dnase 1

[win04]

Bonjour,
J'étudiais la méthode d'étude d'hypersensibilité à la dnase 1
rappel : il s'agit d'une méthode permettant de mettre en évidence les site hypersensible permettant d'en conclure la localisation des sites cis regulateur grâce a la présence d'une protéine empêchant le clivage de l'adn par la dnase 1...
Cependant voila j'ai une question de base mais je ne comprends pas le lien entre le fait qu'il y ait une protéine sur l'adn et le fait qu'on puisse en conclure qu'il s'agit de la région du promoteur ?
Et je ne comprends pas non plus le lien entre les protéines avec un motif structural particulier comme leucine zipper ou le doigt de zinc et leur lien avec l'ADN
Voila j'espère n'avoir pas été trop confuse...
Je vous remercie de votre aide !
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[dalmia]

Et bonsoir n°3

Ton message est un peu flou pour moi mais je tente une réponse.

Admettons qu'un site du génome soit particulièrement ciblé par cette DNAse I. Je suppose que tu peux confirmer ce résultat en vérifiant que ce site n'est plus clivé la DNAse quand il est fixé par une autre protéine. Cette autre protéine empêche l'action de la DNAse, on dit qu'elle protège la séquence d'ADN dont il est question (je te propose une métaphore super naze pour illustrer : il y a une chaise, quelqu'un s'assoit dessus, donc tu ne peux plus t'y asseoir. C'est l'idée de la séquence d'ADN qui ne peut pas être liée par la DNAse + autre protéine en même temps). J'imagine que c'est une technique utilisée pour les régions promotrices comme tu le cites puisque celles-ci sont la cible de protéines particulières : les facteurs de transcription (= protéines qui protègent de la DNAse, dans cette manip).

Les motifs en glissière à leucine ou en doigt de zinc sont trouvés dans les protéines et leur permettent de lier l'ADN. Exemple ? Ben, les facteurs de transcription, justement !

Dalmia

[win04]

génial haha t'as répondu a ma question je te remercie... vraiment tu as su répondre a toute mes interrogations c'est un sujet qui m'interesse mais c'est vrai que y a des choses basique que j'ai du mal a cerner haha comme par exemple desole j'en profite pour rebondir et te demander pourquoi les protéines a motifs particuliers viennent se lier à l'ADN ? Concrètement ils permettent quoi et quel est leur rôle sur la transcription ? enfin est ce que la région promotrice c'est la même chose que une région cis regulatrice
merci encore de ton aide vraiment

[dalmia]

Hello,

Il n'y a pas de quoi, je me suis inscrite dans ce but (et plus occasionnellement pour moi aussi faire part de mes interrogations ).

"pourquoi les protéines a motifs particuliers viennent se lier à l'ADN ? Concrètement ils permettent quoi et quel est leur rôle sur la transcription ?"
Chacune de tes cellules possède un génome dont elle doit en exprimer une partie. On a donc un mécanisme pour ça : une machinerie transcriptionnelle, pour commencer. Cette transcription, qui va te permettre d'avoir ton ARNr / ARNm / ARNt par exemples, nécessite une ARN polymérase (I / II / III selon le type de gène) qui a besoin de l'aide d'autres protéines pour bien se placer sur l'ADN et faire son job (la polymérisation d'un brin d'ARN). On a donc besoin d'un groupe de protéines qui peuvent se lier à cet ADN et pour leur conférer cette fonction de transcription, il faut leur donner une structure particulière qui le leur permet (toujours penser au lien structure => fonction). Eh bien il se trouve que le motif en glissière à leucine a une affinité pour l'ADN, on va donc le rencontrer parmi les protéines de liaison à l'ADN. C'est une histoire de dimérisation, de charges. Je te laisse lire la partie III.3. pour répondre plus précisément : http://atlasgeneticsoncology.org/Educ/TFactorsFr.html

"enfin est ce que la région promotrice c'est la même chose que une région cis regulatrice"
Non. Une région promotrice est un exemple de région cis régulatrice. Elle est localisée en général en amont d'un gène et c'est la séquence qui va permettre la fixation des facteurs de transcription. Une région cis régulatrice est un terme qui englobe différentes séquences. Deux exemples : les séquences d'introns qui peuvent être régulatrices, ou bien les séquences qui correspondent aux 3'UTR (en aval de la séquence codante).

Dalmia

[A voir en vidéo sur Futura]

[win04]

Re Dalmia !
Je ne saurais comment te remercier !!!!!!!!! Tu as répondu parfaitement bien a mes questions et merci pour ton lien! J'ai vraiment tout compris
Un grand merci