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Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)



  1. #1
    RoseLouise

    Question Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    Bonjour,
    j'ai réalisé un TP de pharmacologie qui concernait l'étude des interactions ligand-récepteur. Pour cela, nous avons utilisé la méthode dite de déplacement. Elle consiste à observer le déplacement de la courbe de fixation d’un ligand connu et marqué, lorsque le ligand d’intérêt est ajouté, à différentes concentrations.

    La fixation du ligand d’intérêt, ligand E, est étudiée pour six concentrations différentes : 1E-10, 1E-09, 1E-08, 1E-07, 1E-06 et 1E-05 M. Deux autres tubes à essais sont également préparés : l’un pour quantifier les liaisons totales (LT) et l’autre pour quantifier les liaisons non spécifiques (NS).

    Voici les valeurs obtenues après scintillation liquide pour l'activité totale dans 50µL (AT) :

    Sans titre2.jpg

    Ma première question est : comment déterminer la concentration en ligand fixe à partir de l'activité totale ?

    Pour le moment, voici les calculs que j'ai réalisé : l'activité totale est de 111044 DPM dans 50µL soit 2.47E+17 Ci dans 50µL ou 4.94E+15 Ci/µL soit 8.82E+13 mmol/µL.

    Est-ce correct ? Cette valeur me parait bien trop grande...

    P.S : je suis passée des DPM aux Ci en multipliant les DPM par 2.22E12, et des Ci aux mmoles en divisant par RAS qui est de 56 Ci/mmol.

    Cordialement,
    Rose.

    -----

    Dernière modification par RoseLouise ; 22/11/2014 à 12h14.

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  3. #2
    RoseLouise

    Re : Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    Ensuite je dois tracer une courbe représentant la liaison spécifique du radioligand en fonction du log de la concentration en ligand compétiteur non marqué. Comment calcule t-on ces valeurs ?

  4. #3
    RoseLouise

    Re : Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    Je sais que pour obtenir la liaison spécifique (LS) je dois soustraire à la valeur de la liaison totale (LT) la valeur de la liaison non spécifique (LNS) mais je ne possède qu'une seule valeur de LT et LNS alors comment puis-je tracer une courbe ?

  5. #4
    RoseLouise

    Re : Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    La valeur que je calcule en faisant LS = LT - LNS est la valeur de LS lorsque [Ligand compétiteur] est nulle (LS de mon ligand radioactif (RX*) =100%).
    Avec les données expérimentale cela me donne : LS = 1879,15 - 92,63 = 1786,52 DPM.

    Si je prend la valeur obtenue après scintillation liquide pour [Ligand compétiteur]=1E-10, et qui est de 1636,93 DPM, alors 1879,15 - 1636,93 = 242.22 est la LT de RX* et donc 242,22 - 92,63 (LNS) = 149,59 est ma LS pour une concentration de 1E-10 en ligand compétiteur ?

    Pour généraliser : LS = LT - liaison du ligand compétiteur - LNS (tout en DPM) ??
    Dernière modification par RoseLouise ; 22/11/2014 à 15h45.

  6. #5
    RoseLouise

    Re : Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    Je viens de m'apercevoir d'une erreur : en réalité LS et toujours égale à LT - LNS, on ne connait pas la liaison en ligand compétiteur puisque celui-ci n'est pas marqué !

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    RoseLouise

    Re : Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    Voici les courbes que j'ai déjà put tracer :

    Sans titre (1).png
    Sans titre (4).png

    La seconde est la linéarisation des données, une astuce pour trouver la valeur de l'IC50 : qu'en pensez-vous ?

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  10. #7
    RoseLouise

    Unhappy Re : Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    Bonjour !

    Pour le moment, voici les calculs que j'ai réalisé : l'activité totale est de 111044 DPM dans 50µL soit 2.47E+17 Ci dans 50µL ou 4.94E+15 Ci/µL soit 8.82E+13 mmol/µL.

    Est-ce correct ? Cette valeur me parait bien trop grande...

    P.S : je suis passée des DPM aux Ci en multipliant les DPM par 2.22E12, et des Ci aux mmoles en divisant par RAS qui est de 56 Ci/mmol.
    Aucun avis là dessus ? J'en ai besoin pour passer à l'étape d'après qui est le calcul du KI !
    Je vous informe que j'ai également trouvé un IC50 de 2.8145.E-08 mol/L. Qu'en pensez-vous ?



    Rose.
    Dernière modification par RoseLouise ; 25/11/2014 à 07h47.

  11. #8
    RoseLouise

    Re : Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    Je me demande également quoi faire avec ma valeur de KI au final ? Que conclure ? Comment savoir si l'affinité de mon ligand inconnu est grande ou pas ?

  12. #9
    noir_ecaille

    Re : Relations ligand-récepteur : binding (scintillation liquide)

    Il faudrait qu'un pratiquant de la scintillation passe ^^;

    Bonne rectification en #5.

    Par contre, qu'est-ce que vous mesurez en mesure directe dans votre première courbe ? C'est peut-être parce que je ne connais pas la scintillation, avec les DPM et Ci, que j'ai du mal à interprêter ^^;
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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