Bonsoir pouvez vous vérifiez si ce que je dis est vrai ?
Les liaisons entre acides aminés apolaire sont les liaisons de van der waals
Les liaisons entre acide aminé polaire non chargé sont les liaisons hydrogènes (serine)
Mais alors pour les liaisons covalentes et ioniques quels sont les acides aminé concernés ?
Merci
Pour les liaisons covalentes, elle ne concernent que le "backbone", c'est a dire le lien entre les AA dans le sens de la structure primaire, ou les pont disulfure pour le structure tertiaire par réaction entre deux cystéine.
Les liaisons ionique concerne les AA ionisable, dans une forme chargée. Les résidus ionisable sont ceux ayant un pKa pour leur side chain.
Notent que l'environnement dielectrique au cœur de la protéine peut largement changé le pKa.
La cysteine est un acide aminé polaire non chargé non ? Dans ce cas pourquoi il n'est pas comme la serine lié par liaisons H ?
Salut
Peut être parceque la cistercien possède un S et crée des ponts disulfures?
YOyo
Dans le plupart des cas c'est le cas. Mais la Cysteine a également la possibilité de se lier avec une autre cystéine par oxydation (pont disulfure mentionné dans mon premier message). Dans ce cas les cystéines seront liées entre elle par une liaison covalente.
R-SH + HS-R = R-S-S-R + 2H
Cette réaction peut être importante dans la stabilité de la structure native, mais on cherche en générale a l'éviter en laboratoire, car elle conduit souvent a une dimérisation peu réversible et a l'agrégation.
Si le milieu est réducteur, cette réaction n'interviendra pas. Pour étudier et éviter l'agrégation de protéine riche en cystéines, on utilise donc des agent réducteur (TCEP ou DTT la plupart du temps).
A noter que le nom de l'acide aminé change lors de cette réduction : deux cystéines liées sont en fait des cystines selon la nomenclature.
Attention, là on ne parle que de protéines, mais des peptides et acide aminés, il y en a ailleurs.
Ainsi, dans le peptidoglycane bactérien, on trouve des liaisons entre acides aminés dont un clivage différent le la liaison peptidique.
Petite illustration avec une alanine (à gauche) clivée avec la chaîne latérale d'une lysine d'un peptide (à partir du NH) :
Retenir que des clivages sont quand même un cas particulier dans les liaisons entre acides aminés.
PS : L'alanine est transformée en alanyl-.
