Scepticisme et théorie de l'Evolution

[Cendres]

Je crois que Codepine na voit pas la duplication comme l'action de dupliquer mais y voit le résultat (plusieurs gènes la ou il y en avait un seul), ce qui pourrait expliquer cela...

C'est possible, en effet.
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[Codepine]

Oui bien sur, mais "en fonction" des gènes exprimés sinon ça voudrait dire qu'on aurait exactement le même résultat avec n'importes quels gènes, voir sans gènes du tout.

Disons que "le dogme" (et pourtant il ne devrait pas y avoir de dogme en science!) en Biologie, qui est accepté (et gare à qui y touche!) par la plupart des biologistes est encore celui du programme génétique : en gros une cellule pluripotente se différencie en cellule du foie parce il s'y exprime certaines gènes et pas d'autres. Qu'est ce qui "ordonne" à la cellule d'exprimer ces gènes-là plutôt que d'autres? ce serait d'autres gènes (programmeurs?) dans lesquels seraient encodé le programme de construction de l'organisme.
Certains biologistes, surtout des embryologistes, très minoritaires, et même quelques molécularistes comme Jean Jacques Kupiec, sont convaincus que ce sont des variations dans le cytoplasme qui déterminent quels gènes doivent s'exprimer et non pas un programme. Il n'y aurait aucun programme génétique. Ce qui détermine l'expression d'un gène plutôt que d'un autre ce serait des variation dans le cytoplasme. Les variations dans le cytoplasme sont dues au milieu dans lequel la cellule se trouve. De nombreux résultats expérimentaux tendent à prouver que la cellules pluripotentes sont sensibles et répondent par une expression différentielle suivant le milieu et le support (contrainte mécanique, tensions, température, substrat etc..) où elles se trouvent.
Par conséquent l’embryogenèse ne serait probablement pas un phénomène déterminé par les gènes. Ce serait plutôt un phénomène d'auto-organisation, un phénomène épigénétique, un processus qui exploite les gènes qui sont à sa disposition. Pour reprendre une phrase de Denis Noble que j'ai déjà citée : les gènes sont les musiciens et l'organisme est le chef d'orchestre.

[shmikkki]

On passe de la stabilité des clades sur l'arbre phylogénétique à l'épigénétique et autres spécificité des interactions gènes X environnement (qui sont étudiées et pris en compte par les biologistes de l'évolution, contrairement à ce qui est dit. En génétique quantitative par exemple, on estime l'héritabilité en contrôlant pour plein de facteurs, et notamment dans un seul environnement. On sait que h² = 15% peut aussi être h² = 20% dans un autre environnement).

Ça part un peu dans tous le sens.

Est-ce-que c'est moi ou il y a une volonté de trouver et débusquer toutes les zones d'ombres de la théorie de l'évolution, pour ensuite promouvoir un scepticisme?

(d'ou le titre !:S)

(Je précise que J.J Kupiec s'est donnée la mission de pourfendre l'idée même d'hérédité génétique. C'est une position pas mal extrême aussi ...).

Codepine, si tu aime les remise en question sur la théorie de l'évolution (mais argumentées, par des chercheurs) va voir du côté de Massimo Pigliucci. C'est un ex-généticien, maintenant rédacteur de Philosophy and Biology (peer review), qui en appelle à une réforme de la théorie synthétique de l'évolution. Il est pas mal intéressant.

[shmikkki]

Par conséquent l’embryogenèse ne serait probablement pas un phénomène déterminé par les gènes.

??!!
Comment peut-on honnêtement défendre une telle position? Je veux bien que l'ont tempère l'influence des gènes, mais de là à dire qu'ils ne sont probablement pas impliqués dans l’embryogenèse c'est de l'idéologie pure et simple.
Ton seul point en commun avec un autre humain réside dans le patrimoine génétique .... et bizarrement, vous êtes à peu près fait de la même façon ... belle coïncidence non?

[JPL]

Il est exact Codepine que tu es maintenant totalement hors sujet, sauf si ton sujet c'est d'émettre des doutes sur tout ce qui concerne la biologie. Il me semble y avoir là une délectation systématique dans la mise en cause de théories. Sur le plan fondamental le doute doit habiter tout chercheur même quand il se sent autorisé à affirmer quelque chose, mais là c'est l'aspect systématique de l'attitude qui me gêne.

[Codepine]

Je redemande aussi : qu'appelles-tu les "temps géologiques"? Que seraient des temps qui ne seraient "pas géologiques"? Par rapport à quel référentiel, et sur quelle(s) justification(s)?

Les temps géologiques je les compte en dizaines de millions d'années. Quand on a retrouvé le Coelacanthe, l'expert à qui on l'a montré, l'a reconnu tout de suite! Alors qu'il ne le connaissait qu'à travers les fossiles! Après on peut dire effectivement que morphologiquement il n'est pas identique aux fossiles, mais globalement il n'a pas changé. Et pourtant on dit que "tous les organismes actuels ont eu le même temps pour évoluer". Les mutations chez les espèces stables (depuis le Dévonien!!!!) comme le Coelacanthe se sont produites uniquement au niveau du génotype et puisqu'il n'y a que 2 ou 3 % du génome qui s'exprime au niveau du phénotype, le Coelacanthe n'a pas changé (G. Lecointre). Cela me laisse perplexe et dubitatif (euphémisme).
Dans certaines lignées, comme celle qui va du chordé ancestral à la baleine, il y a eu beaucoup de mutations qui se sont exprimées dans le phénotype et les organismes sont allés de clade en clade, il y a eu des transformations phénotipiques majeures, alors que dans la lignée qui va du chordé ancestral à l'Amphioxus moderne, malgré les temps géologiques (500 millions d'années!!!) et toutes les mutations que son génome a eues (puisqu'il évolue aussi) il reste toujours un chordé basal dont le plan d'organisation n'a pas vraiment changé. Si cela ne vous pose pas de problème....tant mieux pour vous.

[shmikkki]

Les mutations on s'en fiche un peu (tous les organismes ont le même taux de mutations (à part les bactéries)). Ce qui importe c'est de savoir si la mutation est conservé ou pas (sélection naturelle). C'est de savoir si la population est divisée en deux ou pas. C'est de savoir si l'environnement change ou pas. C'est de savoir la structuration génétique de l'espèce, etc ....

BREF c'est de savoir les forces en présence qui conduisent ou non à une spéciation .... qui ne sont pas les mutations!!!! (Sais-tu par exemple qu'une population peut évoluer, même si aucune mutation n'apparaît?)
Ce à quoi tu est beaucoup trop attaché.

Effectivement, si tu ne vois l'évolution que seulement étant le fruit de l'apparition ou pas des mutations, alors tu n'as pas fini d'être surpris. Les mutations ne représentent quasiment rien à l'échelle des temps géologiques.
Le maître mot c'est la sélection naturelle lorsque on parle de spéciation. Mot que tu n'as pas employé une seule fois.

Je t'ai déjà expliqué dans un de mes posts précédent quelles sont les forces dans une spéciation. De toute évidence ça ne t'intéresse pas ...

C'est mon dernier message pour essayer de t'expliquer en tout cas.



En tout cas, quoi de mieux pour étudier le scepticisme de la théorie de l'évolution qu'un cas d'école?

[Amanuensis]

Si cela ne vous pose pas de problème....tant mieux pour vous.

Vous n'avez jamais expliqué en quoi cela devrait être un problème.

C'est un peu comme expliquer qu'il y a des sommets de plus de 4000 mètres dans les Alpes, et pas dans les Pays-Bas, et dire que c'est un problème.

[Codepine]

Codepine, si tu aime les remise en question sur la théorie de l'évolution (mais argumentées, par des chercheurs) va voir du côté de Massimo Pigliucci. C'est un ex-généticien, maintenant rédacteur de Philosophy and Biology (peer review), qui en appelle à une réforme de la théorie synthétique de l'évolution. Il est pas mal intéressant.

je suis tout à fait d'accord avec Pigliucci et aussi avec Stuart Kauffman quand il affirme que dans l'évolution il n'y aussi des phénomènes d'auto-organisation qui sont determinats.

[mh34]

Par conséquent l’embryogenèse ne serait probablement pas un phénomène déterminé par les gènes. Ce serait plutôt un phénomène d'auto-organisation, un phénomène épigénétique, un processus qui exploite les gènes qui sont à sa disposition. Pour reprendre une phrase de Denis Noble que j'ai déjà citée : les gènes sont les musiciens et l'organisme est le chef d'orchestre.

Admettons. Alors on explique comment la similarité phénotypique entre une souris et un homme mutés sur SHH?

[myoper]

Disons que "le dogme" (et pourtant il ne devrait pas y avoir de dogme en science!) en Biologie, qui est accepté (et gare à qui y touche!) par la plupart des biologistes est encore celui du programme génétique : en gros une cellule pluripotente se différencie en cellule du foie parce il s'y exprime certaines gènes et pas d'autres. Qu'est ce qui "ordonne" à la cellule d'exprimer ces gènes-là plutôt que d'autres? ce serait d'autres gènes (programmeurs?) dans lesquels seraient encodé le programme de construction de l'organisme.

La encore, c'est vous qui y voyez un dogme et c'est encore vous qui présupposez une certaine vision des biologistes (et gare si on y touche ?), sauf si bien sur l'épigénétique n'est pas scientifique et est complétement refusée par la science...

Par conséquent l’embryogenèse ne serait probablement pas un phénomène déterminé par les gènes. Ce serait plutôt un phénomène d'auto-organisation, un phénomène épigénétique, un processus qui exploite les gènes qui sont à sa disposition. Pour reprendre une phrase de Denis Noble que j'ai déjà citée : les gènes sont les musiciens et l'organisme est le chef d'orchestre.

Il est en effet très probable que quel que soient les gènes, les structures concernées soient identiques et donc, que la totalité des organismes vivants présentent la même, c'est même évident, d'ailleurs...

[myoper]

...Après on peut dire effectivement que morphologiquement il n'est pas identique aux fossiles, mais globalement il n'a pas changé.

Comme sophisme pour imposer un jugement de valeur qui ne concerne que vous, cet exemple est édifiant !

Et pourtant on dit que "tous les organismes actuels ont eu le même temps pour évoluer". ...

Soit c'est encore un truisme, soit c'est faux (suivant ce que vous appelez organisme actuel du début des temps - forcément, pour évoluer durant ce temps), mais surtout, ce n'est pas parce que quelque chose à le temps de changer qu'il doit le faire ou alors c'est que vous présupposez que le temps que vous impartissez est le seul facteur d'évolution qui soit changeant que vous déterminez vous même par ailleurs.

A vous lire, on voit que l'évolution telle que vous la concevez ne correspond en effet pas à ce que "la science" et les scientifiques constatent et expliquent et ça vous pose en effet un problème, mais peut être comprendrez vous que pour les gens qui conçoivent l'évolution telle que les scientifiques et la science la constatent et l'expliquent, ça ne posera pas de problème ?

[Cendres]

Les temps géologiques je les compte en dizaines de millions d'années.

Bon, c'est déjà un début. Mais les centaines de millions d'années, non? Du coup, en prenant ta définition, des nouveaux clades, il y en a eu ou pas, ou alors tu limites tes "temps géologiques" à ceux où il semble qu'il n 'y ait ait pas eu de nouveaux clades (auquel cas ton interrogation s'autojustifie d'elle-même).

Quand on a retrouvé le Coelacanthe, l'expert à qui on l'a montré, l'a reconnu tout de suite! Alors qu'il ne le connaissait qu'à travers les fossiles!

Tout à fait oui. Où est le souci ?

Après on peut dire effectivement que morphologiquement il n'est pas identique aux fossiles, mais globalement il n'a pas changé.

C'est vague, ça "globalement il n'a pas changé"...il y a pourtant eu des modifications anatomiques clairement visibles au niveau des nageoires, par exemple.

Et pourtant on dit que "tous les organismes actuels ont eu le même temps pour évoluer".

Ben oui, comme les êtres vivants actuels proviennent des formes de vie initiales, ils ont eu "le même temps pour évoluer". C'est simplement de la logique.

Cela me laisse perplexe et dubitatif (euphémisme).

Par rapport à quoi ?

Dans certaines lignées, comme celle qui va du chordé ancestral à la baleine, il y a eu beaucoup de mutations qui se sont exprimées dans le phénotype et les organismes sont allés de clade en clade, il y a eu des transformations phénotipiques majeures, alors que dans la lignée qui va du chordé ancestral à l'Amphioxus moderne, malgré les temps géologiques (500 millions d'années!!!) et toutes les mutations que son génome a eues (puisqu'il évolue aussi) il reste toujours un chordé basal dont le plan d'organisation n'a pas vraiment changé. Si cela ne vous pose pas de problème....tant mieux pour vous.

Ça ne pose effectivement aucun problème par rapport à la Biologie de l'Evolution actuelle, qui n'impose à aucune lignée tel ou tel mode d'évolution. Que cela te pose un problème est une autre histoire, et il faut voir par rapport à quoi.

[Paminode]

Les mutations on s'en fiche un peu (tous les organismes ont le même taux de mutations (à part les bactéries)). Ce qui importe c'est de savoir si la mutation est conservée ou pas (sélection naturelle).

Bonjour,

Voulez-vous dire qu'un organisme peut connaître des mutations aléatoires, mais qui se révèleront désavantageuses et seront donc éliminées, et sa descendance restera proche de son état "initial" et donnera l'impression de peu évoluer,
tandis qu'un autre connaîtra des mutations aléatoires qui se révèleront au contraire avantageuses et seront conservées, et sa descendance donnera l'impression d'évoluer plus vite ?

[shmikkki]

Voulez-vous dire qu'un organisme peut connaître des mutations aléatoires, mais qui se révèleront désavantageuses et seront donc éliminées, et sa descendance restera proche de son état "initial" et donnera l'impression de peu évoluer,
tandis qu'un autre connaîtra des mutations aléatoires qui se révèleront au contraire avantageuses et seront conservées, et sa descendance donnera l'impression d'évoluer plus vite ?

Oui exactement. Ou encore qu'une population peut évoluer même si une mutation n’apparaît pas (cas des Pinsons de Darwin par exemple suite au phénomène El Niño en 1983).
Beaucoup trop de gens attachent une trop grande importance aux mutation aléatoires dans le processus de spéciation, alors que leur influence est faible. La preuve: Les organismes ont à peu près tous le même taux de mutations et pourtant le "taux d'évolution" et de diversification n'est pas le même entre clades / familles / genres / espèces / etc ....

[Codepine]

Voulez-vous dire qu'un organisme peut connaître des mutations aléatoires, mais qui se révèleront désavantageuses et seront donc éliminées, et sa descendance restera proche de son état "initial" et donnera l'impression de peu évoluer,
tandis qu'un autre connaîtra des mutations aléatoires qui se révèleront au contraire avantageuses et seront conservées, et sa descendance donnera l'impression d'évoluer plus vite ?

Oui exactement. Ou encore qu'une population peut évoluer même si une mutation n’apparaît pas (cas des Pinsons de Darwin par exemple suite au phénomène El Niño en 1983).
Beaucoup trop de gens attachent une trop grande importance aux mutation aléatoires dans le processus de spéciation, alors que leur influence est faible. La preuve: Les organismes ont à peu près tous le même taux de mutations et pourtant le "taux d'évolution" et de diversification n'est pas le même entre clades / familles / genres / espèces / etc ....

Voilà le fond du problème, ou du moins de ce qui me pose un problème : pourquoi malgré le fait que les organismes ont à peu près tous le même taux de mutations, ils n'ont pas le même taux d'évolution?

Parce qu'ils ne subissent aucune pression sélective? Par conséquent pas de pression sélective = pas d'évolution?

[shmikkki]

Voilà le fond du problème, ou du moins de ce qui me pose un problème : pourquoi malgré le fait que les organismes ont à peu près tous le même taux de mutations, ils n'ont pas le même taux d'évolution?
Parce qu'ils ne subissent aucune pression sélective? Par conséquent pas de pression sélective = pas d'évolution?

Grossièrement, OUI! (Et j'avoue que je suis content que tu le comprenne après mes posts. Relis mes posts, lorsque j'explique le processus de spéciation, les mécanismes en jeux ne sont pas les mutations, mais bien la sélection, la dérive et la migration).

Si je voulais faire une analogie: Les mutations apparaissent (à des très faibles taux). Ces mutations représentent la variabilité génétique. C'est à dire la part du phénotype qui sera transmis à la descendance (on parle d’héritabilité). A la génération suivante, seule la part de variance génétique sera retrouvée.

Maintenant qu'on a défini l'héritabilité. C'est quoi l'évolution? L'évolution c'est un changement dans le temps (entre générations) de la part de variance héritable, c'est à dire de la variance génétique. Donc le taux d'évolution ne dépend que de la vitesse de changement dans le temps de cette part de variance héritable.

Cette part de variance est composé des allèles, c'est à dire des mutations. On aurait donc tendance à penser - comme tu le suggère - que le changement dans le temps de la part de variance héritable ne dépend que tu taux de mutation? Or le taux de mutation est le même pour toute les espèces, donc on devrait avoir le même taux d'évolution dans tous les clades. Sauf que cette vision est fausse.

Pour changer la part de variance héritable entre génération, le moyen le plus rapide est le plus parcimonieux ce n'est pas d'ajouter de nouvelle mutation, mais de sélectionner dans la variance déjà présente (et c'est ce qu'on observe)! La sélection est la force évolutive qui drive véritablement l'évolution des formes, des morphologies, etc ...
La sélection dépends de beaucoup de facteurs, mais en grande majorité de l'environnement.
DONC le taux d'évolution d'un clade va dépendre forcément de la variabilité environnementale. D’où les vitesses d'évolution très différentes entre clades.

Je pense que ton étonnement venait simplement du fait que tu ne voyais le taux d'évolution comme étant seulement le fruit du taux de mutation (comme le taux de mutation est le même pour tous les clades, je comprends ton étonnement!). Mais, comme je viens de l'expliquer, les mutation ne prennent qu'une toute petite part d'explication dans le processus de spéciation.

Si tu veux approfondir tout ça, il faut que tu étudie les tenant et les aboutissants du paysage adaptatif (introduit par Wright). Le paysage adaptatif représente la meilleurs image pour lier la macro à la micro évolution.

(Dans le paysage adaptatif, la topologie représente la sélection et le substrat représente la variance génétique multivariée).

En espérant que ça t'a éclairé!

[shmikkki]

Juste pour répondre à ça précisément:

Parce qu'ils ne subissent aucune pression sélective? Par conséquent pas de pression sélective = pas d'évolution?

Non, car le changement dans le temps du pool génétique d'une population (évolution) dépend en grande partie de la sélection, mais aussi de la dérive génétique. La dérive génétique est une force qui est d'autant plus forte que la population est de petite taille.

Contrairement à la sélection, la dérive ne permet pas la fixation d'un caractère dans la population en fonction de son bénéfice (sélection), mais tout simplement par le hasard! La dérive génétique amène bien souvent à du bruit. Ce bruit est parfois faible (grande population, forte sélection), mais il peut aussi être fort (la dérive associée à l'effet fondateur permet par exemple d'expliquer la forte fréquence du groupe sanguin O en Amérique du Sud).

Bref, pour résumer:
Pas de pressions sélectives = Evolution quand même, mais plus faible, et quasi imprédictible. (Pour faire simple).

[Codepine]

Admettons. Alors on explique comment la similarité phénotypique entre une souris et un homme mutés sur SHH?

Soyons clairs : je ne suis ni partisan du "tout génétique ni du "tout épigénétique", je ne fais que répéter ce que j'apprends au fil de mes lectures. Ceux qui soutiennent (ils sont rares) que c'est l'organisme qui exploite les gènes et non pas les gènes à déterminer l'organisme, justifient la similarité phénotypique parce que l'organisme exploite la même protéine altéré par le gène muté.

On peut faire une analogie, avec toutes les limites qu'une analogie comporte toujours : le développement embryonnaire est comme un cuisinier qui doit faire une recette à partir des ingrédients qui sont mis à sa disposition, les gènes. Si l'ingrédient est dégradé la recette se fera quand même mais le plat n'aura pas le même goût.
Je n'ai pas les compétences nécessaires pour trancher dans ce genre de débat, et puis en l'état actuel des connaissances on n'a pas encore assez d'éléments pour trancher.
Mon idée personnelle, que je me suis faite, est que le développement embryonnaire n'est pas complètement et entièrement déterminé et dicté par les gènes mais les gènes ont leur rôle à jouer : c'est une interaction entre un phénomène épigénétique d'auto-organisation et de gènes. La grande question est : quelle est la part des gènes?

Je reste persuadé, conviction personnelle, que la meilleure définition a été donnée (je le répète pour la troisième fois) par Denis Noble.

[shmikkki]

Mon idée personnelle, que je me suis faite, est que le développement embryonnaire n'est pas complètement et entièrement déterminé et dicté par les gènes mais les gènes ont leur rôle à jouer : c'est une interaction entre un phénomène épigénétique d'auto-organisation et de gènes. La grande question est : quelle est la part des gènes?

C'est exactement ça! Et pas que pour le développement embryonnaire, pour n'importe quel trait dans la nature.
C'est d'ailleurs tout l'objectif de la génétique quantitative (la plus vieille branche de la biologie évolutive): Quantifier la part de variance d'un trait (ou du développement embryonnaire) qui est due à l'environnement et celle qui due aux gènes ... et leur interaction!
(Car, il ne faut pas l'oublier, mais un gène peut s'exprimer de plusieurs façon différentes suivant l'environnement).

[myoper]

Mon idée personnelle, que je me suis faite, est que le développement embryonnaire n'est pas complètement et entièrement déterminé et dicté par les gènes mais les gènes ont leur rôle à jouer : c'est une interaction entre un phénomène épigénétique d'auto-organisation et de gènes. La grande question est : quelle est la part des gènes?

Pour être plus clair quand à ce qui est dicté ou pas par des gènes, la génétique, c'est ce que sont les gènes et l'épigénétique (ici, "d'auto-organisation"), leur expression (des gènes, encore) et la seule chose qui permet de la faire varier, ce sont les conditions dans lesquelles les gènes s'expriment (personnellement, je pense qu'un organisme se définit plus par ce qu'il est que par son environnement qui peut être partagé par de nombreux autres organismes totalement différent).

Il reste donc à voir si en faisant développer et naitre des organismes de mêmes parents dans divers endroits et conditions du globe on note des différences dans leur organisation embryonnaire et à ce moment on pourra dire que les conditions ou l'épigénétique d'auto-organisation a une influence notable mais jusqu’à présent, les humains restent des humains, les chiens des chiens, etc. ou qu'ils naissent, quelques soient les conditions.
Il faut vraiment avoir des conditions extrêmes (ex, radioactivité élevée), la plupart du temps non viables, pour voir apparaitre des différences significatives qui sont la plupart du temps dues à des mutations des gènes plutôt qu'a des différences d'expression de ces gènes (la part des choses est donc assez évidement faite).

[Codepine]

En espérant que ça t'a éclairé!

Merci pour m'avoir éclairé....mais il y a toujours quelque chose qui m'échappe : je prends un exemple au hasard, les malacostracés. Il y a un clade avec des chélipèdes et un clade sans chélipèdes. La condition avec chélipèdes est dérivée. Dans le même milieu les deux peuvent cohabiter.
Puisqu'ils sont dans le même milieu, je ne vois pas quelle pression sélective a pu s'exercer sur une sous-population au point de faire émerger les pinces. En revanche je peux concevoir sans problème que les pinces sont apparues, juste suite à une ou à des mutations qui se sont exprimées dans le phénotype au cours du développement embryonnaire.
La nouveauté, en l'occurrence les pinces, sont apparues dans un ou quelques individus et cette nouveauté s'est répandue parce que cela a représenté un avantage, l'autre clade, celui qui demeure sans pinces, persiste toujours parce que le fait d'avoir des pinces n'est pas une meilleure façon pour survivre et se reproduire dans le milieu, il s'agit "simplement" d' une autre façon de s'adapter au même milieu. Par conséquent, sans pression de sélection initiale une nouveauté peut émerger.

Par contre, si l'apparition d'une nouveauté est vraiment impossible sans pression de sélection initiale cela signifierait que : une sous-population de malacostracés, sans chélipèdes, se retrouve, pour raisons diverses et variées, transportée et isolée dans un autre milieu, la pression de sélection, du nouveau milieu à coloniser, permet l'émergence des chélipèdes, et dans un deuxième temps, le nouveau clade, retourne, avec ses pinces, cohabiter dans le même milieu avec le clade dont il s'était détaché. Les deux peuvent cohabiter parce qu'il ne s'instaure pas une concurrence entre les deux clades, ils ont deux modes de vie différemment adaptés au même milieu.

Quel est le bon scénario?

[Codepine]

Pour être plus clair quand à ce qui est dicté ou pas par des gènes, la génétique, c'est ce que sont les gènes et l'épigénétique (ici, "d'auto-organisation"), leur expression (des gènes, encore) et la seule chose qui permet de la faire varier, ce sont les conditions dans lesquelles les gènes s'expriment (personnellement, je pense qu'un organisme se définit plus par ce qu'il est que par son environnement qui peut être partagé par de nombreux autres organismes totalement différent).

Il reste donc à voir si en faisant développer et naitre des organismes de mêmes parents dans divers endroits et conditions du globe on note des différences dans leur organisation embryonnaire et à ce moment on pourra dire que les conditions ou l'épigénétique d'auto-organisation a une influence notable mais jusqu’à présent, les humains restent des humains, les chiens des chiens, etc. ou qu'ils naissent, quelques soient les conditions.
Il faut vraiment avoir des conditions extrêmes (ex, radioactivité élevée), la plupart du temps non viables, pour voir apparaitre des différences significatives qui sont la plupart du temps dues à des mutations des gènes plutôt qu'a des différences d'expression de ces gènes (la part des choses est donc assez évidement faite).

L'endroit où l'organisme se développe c'est l'endroit ou se développe l'embryon. Il y a peut-être des déterminants cytoplasmiques au niveau de l'ovule, des variations dans le cytoplasme de l'ovule peuvent influencer l'expression des gènes. C'est ce que certains biologistes envisagent.
Il faut plus de gènes pour faire une amibe qu'un homme. C'est que les gènes ne sont pas rentabilisés de la même manière. Qu'est-ce qui rentabilise les gènes différemment ou davantage?
Qu'est-ce qui permet à une mutation, qui est restée jusqu'à un certain moment neutre, sans influence sur le génotype, de s'exprimer à partir d'un certain moment dans le phénotype, permettant ainsi l'émergence d'une nouvelle fonction et d'un nouveau caractère phénotypique?

Tout n'est que pression sélective???
Je dois avouer que la "pression de sélection" reste pour moi beaucoup plus insaisissable que certaines caractéristiques de la physique quantique.

[myoper]

Pour être plus clair quand à ce qui est dicté ou pas par des gènes, la génétique, c'est ce que sont les gènes et l'épigénétique (ici, "d'auto-organisation"), leur expression (des gènes, encore) et la seule chose qui permet de la faire varier, ce sont les conditions dans lesquelles les gènes s'expriment (personnellement, je pense qu'un organisme se définit plus par ce qu'il est que par son environnement qui peut être partagé par de nombreux autres organismes totalement différent).

Il reste donc à voir si en faisant développer et naitre des organismes de mêmes parents dans divers endroits et conditions du globe on note des différences dans leur organisation embryonnaire et à ce moment on pourra dire que les conditions ou l'épigénétique d'auto-organisation a une influence notable mais jusqu’à présent, les humains restent des humains, les chiens des chiens, etc. ou qu'ils naissent, quelques soient les conditions.
Il faut vraiment avoir des conditions extrêmes (ex, radioactivité élevée), la plupart du temps non viables, pour voir apparaitre des différences significatives qui sont la plupart du temps dues à des mutations des gènes plutôt qu'a des différences d'expression de ces gènes (la part des choses est donc assez évidement faite).

L'endroit où l'organisme se développe c'est l'endroit ou se développe l'embryon. Il y a peut-être des déterminants cytoplasmiques au niveau de l'ovule, des variations dans le cytoplasme de l'ovule peuvent influencer l'expression des gènes. C'est ce que certains biologistes envisagent.
Il faut plus de gènes pour faire une amibe qu'un homme. C'est que les gènes ne sont pas rentabilisés de la même manière. Qu'est-ce qui rentabilise les gènes différemment ou davantage?
Qu'est-ce qui permet à une mutation, qui est restée jusqu'à un certain moment neutre, sans influence sur le génotype, de s'exprimer à partir d'un certain moment dans le phénotype, permettant ainsi l'émergence d'une nouvelle fonction et d'un nouveau caractère phénotypique?

Tout n'est que pression sélective???
Je dois avouer que la "pression de sélection" reste pour moi beaucoup plus insaisissable que certaines caractéristiques de la physique quantique.

S'il existe des déterminants cytoplasmiques au niveau de l'ovule, ces variations dans le cytoplasme (sans même aborder l'idée que ces variations peuvent être elles mêmes dues aux gènes) donnent pourtant toujours exactement les mêmes auto-organisations quelques soient toutes les autres conditions modifiées par ailleurs, sauf les gènes, donc...

Le nombre de gène ne veut rien dire, ils suffit qu'ils interagissent les uns sur les autres pour qu'un petit nombre de gènes donne un plus grand nombre de combinaisons différentes qu'un plus beaucoup plus grand nombre de gènes interagissant moins les uns avec les autres (au passage, [le cytoplasme (etc.) de] l'amibe est très exposé, et donc extrêmement sensible, aux conditions extérieures - c.a.d autres que l'influence des gènes - et pourtant les amibes donnent toujours des amibes).
Ensuite, l'expression des mutations restées silencieuses reste vraiment à la marge dans ce mécanisme, sinon l'évolution se ferait à vue d’œil et ce, sans préjuger de la part de ces mutations versus celles qui s'expriment directement (et de toutes façons, l'évaluation des conditions ayant pu présider à l'apparition de tel phénotype ou telle caractéristique se fera au cas par cas).

[Codepine]

au passage, le cytoplasme (etc.) de] l'amibe est très exposé, et donc extrêmement sensible, aux conditions extérieures

Quand ils parlent de variations au niveau du cytoplasme, je ne pense pas qu'ils fassent uniquement référence à des influences du milieu, mais surtout à des variations indépendante du milieu : de la même façon qu'un gène mute, un composant du cytoplasme de l'ovule peut changer, peut s'altérer, de ce fait il entraîne une expression différente de certaine gènes, se fixer et devenir un facteur d'évolution.

Comment se fait-il que les amibes font toujours des amibes et les poules font toujours des poules? Comment un phénomène qui a tout l'air d'être déterministe et déterminé puisse être, à son niveau fondamental aléatoire? Ceux qui soutiennent ce genre de théorie ont des explications :

http://www.canal-u.tv/video/universi...leculaire.2532

Si l'expression différentielle des gènes était vraiment déterminée par des gènes maîtres ou programmeurs, bref par des gènes en amont, pourquoi on a des résultats expérimentaux comme ceux qui sont présentés dans l'article de la revue Nature, dont j'ai posté le lien? On dirait que les gènes des cellules pluripotentes s'expriment en fonction du milieu = phénomène d'hétéro-organisation. L'amibe n'est pas une cellule pluripotente d'un organisme pluricellulaire!

[myoper]

Quand ils parlent de variations au niveau du cytoplasme, je ne pense pas qu'ils fassent uniquement référence à des influences du milieu, mais surtout à des variations indépendante du milieu : de la même façon qu'un gène mute, un composant du cytoplasme de l'ovule peut changer, peut s'altérer, de ce fait il entraîne une expression différente de certaine gènes, se fixer et devenir un facteur d'évolution.

Je parle de toutes les variations possibles sans distinguer leurs causes (donc y compris celle des gènes, qui en effet, mutent et déterminent, au moins pour une grande part, le dit milieu) ; je suis alors certain que tous les "déterminants cytoplasmiques" seront tous pris en compte et les constatations restent les mêmes: "l'auto-organisation" ne change pas alors que la seule chose qui reste fixe sont les gènes.

Comment se fait-il que les amibes font toujours des amibes et les poules font toujours des poules? Comment un phénomène qui a tout l'air d'être déterministe et déterminé puisse être, à son niveau fondamental aléatoire? Ceux qui soutiennent ce genre de théorie ont des explications :

http://www.canal-u.tv/video/universi...leculaire.2532

Je suis désolé mais je n'ai pas accès aux vidéos, je préfère donc des références écrites (dont, au passage, la validité peut être un peu mieux appréciée).
De toutes façons, on pourra, en creusant de plus en plus aller jusqu'au niveau quantique (si c'est à ça auquel il est fait allusion et qui pourra toujours être prise comme base "aléatoire"* pour tout ce qui existe) des choses sans qu'on sache faire le lien et sans que ça modifie toutes les constatations (et lois) connues qui ne changent pas pour autant.

Si l'expression différentielle des gènes était vraiment déterminée par des gènes maîtres ou programmeurs, bref par des gènes en amont, pourquoi on a des résultats expérimentaux comme ceux qui sont présentés dans l'article de la revue Nature, dont j'ai posté le lien? On dirait que les gènes des cellules pluripotentes s'expriment en fonction du milieu = phénomène d'hétéro-organisation. L'amibe n'est pas une cellule pluripotente d'un organisme pluricellulaire!

Si c'est ce lien: http://www.nature.com/nmat/journal/v.../nmat3889.html, je ne vois pas en quoi ça invalide le fait que les gènes puissent être totalement maitres de l'organisation (c'est un peu comme si on pensait qu'un magnétophone n'enregistre pas lui même parce qu'on constate qu'il enregistre des choses différentes dans des conditions différentes) ou alors je n'ai pas compris ou vu le raisonnement qui était avancé avec cette référence dans ce cadre la.
Mais si j'ai bien compris le raisonnement, on peut faire exactement les mêmes remarques sur les cellules qu'on va faire devenir pluripotentes et aussi sur les cellules d'un organisme fini et vivant: les gènes s'expriment différemment en fonction de l'expression des autres gènes (c'est même le fonctionnement du système immunitaire humain - j’entends par la toutes les interactions, les milliards de signaux qui permettent à toutes les cellules et organes de communiquer entres eux à chaque instant, en fonction de ce que font les autres cellules et en fonction des modifications du milieu/circonstances - sans préjuger que quelque chose d'autre puisse intervenir).



* Acceptation du mot pris au sens général de ce qui est souvent objecté sur le sujet sans en préjuger la validité.

[JPL]

Deuxième rappel : on est bien loin de la question de départ.

En plus ces questions sur l'embryologie de la part de quelqu'un qui ne connaît pas du tout le domaine me font sourire par leur naïveté. Mais je ne m'embarquerai pas dans ce hors sujet.

[toothpick-charlie]

Je dois avouer que la "pression de sélection" reste pour moi beaucoup plus insaisissable que certaines caractéristiques de la physique quantique.

c'est curieux. Il me semble que c'est ce qu'il y a de plus clair dans la théorie telle que Darwin l'a formulée. Son interprétation des observations sur le pinsons des îles Galapagos a une simplicité biblique si j'ose dire.

[Cendres]

Il faut plus de gènes pour faire une amibe qu'un homme.

D'où sors-tu ça ? Je rappelle qu'il y a divers organismes ayant plus de gènes qu'un homme...relire ceci : http://www.futura-sciences.com/photo...-daphnie-5035/

[Cendres]

Comment se fait-il que les amibes font toujours des amibes et les poules font toujours des poules?

"Amibe" désigne un groupe polyphylétique, et assez imprécis...du coup, dire "les amibes font toujours des amibes" n'a pas grand-sens.
Les poules font encore des poules...pour l'instant...

M'enfin, auparavant, les oiseaux actuels constituaient une parte des "dinosaures"...ça relativise beaucoup ce type de remarque.