple divers gradient moléculaires induits par les gènes. On peut jouer là dessus avec des mutations artificielles, ce qui donne des résultats étonnants.

    C'est en tout cas délicieusement complexe et tout n'est pas encore "décodé".

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    Probablement des phénomènes d'auto-organisation de nature épigénétique ont un rôle dans l'embryogenèse, un rôle beaucoup plus important qu'on le pense.
    Ca joue un rôle important. C'est une certitude.

    Citation Envoyé par Codepine Voir le message
    N'en déplaise aux partisans du Tout Génétique.
    Ca existe encore, ça ? Tu devrais peut-être remettre tes lectures à jour
    (bon, j'en connais qui ne sont pas encore mort de vieillesse, donc je ne les citerai pas )

    Je crois que tu devrais écrire plutôt :
    "un rôle beaucoup plus important que ce que je pensais que les autres pensaient"

    Si tu me suis.
    Tout est relatif, et cela seul est absolu. (Auguste Comte)

  35. #210
    Codepine

    Re : Scepticisme et théorie de l

    Citation Envoyé par shmikkki Voir le message
    Tu sais, on s'est contenté d'aller au plus simple pour pour ne pas noyer l'explication derrière de nombreux détail. Je te rappelle aussi que tu a lu un livre de vulgarisation ... ou pas grand chose de révolutionnaire y est exposé.

    Bref, si tu veux aborder tout ce qui est contraintes à l'évolution, alors tu as une littérature plus qu'abondante. Si tu veux approfondir, quelques articles clef:
    - Méthode de Lande & Arnold (1983) pour estimer la sélection.
    - Différents types de sélection avec différentes contraintes: Brodie et al, 1995.
    - Les covariance environnementales (Rausher, 1992)
    - Les contraintes génétique (matrice G), très bonne review de Stappan en 2002. Et excellant site internet ici.
    - Le fameux article de Price en 1970 (permettant d'extrapoler les bases mathématiques de Fisher pour prédire l'évolution: La covariance génétique entre le trait et la fitness).
    - Le potentiel adaptatif ("evolvability"): Coefficient de variation génétique (VA) ou héritabilité (h²) ? Hansen et al, 2011.
    - Etc ... etc ...

    Il y a une très grosse littérature sur la dynamique évolutive, notamment avec toutes ses contraintes.
    D'ailleurs, en parlant de Futuyma, une petite review sympa: Futuyma (2010)
    Merci pour les références, la review de Futuyma a l'air très intéressant, je vais m'y plonger ce soir.
    Pour moi des livres de vulgarisation ce sont l'Horloger aveugle et Le plus beau spectacle du monde de Dawkins ou Why evolution is true de Jerry Coyne. Le livre de Futuyma me paraît déjà aller bien au-delà de la simple vulgarisation.

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