C'est quand même un peu évident non?Envoyé par Geb
Une espèce est un espace phénotypique (et génétique) à n dimensions. La sélection agit dans cet espace. On comprends aisément que l'espace phénotypique au temps t+1 sera influencé par l'espace phénotypique au temps t. Pour peu que ce changement dans cet espace soit héritable ... hop, on a ce que l'on peu appeler l'évolution!
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
pour bien faire il faudrait mettre bout à bout tous les génomes de tous les êtres vivants de façon à créer un trèèèèès long vecteur, et considérer l'évolution comme une marche aléatoire dans l'espace de ces vecteurs... (et encore, à cause des naissances et morts, et aussi des indels, duplications, polyploïdie, etc, la dimension du vecteur change à chaque instant).
Je suis d'accord, mais encore une fois, il faut tenir compte de l'époque à laquelle la publication avait été publiée. Il faut bien se rendre compte que la publication de Maynard Smith est justement une réponse à une autre publication apparue l'année précédente (en 1969 donc) de la main de Frank Salisbury. Je n'ai malheureusement pas la possibilité de lire la publication de Salisbury, mais le résumé de la publication de Maynard Smith est plutôt claire à son sujet.
Je pense que relire la célèbre publication intitulée "Non-Darwinian Evolution" (publiée en 1969) de Jack Lester King et Thomas H. Jukes, est indispensable pour se replacer dans le contexte du débat entre sélectionnisme et neutralisme. Les propos de George Gaylord Simpson, cités dans ce papier, sont vraiment stupéfiants à mes yeux. On est pas habitué à notre époque à une vision aussi fermée de l'évolution :
À noter que l'expression "Non-Darwinian Evolution" employée à l'époque par King et Jukes a été remplacée rapidement par "Neutral theory of molecular evolution". Il existe encore des personnes qui utilisent l'expression "d'évolution non-darwinienne", comme Michael Denton par exemple, mais ces gens sont créationnistes et l'expression dans ce contexte veut dire tout autre chose.The idea of selectively neutral change at the molecular level has not been readily accepted by many classical evolutionists, perhaps because of the pervasiveness of Darwinian thought. Change in DNA and protein, when it is thought of at all, is thought to be limited to a response to activities at a higher level. For example, Simpson (1) quotes Weiss (2) as stating that there is a cellular control of molecular activities, and Simpson adds that there is also an organismal control of cellular activities and a populational control of organismal activities, and concludes (1):
The consensus is that completely neutral genes or alleles must be very rare if they -exist at all. To an evolutionary biologist, it therefore seems highly improbable that proteins, supposedly fully determined by genes, should have nonfunctional parts, that dormant genes should exist over periods of generations, or that molecules should change in a regular but nonadaptive way . . . [natural selection] is the composer of the genetic message, and DNA, RNA, enzymes, and other molecules in the system are successively its messengers.
We cannot agree with Simpson that DNA is a passive carrier of the evolutionary message. Evolutionary change is not imposed upon DNA from without; it arises from within. Natural selection is the editor, rather than the composer, of the genetic message. One thing the editor does not do is to remove changes which it is unable to perceive.
Pour finir, je dirais après la lecture du papier de Dryden et al. (2008), que les bases du concept introduit par Maynard Smith en 1970 ne sont plus considérées comme valides, et qu'il se pourrait fort bien que, je cite :
How much of protein sequence space has been explored by life on Earth? (Dryden et al., 2008)
Cordialement.Therefore it is entirely feasible that for all practical (i.e. functional and structural) purposes, protein sequence space has been fully explored during the course of evolution of life on Earth (perhaps even before the appearance of eukaryotes).
Dernière modification par Geb ; 18/03/2014 à 17h58.
Pour ta dernière référence, tu n'es pas à jour
http://www.nature.com/nature/journal...ture09105.html
Dryden fait la même impasse que JMS : il ne considère qu'une protéine à la fois. Or la même protéine peut apparaitre 2 fois au cours de l'évolution, si ce n'est pas dans le même environnement, les conséquences seront différentes. Il reste encore beaucoup de place pour la contingence.
Sans compter que l'on sait maintenant que la corrélation entre Nombre de gènes et Nombre de protéines est très faible. Il existe très peu de liens entre la diversité génotypique et la diversité phénotypique.
Les raisons sont multiples, mais je dirais que la première explication (et qui ne va cesser de grandir) en est le nombre toujours croissant de découvertes qui sont faites sur les facteurs de transcription (promoteur, enhancers), les ARN, etc ...
A mon avis, on a pas fini de découvrir que l'ADN poubelle n'est pas si "poubelle" que ça!
(Une amie actuellement en fin de doctorat de biologie moléculaire m'expliquait encore il n'y a pas longtemps qu'il y a 9% de l'ADN non codant qui est constitué d'enhancer. Ce sont des petites séquences, en amont du promoteur, qui apparemment codent pour des ARN, qui régule la transcription des gènes en aval).
EDIT: Ok, je viens de m'apercevoir qu'on parle des protéines, et non du génome ... oubliez ce message à côté de la plaque!
Dernière modification par shmikkki ; 19/03/2014 à 15h33.
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
Et en plus, tu es sur terrain glissant
Je répète : il y a eu des duplications entières du génome dans la lignée des chordés qui est à l'origine des vertébrés, les duplications ont évolué, ce qui a permis a ces duplications d'exprimer des nouvelles fonctions dont la formation de la crête neurale. Tous les caractères dérivés propres aux vertébrés et qui les différencient des chordés plus basals, se forment, au cours du développement embryonnaire, à partir des cellules de la crête neurale. La majeure partie des gènes qui s'expriment dans la crête neurale n'existent pas chez les chordés basals (ascidies et amphioxus).
Dans les lignées, qui dérivent du chordé ancestral, et qui sont resté basales dans leur plan d'organisation, il n'y a jamais eu de duplication. A l'origine des grandes innovations il y a toujours des duplications. Les chordés basals ont évolué et continuent d'évoluer depuis le Cambrien et plus aucune duplication ne s'est produite, ça mérite une explication, à mon avis.
Ce sont des expériences que l'on ne peut pas faire en laboratoire! La macro-évolution n'est pas observable, elle est inférée.
Dernière modification par Codepine ; 19/03/2014 à 23h50.
Les événements extérieurs certainement pas, mais les événements intérieurs certainement oui, du moins dans une certaine mesure, tout le monde sait très bien qu'il y a des contraintes internes : les chevaux n'auront jamais des ailes!
Pourquoi les mêmes gènes, souvent, ont des fonctions différentes dans des espèces différentes? Parce que cela dépend aussi de comment ils s'expriment et du contexte dans lequel ils s'expriment. Et par contexte j'entends l'organisme dans son ensemble. Pour reprendre une comparaison de Denis Noble : les gènes sont les musiciens et l'organisme est le chef d'orchestre. Un gène sorti de son contexte ne signifie absolument rien.
N'importe quoi!!!
Ce n'est absolument pas mon discours a être beaucoup plus subtil. Ce sont les mécanismes évolutifs qui sont beaucoup plus complexes et subtils de ce que la Théorie dit et prévoit.
Certains biologistes n'hésitent pas à comparer Darwin à Newton. Mais il a fallu Einstein pour résoudre les problèmes irrésolus et cependant il faudrait encore autre chose, même Einstein ne suffit pas! (supercordes? boucles?).
La Théorie de l'évolution actuelle est à l'évolution ce que la théorie de la gravitation de Newton était à la gravitation. La Théorie de l'évolution, depuis Darwin, a évolué et s'est enrichie certes, mais elle attend encore sa révolution einsteinnienne, dont elle a, à mon avis, un grand besoin.
Dernière modification par Codepine ; 20/03/2014 à 00h29.
Rapidement, non, parce que d'une part, elle ne les "prévoit" pas au sens ou vous voulez l'imposer, elle les constate ou les infère (message 126) et d'autre part, c'est vous qui décrivez subjectivement ce que vous présentez comme "trop" subtil et ce que la théorie propose comme "pas assez" subtil puis vous présupposez que la théorie en question n'explique pas votre jugement de valeur, ensuite, ce que vous soulevez ne l'est que par vous, uniquement sur la base de votre jugement de valeur (trop, pas assez, etc.) et enfin, puisque la théorie explique ce que vous relevez (elle est même fondée dessus), comment expliquez vous qu'elle ne l'explique pas (c'est comme si vous alliez acheter un véhicule conçu et testé pour se déplacer et qu'il soit démontré et surtout constaté qu'il le fasse bien dans tous les cas et que vous affirmiez au vendeur que ce véhicule ne vous permet pas de se déplacer parce que vous considérez vos déplacement comme trop "subtils" de votre point de vue, alors que ça reste des déplacement comme le véhicule fait) ?
En résumé, le point de vue est du même odre que celui exposé ici, c'est un point de vue subjectif qui exige d'être expliqué par la théorie sous peine de nullité, d’insuffisances ou d’erreurs de cette dernière.
Ce ne sont pas les duplications qui évoluent...elles sont un facteur d'évolution, parmi d'autres.
Ah bon...et jamais de mutations affectant des fonctions majeures, de mutations sur des gènes architectes, jamais d'évènements externes majeurs affectant profondément l'évolution ?
Peut-être qu'on en aura une. Peut-être y-a-t-il déjà des hypothèses dans toutes les publis sur le sujet.
Je ne vois pas bien en quoi tout ça répond à mes questions initiales d'une mesure, quantification, de la complexité ou simplicité d'un génome.
Voilà, donc comment peux-t-on affirmer quelque chose de non testable?
Elle est observable au moins indirectement. Les progrès de la génétique moléculaire ont mis à jour les gènes architectes, par exemple les gènes Hox. D'où les mutants homéotiques, bien étudiés, qui voient leur plan d'organisation chamboulé par une mutation affectant un gène de ce type.
Dernière modification par JPL ; 21/03/2014 à 20h56. Motif: modification d'une balise
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
Ca n'a plus grand-chose à voir avec un "passé evolutif", alors...celui-ci n'a d'ailleurs jamais empêché des innovations ou des pertes de fonctions voir d'organes.
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
C'est-à-dire, plus précisément?
C'est une impression personnelle, pourquoi pas...
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
Je vois bien quelqu'un disant il y a quelque cent millions d'années "les xyz (vague ressemblance avec une musaraigne (1)) n'auront jamais des ailes", ou il y a plus longtemps "les dinosaures n'auront jamais des ailes", etc.
(1) Notons que les chauve-souris seraient plus phylogénétiquement proches des chevaux (ou des baleines) que des musaraignes actuelles...
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Je t'ai répondu plusieurs fois sur le rapport macro-évolution / micro évolution. Il n'y a aucun bug de ce côté là, la théorie explique très bien les faits! Et non les impressions, comme tu semble en avoir. L’explication de Myoper est exacte ... une théorie n'a pas vocation a expliquer des impressions subjectives.
Ton problème avec la macro évolution est le même que quelqu'un disant que l'histoire n'est pas une science. Dire que César à gagné la bataille à Alésia en -52 avant J.C ne peut être vérifié. Par aucun moyen on ne pourra élaborer une expérience en laboratoire pour vérifier ça .... penserais-tu que c'est pour autant faux?
DONC, une dernière question: Quelle est la différence pour toi entre reconstituer la date et le lieu de la bataille l'Alésia grâce aux outils archéologiques, et reconstituer un arbre phylogénétique grâce aux outils moléculaires?
Je suis vraiment curieux de la réponse.
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
Notons que pour le sujet du fil, c'est très intéressant: Codepine n'hésite pas à dire que la théorie de l'évolution attends son Einstein (1), beaucoup de "faits" (impressions subjectives) n'arrivent pas à être expliqué par la théorie (lien macro-micro évolution ... ce qui et faux).
Mais pourquoi alors ne pas s'attaquer à la relativité générale qui n'arrivent pas à expliquer ce qui se passe dans un trou noir?
C'est quand même intéressant la facilité avec laquelle la théorie de l'évolution se retrouve sous le feu des tirs et de la critique (souvent due à diverses lacunes).
(1): En fait il y a eu une petit révolution depuis Darwin dans les années 30: La théorie synthétique de la l'évolution (avec quand même une nouvelle définition de l'hérédité!)
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
On peut même y ajouter la théorie synergique de l'évolution.
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
Les génome évoluent (évolution = changement)
Evolution moléculaire, évolution des gènes et des génomes : une duplication évolue (mutations, changements) et devenir ainsi apte à exprimer une nouvelle fonction.
La duplication est une redondance et de ce fait elle peut évoluer très rapidement parce que la fonction est assurée par le gène originel.
Certaines publications récentes laissent de plus en plus entendre que l'embryogenèse serait davantage un phénomène d'auto-organisation qu'un phénomène commander par les soit disant "morphogènes".
Je n'ai jamais dit qu'elle n'est pas observable indirectement, cela ne nous permet pas pour autant d'en connaître tous les mécanismes. Dans son livre Evolution Futuyma y affirme que les mécanismes et les facteurs de l'évolution ne sont pas encore complètement élucidés.
Les gènes Hox sont extrêmement conservés justement à cause des contraintes liées au développement.
Futuyma, dans Evolution, parle aussi des contraintes, elles sont liées au développement embryonnaire, ils parle aussi des contraintes phylogénétiques, l'histoire de l'organisme, de son développement, des contrainte liées à l'histoire de son génome. Ces contraintes ont un rôle important dans l'évolution. Michel Morange dans son livre La vie, l'évolution, l'histoireen parle aussi.
Je me suis mal expliqué pour cheval : il ne pourra pas avoir des ailes comme Icare, de même que l'homme ne peut pas développer, par des mutations, des ailes comme des anges(Richard Dawkins).
Reconstituer la date, le lieu et le déroulement de la bataille d'Alésia est une chose. Tout autre chose est d'en connaître tous les facteurs qui l'ont déterminée, qui l'ont provoquée.
Mais je pense que je n'ai toujours pas été compris. Je n'ai aucun problème avec la macro-évolution.
Ce qui, pour moi, pose problème c'est le fait que malgré les temps géologiques et les mutations, les clades n'engendrent plus de nouveaux clades. Un clade, au cours de son histoire évolutive, engendre uniquement deux nouveaux clades et une seule fois. On ne sort du clade que chez deux sous-populations et une seuel fois.
Je peux dire, en gros, que mon problème, en réalité, n'est pas la macro-évolution, mon problème est la stabilité des clades au cours des temps géologiques.
Non. Elle provoque une évolution, mais elle-même n'évolue pas. La cause d'un évènement n'est pas en soi l'évènement.
Par exemple ? Pour le reste, quel rapport avec les duplications, dont nous parlions ?
Quand à utiliser l'expression "soi-disants morphogènes", encore faudrait-il que l'existence et le rôle de ceux-ci soient définitivement invalidés.
Je n'ai en effet jamais prétendu qu'on en connaissait tous les mécanismes ; encore une fois, aucun scientifique en Biologie de l'Evolution ne prétend qu'on a déjà tout expliqué sur tout; c'est pas pour ça d'ailleurs qu'on peut imaginer tout ce qu'on veut pour expliquer ce qui attend de l'être.
C'est un truisme.
Là non plus, je ne dis pas le contraire.
Dernière modification par Cendres ; 24/03/2014 à 11h42.
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
Je pense que ce qui n'est pas compris dans tes écrits par les participants, c'est en quoi ce serait un problème, par rapport à la Biologie de l'Evolution. Celle-ci ne postule à aucun moment que des lignées, des clades doivent absolument en générer d'autres, notamment à telle ou telle fréquence, sans période de "stabilité" (terme à préciser), ni de radiations évolutives intenses.
Il va falloir que tu précises ce qui pour toi sont les "temps géologiques" (ce qui, tel quel, reste vague et sujet à beaucoup d'interprétations pour tous les participants).
Ne pas oublier aussi que l'on découvre chaque année de nouvelles espèces...quelquefois cela amène aux niveaux taxonomiques supérieurs : nouvelle classe, nouvel ordre à créer...on ne pourrait du coup, en toute logique, décréter qu'il n'y pas eu d'apparition d'un nouveau clade récemment (terme à définir, préciser), que si l'on connaissait toutes les espèces actuelles (et celle très récemment disparues).
Il faudrait ensuite montrer en quoi ça constitue un problème vis-à-vis de la Biologie de l’Évolution actuelle, en quoi ce fait serait en porte-à-faux par rapport à ce qu'elle énonce et prédit.
Sinon, il n'y a que pour toi, dans cette discussion, qu'il y a un souci; et visiblement, personne ici n'arrive à le cerner, ce souci.
Dernière modification par Cendres ; 24/03/2014 à 11h43.
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
@Codepine : Il faudrait également expliquer plus clairement ce que vous entendez par clade, parce que depuis le début de la discussion, il y a un joyeux mélange de groupes de différents niveaux taxonomiques, de groupes monophylétiques, paraphylétiques ou polyphylétiques. Je ne vois pas trop ce qui permet d'affirmer que "les clades n'engendrent plus de nouveaux clades" ou qu'un "clade engendre uniquement deux nouveaux clades et une seule fois".
En plus, il ne faut pas oublier qu'au Paléozoïque, il y avait de nouveaux milieux à coloniser, de nouvelles niches écologiques qui apparaissaient... Difficile de comparer avec les périodes plus récentes.
Bonjour Codepine, bonjour à tous,
Mais c'est justement l'objectif de la plupart des études de biologie évolutive (savoir la part entre dérive et sélection pour l'apparition d'une nouvelle lignée / espèce / famille / etc ...). Et oui, c'est difficile et compliqué, la route est longue ... mais en quoi cela est-il gênant?
Je t'ai répondu 3 ou 4 fois, mais de toute évidence ma réponse n'était pas claire ou tu ne l'a pas lu: Par quelle miracle voudrais-tu que les clades soient stables au cours des temps géologiques???!!
Est-ce-que tu te rends compte qu'il n'y a que toi que ça dérange?
Sous-entendu: Contrairement à ce que tu tends à insinuer, ce que tu mets en avant n'est pas une "zone d'ombre" de la théorie de l'évolution, puisque la théorie ne prédit pas que les clades soient stable au cours des temps géologiques!
(Sans compter que ça fait 3 fois que je répète: Tu n'en sais rien puisque la très grande majorité des espèces ayant vécues sur la Terre ont disparues sans laisser de traces ... mais ça encore tu n'as même pas relever, malgré le fait que je le répète depuis 3/4 post.)
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Si! si !!!
http://www.dunod.com/sciences-techni...tion-moleculai
Un exemple, parmi d'autres, qui peut être interprété dans le cadre de l'auto-organisation, ce ne sont pas les gènes qui déterminent le destin des cellules, c'est le milieu qui détermine quels gènes doivent s'exprimer. La cellule s'adapte au milieu en exprimant les gènes qui lui conviennent selon le contexte dans lequel la cellule se trouve.
http://www.nature.com/nmat/journal/v.../nmat3889.html
C'est justement pour cela que la stabilité me pose problème, surtout sur des temps géologiques.
Disons que je la trouve une réponse peu convaincante.
Je n'en sais strictement rien! si j'en savais quelque chose je ne me poserais pas le problème. Peut-être que cela est dû au fait que les organismes vivants sont "tiraillés" entre un mécanisme qui cherche à en assurer la stabilité et un autre qui à tendance à en favoriser le changement......
Et alors?! Il se pourrait bien que ce soit moi qui ai mal compris quelque chose. Je suis venu ici juste pour savoir si quelqu'un pouvait m'éclairer.......en vain
Je ne vois pas en quoi me présenter le résumé et la couverture d'un livre contredisent ce que je dis. Quand tu as une duplication, tu double (triple, quadruple...) le nombre de chromosomes. Cet évènement n'évolue pas en lui-même...il peut provoquer une évolution. C'est pas pareil. De la même façon, un évènement de mutation (par exemple une erreur de nucléotide) n'évolue pas lui-même; il se produit, c'est tout. Par contre, il peut provoquer une évolution.
Je trouve ton explication assez confuse, ou alors tautologique. Il faudrait alors que j'achète l'article, pour mieux voir, mais en quoi l'abstract mettrait de côté les gènes, comme tu sembles l'affirmer ?
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
Pris tel quel, je ne pense pas que c'est ce que shmikkki voulait dire...mais plutôt, comme je te l'ai déjà dit : la Biologie de l'Evolution ne prévoit rien de particulier pour l'apparition de nouveau clades, en terme de fréquence, de période de stabilité ou non. Le fait que certaines lignées ne voient pas, à notre connaissance, d'émergence de nouveaux clades sur 15000 ans ou 15 millions d'années, ne pose en sio aux biologistes aucun problème particulier. Idem, à l'inverse, pour une intense radiation et spéciation en quelques centaines de milliers d'années.
Ca, c'est le jeu subtil des différentes pressions de sélection...attention, car cela peut donner l'apparence de la stabilité, si on s'arrête à un examen superficiel de la morphologie (cas des requins, par exemple).
Je redemande aussi : qu'appelles-tu les "temps géologiques"? Que seraient des temps qui ne seraient "pas géologiques"? Par rapport à quel référentiel, et sur quelle(s) justification(s)?
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
Aucun mécanisme ne cherche le changement ni la stabilité.
Il faut des fois repartir à la base, quels sont les forces évolutives?
- La dérive génétique
- La sélection
- La mutation (quasi inexistante).
La dérive et la sélection (lorsque elle n'est pas diversifiante) tend à diminuer la variabilité génétique dans une population / espèce.
Pour former une nouvelle espèce, il faut qu'il y est spéciation sympatrique (jamais observée en ma connaissance) ou allopatrique. Allopatrique veut dire qu'il y est un isolement reproducteur physique et géographique entre 2 populations de la même espèce.
Si l'environnement n'est pas le même entre les 2 populations, alors il va y avoir de l'adaptation locale (sélection différente entre les 2 populations), qui va contribuer à différencier encore plus les deux populations. La dérive va faire de même. Seul le flux génique (la migration) entre les deux populations peut freiner leur différenciation.
Bon, maintenant que l'on a grossièrement les mécanismes mis en jeux dans la spéciation, il faut se demander si ce corpus théorique permet de prédire ou non la stabilité ou la non stabilité des clades observés dans un contexte de macro-évolution. De toute évidence non ....
A la limite, on va avoir une influence de la capacité de dispersion de l'espèce (influence la migration). On va aussi avoir une forte influence du temps de génération de l'espèce. Mais sinon, je ne vois pas de prédiction notable.
DONC pour résumer, le taux de diversification d'un clade va dépendre de:
- L'environnement (drive la sélection, et donc la diversification phénotypique).
- La dispersion (souvent différente entre les espèces)
- Le temps de génération
- Surement d'autres paramètres que j'ai oublié.
Bref, c'est un joyeux bazars, et de toute évidence la théorie de l'évolution ne permet pas de faire de prédiction robuste (et c'est normal au vu du nombre monstrueux de paramètres). Mais ... est-ce pour cela qu'il faut en appeler à une faiblesse de la théorie?
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
Argumentation qui présuppose, outre un jugement de valeur personnel sur le terme de stabilité, que l'évolution soit terminée, finie.
Oui bien sur, mais "en fonction" des gènes exprimés sinon ça voudrait dire qu'on aurait exactement le même résultat avec n'importes quels gènes, voir sans gènes du tout.
Je crois que Codepine na voit pas la duplication comme l'action de dupliquer mais y voit le résultat (plusieurs gènes la ou il y en avait un seul), ce qui pourrait expliquer cela...
