Bonsoir,
J'ai un gros doute.
La technique du saut d'exon fait intervenir des oligonucléotides antisens qui vont s'hybrider à l'ARNm complémentaire pour que le ribosome saute l'exon muté durant la traduction ou bien cette technique ne cible que le phénomène d'épissage (ce que je vois partout) ?
Car en fait pour moi c'était la traduction et aussi l'épissage donc je ne sais plus...
J'espère que vous pourrez m'éclaircir.
Bonsoir
Non, pas de phénomène d'ARN interférent dans ce processus (ce qui mènerai à la dégradation du transcrit si c'était le cas, et non pas à un épissage alternatif)
d'ailleurs tu parles de ribosome, mais il ne faut pas oublier que l'épissage se fait dans le noyau, (la traduction, elle, dans le cytoplasme)
le ribosome ne va pas sauter l'exon, l'exon va tout simplement être absent de l'ARNm mature à cause d'un phénomène d'épissage alternatif
Edit:
au temps pour moi, j'étais sur le phénomène naturel, je me suis dit près coup que tu parlais peut être de technique de laboratoire plutôt que de l'épissage alternatif?
si c'est le cas, alors oui il y a utilisation d'oligonucléotides, ou bien de morpholinos (bases non naturels, cycle différent mais meme fixation complémentaire)
Dernière modification par Loupsio ; 20/02/2016 à 23h43.
Merci pour ta réponse.
Donc ok je me suis trompé...
Je sais que l'épissage c'est dans le noyau mais je pensais réellement que ce phénomène ciblait l'ARNm lors de la traduction pour que le ribosome ne traduise pas la partie mutée.
Par contre si l'exon est enlevé le reste de la traduction risque d'être hors phase de lecture, non ?
Ah désolé j'ai dû mal m'exprimer.
Oui je parle de la technique de labo, par exemple pour traiter la maladie de Duchenne.
Je cherche à savoir si l'oligonucléotide antisens qu'on introduit se fixe de manière complémentaire à l'ARNm de la dystrophine (par exemple) pour éviter que le ribosome traduise l'exon muté ou si ça agit uniquement au niveau de l'épissage.
ca agit au niveau de l'épissage pour forcer l'épissage alternatifJe cherche à savoir si l'oligonucléotide antisens qu'on introduit se fixe de manière complémentaire à l'ARNm de la dystrophine (par exemple) pour éviter que le ribosome traduise l'exon muté ou si ça agit uniquement au niveau de l'épissage.
Ca peut en effet se produire, car si on considere "I" etant un nucléotide d'intron et "E" n'importe quel nucléotide d'exon, l'ARN pré messager seraitPar contre si l'exon est enlevé le reste de la traduction risque d'être hors phase de lecture, non ?
EEEEEEEIIIIIIIIIIEEEEEEEIIIIIIIIIEEEEEEE
l'alternance de couleur représente les codons tels qu'ils vont etre lu après l'épissage
après epissage on aura donc :
EEEEEEE-EEEEEEE-EEEEEEE
mais ca n'arrive pas a tous les coups, tout depend si l'exon retiré possede un nombre de nucléotides multiple de 3 ou pas
si on enlève les exons du milieu on tombera sur
EEEEEEE-EEEEEEE
l'ARN possedera comme codon numero trois non pas le dernier nucléotide du premier exon et les deux premiers nucleotides du deuxieme exon, mais le dernier nucleotide du premier exon (la ca change pas) et les deux premiers nucleotides du troisieme exon (alors que le deuxieme nucleotide du troisieme exon n'est pas censé etre impiqué dans le meme codon que le nucleotide qui le précède)
le cadre de lecture sera donc changé,
Oui donc s'il est changé quel intérêt de cette technique thérapeutique ? Car tout le reste va donner une protéine différente donc non fonctionnelle.
comme dit dans mon message précédent "ca peut" changer le cadre, quand je dis a la fin que le cadre est changé c'est pour l'exemple en question
par exemple il est dit ici :
D'après cet article (pas libre d'accès) , qui donne la taille des 79 exons, cela ferai 1779 nucléotides excisés (de 55 a 45 : 190+155+212+118+233+109+102+18 6+150+148+176 )Parmi les sauts d’exons envisagés pour
traiter la dystrophie musculaire de Duchenne,
l’un consiste à sauter un bout de l’ARN de la
dystrophine allant de l’exon 45 au 55
or 1779 est un multiple de 3, cea ferai retirer 593 codons pile poil (pas un nucleotide de plus) et donc il n'y a pas de décalage de cadre, la protéine serait plus courte, mais aucun codon modifié, juste une partie en moins
Après j'ai lu autre part qu'ils parlaient de l'exon 51, si on retire que l'exon 51 on retire 233 nucleotides donc 231 codons + 2 nucleotides (les deux nucleotides provoqueraient un décalage du cadre), dans ce cas la retirer l'exon 51 uniquement entrainerait un decalage de tout le reste de la protéine, mais pas en retirant les exons 45 à 55
et encore...c'est pas une technique de labo que j'ai pratiqué ou étudier en détail, peut etre existe il un moyen de corriger le cadre (en rajoutant 1 ou 2 nucleotides histoire de conserver le cadre)b ou d'autres types de methodes permettant de corriger le problème du cadre, mais ca je ne saurai l'affirmer, je ne sais pas si ca peut se faire
toujours est il que le cadre n'est pas tout le temps modifié
Dernière modification par Loupsio ; 21/02/2016 à 01h28.
Oui ils doivent corriger le cadre en ajoutant des nucléotides car je pense que l'épissage lui-même ne se contrôle pas vu que ça va toujours exciser sur le AG en 3' de l'intron (site accepteur/donneur).
Correction de mon message precedent :
Après j'ai lu autre part qu'ils parlaient de l'exon 51, si on retire que l'exon 51 on retire 233 nucleotides donc *77* codons + 2 nucleotides (les deux nucleotides provoqueraient un décalage du cadre), dans ce cas la retirer l'exon 51 uniquement entrainerait un decalage de tout le reste de la protéine, mais pas en retirant les exons 45 à 55
(oui, 233 nucleotides ca fait 77 codons + 2 nucléotides, pas 231 codons + 2 nucleotides, petite erreur dans mon précédent message)
Dernière modification par Loupsio ; 21/02/2016 à 01h36.
Pas dans le cas du retrait des exons 45 à 55 puisqu'il y a un nombre de nucleotides multiple de 3Oui ils doivent corriger le cadre en ajoutant des nucléotides car je pense que l'épissage lui-même ne se contrôle pas vu que ça va toujours exciser sur le AG en 3' de l'intron (site accepteur/donneur).
et sinon si ca colle pas, si ya pas moyen d'ajouter des nucleotides pour compenser le cadre, il est peut etre possible meme si un seul exon pose probleme, d'en retirer 2 ou 3 pour enlever le bon nombre de nucléotides
En effet je viens de réfléchir à ton message et enlever plus d'exons que nécessaire peut corriger le problème.
Bon bah du coup je me suis bien planté, moi je pensais que ça avait lieu durant la traduction dans le cytoplasme. ^^
Mais c'est toujours mieux de comprendre quand même.
Faut juste pas retirer un site important quand on retire plusieurs exons ^^ dans le site mentionné plus haut, ils disaient que jsutement en retirant les sites 45 a 55 il allait y avoir des modifications d'adressage
si c'était dans le cytoplasme, il serait directement détruit par le complexe RISC, impossible d'avoir de l'ARN double brin dans le cytoplasmemoi je pensais que ça avait lieu durant la traduction dans le cytoplasme.
Je comprends mieux pourquoi des ARNm sont dégradés par les microARN alors, je ne savais pas que le double brin était dégradé.
Je savais que les microARN permettaient de dégrader des ARNm mais sans savoir comment.
