Amorce antisens intron pour amplifier exon?

[invite25f299cb]

Bonjour il y a quelque chose que je ne comprends pas on me dit :'' Soit la séquence suivante: 5' - ATAGCAGCTGCAGCCTGgtactagctgacg taggcga-3''' les lettres en majuscules correspondent à une partie de l'exon 8 d'un gène et les lettres en minuscules à une partie de son intron 8 . On doit amplifier par PCR l'exon 8 de ce gène . On me dit que la séquence que je dois commander est celle qui est le complémentaire de l'intron à partir du 3' vers 5' ...
Je trouve que cela n'a aucun sens on veut amplifier l'exon par l'intron enfin qu'en pensez vous?
Merci
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[Fraggle Rock]

Salut,

pour faire une PCR, tu as besoin de 2 amorces. Si tu veux amplifier l'exon 8 en entier, il te faut 2 amorces qui encadrent l'exon 8 : une amorce en amont de l'exon 8, donc à la fin de l'intron 7 et puis une amorce au début de l'intron 8. Cette deuxième amorce doit effectivement être orientée vers ton exon. Elle doit donc avoir la séquence complémentaire de l'intron. Un petit schéma du principe de la PCR pour aider à visualiser les choses.

Mais je suis d'accord avec toi, en prenant ces 2 amorces tu vas amplifier un petit bout d'intron de part et d'autre de l'exon. Si on voulait n'amplifier strictement que l'exon, alors il faudrait choisir 2 amorces dont l'extrémité 5' corresponde exactement avec les bords de l'exon. Ce n'est pas toujours possible parce que le choix d'une amorce dépend d'autres paramètres.

[invite25f299cb]

Ahhhhhhh d'accord !! Merci beaucoup pour votre explication et pour avoir pris le temps de me répondre ça devient beaucoup plus clair maintenant ! Enfin quelqu'un qui arrive à comprendre mes questions