Reconnaître exons et introns Adn

[SquirreI]

Bonjour,
Je voudrais savoir, juste par curiosité, comment sont reconnus expérimentalement les exons et les introns sur les brins d'adn.
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[Tibosax]

On ne peut pas vraiment identifier directement les introns et les exons à partir de la séquence d'ADN. Il existe des algorithmes de prédiction mais leur fiabilité est limitée. Mais certaines choses peuvent mettre la puce à l'oreille : les introns ont souvent des codons stop dans les 3 frames, ce que les exons n'ont pas, nécessairement.

La manière la plus efficace est d'effectuer un RNA-seq d'ARNs cytoplasmiques (et donc épissés) et de les aligner au génome : tout ce qui s'aligne sur le génome est un exon, et tout ce qui a entre les exons est un intron. En gros.

[SquirreI]

Ca marche merci