Bonjour,

Dans le cadre de mon stage, je suis amené à réaliser une purification de l'ADN extrait de tissus FFPE. Suite à ma purification, j'ai réalisé une mesure de la concentration en ADN et de la teneur en contaminants au NanoDrop, ainsi qu'une mesure au Qubit afin de déterminer la concentration en ADNdb.

J'ai bien compris que le NanoDrop surestime la concentration en ADN, puisque l'ARN absorbe à la même longueur d'onde, raison pour laquelle une analyse au Qubit est indispensable.

Ce qui m'échappe provient d'une étude : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3970103/

Ils y expliquent que la concentration en ADN ainsi que la pureté de l'échantillon ont été mesurées au NanoDrop et que le "rendement" en ADN a été déterminé au Qubit. Dans les résultats, le "rendement" est donné en ng et la concentration en ng/ul.

Je ne suis pas sur de comprendre ce qu'ils entendent par " DNA yield ", ni l'intérêt de donner les valeurs de concentrations fournies par le NanoDrop, alors qu'ils ont réalisé une mesure au Qubit...Je pourrais comprendre que l'on fasse le rapport Qubit/NanoDrop, pour déterminer la proportion d'ADN de bonne qualité, mais ça ne semble pas être le cas...

Concernant mon stage : je suis censé développer une méthode d'extraction à partir de tissus FFPE en vue d'une CGH. Quelles valeurs me conseilleriez vous de donner dans mon rapport? La concentration au Nanodrop+celle du Qubit? Seulement le Qubit? Ou bien un rapport entre les deux?

De la même façon, ils expliquent ici : http://france.promega.com/resources/...-a-dna-sample/ le calcul réalisé par le NanoDrop. Je ne comprends pas de quel facteur de dilution ils parlent...Ne mesure t'il pas seulement la concentration en acides nucléiques contenue dans la goutte déposée?

Bon, je ne m'étalerai pas plus pour l'instant, mais je vous serais vraiment très reconnaissant de venir discuter un peu de tout ça avec moi..

Sincèrement,

tic-tic