Dans la suite de ce fil de discussion, je vais appeler "R_Cell" le rapport entre proton et lactate dans la cellule même.
C'est la moyenne pondérée autour de 1,8.
On peut le mesurer avec une biopsie.
Pour le rapport mesuré dans le sang, je vais l'appeler "R_Sa".
C'est ce que JUEL a mesuré en 2004 et qu vaut autour de 2.
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
On m'a transmis ce lien :
."Invited review: Quantifying proton exchange from chemical reactions - Implications for the biochemistry of metabolic acidosis".
https://sci-hub.tw/https://doi.org/1...pa.2019.04.024
Mais il ne fonctionne pas.
.
Ce serait un nouvel article de M. ROBERGS (2019) sur le ratio "H+ : Lactate" dans un contexte anaérobie pur.
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
Dans le calcul du ratio "H+ vs lactate" musculaire (dans le muscle, donc biopsie nécessaire pour le mesurer), je me suis basé sur une glycolyse avec comme substrat le glucose.
Le ratio théorique serait de l'ordre de 1,8.
Mais si le substrat est du glycogène, cela change un peu la donne.
Car la première réaction de ce métabolisme n'est plus l'hexokinase mais la glycogénolyse (une hélice qui retire un glucose 6P à la molécule de glycogène).
La différence, c'est que la glycogénolyse n'a pas besoin d'ATP pour se déclencher.
Dans ce cas, le tableau est donc modifié et la moyenne pondérée si le substrat est du glycogène est de 1,36.
Toujours avec l'hypothèse que les 12 réactions du métabolisme énergétique anaérobie ont toutes la même durée.
Je vais appeler ce ratio "R_Cell_Glycogen".
Et l'ancien, je le renomme "R_Cell_Glucose".
R_Cell_Glucose = 1,82
R_Cell_Glycogen = 1,36
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
Il fonctionne bien. Au pire allez sur sci-hub et mettez l'URL https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2019.04.024.
Un petit effort....
PS: C'est le document que vous avez reçu de Robergs himself...
PS2: ENFIN vous prenez en compte la différence glucose/glycogène... cela dit, vu le document de Robergs, vos calculs me semblent bien peu pertinents...
Dernière modification par CharlieGaufrettes ; 16/06/2020 à 14h11.
1)Envoyé par CharlieGaufrettes
Oui, c'est bien le document que j'ai reçu de M. ROBERGS.
C'est au moins le même titre.
Vais tenter de l'ouvrir à nouveau
2)
Si, j'ai cherché sur le net mais je n'ai jamais rien trouvé d'autre que l'abstract.
3) Oh que si que mes calculs sont pertinents.
Plus que jamais.
Là ou M. Robergs indique 1,40, perso j'arrive à 1,36.
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
J'ai depuis ces derniers temps toujours indiqué que j'étais d'accord avec M. Robergs.
Moi, je n'ai jamais lu dans ces écrits qu'il disait que seule l'hydrolyse de l'ATP était la source de l'acidose métabolique.
Il présentait des fois le problème sous un angle qui pouvait laisser croire que la glycolyse (les 10 ou 9 réactions) et la LDH étaient neutres, au final.
C'est vrai.
Mais, nous savons tous que pour comprendre cette acidose métabolique, il FAUT REGARDER le MÉTABOLISME dans sa TOTALITÉ, les 10 ou 11 réactions "glycolyse + LDH" et "l'hydrolyse" des ATP's réunies.
Et la méthodologie utilisée par M. ROBERGS dans ce dernier article, c'est à peu près une MOYENNE PONDÉRÉE.
Sauf que en tant que physiologiste, il ne sait peut-être pas ce qu'est une moyenne pondérée.
Et pour JUEL 2004, M. Robergs confirme bien (et même dans l'article 2019) que ce sont des mesures dans le sang (H+ release et lactate release) et il parle de H+ tamponnés.
C'est à dire tout mon calcul autour de mon fameux "R-Cell-Sa" (le ratio mesuré dans le sang) que j'ai introduit qqes messages + haut.
Pour M. Robergs, suite à son article, je lui ai renvoyé qqes questions complémentaires.
J'attends les réponses.
Mais je ne lui ai pas parlé de moyenne pondérée.
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
Ah ?
Je croyais que vous étiez à 1.8 ? Les valeurs de Robergs sont pour le glucose ou glycogène ? J'ai l'impression que vous adaptez vos résultats par rapport à ce que les experts indiquent...The total
~H+ release to La ratio = 4.25, whereas the net ~H+ release to La
ratio = 1.4. When focussed on glycolysis, the glycolytic gross ~H+
release to La ratio = 2.26 and the net ~H+ release to La ratio = 0.92.
Et il va falloir relire ses travaux de 2004. Il dit bien que c'est l'hydrolyse de l'ATP.
Parlez-lui seulement de votre moyenne pondérée.
Si en tant que physiologiste il ne connaîtrait pas ce qu'est une moyenne pondérée, que dire d'un coureur au sujet de ses connaissances en biologie... ?
Charlie, vous lisez mes messages ?Ah ? Je croyais que vous étiez à 1.8 ?
Les valeurs de Robergs sont pour le glucose ou glycogène ?
J'ai l'impression que vous adaptez vos résultats par rapport à ce que les experts indiquent...
Et il va falloir relire ses travaux de 2004. Il dit bien que c'est l'hydrolyse de l'ATP.
Parlez-lui seulement de votre moyenne pondérée.
Si en tant que physiologiste il ne connaîtrait pas ce qu'est une moyenne pondérée, que dire d'un coureur au sujet de ses connaissances en biologie... ?
J'ai écrit :
a) la moyenne pondérée quand c'est du glucose en entrée c'est 1,8 (1,82 avec 2 décimales).
b) la moyenne pondérée quand c'est du glycogène, c'est 1,36.
J'ai effectué les calculs "glycogène" à la réception du document Robergs 2019.
Car, ses mesures sont celles pour du glycogène.
Il l'écrit qqe part dans son article 2019.
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
Moyenne pondérée lorsque le substrat est du glycogène.
La différence est qu'il se crée 3 ATP's net.
Car la glycogénolyse qui extrait un glucose 6P d'une molécule de glycogène ne consomme pas d'ATP.
Tableau des réactions chimiques
Phase-01 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +0 - Glycogénolyse :
Phase-02 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +0 - Glycolyse-2 : Phosphoglucose isomérase
Phase-03 - H+ : +1 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-3 : Phosphofructo kinase
Phase-04 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-4 : Aldolase
Phase-05 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-5 : Phosphotriose isomérase
Phase-06 - H+ : +2 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-6 : G3P deshydrogénase
Phase-07 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-7 : Phospho glycérate kinase
Phase-08 - H+ : +2 - Cumul H+ courant : +5 - Hydrolyse ATP : Hydrolyse ATP
Phase-08 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +5 - Glycolyse-8 : Phospho glycéro mutase
Phase-09 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +5 - Glycolyse-9 : Enolase
Phase-10 - H+ : -2 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-10 : Pyruvate kinase
Phase-11 - H+ : -2 - Cumul H+ courant : +1 - Synthèse lactate : Lactate DesHydrogénase
Phase-11 - H+ : +1 - Cumul H+ courant : +2 - Hydrolyse ATP : Hydrolyse ATP
Total : .............................. .................. 30
La moyenne pondérée R_Cell_Glycogen = 30 / 11 / 2 = 1,36
Pour rappel.
La moyenne pondérée lorsque le substrat est du glucose est de 1,82 (R_Cell_Glucose).
Si on mesure le rapport H+ vs lactate dans le sang (R_Sa), il est variable.
Il est dépendant
- du niveau d'effort (plus ou moins anaérobie),
- de la capacité de la personne à consommer du lactate pour produire de l'énergie (lactate shuttle)
- et de la capacité de la personne pour tamponner l'acidité.
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
C'est dans ce passage :
For skeletal muscle, glycolysis commences with the breakdown of
glycogen, or glycogenolysis. While skeletal muscle does take up glucose
from blood, this is a relatively small proportion of glucose catabolized
in glycolysis. Indeed, as exercise intensity and metabolic ATP demand
increase, so to does the preponderance of glycogenolysis in fuelling
glycolysis. Thus, the chemical reactions leading to glucose-6-phosphate
(G6P) will be presented solely as a consequence of muscle glycogen
breakdown (glycogenolysis).
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
Un échange intéressant avec M. Robergs.
--------------------
De : Nicolas NEFF
Envoyé : jeudi 18 juin 2020 10:27
À : 'Rob Robergs'
Objet : RE: A question about "MUSCLE LACTATE AND H+ PRODUCTION"
Thank’s Mr Robergs,
So, one of my other questions.
You write in you manuscript:
The total~H+ release to La ratio=4.25, whereas the net ~H+ release to La ratio=1.4.
OK with your 4.25 ratio (total released H+ to La).
But the interesting and useful ratio is really the « net H+ to La » ratio. (1.4)
Am I right ?
Because I used another modeling method to evaluate « net H+ to La ratio » and my result is 1.36.
I didn’t even think about calculating the gross ratio.
Did I a mistake ?
Best regards
Nicolas
****************************** ****************
De : Rob Robergs [mailto:rob.robergs@qut.edu.au]
Envoyé : vendredi 19 juin 2020 02:14
À : Nicolas NEFF
Objet : Re: A question about "MUSCLE LACTATE AND H+ PRODUCTION"
Hi Nicolas;
So long as you make it clear that the net ratio involves other metabolic components that consume H+, it doesn't really matter.
It is also prudent to mention the near 1.0 H+ consumption in the LDH reaction across the cellular pH range.
The issue then is over why even worry about the H+ release to lactate ratio.
I mentioned it to prove the point that it is not what we have all assumed in the past.
I often mention in my presentations that a H+:Pi ratio is more biochemically relevant!
Very impressed that you derive a value for net H+ release to lactate so close to what I calculated.
Rob
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
Moyenne pondérée lorsque le substrat est du glycogène.
Correction d'une erreur.
Une erreur s'est introduite dans mes calculs précédents lorsque j'ai introduit les phases.
Pour rappel, les phases ont été introduites pour résoudre le problème des réactions chimiques se déroulant en parallèle.
Les 13 réactions de la glycolyse anaérobie glycogène se déroulent en 11 phases.
J'ai mal sommé.
Tableau initial et calculs.
Phase-01 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +0 - Glycogénolyse :
Phase-02 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +0 - Glycolyse-2 : Phosphoglucose isomérase
Phase-03 - H+ : +1 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-3 : Phosphofructo kinase
Phase-04 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-4 : Aldolase
Phase-05 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-5 : Phosphotriose isomérase
Phase-06 - H+ : +2 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-6 : G3P deshydrogénase
Phase-07 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-7 : Phospho glycérate kinase
Phase-08 - H+ : +2 - Cumul H+ courant : +5 - Hydrolyse ATP : Hydrolyse ATP
Phase-08 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +5 - Glycolyse-8 : Phospho glycéro mutase
Phase-09 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +5 - Glycolyse-9 : Enolase
Phase-10 - H+ : -2 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-10 : Pyruvate kinase
Phase-11 - H+ : -2 - Cumul H+ courant : +1 - Synthèse lactate : Lactate DesHydrogénase
Phase-11 - H+ : +1 - Cumul H+ courant : +2 - Hydrolyse ATP : Hydrolyse ATP
Total : .............................. .................. 30
La moyenne pondérée initiale R_Cell_Glycogen = 30 / 11 / 2 = 1,36
-----------------------------------------------------------------
Tableau corrigé et nouveau calcul.
Phase-01 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +0 - Glycogénolyse :
Phase-02 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +0 - Glycolyse-2 : Phosphoglucose isomérase
Phase-03 - H+ : +1 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-3 : Phosphofructo kinase
Phase-04 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-4 : Aldolase
Phase-05 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +1 - Glycolyse-5 : Phosphotriose isomérase
Phase-06 - H+ : +2 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-6 : G3P deshydrogénase
Phase-07 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-7 : Phospho glycérate kinase
Phase-08 - .............................. .....................réaction 1 - H+ : +2 - Hydrolyse ATP : Hydrolyse ATP
Phase-08 - .............................. .....................réaction 2 - H+ : +0 - Glycolyse-8 : Phospho glycéro mutase
Phase-08 - H+ : +2 - Cumul H+ courant : +5
Phase-09 - H+ : +0 - Cumul H+ courant : +5 - Glycolyse-9 : Enolase
Phase-10 - H+ : -2 - Cumul H+ courant : +3 - Glycolyse-10 : Pyruvate kinase
Phase-11 - .............................. .................... réaction 1 H+ : -2 - Synthèse lactate : Lactate DesHydrogénase
Phase-11 - .............................. .................... réaction 2 H+ : +1 - Hydrolyse ATP : Hydrolyse ATP
Phase-11 - H+ : -1 - Cumul H+ courant : +2
Total : .............................. .................. 24
La moyenne pondérée corrigée, toujours avec l'hypothèse des durées identiques, est donc : R_Cell_Glycogen = 24 / 11 / 2 = 1,09
Ce résultat s'éloigne du chiffre de Robergs 2019 qui est de 1,4.
Je reste sur l'idée que la moyenne pondérée est la réponse à la question initiale qui est d'expliquer pourquoi les experts mesurent environ 2 fois plus de protons que de lactate.
Et maintenant, je pars sur l'hypothèse que les réactions n'ont pas la même durée.
Si des personnes ont des solutions pour évaluer les durées des réactions chimiques, elles sont les bienvenues.
Dernière modification par Nine14140 ; 29/06/2020 à 11h00.
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
.
Message envoyé à M. Robergs.
.Thank you M. Robergs for your answer and your 2019 manuscript.
1. Table 1
Your table 1 is very interesting.
Am I right if I suppose that :
• « Mtf » is measured (if yes, I did’nt found how et by who ) ?
• « ~H+te » is computed with « Mtf » and « c~H+e » ?
2. Your 4.24 ratio
OK with your modelled 4.24 ratio.
But, how to explain the approximative 2.0 ratio measured by JUEL 2004 ?
Here your picture Fig 15 in Robergs 2004
Mtf : Metabolite flux
.
Réponse de M. Robergs
.
The data for Mtf were calculated based on my computational model. This data assumes no involvement of mitochondrial respiration, which in part answers your query regarding the data of Juel et al. Juel’s value is also lower given the errors of his measurement/calculation methods. For example, his quantification of H+ efflux from muscle is narrowly based on the H+ that leave muscle and are not involved in any intracellular buffering; his numbers are also calculated as you cannot measure H+ exchange! As such, I used the data from Juel et al., when understanding the limitations of their methods, to reinforce the reality that cellular H+ release to lactate production must be far greater than unity, and greater than the ratio presented by Juel.
Hope this helps.
Je voulais vous relater ces 2 passages !:
1) The data for Mtf were calculated based on my computational model. ;
....
2) his numbers are also calculated as you cannot measure H+ exchange!
Donc, les chiffres présentés sont exclusivement issus de calculs sur la base d'un modèle.
Et on ne peut pas mesurer les échanges H+.
Ce dernier point est une surprise pour moi.
Quelqu'un a-t-il une explication ? (je ne veux pas embêter M. Robergs avec ce type de question).
Dernière modification par Nine14140 ; 14/07/2020 à 11h35.
L'important n'est pas uniquement le but mais principalement le chemin qui y mène.
Et on ne peut pas mesurer les échanges H+.
Ce dernier point est une surprise pour moi.
Quelqu'un a-t-il une explication ?
La réalité du travail de laboratoire ? Auriez-vous une technique à proposer pour mesurer cela ?
