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Identification des bactéries

  1. #1
    Violoncelle

    Identification des bactéries

    Bonjour, je suis étudiante en microbiologie et actuellement en stage.
    J'ai une question sur l'identification des bactéries.
    Dans les résultats de séquençage, nous savons que nous avons des Chromohalobacter.
    Par contre, nous ne savons pas quelle espèce de Chromohalobacter nous avons entre C. israelensis, C.salexigen ou C.marismortui.
    Il faudrait donc trouver une séquence d’ADN qui nous permettrai de savoir à quelle espèce cette bactérie appartient.
    Pourriez-vous m'aider à trouver comment faire.
    Je vous en remercie par avance
    Violoncelle

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    minushabens

    Re : Identification des bactéries

    Je commencerais par regarder la littérature, et d'abord les publis où ces espèces ont été décrites. S'il n'y est pas question de génétique (si c'est des publis anciennes), je chercherais sur les bases de données des séquences de ces espèces et essaierais de les blaster pour voir un peu qui s'aligne avec quoi. Avec la sonde qui va bien, il suffit d'une différence d'une paire de bases pour identifier une espèce.
    Dernière modification par minushabens ; 04/03/2018 à 13h38.

  4. #3
    Violoncelle

    Re : Identification des bactéries

    Merci beaucoup,
    C'est ce que je pense aussi. Je suis rassurée.
    C'est parti pour la fouille archéologique du site PubMed;
    Connaissez-vous un autre site gratuit pour nous ?
    Avec mes remerciements
    Bonne soirée
    Violoncelle

  5. #4
    minushabens

    Re : Identification des bactéries

    j'ai utilisé ce site : http://bacteria.ensembl.org/index.html

  6. #5
    Violoncelle

    Re : Identification des bactéries

    Je vous prie de recevoir mes remerciements
    Cordialement
    Violoncelle

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