bonjour,
je recherche des renseignements sur l'identification des bacteries (lactobacilles) par PCR - DGGE
avant de me lancer dans l'analyse d'article anglophone je prefere mettre à jour mes connaissances (je ne suis pas biologiste)
donc si vous avez des connaissances sur le sujet, un bon bouquin, un auteur de reference, ou n'importe quoi, meme le B A - BA je suis preneur
merci
Salut!
Ok, je pense qu'en fait les auteurs amplifient l'ARNr16S des bactos par PCR (et après rétro transcription bien sûr) puis font une électrophorèse DGGE pour séparer ces différents ARNr16S (rétrotranscrit en ADNc)! La DGGE te permet globalement de séparer différents ADN de même taille selon leur séquence.
C'est en général ce qu'on fait en métagénomique pour savoir combien on a d'espèce dans un milieu.....
Tu peux nous en dire plus sur la publie en question et sur ce que tu dois faire avec??
A+
Vinc
le but est de metre au point un protocole utilisable en routine pour identifier la sous espece d'apartenence d'un lactobacille.
l'idee est de baser l'analyse sur le gene rpoβ comme dans les travaux de C. mollet
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/q...t_uids=9426137
Salut!
Ok donc c'est ce que je t'ai dit (ou plutôt écrit) dans mon premier message sauf qu'ils utilisent RopB et pas le 16SrRNA. Le but étant d'inover et de tester un nouveau gène succeptible d'être utiliser comme le 16SrRNA....
Pour ce qui est du protocolle, je pense que c'est à peu près celui que je t'ai mis dans mon premier message, mais tu dois avoir leur proto détaillé dans la partie "Materials and Methods"...
A+
Vinc
